以日蘇簽署《中立條約》為轉(zhuǎn)折點，中蘇關(guān)系逐漸逆轉(zhuǎn)。1941年6月，蘇德戰(zhàn)爭爆發(fā)，蘇聯(lián)的生存面臨嚴(yán)峻考驗，對華援助完全中止，其遠(yuǎn)東政策的重心從戰(zhàn)爭初期的幫助中國拖住日本，確保自身安全，轉(zhuǎn)變?yōu)榉笱苤袊?，穩(wěn)住日本，避免兩線作戰(zhàn)，兩國在歐洲大戰(zhàn)爆發(fā)后已經(jīng)淡化與松懈的雙邊關(guān)系迅速惡化。另一方面，太平洋戰(zhàn)爭爆發(fā)后，中美實現(xiàn)結(jié)盟，美國援華的力度大大加強(qiáng)，占據(jù)了主導(dǎo)地位，國民政府轉(zhuǎn)而依靠美國的幫助戰(zhàn)勝日本，蘇聯(lián)在國民政府外交中的地位一落千丈。蘇聯(lián)駐華軍事總顧問崔可夫?qū)Υ烁杏|尤深，指出以蔣介石為首的國民黨依靠美國的意向“越來越明顯”,他“在中國已無事可做”^[1]。
中蘇間的正面沖突是從新疆問題開始的。新疆地處西北邊陲，同蘇聯(lián)的中亞地區(qū)接壤。1933年4月，新疆地方軍閥盛世才發(fā)動政變，依靠蘇聯(lián)軍隊的支持，平定了新疆的各種反對勢力，穩(wěn)定了統(tǒng)治，蘇聯(lián)勢力也隨之滲入新疆，中央政府鞭長莫及，失去了對于該地的權(quán)力控制。新疆成為蘇聯(lián)的勢力范圍，不僅蘇聯(lián)軍隊可以在新疆常駐，而且蘇聯(lián)有權(quán)在新疆開礦、采油、采金和修筑鐵路，新疆的對外貿(mào)易，完全依賴蘇聯(lián)，而與內(nèi)地中斷了聯(lián)系?？谷諔?zhàn)爭爆發(fā)后，國民政府雖然經(jīng)由新疆運(yùn)輸各種蘇聯(lián)援華物資入內(nèi)地，但新疆與中央政府的關(guān)系卻依然如舊。這種狀況至1941年前后發(fā)生變化，由于盛世才與新疆地方民族勢力間的矛盾以及蘇聯(lián)勢力的介入，引起雙方的猜疑、摩擦、沖突以至殘殺；另一方面，也由于蘇聯(lián)在蘇德戰(zhàn)爭中暫時失利，導(dǎo)致盛世才對蘇聯(lián)的離心傾向，并向國民政府輸誠。盛世才在致蔣介石的信中，指責(zé)蘇聯(lián)“掛著馬克思主義假招牌，以幫助落后國家與民族為名，暗中進(jìn)行其侵略伎倆，其用心較之其他帝國主義者尤為毒辣！”檢討他過去的“聯(lián)蘇”,“實由學(xué)識與經(jīng)驗之不足，致被掛著馬克思主義假招牌的人們所愚弄欺騙”,表示今后絕對不能再與此類合作，“誓以致誠擁護(hù)鈞座與國民黨之領(lǐng)導(dǎo)，效忠黨國”等^[2]。
盛世才的“倒戈”,給國民政府控制新疆創(chuàng)造了條件。國民政府迅速制訂《收復(fù)新疆主權(quán)方案》,規(guī)定：“一面利用盛之地位及力量并扶之，使其逐漸中央化；一面敷衍蘇聯(lián)，遲緩其對新之策動并盡速加強(qiáng)我甘、青、藏邊軍務(wù)，及一切必要之準(zhǔn)備，俟機(jī)再確實控制之”;并計劃將美、英勢力引入新疆等^[3]。1942年7月，國民政府利用盛世才在新疆策動反蘇行動，逮捕新疆政府中的親蘇人員，并于年底迫使蘇聯(lián)駐哈密地區(qū)的紅八團(tuán)部分人員撤退。8月，國民政府很快決定了對蘇方針及實施步驟，主要內(nèi)容是：一、關(guān)于蘇方在新取得之合法利益應(yīng)由中央與之商訂；二、如無協(xié)定根據(jù)而無關(guān)主權(quán)時，應(yīng)分別予以調(diào)整；三、其所得利益妨礙我主權(quán)時，應(yīng)分別予以調(diào)整或取締；四、關(guān)于國境檢查，我國應(yīng)在霍爾果斯及其他新邊要地派駐軍隊布置防務(wù)，作為中央恢復(fù)新疆主權(quán)之一種表示；五、蘇聯(lián)飛機(jī)入新省境內(nèi)，須先依照外國航空器飛行國境統(tǒng)一辦法及檢查暫行辦法辦理，否則以非法越界論；六、蘇聯(lián)車輛未經(jīng)中國政府許可，不得擅自入境；七、蘇聯(lián)人民未持有我國合法出入境簽證者，不得擅自出入新疆省境等。