湖口起義之后，袁世凱在政治上仍小心翼翼，避免樹敵過多，并緊緊抓住“民國”的招牌，以爭取中間派。7月15日，袁除下令褫奪李烈鈞軍職，命令歐陽武、李純設法拿辦外，沒有涉及其他人，以姑示寬大。17日，袁世凱以斥責歐陽武通電(此電系江西革命黨人用歐陽名義發(fā)表)的形式，從政治上聲明了自己的立場。他聲稱：“共和民國以人民為主體，而人民代表以國會為機關。政治不善，國會有監(jiān)督之責；政府不良，國會有彈劾之例。大總統(tǒng)由國會選舉，與君主時代子孫帝王萬世之業(yè)迥不相同。今國會早開，人民代表咸集都下，憲法未定，約法尚存。非經(jīng)國會，無自發(fā)生監(jiān)督之權，更無擅自立法之理。豈少數(shù)人所能自由起滅，亦豈能由少數(shù)人權利之爭，掩盡天下人民代表之耳目？”他譴責歐陽“捏詞污蔑，稱兵犯順，視政府如仇敵，視國會若土苴，推翻共和，破壞民國，全國公敵，萬世罪人”。但他對歐陽本人留有余地，認為“難保非僉壬挾持，假借名義”^[1]。這篇冠冕堂皇的辯詞，雖然顛倒黑白，信口雌黃，但他既然緊緊抓住了“共和”、“國會”的旗幟，又后發(fā)制人，不涉及其他人，甚至故意不涉及正在指揮革命的領袖人物，這樣就對中間派具有迷惑力，并對革命黨人具有牽制和分化的作用。
贛、寧戰(zhàn)事全面展開之后，袁世凱遲至7月21日才正式發(fā)布“平叛”通令，宣布“用兵定亂，為行使約法上之統(tǒng)治權，民國政府當然有此責任”^[2],同時宣布在北京和戰(zhàn)地戒嚴。翌日，又命令褫奪黃興、陳其美、柏文蔚榮典軍職。孫中山發(fā)布討袁的宣言和通電之后，即7月23日，袁世凱僅命令銷去孫中山籌辦全國鐵路全權，避免采取更嚴峻的措施。雖然，這時袁世凱已同革命黨人全面決裂，但他在策略上仍保持著彈性，以爭取中間派的支持。
在整個二次革命過程中，各地的獨立運動，幾乎無一不是在猶豫、遲疑、觀望、動搖之中勉強進行的，到處都呈現(xiàn)著冷冷清清的局面。革命黨人既沒有發(fā)動群眾，也沒有鎮(zhèn)壓在內(nèi)部猖狂活動的敵人。一批不可靠的同盟者，掌握著獨立運動中的軍權和政權，革命黨人缺乏忠誠可靠的力量。當南京獨立取消之后，各地的反獨立分子就囂張起來，從內(nèi)部瓦解著討袁陣線。北洋軍隊尚未南下，各地的獨立就紛紛取消了。
福建在獨立各省中是最缺少生氣的一個省。都督孫道仁雖佯附革命，實際上他在旅長孫寶镕支持下，密謀調(diào)集舊部來扼殺革命。福建討袁軍總司令許崇智主要依靠新兵的支持，力量不足。他看到孫無意革命，企圖把孫推倒。但孫有舊部支持，許不敢貿(mào)然發(fā)動。當寧、滬失利的消息傳來，許崇智看到形勢不利，即于7月31日離開福州，逃往香港。8月1日，孫道仁密電在京的前福建十四師師長杜持，說明閩中反袁的真相，并要杜向袁世凱政府“秘密陳明”:“閩省情形，須廣東勢衰，贛省肅清，閩省即可取消脫離字樣?！?sup>[3]孫道仁一直小心翼翼地控制著福建局面，他雖早已與袁世凱密電往還，但直至大局明朗，才于8月13日正式通電各界，陳明“苦衷”,宣布取消脫離袁政府。
