孫中山出任大元帥之后，著手各項(xiàng)政治、軍事、外交、財(cái)政的部署，首先是指定在粵各軍的駐防地，其中粵軍梁鴻楷部駐江門、四邑，滇軍楊希閔部駐廣州及粵漢、廣三鐵路沿線，桂軍劉震寰部駐廣州及東莞、虎門等處，桂軍沈鴻英部駐肇慶至梧州西江沿岸，滇軍朱培德部駐廣州河南，拱衛(wèi)大元帥府(大元帥府設(shè)河南士敏土廠),東路討賊軍許崇智部自福建回粵后，4月下旬到汕頭。經(jīng)過(guò)如許安排，廣東軍事秩序初定，但是，孫中山面前更艱巨的任務(wù)，是如何應(yīng)對(duì)沈鴻英和陳炯明的軍事挑戰(zhàn)，統(tǒng)一廣東，作為革命再出發(fā)的根據(jù)地。
沈鴻英部在進(jìn)入廣州又退出廣州后，與孫中山的感情更惡，更有憑其武力取孫而代之心，而直系曹、吳亦以沈鴻英為棋子，挑動(dòng)沈挑戰(zhàn)孫的權(quán)威，意圖乘孫中山立足未穩(wěn)之際，以北軍為后盾，支持沈鴻英驅(qū)孫占粵，至少可以使廣東發(fā)生內(nèi)戰(zhàn)，形勢(shì)不穩(wěn)，削弱孫中山的地位和對(duì)外影響力。故此曹錕和吳佩孚堅(jiān)持要北京張紹曾內(nèi)閣發(fā)布沈鴻英督粵令，3月19日，吳佩孚致電張紹曾，直言不諱地說(shuō)：“中樞現(xiàn)在誠(chéng)意謀和之際，孫文忽又回粵，背道而馳，統(tǒng)一之局重行破壞，邇者孫更龐然自大，野心暴露。中山一日不去，則統(tǒng)一一日無(wú)望。迭請(qǐng)電發(fā)孫、沈兩令，實(shí)為大局起見。查沈鴻英在粵駐軍有年，情形熟悉，近更實(shí)力充足，內(nèi)則結(jié)聯(lián)陳炯明舊部，外則與林督俊廷共同聯(lián)防，如督理命令朝下，中山即夕必去粵?！?0日，張紹曾內(nèi)閣復(fù)職，作為其復(fù)職的條件，張閣特派沈鴻英督理廣東軍務(wù)善后事宜，楊希閔幫辦廣東軍務(wù)善后事宜，林虎為潮梅護(hù)軍使兼任粵軍總指揮，陳炯光為廣東陸軍第一師師長(zhǎng)，鐘景棠為第二師師長(zhǎng)，溫樹德為駐粵海軍艦隊(duì)司令，從而“可認(rèn)為實(shí)力派向?qū)O派宣戰(zhàn)之通告”^[1]。
沈鴻英出身綠林，辛亥革命后投陸榮廷，成為舊桂系成員，1921年又脫離陸榮廷，依附于直系，1923年借孫中山與陳炯明爭(zhēng)奪廣東之機(jī)入粵。孫中山回粵后，為穩(wěn)定廣東局勢(shì)，任沈?yàn)楣疖娍偹玖?，以示籠絡(luò)，同時(shí)令沈軍移出廣州，以為防范。北京政府對(duì)沈鴻英的督粵令發(fā)表后，沈觀察形勢(shì)，通電拒絕，而又陰與吳佩孚勾連，得其軍火財(cái)政支持?！叭轮醒?，吳氏由贛密輸步槍千桿，彈藥五十萬(wàn)”;“四月上旬，吳佩孚遣間至港，陰為慫恿，鴻英約晤于新街，間者促鴻英就職，鴻英從之，(四月十日)召沈榮光、李易標(biāo)、李根沄、古日光諸將秘密會(huì)議，適得岑春喧【煊】電及匯款，眾益為動(dòng)，欲決一戰(zhàn)”^[2]。除此之外，曹錕還令財(cái)政部撥給沈鴻英10萬(wàn)元。4月10日，沈鴻英召集部下秘密會(huì)議，部署作戰(zhàn)事宜。15日，沈鴻英在新街(今花都新華鎮(zhèn))就北京政府委任之廣東軍務(wù)督理，通電要求孫中山下野返滬，明示與孫決裂，并致電駐穗滇桂軍將領(lǐng)稱：“中山返粵，日言統(tǒng)一，而開府稱尊，日言和平，而擴(kuò)張軍備，群小構(gòu)釁，伐異黨同，中山今日，人心已去，大勢(shì)無(wú)可挽回，我滇桂軍處此漩渦，惟望同德同心，共維粵事，促進(jìn)統(tǒng)一，勿為一方所利用?！?sup>[3]
