直皖戰(zhàn)爭是直皖兩系矛盾達于激化，從權(quán)力角逐轉(zhuǎn)而軍事較量的結(jié)果。
馮國璋死后，直系失去首領(lǐng)，段祺瑞圖謀統(tǒng)一北洋派。曹錕、吳佩孚為重振直系，轉(zhuǎn)而將與西南的同盟關(guān)系發(fā)展為軍事攻守同盟。1919年11月，吳佩孚與西南軍閥唐繼堯、陸榮廷達成“救國同盟條約”,相約平息內(nèi)爭，力謀統(tǒng)一，合力對外。此后，吳與南軍劃界分防，不再用兵。同時雙方還在衡州開會，相約聯(lián)電主和，吳率部從湖南撤防。西南方面則為擴充自己的勢力，也決定采用聯(lián)直制皖的策略。
段祺瑞策劃的豫省易督與安福系掀起的倒閣風潮，進一步激化了直皖矛盾。1920年2月，段祺瑞提出撤換豫督趙倜，以其妻弟吳光新督豫。河南扼南北要沖，是皖直兩方面必爭的焦點。皖系的要求遭到趙倜的堅決抵制，他聯(lián)絡(luò)直系，取得吳佩孚的支持，吳還介紹他加入救國同盟，與西南連為一氣。徐世昌、張作霖也反對易督。直系在河南的勝利，反段力量進一步聚集。4月8日，曹錕在保定開陣亡將士追悼會，各省均派代表參加。9日，八省同盟開會，決定辦法三條：擁護靳內(nèi)閣，但不反對段祺瑞；各省防線之軍隊，一律撤回原防地，但須保證南軍之不進攻；宣布安福系罪狀，通電政府，請求解散安福部。
段棋瑞為分化離間八省同盟，曾派出部下攜大量現(xiàn)金赴各省游說，但多垂頭喪氣而歸。
安福系策劃倒靳霎鵬內(nèi)閣，也使其成為眾矢之的。靳霎鵬雖與徐樹錚同為段的門生，但兩人因爭寵而結(jié)成對頭。靳霎鵬組閣后，想擺脫段棋瑞的控制，在安排閣員時采取了曹錕、張作霖等的意見。安福系在靳內(nèi)閣中沒有安插到自己的人馬，便以段出面，壓制靳霎鵬以李思浩為財政總長。之后，靳霎鵬在撤換豫督、中日山東問題直接交涉等方面，反對安福系的做法。故安福系數(shù)度發(fā)動倒閣風潮。其中，安福系閣員李思浩、曾毓雋、朱深提出辭職，后又處處刁難靳霎鵬。斗爭達到激烈的地步。
吳佩孚自湖南撤防北歸是戰(zhàn)爭的導火線。對南軍作戰(zhàn)中，吳佩孚出力最大， 自以為湘督一職是囊中之物。但段棋瑞卻任命了并無戰(zhàn)功的皖系張敬堯任湘督。張就任后，橫征暴斂，民怨沸騰，且與駐湘直軍時起摩擦。在湖南人民掀起驅(qū)張運動時，直軍將領(lǐng)也名列其中。吳佩孚因同南方有秘密協(xié)定，南方還撥給吳佩孚六十萬元作為撤防費用，吳便屢屢要求撤防。他多次指出，既經(jīng)罷戰(zhàn)議和，南北同屬一家，并非外患仇讎，何須重兵防守。20日吳佩孚再電北京政府，說明撤防本意是一為安兵心以保健國軍，二為班師后整頓補充。22日吳率部分水陸兩路從衡陽開拔撤防。吳佩孚撤出湖南，南方軍隊乘機北攻，29日，湘軍占領(lǐng)衡陽，6月12日占領(lǐng)長沙，湖南遂落入南方手中。