并強(qiáng)調(diào)：“蘇方在新非法行動相沿已久，茲予矯正，自感不便，但在現(xiàn)在國際局勢之下，我方進(jìn)行調(diào)查與之提高，蘇方似不致公然表示拒絕，惟難免有色取行違情形，我方似應(yīng)選派精明干練之負(fù)責(zé)人員執(zhí)行之，并先派兵入新以為我決心處置之表示，但在實際上不可過于操切，以免影響邦交。”^[4]隨即中方開始采取一系列行動。
蘇聯(lián)方面迅速作出反應(yīng)。蘇聯(lián)駐華大使潘友新多次直接會見蔣介石，交涉新疆問題，同時在新疆采取報復(fù)行動。1943年1月，蘇聯(lián)駐迪化總領(lǐng)事普式庚宣布：“新疆當(dāng)局之反蘇行為，迫使蘇聯(lián)決定撤回對新疆的一切支援。”紅八團(tuán)撤退時，拆除了獨山子油田機(jī)器和頭屯河鐵工廠機(jī)器，運(yùn)回蘇聯(lián)。4月10日，普式庚再次聲明：完全停止蘇聯(lián)在新疆的地質(zhì)考查團(tuán)工作，撤回工作人員和機(jī)器^[5]。5月17日，由蘇聯(lián)駐華大使與國民政府代表進(jìn)行了將近十個月的中蘇合辦獨山子油礦談判，也因蘇方拆除設(shè)備運(yùn)蘇而告中止^[6]。6月16日，蘇聯(lián)駐華大使潘友新將蘇方?jīng)Q定正式通知中國官方：一、撤銷迪化飛機(jī)廠，將新疆蘇聯(lián)工人、職員及技術(shù)人員，以及蘇聯(lián)設(shè)備運(yùn)回蘇聯(lián)；二、停止獨山子油礦及煉油工作，召回各專家，并將自有設(shè)備運(yùn)回蘇聯(lián)；三、縮減蘇聯(lián)駐新疆商業(yè)機(jī)關(guān)之活動；四、召回在新疆之其他蘇聯(lián)專家^[7]。1944年2月，國民政府資源委員會和蘇聯(lián)對外貿(mào)易人民委員部簽署合同，中方以170萬美元現(xiàn)款購買蘇方在獨山子油礦遺留之全部油井建筑及設(shè)備，并于21日接收完竣^[8]。自此，中蘇在新疆的經(jīng)濟(jì)合作完全停頓。
然而，中蘇在新疆的交涉卻并未結(jié)束。由于盛世才在新疆的殘暴統(tǒng)治，激起新疆各族人民的仇恨和反抗。蘇聯(lián)的影響和卷入也鼓勵了部分新疆少數(shù)民族領(lǐng)袖反對國民黨統(tǒng)治的愿望。自1943年春起，新疆不斷發(fā)生各族人民的起義。1944年8月，國民政府逼迫盛世才提出辭呈，任命吳忠信為新疆省主席，企圖緩和新疆各族人民的不滿情緒。但由于對蘇關(guān)系惡化后，中蘇邊疆貿(mào)易銳減，物價飛漲，人民生活大幅下降，致使各族人民的反抗斗爭有增無減，至1944年底形成“三區(qū)革命”的高潮。此時，由于蘇聯(lián)的反法西斯戰(zhàn)爭已進(jìn)入反攻階段，蘇聯(lián)已不再擔(dān)心來自西部邊界的威脅，對新疆政策也轉(zhuǎn)趨強(qiáng)硬，對新疆各族人民的反抗斗爭明里暗里采取支持的態(tài)度，甚至出動飛機(jī)轟炸中國軍隊，這引起國民政府的更大疑忌和仇視，兩國間交涉不斷，中方質(zhì)問蘇聯(lián)駐華大使，指責(zé)蘇聯(lián)飛機(jī)轟炸中國軍隊，要求蘇方調(diào)查該項飛機(jī)來源，并防止類似事件發(fā)生；蘇方則稱該事件系由中國軍隊因追緝哈薩克人民、遂侵入外蒙古之領(lǐng)土引起，聲明蘇方根據(jù)1936年3月蘇蒙互助條約，為保護(hù)外蒙古領(lǐng)土安全起見，將不得不予該共和國以一切必需之援助及支持等。