廣東都督陳炯明自宣布獨立之后，一直督促部隊出師北伐。但師旅長們陽奉陰違，北伐之師始終未出羊城一步，陳炯明不得不強令8月1日出師，但這時龍濟光已經(jīng)率部自梧州進逼廣州。7月30日，駐肇慶警衛(wèi)軍管帶李耀漢叛變，投降龍氏。要隘失守，陳炯明不得不先行對付龍濟光，命第三旅旅長葉舉前往三水一線布防。廣東援贛之師被迫停止出發(fā)。
龍氏進逼，葉舉外調(diào)，那些駐在廣州密謀叛變的軍官們就大肆活動起來。當時，廣東反對派人物如黃士龍、李準等都或明或暗地派出暗探進行策反活動。正當廣州局勢緊張之際，岑春煊自滬偕李根源到達廣州。他們立即著手爭取鐘鼎基、蘇慎初、張我權，希望他們積極反袁，但沒有成效。岑又派人拿了自己的親筆函件去勸龍濟光反袁，但龍不念舊恩，對來人十分冷淡。李根源為了挽救危局，就同自京回粵的鄒魯一起去見陳炯明，提出“殺攜貳之將領一二人，軍心自振”^[4]。陳害怕發(fā)生兵變，不敢采取果斷行動，僅逮捕密謀叛亂的第一師參謀陳鐘英等三人。結(jié)果，打草驚蛇，鐘鼎基、張我權聞訊于8月3日逃往香港。
這時，孫中山正在赴粵途中，他派張繼、馬君武先行抵粵聯(lián)系。陳炯明鑒于軍心不穩(wěn)，只好請張、馬前往香港勸阻孫中山。孫中山于8月3日到達福州馬尾，得悉廣州局勢不穩(wěn)，二次革命的敗局已無可挽回，只得偕胡漢民改道臺灣，流亡日本。
8月4日午后1時，馮德輝受黃士龍唆使，赴燕塘策動炮兵團和輜重營叛變，自稱粵軍界臨時總司令，炮擊都督府。陳炯明匆匆忙忙槍殺了陳鐘英等三人，然后逃往香港。廣州商會等團體推舉蘇慎初為代理都督，宣布取消獨立，維持地方秩序。翌日，獨立第五旅又逼迫蘇慎初下野，擁張我權為都督。黃士龍也返廣州活動，企圖撈上一把。但袁世凱早已于8月3日任命龍濟光為廣東都督，自然不承認廣東方面的擁立。龍部濟軍繼續(xù)向廣州前進。
8月10日晚，原駐三水陸軍第二團一部返省，駐扎觀音山原來的營房。11日，龍部濟軍抵達廣州，蠻橫地逼迫陸軍遷出觀音山，引起了陸軍的憤怒，與濟軍發(fā)生沖突。隨后，濟軍陸續(xù)到達，到處逼迫陸軍讓營，一些革命黨人也策動陸軍士兵殺掉官長后抵抗?jié)姟?、陸兩軍在廣州城內(nèi)斷斷續(xù)續(xù)激戰(zhàn)三日，陸軍的反抗并無組織，遂全部潰散。龍濟光全面控制了廣州，那些擁袁的陸軍軍官們也被迫離開了廣州，一無所得。后來，鄒魯曾企圖重新舉事，被龍察覺，廣州警察局長陳景華等被殺。廣東的討袁獨立運動完全失敗。