吳佩孚于5月31日抵達武漢，即稱撤防湘南、集中武漢旨在“清除奸慝，促進和平，力爭外交，以維國體”,并表示一旦軍隊運輸完畢，即揮戈北指。6月7日抵達鄭州。將軍隊布置在京漢鐵路沿線待命。13日，吳佩孚發(fā)表通電，斥安福系“毒癰四海，腥聞于天”,“惟有出于召集國民大會，以真正民意公決，庶可無偏無黨，永決后患?！雹俳ㄗh召開國民大會解決國是。吳的通電，挑開了直皖矛盾。
15日吳北上保定，與曹錕等會商。段的干將徐樹錚也自庫倫回到北京，共謀對付直系。內(nèi)閣總理靳雲(yún)鵬夾在直皖之間，實在難以做下去， 自5月初至6月中旬，一連上了四道辭呈。
徐世昌為調(diào)停時局，于6月7日、14日、18日，連發(fā)三電召曹錕、張作霖、李純進京面商。曹錕稱慰撫歸軍，李純稱病，只張作霖于19日入京。張此行，各方猜測不一。有稱張已答應段祺瑞不會為難皖系，有稱張欲居第三者地位，取最后之勝利；有稱張入京時，率衛(wèi)隊兩營、機關(guān)槍一連，實為有力之武裝調(diào)停等等。第二天見徐世昌時，張?zhí)岢鲎约旱囊庖?，認為首要問題是維持靳內(nèi)閣，并赴靳雲(yún)鵬的家勸其銷假。無奈靳雲(yún)鵬仍沒有答應。又往赴段祺瑞處，婉勸他不要包庇徐樹錚等人。
22日張從北京到保定會晤曹、吳，對方提出六條件，一、撤換安福系三總長，靳雲(yún)鵬復職；二、撤換王揖唐議和總代表名義；三、湘事由和會解決；四、凡和會不能解決之問題，由國民大會解決之；五、邊防、西北軍、南軍與各省軍隊同樣裁減；六、開復張勛原官。23日晚，張回京，并于次日向徐世昌轉(zhuǎn)達了直系的要求。徐表示可酌量辦理，但需稍安勿躁。25日，張赴團河見段祺瑞，提出免徐樹錚職務問題，段祺瑞含糊其詞。徐世昌又將段、張邀入總統(tǒng)府共商，徐、張?zhí)岢霭哺Ｏ等傞L退出內(nèi)閣、徐樹錚免除西北籌邊使兼西北邊防軍總司令，所部改歸陸軍部管轄的折衷方案，段當時未明確表態(tài)。這期間，直系一連從保定致電徐世昌、張作霖，要求盡快解決時局以安軍心。28日，張作霖、段祺瑞、徐世昌達成妥協(xié)方案：解散靳內(nèi)閣，由周樹模組織新閣，安福系財政、交通、司法三總長下野，邊防軍、西北軍轉(zhuǎn)歸段祺瑞直轄。而直系方面則堅持解散安福系，解除徐樹錚的兵權(quán)。并稱：“民國六年，段合肥聯(lián)合各軍，向黎黃陂兵諫，今日各軍向合肥兵諫，均是為國，毫無私意?！睍r局至此， 已無調(diào)停余地。
7月1日，曹錕等發(fā)布《直軍致邊防軍西北軍書》:“此次直軍撤防，原為掃除殃民禍國之安福系及倡亂賣國之徐樹錚，對于先進泰斗，同氣友軍，毫無挾帶惡感及并峙對敵行為?！薄叭珖緦僖患?，焉有南北之界？北洋原系一體，何有皖直之分？”同時，安福系也開會商討對策，議定由段棋瑞出面組閣，并懲辦吳佩孚，如這兩條辦到，徐可解職，安福系可解散，三總長可辭職。
7月2日，徐世昌正式批準靳霎鵬辭職，并將由周樹模組閣的咨文送至眾議院。對于這樣的方案，皖系、直系均不滿意。
