袁記約法規(guī)定大總統(tǒng)總攬軍權(quán)，如：“大總統(tǒng)為陸海軍大元帥，統(tǒng)帥全國陸海軍”,決定陸海軍編制、兵額及宣戰(zhàn)媾和，等等。據(jù)此，袁世凱于1914年6月8日下令成立“陸海軍大元帥統(tǒng)帥辦事處”,將原來總統(tǒng)府的軍事處撤銷。統(tǒng)率辦事處是最高的軍事機關(guān)，與文事方面的政事堂并立，一武一文，作為袁世凱獨裁統(tǒng)治的左右手。
對統(tǒng)率辦事處組織章程的擬定，袁世凱的軍事顧問坂西利八郎^[1]起過重要作用。據(jù)組織令規(guī)定，辦事處設(shè)辦事員，“由參謀總長、陸軍總長、海軍總長、大元帥特派之高級軍官及辦事處總務(wù)廳長擔(dān)任”。袁世凱任命蔭昌(侍從武官長)、王士珍、段祺瑞、劉冠雄、薩鎮(zhèn)冰(海軍司令)、陳宧(參謀次長)為辦事員，唐在禮^[2]為總務(wù)廳長，張士鈺為副廳長。按規(guī)定，辦事員輪流在辦事處值日，實際上王士珍擔(dān)任常務(wù)，一切要政都呈袁世凱定奪。辦事處設(shè)有軍政、軍令、軍械三所，各有主任主持其事。
統(tǒng)率辦事處的權(quán)力十分廣泛，凡所討論的事務(wù)涉及外交、內(nèi)務(wù)、財政、交通時，都召該部總長列席，往往當(dāng)場就作出決定。各部或各省的重要機密事務(wù)，也大都呈報辦事處。袁世凱的命令、批示，均以大元帥名義發(fā)出。京內(nèi)外文武官吏對此類命令從不敢怠慢。唐在禮后來回憶說：“本來政事堂有些相當(dāng)清室軍機處的樣子，其后來倒是統(tǒng)率辦事處在實際上起著新的軍機處的作用?！?sup>[3]
成立統(tǒng)率辦事處的原因，袁世凱說是為了集中陸軍、海軍、參謀三部統(tǒng)籌軍事，其真正目的是削弱陸軍部的權(quán)力，把軍權(quán)收歸他一人掌握。原來，自北洋政府成立后，軍權(quán)一直在段祺瑞控制的陸軍部，內(nèi)閣屢次更迭，陸軍總長一席總是非段莫屬。在軍事上袁也完全信任和依靠段，重大措施差不多都要和段商量決定?？偨y(tǒng)府軍事處僅僅起袁世凱與各軍事機關(guān)聯(lián)絡(luò)的作用。段對袁感恩不已，愿受驅(qū)策，事事奉命唯謹。為摧毀非北洋派，特別是國民黨人的軍事力量，段賣過死力。但自鎮(zhèn)壓二次革命后，陸軍部的勢力大大膨脹，關(guān)于軍官的提升或降黜，段往往擅自決定，而且所提拔的人又多是他的門生和部屬，如徐樹錚、靳云鵬、傅良佐、吳光新、曲同豐等，在陸軍中隱然自成派系。這自然使一向重視軍權(quán)的袁世凱感到不安，統(tǒng)率辦事處的成立就是為了扭轉(zhuǎn)軍權(quán)旁落的趨勢。
統(tǒng)率辦事處成立后，袁世凱在總統(tǒng)府又組織了一個軍需處，由唐在禮兼任處長。這個以軍需為名的機構(gòu)，并不管陸、海軍的軍需事務(wù)，而專門管理秘密支付的“特別費”。這種特別費的開支很大，也很頻繁，每筆一兩萬到幾十萬不等，均憑袁世凱的字條支付，無需說明用途，主要用于收買文武官吏、政黨首領(lǐng)和報紙發(fā)行人，軍政執(zhí)法處等特務(wù)警察機關(guān)的重大案件偵緝費用，以及為籌建模范團購買軍火等。這個機構(gòu)和統(tǒng)率辦事處一樣，在袁死后都被撤銷。