湖南都督譚延闿在宣布獨立之后，心懷鬼胎，居心叵測。他和黎元洪密商之后，以討袁為名，將省城擁護革命的軍隊由第一軍司令程子楷、副司令趙恒惕率領，調(diào)赴岳州；又以蔣翊武為鄂豫招討使駐岳州，部署對湖北軍事；并派唐蟒率新兵援贛。但援贛軍行動遲緩，湘軍抵達萍鄉(xiāng)時，李烈鈞已經(jīng)退出南昌了。譚將革命黨人率領的軍隊調(diào)走之后，乘省城空虛，以親信余道南為省防守備隊司令，又以自己的親信童錫梁等為新募五營管帶，從而控制了省城長沙。譚延闿布置完畢以后，即于8月11日密電袁世凱表示輸誠：“湘事措置無方，咎在延闿一人，惟維持操縱，實具苦衷?，F(xiàn)情安謐，終當始終保持，不敢上煩藎憂?！?sup>[5]8月13日，譚延闿公開出示布告，宣布取消獨立：“現(xiàn)在閩、粵、寧、皖，已均各取消獨立，大勢所趨，皆以保境息民為主。湘省既不能以獨立為支柱，又何可以全省為犧牲？于事無裨，于心不忍。本都督已一面發(fā)布命令，即行罷兵；一面電達中央，靜待處分?！?sup>[6]在取消獨立時，有人主張“應殺一、二有名人物謝中央，借為取消話柄”^[7]。但譚延闿是個圓滑的官僚，他并不打算與革命黨人完全斷絕瓜葛，以為自己的政治生命留有后路。因此，他不僅眼開眼閉地讓湘、贛革命黨人逃脫袁世凱的追捕，還親自接待了李烈鈞。他在一封電報中說：“湖南宣布獨立，水到渠成，延闿不任其咎；湖南取消獨立，瓜熟蒂落，延闿不居其功。”^[8]這兩句滑頭話，典型地反映了他的政治品格。這種適應中國社會復雜形勢的兩面手法，為譚日后在政界的浮沉打下了基礎。
當時，湖南一批激進的革命黨人對譚延闿取消獨立十分不滿，于9月9日再次發(fā)動獨立，進攻都督府。譚延闿事先獲得諜報，作了戒備，“遇犯即殺”^[9],殘酷地鎮(zhèn)壓了暴動，暴動的領導人劉崧衡等遇害。譚延闿對人說：“我平日何嘗欲殺人，越不殺人越不得結(jié)束，故我不得不殺人，以穩(wěn)定局勢?！?sup>[10]革命黨人的尸骨，最終成了他贏得袁世凱寬恕的墊腳石。
安徽各地宣布獨立之后，柏文蔚奉黃興之命赴蚌埠成立安徽討袁軍總司令部，皖北各部赴正陽關集中，淮上屯田部隊則由張匯滔率領扼守鳳臺—壽州一線。倪嗣沖獲得壽州獨立的消息后，即率八營兵力開抵潁上，進逼正陽關，在魯口與皖軍隔河對峙，遭到皖軍的襲擊。因當時河水盛漲，進兵困難，雙方?jīng)]有發(fā)生重大戰(zhàn)斗。7月20日，豫督張鎮(zhèn)芳遣旅長王鈺錦率一支隊自周口出發(fā)，增援倪嗣沖。
在安慶、蕪湖方面，蕪湖革命黨人對孫多森、胡萬泰的“獨立”十分懷疑。張永正部遂以援贛為名，沿江上溯，于7月19日進攻大通，與胡萬泰部發(fā)生戰(zhàn)斗，其目的是與胡爭奪大通鹽厘的財政收入。胡部不敵，退回安慶，胡、孫相偕乘船逃往上海。但船到南京后，胡萬泰卻留了下來，跑到柏文蔚身邊進行投機。胡的父親胡殿甲為淮軍宿將，與段祺瑞系世交，而與柏文蔚同鄉(xiāng)，關系也不錯。所以，柏對胡表示信任。孫、胡離皖后，柏文蔚的親信、憲兵司令祁耿寰自稱都督。7月23日，商團推舉劉國棟為都督，出兵驅(qū)逐了祁耿寰。于是，安徽革命黨人要求柏文蔚回鎮(zhèn)安慶。時徐州戰(zhàn)事失利，黃興為了穩(wěn)定上游局勢，也促柏速回安慶。7月27日，柏文蔚率部回皖，胡萬泰隨行，劉國棟聞風潛逃。柏回皖后，其部下曾向他陳述胡萬泰不可靠，但柏不聽，命胡率第一線部隊至太湖方向作戰(zhàn)，并部署淮上各軍分三路迎擊倪嗣沖。