7月3日，曹錕、張作霖、李純通電聲討徐樹錚，宣布其禍國殃民、賣國媚外、把持政柄、破壞統(tǒng)一、以下殺上、以奴欺主等六大罪狀，聲言要為國除奸，清除君側(cè)⑧。4日，徐世昌下令免除徐樹錚西北籌邊使兼西北邊防軍總司令職務，并將西北邊防總司令一職裁撤，所屬軍隊由陸軍部接收，僅特任徐為遠威將軍。職務被免，徐樹錚即去段棋瑞處痛訴，稱免職是為了排皖去段，“樹錚一身不足惜，其如督辦一身之威名掃地何？”并痛哭不止。羽翼被翦除，段棋瑞惱羞成怒，5日以邊防督辦的名義發(fā)布邊防軍緊急動員命令，6日，駐北京的西北邊防軍改稱定國軍，以段芝貴為總司令，南下保定，準備開戰(zhàn)。張作霖受徐世昌之托，赴團河訪段棋瑞，居中調(diào)停。但段仍堅持要罷免曹、吳，并拒絕張的調(diào)停。張于次日離京，宣布局外中立。
8日，段棋瑞從團河到北京，召集近畿各軍重要長官、國務員、參謀總長、衛(wèi)戍司令、步兵統(tǒng)領(lǐng)、警察總監(jiān)等百余人開軍事會議，呈請罷斥曹錕、吳佩孚、曹鍈：“上請大總統(tǒng)迅發(fā)明令，褫奪曹錕、吳佩孚、曹锳等三人官職，交祺瑞拿辦，余眾概不株連?！?br>呈文送總統(tǒng)府蓋印時，徐世昌頗為為難，惟恐此令一下，激起曹吳興兵抗命。徐樹錚派軍警包圍總統(tǒng)府，強迫徐世昌依允。邊防軍還傳言說如當晚不下免曹吳令，第二天在琉璃河即開戰(zhàn)火。徐不得已下令：“吳佩孚統(tǒng)轄軍隊，具有責成，開去第三師師長署職，并褫奪陸軍中將原官，暨所得勛位勛章，交陸軍部依法懲辦。……曹錕督率無方，應褫職留任，以觀后效。”③
7月9日，曹錕在天津舉行誓師大會，以吳佩孚為直軍總司令，在天津設(shè)大本營，在高碑店設(shè)司令部。兵分三路，吳佩孚、曹锳、王承斌分別為西路、東路、后路總指揮。7月10日，段祺瑞在團河開會，決定自任定國軍總司令，徐樹錚為參謀長，段芝貴為前敵總指揮，討伐曹、吳。
10日，曹餛函致各國公使，抗議意大利接濟皖軍軍火，邊防軍中有日本教官、日本商人出借款項，及傳聞日本駐津司令官將在皖系失敗后以護僑為名人京為安福系后盾等，“錕深望友邦公使，如遇本國人民有上項不端舉動時，早為禁絕，否則恐因吾國內(nèi)爭，引起國際糾紛，致生全國人民永久之惡感，殊于國際交誼有礙矣?！雹茉诟鞣阶⒛恐拢?日本不得不撤出邊防軍中的日本教官。
張作霖離京后，在天津附近的軍糧城下車。7月8日，張召開了一個緊急會議，討論對皖作戰(zhàn)。吳佩孚態(tài)度堅決，分析雙方力量對比，打消各人尚存的疑慮，決定了直系對皖作戰(zhàn)的方針?；氐椒钐旌?，張即從其二十七師、二十八師中各抽出一旅，出兵人關(guān)。
12日，曹錕、張作霖、李純、王占元等聯(lián)名通電討伐段徐，稱徐樹錚恣意專橫，主持安福部把持國會，實為禍國之媒、輿論之敵，段祺瑞為徐樹錚及安福部竟興兵言戰(zhàn)，故直系“惟有秣馬厲兵，共申義憤，紓元首之坐困，拯大局于瀕危。掃彼妖氛，以靖國難”⑤。同日，吳佩孚也率部發(fā)出通電聲討段徐，“為擁護元首計，為俯順輿情計，為保存國民人格計，為培養(yǎng)國家精神計，不得不整飭戎行，訴諸武力，殲厥渠魁，取彼兇殘，攘除奸兇，以紓國難。”⑥13日，吳佩孚又直斥段祺瑞為“漢奸”:“段祺瑞再秉國政，認仇作父。始則盜賣國權(quán)，大借日款，以殘同胞。繼則假托參戰(zhàn)，廣練日軍，以資敵國。終則導異國之人，用異國之錢，運異國之械，膏吾民之血，絕神黃之裔，實敵國之忠臣，民國之漢奸也。……賊生則我死，我生則賊死。寧飲彈而瞑目，不為外奴以后亡……”⑦
