元朝中央政府統(tǒng)治機(jī)構(gòu)主要由中書省、樞密院和御史臺(tái)組成。中書省領(lǐng)六部，掌管全國政務(wù)，樞密院職掌兵，御史臺(tái)掌督察。此外，忽必烈曾于至元三年(1266)設(shè)制國用使司，總理全國財(cái)政，以后一度成為與省、臺(tái)、院并立的最重要的國務(wù)機(jī)構(gòu)之一。七年，罷制國用使司，立尚書省，統(tǒng)管六部，并改天下行中書省為行尚書省。中書省建置雖仍保留，但實(shí)際上已改由尚書省總領(lǐng)國政。九年，罷尚書省，以其職權(quán)歸并中書省。至元后期和武宗至大年間，元廷又兩次立尚書省，分別歷時(shí)五年、三年，以理財(cái)為施政中心。主持全國釋放及吐蕃地區(qū)軍民之政的宣政院，由于職掌特殊，自成系統(tǒng)。蒙古國初期，即置札魯忽赤治天下刑政。隨著元朝國家機(jī)器的完備，設(shè)大宗正府為札魯忽赤官署，主要治理諸王、駙馬、投下蒙古、色目人的刑名等公事，時(shí)而兼管漢人刑獄。在宗教、文化方面，元代比較獨(dú)特的中央機(jī)構(gòu)還有管理也里可溫的崇福司、掌回回歷法的回回司天監(jiān)、蒙古斡林院及其所屬蒙古國子監(jiān)等。地方最高行政機(jī)構(gòu)，在忽必烈即位之初，為十路宣撫司；同時(shí)，他又委派重臣以都省官“行某處省事”系銜，到各地署事，行使中書省職權(quán)，簡(jiǎn)稱行省。至元后期，行省逐漸由臨時(shí)性的中央派出機(jī)構(gòu)定型為常設(shè)的地方最高行政機(jī)構(gòu)。除“腹里”(河北、山東、山西)直隸于中書省，吐蕃由宣政院轄理外，所置有嶺北、遼陽、河南、陜西等行省。在距離省治較偏遠(yuǎn)地區(qū)，分道設(shè)宣慰司，處理該地軍民事務(wù)。御史臺(tái)在地方也設(shè)有分設(shè)機(jī)構(gòu)，即江南諸道行御史臺(tái)(簡(jiǎn)稱南臺(tái))和陜西諸道行御史臺(tái)(簡(jiǎn)稱西臺(tái))。中臺(tái)和行臺(tái)下各設(shè)若干道肅政廉訪司，定期檢查各種案卷帳目，監(jiān)督糾劾各級(jí)官吏。為征伐或鎮(zhèn)撫的需要，樞密院有時(shí)也在有關(guān)地區(qū)設(shè)置行樞密院。行省以下的行政機(jī)構(gòu)，分別為路、府、州、縣。路治所在城鎮(zhèn)，并設(shè)有一個(gè)或幾個(gè)錄事司，管理城區(qū)居民。元政府在許多中央機(jī)構(gòu)、行省以下的大部分地方行政機(jī)構(gòu)和許多管軍機(jī)構(gòu)中都設(shè)立達(dá)魯花赤一職，由蒙古人或色目人擔(dān)任，以此保障蒙古貴族對(duì)全國行政、軍事系統(tǒng)實(shí)施嚴(yán)密監(jiān)控和最后裁決的權(quán)力。路、府、州除蒙古人任此職外，又以漢人為總管、知府、知州，以色目人為同知，使其互相牽制，以利于民族防范和階級(jí)統(tǒng)治。