為進一步控制軍隊，袁世凱以北洋軍暮氣沉沉為理由，決定在統(tǒng)率辦事處的直接領(lǐng)導(dǎo)下編練模范軍，派王士珍、袁克定(袁世凱的長子)、張敬堯、陳光遠為籌備員。1914年10月，成立了一個類似軍官教導(dǎo)團式的“模范團”,抽調(diào)各師下級軍官為士兵，中高級軍官為該團下級軍官。每期半年，一期計劃培訓(xùn)兩個師的軍官。第一期袁世凱自兼團長，陳光遠為團副。第二期袁克定為團長，陸錦為團副。陳光遠和陸錦都是袁克定的親信，所以模范團實際上由袁克定一手包辦。該團的訓(xùn)練計劃是由蔣方震草擬的，完全采用德國訓(xùn)練方式。袁氏父子一向崇拜德國的軍事，對德國皇太子在德軍中的影響略知一二。模范團的建立，表明袁世凱有意仿效德皇的辦法，為自己的兒子在陸軍中樹立權(quán)威，為家天下作準備。模范團第一期畢業(yè)后，即編為北洋陸軍第十一、十二兩師，以張永成、陳光遠為師長。第二期畢業(yè)后編為第九師，以陸錦為師長。
對軍事一竅不通的袁克定，突然插足軍隊，激化了北洋派內(nèi)部的矛盾，北洋將領(lǐng)多為之寒心，而以段祺瑞為最甚。段祺瑞素性剛愎，對統(tǒng)率辦事處的成立，早已公開表示不滿，常常借故拒絕出席該處會議，陸軍部的事務(wù)也讓他的心腹徐樹錚辦理。他對袁克定毫不敷衍，對其左右的人更不客氣。因此，袁世凱和段的關(guān)系日益惡化，段即托病請假赴西山“療養(yǎng)”,北洋軍事重心就轉(zhuǎn)移到王士珍身上。1915年5月31日，袁派王士珍署理陸軍部長。王對袁唯命是從，遇事絕不敢有所堅持；又不培植個人勢力。袁在軍事上很尊重他。為了清洗段的勢力，袁世凱授意肅政廳彈劾徐樹錚訂購?fù)鈬娀鸶笏氖f元，并以此于6月26日免去了徐的陸軍次長，派田中玉繼任。此為段和徐后來拒絕擁袁稱帝的遠因。
為了從精神上加緊對軍隊的控制，袁世凱于1914年11月11日以大元帥的名義，發(fā)出第一號軍令，頒布軍人訓(xùn)條十條，其中第一條為“軍人宜效命國家，忠事元首，堅心定志，切戒妄聽邪言”^[4]。并由統(tǒng)率辦事處派出大批“宣講員”,至各師傳達宣講。前此在1912年12月26日，袁曾發(fā)布過一個“告誡軍人訓(xùn)條”十條，其中并沒有“忠事元首”字句，而今卻命令官兵忠于他個人，以加強其獨裁統(tǒng)治^[5]。1914年11月20日，袁又命令“以關(guān)(羽)岳(飛)為武圣”,由全國軍人供奉，并指令統(tǒng)率辦事處擬定供奉禮制。但北京從來沒有關(guān)岳合祀之廟，新建又來不及，便將地安門外西皇城根之白馬關(guān)帝廟大加修飾，由駐京軍隊及模范團列隊前往行禮宣誓。1915年1月13日，模范團第一期全體官兵在陳光遠率領(lǐng)下赴廟宣誓，袁世凱派侍從武官長蔭昌監(jiān)誓，誓詞為：“服從命令，盡忠報國，誠意衛(wèi)民，尊敬長上，不惜性命，言行信實，習(xí)勤耐勞，不入會黨”,最后表示“誓愿八條，甘心遵守，違反其一，天誅地譴”。
新成立的將軍府，為“軍事之最高顧問機關(guān)”,直隸大總統(tǒng)。按其組織法規(guī)定，有上將一人，將軍二十六人，參軍二十五人。袁世凱任命段祺瑞為建威上將軍兼管將軍府事務(wù)。凡在一省做過都督而被解職來京者，都任命為將軍，冠以“威”字，以區(qū)別于各省有督理軍務(wù)之權(quán)的“武”字將軍，如蔡鍔為昭威將軍，張鳳翙為揚威將軍，蔣尊簋為宣威將軍?！皩④娫沦呵г?，安富尊榮，清閑自在”^[6]。將軍府實際上是安置失意將領(lǐng)的閑曹，被人嗤為“養(yǎng)老院”^[7]。