同日，張作霖通電全國稱：“作霖為戴我元首，衛(wèi)我商民，保我路線，援救我軍旅，實逼處此，坐視不能，義憤填膺，忍無可忍。用是派兵入關(guān)，扶危定亂。其于我一致者，甚愿引為同袍，其敢于抗我者，即當視為公敵?！雹嗯煞钴娙腙P(guān)。
段祺瑞也于13日發(fā)表討伐曹、吳的通電，稱：“曹錕、吳佩孚、曹锳等目無政府，兵脅元首，圍困京畿，別有陰謀?！旧蠈④娛l(fā)從戎，與國同其休戚，為國家統(tǒng)兵大員，義難坐視。今經(jīng)呈明大總統(tǒng)，先盡京畿附近各師旅，編為定國軍，由祺瑞躬親統(tǒng)率，護衛(wèi)京師，分路進剿，以安政府而保邦交，鋤奸兇而定國是?！雹岵贿^，見張作霖支持直軍，皖軍有厭戰(zhàn)心理，他不得不請徐世昌頒布停戰(zhàn)命令，要求各路大軍“一律退駐原防，戮力同心，共維大局”⑩。但是，箭在弦上，不得不發(fā)了。
段祺瑞在京畿的兵力主要有五個師一個混成旅。邊防軍曲同豐所部第一師，陳文運所部第三師，陸軍魏宗瀚所部第九師，李進才所部第十三師，劉詢所部第十五師，另西北軍宋子揚所部第二混成旅。其中一些師所轄團、旅有其他駐防任務，并不足額。另有邊防軍訓練處學生隊約三千人。共計約有兵力五萬七千人。同樣，曹、吳在京津保一帶的兵力也約有五萬七千人。計有吳佩孚第三師，第二、第三混成旅，一個補充旅，直隸警備二十六營，曹锳第四混成旅，另有曹錕衛(wèi)隊三千人。在省外，分別屬于或支持皖系、直系的地方軍隊各有十七八萬。
正式拉開戰(zhàn)幕的前夕，即13日夜，吳佩孚曾計劃親率一旅直搗段祺瑞的老巢團河，擒拿段祺瑞。不料計劃被泄露，段祺瑞星夜調(diào)兵救援，逃往北京。
皖軍方面，戰(zhàn)斗尚未打響，已面臨軍心不穩(wěn)的窘境。因師出無名，皖軍多不愿出征，且學生軍居多，不肯以對外的邊防軍用以對內(nèi)。加上直軍的“電報戰(zhàn)”,以文字攻心，大大瓦解了皖軍的士氣。戰(zhàn)前，有的報紙已經(jīng)預言了段軍的“敗征”。
京漢鐵路京保段是西路主力戰(zhàn)場，雙方的兵力主要布置在此。西路皖軍由段芝貴任總指揮，包括邊防軍第一師，陸軍第十五師，邊防軍第三師第五混成旅，陸軍第九師兩個營，第十三師輜重營。皖軍駐扎在涿州、琉璃河、固安一帶。段芝貴自恃老將，將司令部設(shè)在火車上，設(shè)麻將桌，辦事人員達一百多人。西路直軍以吳佩孚為總指揮，包括第三師，第二、三混成旅，布于易縣、淶水、涿州、固安以南一線。