雙方的爭執(zhí)復(fù)轉(zhuǎn)向外蒙古主權(quán)問題，中方聲明根據(jù)1924年中俄解決懸案大綱協(xié)定，蘇聯(lián)承認(rèn)外蒙古為中國之一部分及在該領(lǐng)土內(nèi)中國之主權(quán)；1936年之蘇蒙互助協(xié)定，中方當(dāng)時即提出抗議，不予承認(rèn)，蘇方當(dāng)時亦在復(fù)照中重行確認(rèn)1924年中俄協(xié)定仍保持其效力等。蔣介石還將該事件訴之于羅斯?？偨y(tǒng)，希望美方予以干涉，但羅斯福卻復(fù)電蔣介石，建議暫時擱置外蒙古、新疆邊境事件，“以待此次戰(zhàn)爭之結(jié)束”,事態(tài)雖未惡化，但爭執(zhí)卻進(jìn)一步升級了^[9]。
中蘇關(guān)系惡化的另一標(biāo)志是國民政府在國內(nèi)不斷挑動反蘇行動。隨著中國共產(chǎn)黨領(lǐng)導(dǎo)的抗日武裝力量和敵后抗日根據(jù)地的日益壯大，國共摩擦、沖突的日益升級，蔣介石越來越將共產(chǎn)黨問題與“第三國際”與蘇聯(lián)政府的支持相聯(lián)系，由此而對蘇聯(lián)產(chǎn)生越來越強(qiáng)烈的惡感，并大量削減對蘇貿(mào)易等，惡化兩國關(guān)系。蘇聯(lián)政府也采取了相應(yīng)的行動，1942年3月，召回了蘇聯(lián)駐華軍事代表團(tuán)，開始對國民政府采取公開批評的態(tài)度。1943年夏，當(dāng)國民黨頑固派再次大規(guī)模發(fā)動反共摩擦，蘇聯(lián)政府公開指責(zé)國民政府抗戰(zhàn)不力和對中國共產(chǎn)黨領(lǐng)導(dǎo)的抗日力量進(jìn)行圍攻。1944年夏，蘇聯(lián)新聞媒體更是連篇累牘地發(fā)表文章，批評蔣介石不將全部兵力用于抗日作戰(zhàn)，而是使用大量兵力包圍陜甘寧邊區(qū)，抨擊國民黨軍隊在豫湘桂戰(zhàn)役中沒能組織好對日本軍隊的反擊，大多數(shù)部隊一觸即潰，一敗千里，向同盟國呼吁改組中國國民政府，給國民政府造成了很大的國際壓力。
蘇聯(lián)政府還在同盟國內(nèi)部和國際事務(wù)中有意貶低、留難國民政府。當(dāng)美國政府欲將中國列入世界四強(qiáng)行列時，曾一再遭到蘇聯(lián)政府的反對和阻難。1943年10月，蘇聯(lián)政府曾反對中國簽署《普遍安全宣言》。11月，斯大林又借口蘇聯(lián)未與日本處于戰(zhàn)爭狀態(tài)，拒絕羅斯福提出的舉行美、英、蘇、中四國元首會議的建議，不愿與中國平起平坐討論國際問題。德黑蘭會議期間，羅斯福多次和斯大林討論中國問題，斯大林始終對中國抱蔑視的態(tài)度，羅斯福提出：戰(zhàn)后應(yīng)由美、英、蘇、中四大國組成一個“有權(quán)立即處理對和平的任何威脅”的警察委員會。斯大林表示：他不認(rèn)為中國在戰(zhàn)爭結(jié)束時會是強(qiáng)大的，要中國參加四大國會議或組織，顯然是不合適的。羅斯福解釋說，他并不是不認(rèn)識現(xiàn)在的中國很弱，而是想到更遠(yuǎn)的將來，畢竟中國是一個有四億人民的國家，將他們當(dāng)作朋友，總比當(dāng)作一個潛在的麻煩來源要好一些。但是，斯大林依然不置可否。1944年夏秋間，當(dāng)籌備建立聯(lián)合國的頓巴敦橡膠園會議召開時，蘇聯(lián)政府再次拒絕與中國代表坐在一起。會議不得不重演開羅—德黑蘭的一幕，分為兩個階段舉行，使中國處于美、英、蘇決定重大問題后被通知的被動境地，這使中國的對蘇不滿情緒益發(fā)增強(qiáng)。1944年下半年，中蘇關(guān)系下降到了抗日戰(zhàn)爭開始以來的最低點^[10]。