蔡元培一生的教育理想就是要使教育獨立。為此，他在教育中的改革措施主要在于推行從法國學來的大學院制和大學區(qū)制。他鑒于過去在北洋軍閥統治下，教育橫遭干涉，備受摧殘，教育部也變成了腐敗的官僚機構的現實，于是改教育部為大學院，想采用大學院這種教育行政制度使教育獨立，避免受政潮的影響，使教育學術化、反對教育機關的官僚化。大學區(qū)制是與大學院相配套的學校系統的管理體系，主要是由一個以大學為中心來管理一個學區(qū)的各學校的方式，也是法國的教育行政制度。但是，蔡元培對當時我國半殖民地、半封建社會的性質認識不清，對封建官僚制度的深厚的社會基礎認識不清，所以，大學院，大學區(qū)制在法國這樣經過徹底的資產階級革命，鏟除了封建官僚制度，教育和政治已有相當基礎的國家，能夠行之有效，但在中國則根本行不通。在北洋軍閥統治下如此，在國民黨新軍閥官僚統治下亦復如此。
大學院成立后，因各抒己見，懷疑非議者頗多。大學院冠以中華民國，雖然實際上為國民黨政府的一部分，而又企圖獨立于政府之外，與教育部完全隸屬于政府者不同，同時，教育機關與行政機關混合為一，又與教育部之純?yōu)樾姓C關不同。這是大學院的兩個特點，其受人攻擊也在于此兩點。1928年2月，國民黨二屆四中全會時，即有人提出大學院是想脫離政府，與民國政府并列，要求取消大學院，設立教育部。大學區(qū)的情況也差不多。蔡元培原來以為，實行大學區(qū)制以后，“教育行政與學術打成一片”,教育可以學術化，行政可以獨立，事權可以統一。但新制試行不過一年，不僅未能使行政機關學術化，而且反使學術機關官僚化，從而非難的聲浪四起，尤以中央大學區(qū)的教育界反對最為激烈。1928年6月，中央大學區(qū)中等學校教職員聯合會發(fā)表一項宣言，指出盲目照搬大學區(qū)制，弊多利少，名為事權統一，實則互相牽掣；名為通盤籌劃，實則偏枯專榮；名為精神集中，實則散漫懈弛；名為教育獨立，實則卷入政潮，謀求大學區(qū)制的最大目的是使政治學術化，但實行的結果，卻使學術官僚化。還有的人以為大學區(qū)制將培養(yǎng)人才與支配人才合為同一機關，易于造成學閥，使教育腐化而不易改造。
正當大學院面臨取消，大學區(qū)制遭到強烈反對的時候，蔡元培和李石曾因北京大學名稱的存廢和設立北平大學區(qū)問題發(fā)生了意見沖突，加速了大學院和大學區(qū)制的取消。李石曾在“四·一二”中為蔣介石出過大力，是維護新軍閥的專制統治的，他為了控制北方教育，決定利用蔡元培的大學院制和大學區(qū)制，把北方教育納入新軍閥的統轄之中，于是提出更改北京大學校名為北平大學并設立北平大學區(qū)。而蔡元培則鑒于江浙地區(qū)試行的結果、問題甚多，而北平大學區(qū)設立的旨意又與他原來主張實行大學區(qū)制的思想相背離，因此表示反對。由于李石曾得到蔣介石國民黨的支持、結果通過了他所提出的《北平大學區(qū)組織大綱》,設立北平大學區(qū)。
蔣介石袒李抑蔡，顯然是由于他政治上的需要，因為像蔡元培這樣有民主思想的人，是不可能受到蔣介石的重用和信任的。蔡元培謀求教育獨立和教育學術化的理想不能實現，使他對現實產生失望，李石曾的權力野心，也使他感到可憎，蔣介石袒李抑己，更增加他政治上的不滿。于是，他辭去了國民黨中央的一切職務。
北平大學區(qū)通過以后，李石曾便從南京來到北京，準備接管北平大學區(qū)。他到北平時，北平各院校反對大學區(qū)組織的風潮已風起云涌，其中以北京大學學生最激烈。北大師生宣布停課護校，反對接收，并組織武力護校團。五百余人手執(zhí)“打倒北平大學”等旗幟，舉行游行示威。隊伍行進到懷仁堂西四所北平大學校長辦公處時，求見負責人不得，群情激憤，將辦公處搗毀，并將門前所懸招牌摘下砸爛。隨后，學生又轉至李石曾和副校長李書華的住宅，將門窗砸壞。李石曾派軍警數百人保護接收人員往北大接管，亦被武裝學生趕走。李當即以下列四項通告北大“(一)本大學奉國府會組織，如違抗即反國民黨。(二)保存北京大學舊名，有封建腐化之嫌；(三)護校重在精神，不在一字名稱。(四)接收后立即開課，各生以前軌外運動概不追問”。同時，北平政治分會令北平市府將北大學潮為首者速拿法辦。但是李石曾的這些鎮(zhèn)壓措施絲毫無效，北平大學區(qū)成立數日，迄無一日寧息。
鑒于中央、北平兩大學區(qū)反對新制運動的激烈，1929年6月17日，國民黨三屆二中全會第四次會議議決由教育部定期停止試行大學區(qū)制。7月5日，教育部正式命令北平，浙江兩大學區(qū)于本年暑假停止，中央大學區(qū)限于年底停止，并重設教育廳。以后各大學區(qū)相繼停止。大學區(qū)制施行先后兩年，至此完全取銷。
蔡元培的教育實踐說明，想搬用外國的教育行政制度來謀求實現教育獨立，是行不通的。這不僅因為它不合中國國情，而且還在于：教育總是要從屬于一定的政治，為一定的政治服務的。教育是國家內政之一部分，無論什么國家，當政者為貫徹其政治主張，必然要使教育為其所支配。其實，即使法國那樣的實行大學院和大學區(qū)制的所謂“教育獨立”的國家，其教育也是從屬于其政府及其政治的，只是采取了合乎他們的國家政形式的形式而已。因此，教育實際上是不可能完全脫離政治而獨立存在和發(fā)展的。蔣介石國民黨也根本不會容許教育超軼其政治軌范之外。南京政府成立后，即提倡所謂“黨化教育”(1928年改為“三民主義教育”),蔡元培任大學院院長時，雖表示不贊同，但也不得不予以實施，就清楚地說明了這一點。1927年12月，蔡元培曾和孫科聯名向國民黨中央提出《教育經費獨立案》,后來，上海、北平等地教育界人士、為了使教育經費免遭國民黨軍閥官僚侵蝕、保障教育事業(yè)不受摧殘，在蔡元培支持下，又倡議爭取教育經費獨立，僅此一點，也迄未能實現。
大學院的的取消和大學區(qū)制的停辦，是蔡元培生平教育理想的一大失敗。