14日的北京，流傳著三道命令，即皖軍之攻擊令、徐世昌之息爭令、衛(wèi)戍司令部之戒嚴令。人們紛紛探聽前敵戰(zhàn)事消息，關(guān)注北京治安。人們擔心的是土匪的滋擾與潰兵入城。同日出現(xiàn)流氓騷擾市面情況，小錢鋪小米店小油鹽鋪常有衣冠不整之人喧擾，市民多早早緊閉門戶，以圖自保。
14日晚，直奉聯(lián)軍與皖軍大戰(zhàn)于京漢鐵路與津浦鐵路之間的涿州、高碑店、琉璃河一帶。直皖戰(zhàn)爭首先在西路打響了。皖軍在涿州、琉璃河一帶向直軍展開進攻，雙方展開了拉鋸戰(zhàn)。后各自退守防線。雙方傷亡各數(shù)十人，直軍獲槍百余枝，野戰(zhàn)炮一尊。
15日晨，皖軍向固安、宮村鎮(zhèn)附近的直軍發(fā)起進攻，皖軍曾破直軍外圍防線數(shù)處，欲再進攻，皆被直軍擊退。直系軍乘勢前進，皖軍回撤，也是相持不下。后皖軍占領(lǐng)涿州、松林店，而固安以吳佩孚的堅守，始終未曾攻下。同日皖軍向駐高碑店的直軍第三師發(fā)動進攻，占領(lǐng)該地。16日北京各報多刊載皖軍戰(zhàn)勝之消息。而“外交界對皖直戰(zhàn)爭，以西路釁自段開，與彼所宣言宗旨絕相徑庭，甚為不滿。并謂總統(tǒng)若下討伐令，應先討段，蓋彼為違背命令之第一人云”(11)。
16日，天降暴雨，戰(zhàn)斗在松林店、三家店一帶展開。直軍圍攻皖系第一師、第十五師。十五師原屬馮國璋部隊，士兵多為直隸籍，馮國璋去世后轉(zhuǎn)歸陸軍部節(jié)制。除師長劉詢外，絕大多數(shù)官兵傾向直系。河間民眾還公開致書劉詢，責其身為馮國璋之宿將，段在直境與直軍宣戰(zhàn)，不張討伐之旗，反附逆攻親，“閣下不為國家計，獨不為己身之利害計乎？不為桑梓計，獨不為祖宗之丘墓計乎？”勸其與直系軍同心戮力，共討大逆，“但愿閣下為民國千秋之義士，不愿為民國附逆之勇夫；但愿閣下為行義成仁之仁人，不愿為助虐逢惡之贅疣；尤愿閣下為漢室反正之朱虛侯，不愿為魏氏倡逆之華歆”(12)。第十五師軍心益發(fā)動搖。段芝貴布置作戰(zhàn)時，倉皇無措，第一師開炮襲擊直軍時，炮彈誤落十五師陣地，故官兵大憤，開炮還擊，還炮擊段芝貴的司令部泄憤。段芝貴急忙令火車開回北京，途中被數(shù)百士兵包圍，申訴第一師從后面炮擊互相殘殺之事，但段不問情由，只令開車，致軋死多人，更使軍心渙散，士兵們皆以槍斃段芝貴為誓。二十九旅旅長張國溶、三十旅旅長齊寶善乘機對士兵動之以鄉(xiāng)誼，率半數(shù)士兵投降直軍。張國溶、齊寶善還于18日發(fā)表罷戰(zhàn)通電，表示不受亂命。其余的官兵紛紛自行潰退。退至琉璃河時，恰逢河水暴漲，不少士兵淹斃。師長劉詢涉水過河時，幸得抓住船槳一副，方逃出生天。生還者奪取列車，逃回北京。直軍乘機收復涿州、松林店。這一天，“一日之間，營長、連長、排長逃走者達四五十人，即旅長、團長亦有逃走者?！?13)
17日，直軍與皖軍第一師發(fā)生戰(zhàn)斗。一師戰(zhàn)斗力被摧毀，師長曲同豐不得不樹白旗乞降。19日發(fā)表通電勸邊防軍一致起而討伐徐樹錚及安福部。18日奉直聯(lián)軍會攻涿縣，西路皖軍大敗。
