南京政府在建立國營經濟的同時，也從清理整頓與獎勵兩方面扶持民營企業(yè)。
(一)清理整頓原有工礦
1930年3月，國民黨三屆三中全會通過《關于經濟建設之方針案》規(guī)定：“中國之普通工業(yè)，在政府之提倡農業(yè)增加原料減輕原料之價格及政府施行保護稅則之范圍內，準其自由發(fā)展。”^[1]南京政府依據三中全會決議，對普通民營工業(yè)給予切實保障，而對于混亂狀態(tài)的鎢銻業(yè)、采金業(yè)，鐵砂貿易，以及有逆股的企業(yè)，進行清理整頓。先后對中興煤礦、益華鐵礦、烈山煤礦等進行清理；同時對外國人經營的中福、開灤、魯大等煤礦也進行整理。通過清理，一部分產權被認為有“逆股”而作公產處理。如山東嶧縣棗莊中興煤礦公司，北洋軍閥所占逆股頗多。自國民黨軍克復棗莊后，戰(zhàn)地政委會即委俞飛鵬為整理該礦委員會主任，著手進行整理。嗣經委員會與該公司雙方議定，由公司資助軍餉百萬，逆股充公，商股照舊維持，已由委員會呈報總司令部及戰(zhàn)地政委會核準。但該公司初則以國民黨軍北伐未成，意存觀望，繼則以戰(zhàn)地政委會行將取消，冀該會同時裁撤，雖現(xiàn)款已籌足，復提出種種要求，不肯將款繳案，經俞飛鵬迭次交涉卒歸無效。該會遂據情電呈蔣介石請示，奉電嚴限該公司30日以前付清。后逾期仍不遵繳，蔣以該公司竟敢背約要挾，顯系軍閥奸商朋比為奸，希圖阻撓軍餉，大為震怒，遂于1928年7月5日正式公布，將該礦所有財產，一律充公，并責成俞飛鵬負責接收，一面嚴令該公司遵照移交，如敢違抗，定予嚴辦；一面將處置經過情形，函請農礦部查照備案^[2]。同時對一些由外國人經營，中國政府一向難以控制的廠礦，加強了控制。如中福公司合資經營煤礦須經南京政府批準，而合資期限只定為十年，到期后得依法呈請展限，等等^[3]。
(二)頒行獎勵扶持民營企業(yè)的政策
南京政府于1929年7月及1930年2月公布《特種工業(yè)獎勵法》及《獎勵特種工業(yè)審查標準》,以鼓勵人民投資創(chuàng)辦新興工業(yè)。1934年4月20日又將它修改為《工業(yè)獎勵法》,并擴大獎勵范圍。其獎勵對象為：應用機器或改良手工制造的制品，在國內外市場能大宗推銷的工業(yè)；采用外國最新方法首先在本國一定區(qū)域內制造的工業(yè)；應用在本國享有專利權之發(fā)明在國內制造的工業(yè)^[4]。這三種獎勵對象的目的在于促進：1.基本工業(yè)，期能帶動其他工業(yè)；2.外銷工業(yè)，以增加外匯收入；3.新工業(yè)，以鼓勵技術進步；4.進口代替工業(yè)，以縮減國際收支逆差。獎勵方法：減低或免除出口稅；減低或免除原料稅；減低國營交通事業(yè)之運輸費；給予獎勵金；準在一定區(qū)域內享有五年以下之專制權。至1936年底，經審查核準予專制權的有緯成股份有限公司、中業(yè)化工股份有限公司、福建造紙股份有限公司等十三件；減免稅款的有商務印書館股份有限公司、漢藜公司、天原電化股份有限公司等四十一件；減低國營交通事業(yè)運輸費的有江南制紙股份有限公司、章華毛絨紡織股份有限公司、裕慶德毛織工廠等二十七件，共計八十一件^[5]。
對于小工業(yè)及手工業(yè)，實業(yè)部又于1931年5月15日頒布《小工業(yè)及手工業(yè)獎勵規(guī)則》,獎勵對象為：“對于各種制造品有特別改良者”;“應用外國成法制造物品確屬精巧者”;“擅長特別技能制品優(yōu)良者”。獎勵方法：獎金、獎章、褒狀、匾額^[6]。自“規(guī)則”頒布后至1932年底的一年半時間內，各省市依照該規(guī)則呈請獎勵者甚多，經核準發(fā)給褒章、褒狀、匾額等獎勵者，計有哈爾濱華北油漆廠、上海聯(lián)華影片公司、天津隆記工廠、山西樊字華銅工廠、山東瑞興和工廠、湖北葉正興蚊香廠、汕頭曹裕興愛國紙傘廠等三十余家^[7]。同時，對小工業(yè)及手工業(yè)中擅長特別技能或應用外國成法能制為世人稱道的精良物品，除援照前農商部機制洋貨稅辦理外，對于仿制機則給予減免稅捐的優(yōu)惠。1933年一年內，有一百一十多家工廠對外銷免稅，內銷只抽正附稅^[8]。
南京政府于1931年12月26日頒布《實業(yè)部中央工業(yè)試驗所組織條例》,成立中央工業(yè)試驗所。該所努力引進國外先進技術，研究工業(yè)制造技術，并進行推廣。1932年，南京政府還選聘九十余名專家組成工業(yè)標準委員會，制定工業(yè)技術標準，實行商品檢驗等。在此之前，南京政府還于1929年6月28日公布《技師登記法》,進行技術人才登記，以發(fā)揮工程技術人員的作用，至1937年，登記技師或技副的有1367人^[9]。
南京政府為調查了解全國工礦企業(yè)情況，1931年12月18日實業(yè)部公布《工廠登記規(guī)則》。規(guī)則規(guī)定：“凡中華民國境內之工廠平時雇用三十名以上之工人或用機械動力制造出品者，均依本規(guī)則呈請登記?！?sup>[10]至1937年，全國核準登記的工廠共3849家^[11]。
南京政府于1929年2月還頒布《華僑回國興辦實業(yè)獎勵辦法》,獎勵華僑回國興辦實業(yè)。為扶助紡織業(yè)的發(fā)展，借撥英國退還庚款余額屬水利工程項下的購料款，由政府擔保，商民向英國分批訂購紗錠60萬枚，布機5000臺。對于私營企業(yè)的資金確有困難者，進行貸款等方式給予補助。1931年為解決絲業(yè)危機，發(fā)行絲業(yè)公債800萬元等。政府還提倡舉辦國貨展覽會，參加國外的博覽會，以擴大中國民族工業(yè)產品的影響和銷路。
南京政府對民營企業(yè)的獎勵和扶持，對工業(yè)生產起到了一定的推動作用，使工業(yè)生產在艱難曲折的道路上得到一定程度的發(fā)展，工業(yè)生產的平均增長率由1921年—1928年的7.3%,到1928年—1936年增長到8.3%。1936年全國工業(yè)產值122.74億元，比1927年的67億余元增長83.2%^[12]。