因明、清兩代京城藥王廟很多，故又稱北京外城天壇之北的藥王廟為南藥王廟。此廟始建于明天啟七年（公元1627年），為北京藥王廟中最大的一座。占地二百多畝，各類殿房近二百間。磚石結(jié)構(gòu)，青石為基，磨磚對縫，雕梁畫棟。廟的主要建筑分東、西兩部分。西部是寺廟形式：山門門額鐫刻“敕封藥王廟”，門前原有兩尊大鐵獅子，進(jìn)山門有一對大旗桿。每年臘月至正月底，旗桿上掛大紅燈籠，旗桿后有報(bào)時(shí)的鐘、鼓樓。明朝時(shí)，西部有三層大殿。第一層大殿為藥王殿，面闊三間，東、西兩側(cè)配殿各三間。正殿中供奉伏羲、神農(nóng)、黃帝塑像，其左下方供藥圣孫思邈，右下方供藥王韋茲藏。大殿兩側(cè)，分別站立十大名醫(yī)，即：三皇時(shí)的岐伯、雷公，秦代的扁鵲，漢代的淳于意、張仲景，三國時(shí)的華佗，晉代的王叔和、皇甫謐、葛洪，唐代的李景和。東配殿供馬王爺和龍王爺，傳說馬王爺主管天下飛禽走獸，龍王爺管風(fēng)調(diào)雨順。西配殿供月下老人。第二層正殿和配殿與第一層的建筑形式、規(guī)模相同。正殿為玉皇殿，供奉玉皇大帝，東立四大天王，西列兵器。東配殿供斗母娘娘，西配殿供奉九位圣母：王母娘娘、子孫娘娘、收生奶奶、眼光奶奶等。第三層大殿是三清殿，面闊五間，正中供奉玉清元始天尊、上清靈寶天尊、太清太上老君。兩側(cè)分別供著道教所信奉的其他十幾位天神。三清殿兩側(cè)設(shè)有配殿，院內(nèi)東、西兩邊立著三十余座石碑，碑文分別為修建各大殿時(shí)知名人士的題詞和題記，今均已無存。在三清殿正西，立有一座二層小樓，樓下是關(guān)公殿，樓上為唐明皇殿。東部的建筑貫穿在南北軸線上。與山門并列平行的有一排臨街罩房。面對罩房第一層殿是呂祖殿，供奉八仙之中的呂洞賓，其后有文昌殿、真武殿。真武殿后建有一座戲樓。戲樓北是藥王寢宮，宮內(nèi)供奉著藥王爺和十大名醫(yī)。在其西邊有一小配殿，供財(cái)神爺趙公明。
南藥王廟自始建之日起，每逢初一、十五兩日有廟會。相傳每年農(nóng)歷四月廿八日為藥王誕辰，從四月中旬開始，在廟外神路街設(shè)香池?cái)?shù)處，供焚香拜祀。1949年后，在藥王廟舊址上改建了中學(xué)，東部廟房多已拆除，西部除山門以外，主要三層大殿及配殿至今尚保存完整。