東路戰(zhàn)場在京津附近的廊坊、楊村一帶，東路皖軍以徐樹錚為總指揮，下轄西北軍第二混成旅、邊防軍第三師兩團、第九師一部，布于落垡、廊坊一帶。東路直軍指揮為曹锳，率第四混成旅、第二補充旅及直隸守備隊二十營駐于楊村。東路直軍兵力較弱。15日夜，徐樹錚所部軍隊與直軍在楊村以北開戰(zhàn)。皖軍有炮隊配合，故直軍傷亡重于皖軍。當直軍欲設(shè)大炮時，,因地近日軍駐地， 日方軍官出面抗議，要求將大炮移走，并不準在鐵路附近兩英里內(nèi)作戰(zhàn)。直軍被迫撤離。這樣，直軍分防線開了一個大的口子，皖軍乘隙而入，占領(lǐng)楊村。直軍退至北倉。皖軍憚于租界條約，不敢入津。相持之間，奉軍二十七師、二十八師兩旅加入直軍作戰(zhàn)，于17日奪回楊村，反攻落垡、廊坊，皖軍傷亡慘重，潰不成軍。徐樹錚指揮東路作戰(zhàn)，調(diào)兵混亂，籌劃無方。15日至17日間，參戰(zhàn)士兵，幾全無食，而后方則堆滿煮熟易敗之食物，傷兵運輸也無安排。據(jù)說，徐在去廊坊之前，曾向段祺瑞作慷慨之決絕詞“請老師派人到戰(zhàn)地收學生的尸”,此時，見敗狀也連夜狼狽逃回北京。20日，皖系在東路也失敗了。
22日，失敗之皖軍一部分逃回南苑，邊防軍則逃往張家口。奉軍進抵廊坊。23日晚，直、奉軍隊進駐南苑，解除皖軍第十五師余部武裝，戰(zhàn)爭結(jié)束。
據(jù)報道，雙方戰(zhàn)爭傷亡情況，“皖軍傷亡共二三千人，當潰退琉璃河時，方河水大漲，又溺斃二三百人。惟直軍方面，為數(shù)至少，其傷亡總數(shù)，約四百上下而已?！?14)有軍事家評論此次戰(zhàn)役認為，“直系軍取常山蛇勢，首尾腹能互相應，而東路之所以弱，則徒為牽制作用。段軍雖敗，而以不欲戰(zhàn)之士卒督迫之，使不能不戰(zhàn)，則其用兵之法，亦有足多者，蓋段軍欲于死中求生也。不過直軍有后方之補充，而段軍無之。直軍久經(jīng)戰(zhàn)陣，而段軍之經(jīng)驗殊淺。故段軍終不能勝?！?15)
這場戰(zhàn)爭，吳佩孚得到全國各界輿論的支持。7月15日，上海115個團體致電吳佩孚等稱：“數(shù)年來國人受安福黨人禍國殃民之毒害，農(nóng)工商學，無日不企望國民年出數(shù)千萬膏血所養(yǎng)之國軍，起而為民除害……四億同胞，固誓為后盾?！?16)勉勵其不要除惡未盡，息事寧人。學生們寫信稱贊他：“公此次誓師討賊，救國熱忱，歆動寰宇，凡有血氣，罔不欽佩?！?17喲戰(zhàn)爭期間，還有群眾組織義勇隊參加吳軍。
段祺瑞得知戰(zhàn)敗消息，憤慚交織，曾企圖自殺，被部下勸阻。19日段祺瑞通電辭職，“查祺瑞此次編制定國軍，防護京師，蓋以振綱飭紀，初非黷武窮兵。乃因德薄能鮮，措置未宜，致召外人之責言，上勞主座之念，撫衷內(nèi)疚，良深悚惶”,“業(yè)已呈請主座，準將督辦邊防事務管理將軍府事宜各本職，暨陸軍上將本官，即行罷免，并將歷奉獎授之勛位勛章，一律撤銷，定國軍名義，亦于即日解除，以謝國人，共諒寸衷”(18)。徐世昌再下停戰(zhàn)令，責成各路將領(lǐng)“各守防線，停止進攻，聽候命令解散”(19)。除此，徐還派靳雲(yún)鵬、姜桂題、傅良佐等赴天津與曹吳會商，提出懲辦徐樹錚、解散邊防軍、安福部及國會等四項條件。曹吳以為，如是總統(tǒng)所派作調(diào)停，則名分上不敢；如段派出，則段已是敗將，無資格爾。