倪嗣沖在得到豫軍的支援后，以豫軍虎視正陽關，自己親率主力向鳳臺轉(zhuǎn)移。7月31日起，倪部向鳳臺外圍陣地發(fā)起進攻?；瓷嫌懺娭髁υ邙P臺城外布防。8月2日凌晨，倪部向討袁軍發(fā)動猛攻。討袁軍竭力抵御，支持至下午2時，被迫退守鳳臺；下午4時，又放棄鳳臺渡淮潰退。3日夜，倪軍渡淮，討袁軍繼續(xù)潰退。正在南下的馮國璋，分兵一團，協(xié)同攻擊壽州。5日，壽州失守，張匯滔率部退向廬州，被駐軍夏永倫部包圍，張僅率少數(shù)人突圍逃亡。6日，豫軍占領正陽關，淮上討袁軍全部失敗。
當淮上失敗的消息傳出，胡萬泰在軍中得悉后，立即率部回師安慶，蠢蠢欲動。這時，柏文蔚已接到黃興密電說：“大勢已去，無能為力，弟已他往，望兄相機引退，留此身以待后用?！?sup>[11]葛應龍、端木璜生等也以函電向柏報告南京混亂情況，事為胡萬泰所探悉。胡即于8月6日面見柏文蔚，諷柏離皖出走。柏文蔚見胡不懷好意，盡量與之敷衍。7日凌晨1時，胡萬泰、顧琢塘在城外與反對革命的皖軍第一師第一團團長柴寶山部署叛變。8月7日8時，以柴部為主力，自城外發(fā)動進攻，獲內(nèi)應入城，圍攻都督府。柏文蔚率衛(wèi)隊抵抗，叛軍遭到城西獅子山炮兵的襲擊，被迫轉(zhuǎn)移兵力，先行占領獅子山。柏文蔚乘機向南突圍，經(jīng)大通退往蕪湖，與龔振鵬會合。
胡萬泰于叛變的當天，即通電取消獨立。翌日，鮑貴卿率部由九江乘軍艦開抵安慶，由胡萬泰迎入城內(nèi)。至此，安徽僅蕪湖尚在討袁軍掌握之中。

當安慶失陷之時，長江門戶吳淞尚掌握在討袁軍手中。吳淞原由姜國梁率廣軍駐守，段祺瑞派到上海的前第九師師長鄭為成及蔡春華等人對廣軍進行了策反活動，廣軍動搖，偷走炮閂，圖謀叛變，姜國梁出走。陳其美派白逾桓、居正率鎮(zhèn)軍平叛，扼守炮臺。7月26日，海軍進攻吳淞，白、居指揮臺兵反擊，聯(lián)鯨艦受傷投降。劉冠雄抵達吳淞口后，一再指揮海軍進攻，屢攻不克。時劉福彪部由南市撤守江灣，經(jīng)程德全的勾誘，陰謀叛變。7月31日，程命令劉福彪倒戈，反攻吳淞炮臺，策應海軍。命令為居正截獲。8月6日，居正率部主動進攻，將劉部擊潰。但是，本來就十分微薄的炮臺兵力，就更加衰弱了。適鈕永建率部到達吳淞，遂推鈕為總司令，鎮(zhèn)壓了通敵的水上警察，協(xié)同守御吳淞。當時，北軍因不能通過租界行軍，行動遲緩，故于8月11日才進抵江灣，江蘇第二師也進抵瀏河，吳淞被圍。11日夜，鈕永建夜襲北軍，小有斬獲，但因兵力薄弱，無法擴大戰(zhàn)果。12日早，滬、淞信息斷絕，居部各軍官逃走一空，軍心動搖。是日，紅十字會醫(yī)生柯司奔波于海軍與炮臺之間，與雙方協(xié)商和平解決。是夜，討袁軍和平讓出吳淞炮臺，退往嘉定、羅店之間。翌日，吳淞炮臺由海軍占領。長江門戶洞開，北軍源源入口。討袁軍殘部退至太倉后遣散，但隊伍尚未散盡。北軍趕到，立即對手無寸鐵的遣散官兵大肆搜殺。至此，上海討袁軍完全失敗。