自4月16日起，沈鴻英部向廣州發(fā)起全面進(jìn)攻。擔(dān)任阻擊沈軍攻擊的主要是駐廣州的滇軍，駐廣州之外的粵軍和桂軍劉震寰部奉令向廣州馳援，參加戰(zhàn)斗。雙方動(dòng)員的兵力大體相當(dāng)，都不到2萬(wàn)人，但沈軍一線部隊(duì)的實(shí)力不甚強(qiáng)，經(jīng)過(guò)三天的戰(zhàn)斗，至19日沈軍的攻勢(shì)被遏制，沈軍被逐出廣州市區(qū)。因?yàn)榛?、桂間的舊有恩怨及沈鴻英的出爾反爾，此次對(duì)沈軍作戰(zhàn)，得到廣東各界的大力支持，沈軍被逐出廣州后，“原定于新街附近選擇陣地，構(gòu)成第二作戰(zhàn)線，以亂軍劫掠村市，商團(tuán)圍攻之，故新街遂亦不守”^[4]。廣東各界“念前敵將士之勞苦，協(xié)籌捐款，購(gòu)物犒師”^[5]。其后，廣東各軍繼續(xù)追擊沈軍，吳佩孚令江西直軍出兵援沈，并鼓動(dòng)陳炯明部在粵東再起，合力反對(duì)孫中山。5月9日，廣東各軍攻下韶關(guān)，聲勢(shì)大震，北江戰(zhàn)事暫告結(jié)束。援沈的直軍方本仁部曹鐵林團(tuán)，“未戰(zhàn)先潰，牽動(dòng)全線，倉(cāng)皇奔退，械彈盡棄”,被吳佩孚下令“嚴(yán)加懲處”,交沈鴻英“便宜行事”^[6]。18日，廣東各軍又克肇慶，西江戰(zhàn)事亦告段落。但是，沈鴻英不甘失敗，他致電曹錕、吳佩孚，聲稱“感蒙曹、吳兩帥知遇，付托之重，無(wú)論如何艱苦，此志始終不渝”。表示俟方本仁部再向粵贛邊行動(dòng)時(shí)，“即行反攻，務(wù)期積極進(jìn)攻，以報(bào)知遇”^[7]。6月初，沈軍乘陳炯明在東江起事之機(jī)，在北江和西江重新開始攻勢(shì)，6月4日占韶關(guān)。廣東各軍對(duì)沈軍展開反攻，7月3日收復(fù)韶關(guān)。18日，李濟(jì)深率粵軍第一師等部，在桂軍黃紹竑部配合下，趕走沈軍，占領(lǐng)廣西西江重鎮(zhèn)梧州。隨后孫中山任命李濟(jì)深兼任西江善后督辦，黃紹竑為中央直轄西路討賊軍第五師師長(zhǎng)，所部歸李濟(jì)深節(jié)制調(diào)遣。至此，討沈戰(zhàn)事以勝利而告終，廣東北路和西路的形勢(shì)基本安定，不僅有利于廣州局勢(shì)的穩(wěn)定，也有利于孫中山集中兵力，與東路的陳炯明部繼續(xù)較量。
孫中山在軍事上面臨更嚴(yán)峻的挑戰(zhàn)來(lái)自陳炯明。1923年初陳炯明下野后，他與孫中山的矛盾并未解決，其部數(shù)萬(wàn)人也未受到嚴(yán)重的打擊，而是以退為進(jìn)，以惠州為基地，集結(jié)在粵東，對(duì)廣州的安危和孫中山的地位都構(gòu)成很大的威脅。而且陳炯明出身廣東又長(zhǎng)期在廣東活動(dòng)，在廣東軍政界有一定基礎(chǔ)，如何從根本上壓縮陳炯明的活動(dòng)空間，對(duì)孫中山而言并非易事。
陳炯明和孫中山之間的軍事攻守行動(dòng)集中在惠州及東江流域。陳炯明部編有七個(gè)軍，其中林虎任第一軍軍長(zhǎng)，指揮所部及劉志陸的第四軍和李易標(biāo)的第七軍(李原為桂軍，沈鴻英敗后投陳炯明),分駐興寧、五華、龍川；葉舉任總指揮，指揮熊略的第五軍和楊坤如的第六軍，分駐平山(今惠東)、河源、惠州；洪兆麟任第二軍軍長(zhǎng)，指揮所部及尹驥的第三軍，分駐汕頭、潮安。1923年4月底，陳炯明部將楊坤如將孫中山派往惠州收編陳舊部的招撫使姚雨平迫走。前東路討賊軍第一軍軍長(zhǎng)黃大偉，“受北廷嗾使，挾陳逆重金，潛伏香港，遣黨羽散布謠言，運(yùn)動(dòng)軍隊(duì)，希圖擾亂治安，破壞大局”。陳炯明、葉舉、洪兆麟、黃大偉等在香港幾度會(huì)議，認(rèn)為出動(dòng)之機(jī)已至。5月11日，楊坤如在惠州“擅自稱兵，進(jìn)窺石龍”^[8]。15日，陳軍林虎部占梅縣，洪兆麟等部攻潮汕，孫軍許崇智部向揭陽(yáng)退卻。陳軍由此開始了與廣州大元帥府軍隊(duì)的反復(fù)拉鋸戰(zhàn)。