在省外，段祺瑞曾布置浙督盧永祥、淞滬護軍使何豐林牽制蘇督李純出兵，令吳光新、張敬堯出兵北上，山西督軍閻錫山出娘子關(guān)，濟南鎮(zhèn)守使馬良進攻德州。吳光新部開往武勝關(guān)與西北軍聯(lián)合夾攻鄭州，但經(jīng)武漢時被鄂督王占元以設(shè)宴為名拘留監(jiān)禁，其所部被繳械。一度占領(lǐng)德州之馬良軍隊，也在直、奉軍隊的夾擊下敗退。
戰(zhàn)后，吳佩孚等從琉璃河發(fā)出通電，提出六項罷兵條件：“一、取消邊防督辦處，解散邊防軍。二、取消西北籌邊使，解散西北軍。三、暫安置段祺瑞于湯山，而俟國民之解決。四、收回王揖唐以下安福黨員之徽章，并褫奪其公權(quán)。五、停止新國會。六、交出徐樹錚、丁士源、曾毓雋、朱深、李思浩，拿辦段芝貴、吳炳湘、傅良佐?！?20)次日，北京政府改組，皖系財政總長李思浩、司法總長朱深、交通總長曾毓雋去職。原京畿衛(wèi)戍總司令段芝貴棄職潛逃，由直系將領(lǐng)王懷慶繼任其職務。28日，徐世昌下令準允段祺瑞辭職，并宣布裁撤督辦邊防事務處。
但是，對于戰(zhàn)爭善后，吳佩孚的意見并不為各方所采納。徐世昌、張作霖都持寬大的主張。亦有含淚盈眶、逢人為段說項者，稱其三次保全民國，不過為左右宵小所蒙蔽，請求保全其軍威等等。但一般中外輿論則認為段罪無可綰，“段果精明強干曾有功于國家，則當有充分智力，自知二三年來為左右所陷落之地位，人之功績愈大，則愈不可藉口疏忽失察，以圖卸罪。蓋職位愈高，責任愈大，而獲罪時則罪名亦愈大也?！?20)懲辦名單幾經(jīng)往復，雙方終于達成了妥協(xié)。7月29日，北京政府下令通緝徐樹錚、曾毓雋、段芝貴、丁士源、朱深、王郅隆、梁鴻志、姚震、李思浩、姚國楨等。8月7日，北京政府下令通緝王揖唐及安福系議員方樞、光云錦、康土鐸、鄭萬瞻、臧蔭松、張宣等。皖系將領(lǐng)曲同豐、陳文運、魏宗瀚、劉詢、張樹元也被褫奪軍官、軍職、勛位勛章，交陸軍部懲辦。
稍后，奉軍也撤兵回關(guān)外。
對于直皖戰(zhàn)爭皖系的失敗，外國輿論評論說：“段祺瑞素以戰(zhàn)神自命，以為號令一出，北洋兵士必無不帖然遵命，詎知事竟不然。雖其最心腹之師團，段祺瑞為之售靈魂于日本，衣之食之，供以日本借款換來之軍械，訓以日本軍官者，亦復不愿為段效力。段至是乃日暮途窮，所謂狄克推多之事業(yè)者，乃止于事矣?！薄肮賵鰧⒁虼硕靡淮蠼逃枺厮筐B(yǎng)之軍隊，于有事時，未必肯為殃民者效力也。”(22)
直皖戰(zhàn)爭之后，直奉兩系掌握了北京政權(quán)。軍閥之間的新矛盾也在醞釀之中。