崇禎二年(公元1629年),楊鶴任兵部右侍郎，總督陜西三邊軍務(wù)。楊鶴素以清白知名于世，但他不懂軍務(wù)。崇禎四年(公元1631年),起義軍將領(lǐng)神一魁假裝要求投降，并送還被起義軍抓獲的合水(故治所在今甘肅慶陽)知縣蔣應(yīng)昌。另外的起義軍首領(lǐng)拓先齡、金翅鵬、過天星、田近庵、獨(dú)頭虎、上天龍等都帶所屬的部隊(duì)先后假裝投降楊鶴。楊鶴在城樓上設(shè)立御座，投降的起義官兵都對御座跪拜，高呼萬歲。楊鶴宣讀圣旨，令起義軍官兵發(fā)誓投降朝廷，然后可以到官軍中當(dāng)兵，或回家務(wù)農(nóng)。起義軍表面上都答應(yīng)了，于是楊鶴立即赦免了他們的罪行。起義軍覺得這位總督迂腐可笑，把他當(dāng)兒戲來耍弄。投降的起義軍以神一魁的勢力最強(qiáng)，楊鶴委任他以官職，讓他率領(lǐng)自己的部下4000多人駐在寧塞(故治所在今陜西靖邊西40里),派守備吳弘器監(jiān)視他們。同年七月，楊鶴命神一魁去耀州(今陜西耀縣)誘殺曾和他一道起義、而沒有投降的茹成名。神一魁的部下懷疑楊鶴對他們有疑心，于是挾神一魁率所屬部隊(duì)再度起義，陜、甘一帶的農(nóng)民起義又有如火如荼之勢。御使謝三賓上奏說：“楊鶴說慶陽(故治在今甘肅慶陽境內(nèi))的賊軍已全部投降，并且將他們?nèi)拷馍⒘?。照這樣說，現(xiàn)在中部(故治在今陜西中部境內(nèi))的賊軍，豈不是從天而降的！”崇禎派巡按御使吳甡去查此事。吳甡調(diào)查后奏報楊鶴招撫起義軍誤國。崇禎大怒，命令逮捕楊鶴，將他貶謫去戍守袁州(故治所即今江西宜春)。