敦煌遺書中有許多珍貴的醫(yī)藥文獻(xiàn)，如古本草、醫(yī)經(jīng)、醫(yī)方等殘卷，對(duì)它們進(jìn)行深入研究和發(fā)掘整理，可以豐富祖國(guó)的醫(yī)學(xué)寶庫(kù)，填補(bǔ)一些領(lǐng)域的空白。
(1) 古本草殘卷
《本草學(xué)》是古代藥物學(xué)，最早的本草書為《神農(nóng)本草經(jīng)》三卷和《本草集注》七卷，宋代以后均佚，敦煌遺書發(fā)現(xiàn)之前，六朝及唐本草實(shí)屬罕見(jiàn)。據(jù)目前研究，敦煌遺書中有六種古本草殘卷，重要的有三種，即梁陶弘景《本草集注》,唐李、蘇敬《新修本草》,唐孟詵《食療本草》。《本草集注》是梁以前本草學(xué)總集，有“本草正典”之稱，敦煌本《本草集注》原卷被桔瑞超于1914年從敦煌劫往日本，敦煌殘卷為其首卷，此卷前佚數(shù)行，后均完好，卷后題“本草集注第一，序錄，華陽(yáng)陶陶居撰”。書題后又有“開(kāi)元六年九月十一日尉遲盧麟于都寫本草一卷，辰時(shí)寫了記”的題記，可知為開(kāi)元寫本。
孟詵《食療本草》三卷，原書久佚，《證類本草》中有部分保存，《本草綱目》引藥十七種，這是我國(guó)最早的一部食品療法專著。敦煌本《食療本草》前殘后缺，經(jīng)考證為《食療本草》殘卷，共載藥二十六種，每藥都記載有主治、配方、服法，后面還附有食忌、采集時(shí)間、炮制方法等，其中不少論述至今仍在使用。
《新修本草》是唐顯慶四年(659)由國(guó)家頒布的我國(guó)第一部藥典，收藥八百四十四種，是世界上最早的國(guó)家藥典，比歐洲最早的紐倫堡藥典(1542年)早將近九百年，《新唐書·藝文志》與《舊唐書·經(jīng)籍志》均有著錄，但久佚。日本尚存十余卷(卷三至五，卷十二至十五，十七至二十)。敦煌本《新修本草》據(jù)王重民先生考證為卷十、卷十七和十九兩個(gè)殘段，其中卷十殘卷存藥物三十種，可補(bǔ)日本傳本所缺。敦煌本《新修本草》書有“乾封二年”字樣，說(shuō)明該書距頒發(fā)僅8年時(shí)間。
(2) 醫(yī)經(jīng)殘卷
敦煌遺書中的醫(yī)經(jīng)殘卷有十多種，主要有《內(nèi)經(jīng)》《傷寒論》《五臟論》《新集備急灸經(jīng)》以及《脈經(jīng)》的片斷等。張仲景的《傷寒雜病論》自漢代問(wèn)世以來(lái)，歷經(jīng)戰(zhàn)亂散佚，晉王叔和曾對(duì)該書進(jìn)行整理，經(jīng)過(guò)宋朝林億等人整理，分編為《傷寒論》《金匱要略方論》《金匱玉函經(jīng)》三書。金人成無(wú)己首次為《傷寒論》系統(tǒng)作注，成為《注解傷寒論》。宋本已散佚，現(xiàn)存是明清刻本。今敦煌本《傷寒論》是宋代編次整理前的《傷寒論》寫本，是目前所能見(jiàn)到的最早的《傷寒論》原卷抄寫本，可用來(lái)?？苯癖尽督饏T玉函經(jīng)》《傷寒論》《注解傷寒論》。
敦煌所出《五臟論》殘卷系墨書抄寫，共八十三行，約一千四百四十余字，卷首有書題“《五臟論》一卷，張仲景撰”。主要內(nèi)容是論述五臟與五官五體、人與自然相應(yīng)、藥性歌賦及鑒定炮制要點(diǎn)，是一本學(xué)醫(yī)的基礎(chǔ)讀物。文中提到葛洪、陶弘景、徐之才等東晉和南朝的一些醫(yī)家及其著作，但未提到孫思邈和《千金方》,據(jù)此學(xué)者研究認(rèn)為，殘卷可能是隋或初唐時(shí)的著作，托名張仲景以自重。敦煌本《五臟論》是目前所見(jiàn)最早的寫本，是我國(guó)珍貴的中醫(yī)藥學(xué)文獻(xiàn)。
敦煌遺書中也有許多珍貴的醫(yī)方殘卷，目前所知約有三十多種，內(nèi)容涉及內(nèi)、外、婦、兒、五官等科疾病的治療，有的醫(yī)方對(duì)藥物的組成、炮制、服法和禁忌等都有詳細(xì)的敘述，并在現(xiàn)代醫(yī)學(xué)中仍能發(fā)揮作用。如題為“天寶七載正月十三日”的《染須及發(fā)方法醫(yī)方》約有一百多字，對(duì)藥物和醫(yī)染方法都有明確記載，說(shuō)明用針砂、礬石、沒(méi)石子等炮制的藥方，可以將白須、白發(fā)染為黑色，藥方中還提到四種醫(yī)染過(guò)程，程序復(fù)雜，染治后，頭發(fā)“得三載大黑效”。這個(gè)中醫(yī)醫(yī)方說(shuō)明早在唐代，我國(guó)就已經(jīng)能醫(yī)治白發(fā)病了。