元代政治上的種族歧視在科舉上也有明確的反映。蒙古人、色目人與漢人、南人在考試政策、內(nèi)容、方法、結(jié)果、任用等方面都有著民族的差異。
元朝科舉沿用宋金科制，每三年一次，分鄉(xiāng)試、會(huì)議、殿試三級(jí)。鄉(xiāng)試時(shí)，蒙古人、色目人只試經(jīng)議、對(duì)策二場；而漢人要加試一場，為賦與雜文各一篇。會(huì)試內(nèi)容跟鄉(xiāng)試一樣，取進(jìn)士百名，蒙古、色目、漢人、南人各占二十五名。殿試在同年三月舉行，試策一道，蒙古、色目人的題目與漢人、南人不同。殿試不黜落，只定名次。
殿試結(jié)果分左、右兩榜公布。蒙古人、色目人列右傍(元代以右為尊),漢人、南人五十名列左榜。這無疑是金代科舉南北選、女真進(jìn)士科辦法的延用。其目的是保護(hù)蒙古、色目民族的特權(quán)地位。
元代科舉體現(xiàn)的民族不平等差異是巨大的，左右兩榜數(shù)量名義上相等，而漢人、南人的合格總數(shù)卻不知要比蒙古、色目人超出多少倍，于是元統(tǒng)治者常常采用缺額的辦法來保持平衡。從延祐二年(1315年)開始科考到元代滅亡的五十二年間，共舉行十六屆科舉，僅元統(tǒng)元年(1333年),至正十一年(1351年)兩屆取足百名進(jìn)士，其余十四屆均有許多空缺。例如延祐二年首科會(huì)試參加者僅舉人一百三十五人，不足三百人名額之半；而從中錄取進(jìn)士僅五十六人，略過百人名額的半數(shù)。其經(jīng)?？杖泵~的原因，并不是漢人、南人中缺乏合格的人選，只是因?yàn)槊晒湃?、色目的考生中?shí)在難以選滿一百五十個(gè)鄉(xiāng)試名額及五十個(gè)進(jìn)士名額，那就只能讓漢人、南人的鄉(xiāng)、會(huì)試名額空缺同樣的數(shù)量，維持四等人入選數(shù)量的均衡，以防止?jié)h人、南人占有科舉優(yōu)勢。
名義上，左右兩榜的第一名都算狀元，但實(shí)際上只有右榜的蒙古人、色目人的狀元才算真資格，左榜漢人、南人的狀元朝廷是不重視的。蒙古人才被稱為“國人”,至正十一年蒙古人朵烈圖考中右榜狀元，當(dāng)時(shí)一教育家程端禮曾記載道“唯蒙古生得為狀元，尊國人也”(《送雜部中使還序》)可見漢人、南人的左榜是不算數(shù)的。
蒙古人、色目人的試題難度低，考試也少一場，但授官職卻比漢人、南人高，而且蒙古、色目考生愿參加漢、南人同樣難度的考試，中選后更加一等授官。
元朝還仿照宋朝“特奏名”辦法，對(duì)屢次會(huì)試不中的舉人予以特優(yōu)，委派各地作學(xué)官，但蒙古、色目人與漢人、南人也并不同樣對(duì)待。蒙古、色目人年三十以上，并兩舉不第者與教授，以下與學(xué)正、山長；漢人、南人年五十以上，并兩舉不第者與教授，以下與學(xué)正、山長。蒙古、色目人在年齡上比漢人、南人優(yōu)先二十年。
漢、南人即使中進(jìn)士入官以后，要想升轉(zhuǎn)遷官也很困難，往往數(shù)十年沉淪下僚。終元之世，科舉世身的漢、南人即使是左榜狀元，也難以在政治上擔(dān)任什么要職，發(fā)揮大的作用。
元朝科舉不僅對(duì)蒙古、色目考生多方優(yōu)待，對(duì)漢、南人考生嚴(yán)加限制，而且還故意在左榜漢、南人中間制造隔閡，挑起矛盾，讓漢人壓制南人。由于江南地區(qū)經(jīng)濟(jì)文化較發(fā)達(dá)，進(jìn)士科舉多半為南方人囊括，這種經(jīng)濟(jì)文化的南北差異在元代進(jìn)一步擴(kuò)大，而元代科舉既規(guī)定南人只占左榜名額的一半，并且左榜狀元也不取南人。至正八年(1348年)會(huì)試中，王伯恂試卷被主考贊為天下第一奇才，列為左榜第一，其他考官則說王是南人，要降其名次，爭論不休，最后發(fā)榜，王伯恂竟然落第；有一位江南才士魯鈍生，十歲即能寫古詩古歌，成學(xué)后對(duì)《春秋》學(xué)也很有造詣。他曾經(jīng)很自負(fù)地說：“要是我出身在塞北(即為蒙古，色目人),奪取科第桂冠就像從地上拾芥一樣輕松?！钡恍疑頌槟先耍潞疅o依，終身落魄于江湖間。
元代這種對(duì)于人才的民族歧視的政策，阻礙了統(tǒng)一的多民族國家形成的進(jìn)程，同時(shí)也限制和直接削弱了元代統(tǒng)治的社會(huì)基礎(chǔ)，而未能像后來的女真貴族那樣建立起一個(gè)統(tǒng)一多民族的龐大的滿清帝國，卻成為歷史少有的幾個(gè)國祚短暫的王朝之一。