為了應(yīng)對(duì)陳炯明舊部可能的進(jìn)攻，孫中山著手加強(qiáng)東江前線的兵力。5月11日，他致電在汕頭的許崇智，告其“葉舉、洪湘臣(洪兆麟)等逆已于十日到惠州， 成立粵軍總指揮部， 現(xiàn)已大舉來(lái)犯石龍、增城， 望為注意”^[9]。16日，孫中山親赴東江巡視，并調(diào)西江和北江的軍隊(duì)前往東江增援，任程潛為東江討賊軍總指揮。5月下旬，孫軍范石生部滇軍、劉震寰部桂軍、李福林部粵軍分三路向惠州發(fā)起反攻，與陳軍在惠州周邊各處激戰(zhàn)。5月30日， 孫中山親赴石龍督戰(zhàn)。6月4日，孫軍克博羅，其后許崇智率部亦到博羅，“所部先后開到者亦數(shù)千”^[10]。
6月上旬，孫軍發(fā)動(dòng)對(duì)惠州的攻擊?；葜菔菑V州之東百余公里處的要點(diǎn)，位于東江中下游，雖地處平原，但四面為水網(wǎng)地帶，易守難攻。陳軍據(jù)惠州可以窺廣州，孫軍據(jù)惠州可以進(jìn)潮汕，故為雙方必爭(zhēng)之地。守惠州的楊坤如是惠州近鄰博羅人，出身土匪，后被陳炯明收編，其部編為四個(gè)旅共約五千余人，利用惠州的水網(wǎng)地理環(huán)境，筑壘固守，給進(jìn)攻的孫軍造成很大傷亡，就連桂軍總司令劉震寰也在進(jìn)攻中受傷，攻勢(shì)受挫。此時(shí)，因沈鴻英在西江和北江的攻勢(shì)，部分在惠州的孫軍被調(diào)離，雙方形成僵持。
7月間，孫軍與陳軍在東江的戰(zhàn)事又起。孫軍集中萬(wàn)余人，猛攻惠州，但陳軍堅(jiān)守不退，雙方均死傷慘重。19日，孫中山再赴惠州督戰(zhàn)，在組織圍攻惠州之外，還調(diào)動(dòng)部隊(duì)進(jìn)攻潮汕、興寧、梅縣，以收配合之效。但時(shí)值雨季，不利作戰(zhàn)，孫軍再次無(wú)功而返。8月下旬，陳軍集中兵力，發(fā)動(dòng)反攻，孫中山自23日起在石龍?jiān)O(shè)大本營(yíng)，督師作戰(zhàn)，為期八十天，是他一生中在前線指揮作戰(zhàn)經(jīng)歷最長(zhǎng)的一次^[11]。孫軍先是成功地守住博羅，其后在10月3日攻占河源，而在惠州方面，孫中山組織魚雷局長(zhǎng)謝鐵良、航空局長(zhǎng)楊仙逸等，“特制多量炸彈及魚雷，運(yùn)赴前地助攻惠城”。9月20日，孫中山“親赴飛鵝嶺，籌策攻惠城。午十一時(shí)到，著桂軍各師來(lái)迓。至炮兵陣地，為惠城之?dāng)掣Q見。未幾敵炮繼續(xù)向帥座射擊，有距不尋丈者，從者多為帥座危，諭曰：但毋恐。蓋敵炮表尺已用盡，縱密發(fā)，不相及，其后敵彈密發(fā)，果于我無(wú)絲毫損也”。但孫中山舟次梅湖時(shí)，“楊仙逸、謝鐵良取炸彈一枚，詳為檢視，示吳蘇諸人以制造法，偶不慎彈隳及艙，聲轟然如奔雷，楊謝諸將隨行員兵均被難，電輪民船碎如齏粉”^[12]。孫軍攻城計(jì)劃受挫，惠州仍是久攻不下。
孫軍對(duì)惠州的攻擊屢屢受挫，難免影響士氣；陳軍又得直系器械資財(cái)?shù)闹С?，信心膨脹?0月間，陳軍分路反攻，“敵我兵力遂達(dá)六萬(wàn)人以上”。因?yàn)榈彳娂o(jì)律欠佳，得不到民眾的支持，“敵蹤潛近，反攻前之夕猶未知”^[13],陳軍于23日占平山、河源，28日占平湖，進(jìn)迫大本營(yíng)所在地石龍?；葜蓐愜姉罾と绮恳喑龀欠垂?，圍城孫軍紛紛后撤。11月8日，陳軍占博羅，12日占石龍，孫軍全線后退，孫中山及大本營(yíng)亦被迫撤回廣州，孫軍遭受重大挫折，惟滇軍范石生部“率隊(duì)來(lái)赴，卒破洪逆于石龍，幾溺斃之，使敵挫折，不能窮迫我軍”^[14]。
孫中山退回廣州后，收容潰軍，整頓軍紀(jì)，穩(wěn)定戰(zhàn)線。11月14日，孫中山任命楊希閔為滇粵桂聯(lián)軍前敵總指揮，統(tǒng)一指揮廣州保衛(wèi)戰(zhàn)，并急調(diào)譚延闿部湘軍、樊鐘秀部豫軍自粵北韶關(guān)增援廣州。陳軍則由林虎、洪兆麟指揮，調(diào)動(dòng)各部共約2萬(wàn)人，大舉進(jìn)攻廣州。18日，陳軍進(jìn)至廣州東郊石牌炮臺(tái)附近，市區(qū)已聞槍炮聲，幸得樊鐘秀部豫軍趕到參戰(zhàn)，激戰(zhàn)至晚，陳軍未能突破廣州市區(qū)防線。19日，雙方仍在激戰(zhàn)，孫軍各部奮力抗擊，漸漸奪回主動(dòng)，加以譚延闿部湘軍趕到參戰(zhàn)，終迫陳軍后退，廣州轉(zhuǎn)危為安。其后孫軍繼續(xù)追擊，26日收復(fù)石龍，陳軍再次退守惠州。就在廣州激戰(zhàn)之時(shí)，曹錕要求吳佩孚“轉(zhuǎn)飭沈(鴻英)、方(本仁)各部火速前進(jìn)，以赴戎機(jī)，而奠粵局”。同時(shí)，直系還派人拉攏滇軍金漢鼎、楊池生部^[15],只是由于陳軍在廣州的敗退，直系的計(jì)劃未能實(shí)現(xiàn)。
孫中山督率所部與陳炯明部的戰(zhàn)爭(zhēng)進(jìn)行了半年，其間有進(jìn)有退，不斷反復(fù)，終未能實(shí)現(xiàn)擊敗陳軍、統(tǒng)一廣東的愿望，于此亦暴露出孫軍的重大不足與缺失。在討陳戰(zhàn)爭(zhēng)中，孫軍缺乏統(tǒng)一指揮，各軍各有自己的系統(tǒng)，經(jīng)常是各自為戰(zhàn)，不能形成有威懾性的合力，與聯(lián)合一體的陳軍恰成鮮明對(duì)照。雖然孫中山多次親往前線督導(dǎo)指揮作戰(zhàn)，但孫中山是卓越的政治家，畢竟不是卓越的軍事家，他缺乏現(xiàn)代軍事指揮的戰(zhàn)略戰(zhàn)術(shù)實(shí)踐，他在前線的作用更多在于鼓舞士氣，而非實(shí)際指揮。更重要的是，因?yàn)閷O中山?jīng)]有自己可以直接統(tǒng)領(lǐng)與信賴的基干部隊(duì)，也沒有自己可以依靠的大批量的軍事干部，其對(duì)外作戰(zhàn)總是依靠其他派系的部隊(duì)，依靠這些部隊(duì)的領(lǐng)導(dǎo)者與軍事干部，而這些領(lǐng)導(dǎo)者與軍事干部又不似孫中山那樣有長(zhǎng)期的革命歷史和堅(jiān)定的政治信念與理想，他們與他們的對(duì)手北洋軍閥和地方軍閥實(shí)無(wú)本質(zhì)區(qū)別，他們統(tǒng)領(lǐng)的部隊(duì)士兵也多是當(dāng)兵為了吃糧，不知為何打仗。以這樣的部隊(duì)，這樣的干部，孫中山實(shí)在是難以依靠為他開創(chuàng)新篇的基本力量。因此，孫中山的軍事實(shí)踐，更使他痛感需要建立一支從屬于理想和信念、能夠真正聽其命為其用的軍隊(duì)，并且為這支軍隊(duì)培養(yǎng)大批的干部，這也是隨后孫中山開辦黃埔軍校、力求建立黨軍的直接動(dòng)因。