6月3日，北京各校學生繼續(xù)上街演講，警方根據(jù)徐世昌5月25日命令，逮捕了一百七十余人，均監(jiān)禁在北大法科。但是，愛國青年沒有被武裝鎮(zhèn)壓嚇倒，6月4日，他們?nèi)耘f上街演說。這一天，警方出動馬隊沖撞學生，并逮捕七百余人。因北大法科校舍已收容不下，警方便將馬神廟理科校舍也用作臨時監(jiān)獄。同時，警方在法科校舍外東、西兩側(cè)搭起二十多個供軍警駐扎的帳篷，將法科校舍緊緊圍住，如臨大敵。
軍警連續(xù)兩日的大逮捕，沒有使愛國學生畏縮。5日，他們再度沖破阻撓，勇敢地走上街頭，分路演講。北京中等以上學校聯(lián)合會向全國各界發(fā)出宣言，堅決要求罷免曹、陸、章，指出國賊不除，挽救外交則無希望。在學生們的不懈斗爭下，北京政府為避免事態(tài)更加激化，于同日釋放了被捕的近千名學生，并撤走了包圍北大的軍警。然而北洋政府的這一暴行，早已激怒了工人階級和民族資產(chǎn)階級，于是上海爆發(fā)了偉大的六三運動。
五四運動發(fā)生后，上海學生隨即行動起來。當6月3、4兩日北京軍警大規(guī)模逮捕學生的消息傳到上海后，上海學生紛紛罷課，以示聲援，并分頭動員工界罷工，商界罷市。5日，上海的部分工廠、商店舉行罷工、罷市。這樣，加上學生的罷課，開創(chuàng)了史無前例的“三罷”斗爭，聲援6月3日大批被捕的北京學生。所以人們把上海的這次斗爭和由它掀起的全國斗爭稱作六三運動。六三運動把五四運動發(fā)展到了最高峰。
5日這天，上海的許多商店門前貼著“不誅賣國賊不開市”、“要求政府奪回青島”等標語，其中也有勸告群眾“切勿暴動”的。在一家書局門前貼有一副對聯(lián)：“罷課救亡，罷市救亡，我兩界挺身先起；民心不死，民國不死，愿大家努力進行?！比T斗爭表明，各界群眾的救亡運動正在融為一體，人民的力量得到空前的增強。
6月5日以后，上海參加罷工的，計有紡織、機器、印刷、電車、汽車、碼頭、輪船、煙廠等行業(yè)的工人。6月10日，滬寧鐵路工人也開始罷工，從而把罷工運動推向高潮，使滬寧線處于癱瘓狀態(tài)。六三運動最突出的特點表現(xiàn)為，中國無產(chǎn)階級出于政治要求而自覺地舉行政治罷工，標志著中國無產(chǎn)階級已經(jīng)開始獨立地登上政治舞臺。這在近代中國革命史上具有極為深遠的歷史意義。工人階級在運動中的表現(xiàn)引起各界人士的重視，不久，“勞工神圣”成了風行一時的口號。
對于上海的六三運動，安福系的機關(guān)報《公言報》發(fā)表評論說：“北京學生釀成風潮后，上海方面繼以罷市風潮，此二風潮表現(xiàn)后，已將此次騷動全系借對外問題以實行對內(nèi)之內(nèi)幕，次第暴露。吾人對于學生、商界之真愛國者，固只有馨香膜拜，而對于黑幕中之唆動人物，與夫一切過激自擾之舉動，則良心上實不能贊成，且亦不能效研究派報紙之一味火上澆油。”^[1]安福系總是站在派系立場上，用派系眼光看待一切，因而也把一切事件看成了派系斗爭的產(chǎn)物。他們既把五四運動認作研究系所為，現(xiàn)在又把六三運動歸之于研究系的“唆動”。
與《公言報》相反，研究系的《晨報》對于六三運動，特別是工人運動，給予了高度評價。該報以《破天荒之工人總同盟罷工》為題，發(fā)表特約通訊，指出：“工界罷工實為我國破天荒之事件，又為工人參與政治問題之嚆矢，足見我國工界業(yè)已覺醒，且有相當團結(jié)力，此誠最近所最可注意、最可特筆之事實也?！?sup>[2]當大多數(shù)報刊，甚至包括一些進步報刊，尚未對上海的工人行動的歷史意義做出評價時，研究系已經(jīng)看到，中國無產(chǎn)階級已經(jīng)覺醒，工人階級參與政治已經(jīng)開始，并認為這是“最可注意”的事件，可見研究系的政治眼光是相當敏銳的。
在上海燃起的“三罷”斗爭烈火，迅速燒遍各地，特別是天津、漢口等大城市，“三罷”斗爭均形成相當規(guī)模。各地許多商會組織了不少大規(guī)模的罷市活動，如天津總商會于6月10日舉行全市罷市，使得京、津當局極為恐慌。商界運動除了政治要求外，其一大特點是提倡國貨，抵制日貨，與學界的聯(lián)系也比較密切。強大的六三運動，壓倒了北洋政府與皖系的囂張氣焰，一舉扭轉(zhuǎn)5月下旬以來的不利局面，迫使當局不得不再度考慮調(diào)整其內(nèi)政方針，以平息事態(tài)。同時，由于群眾運動的聲勢再度高漲，統(tǒng)治階級內(nèi)部矛盾也隨之更加復雜化、尖銳化。
六三運動發(fā)生后，各地局勢發(fā)生了激劇變化，群眾運動風起云涌，勢不可擋。在這種情況下，北京政府，特別是各地直接面對群眾運動的軍政官員，感覺繼續(xù)維護曹、陸、章已經(jīng)得不償失，部分地方軍閥在鎮(zhèn)壓群眾運動的同時，又向當局進言，要求罷免曹、陸、章，以平息事態(tài)。
身處“三罷”斗爭中心的淞滬護軍使盧永祥和滬海道尹沈?qū)毑?，?月8日聯(lián)名致電徐世昌等人：“現(xiàn)在罷市業(yè)經(jīng)三日，并聞內(nèi)地如南京、寧波等處，亦有罷市之說，星星之火，可以燎原，失此不圖，將成大亂。……永祥等伏查上海為東南第一商埠，全國視線所集，內(nèi)地商埠無不視上海為轉(zhuǎn)移?，F(xiàn)上海學界既堅以曹、陸、章三人去職為開市條件，商界亦曾有電請求，民心向背，即時局安危，亦不敢壅于上聞?？煞癫檎丈虾？偵虝半娝?，準將三人一并免職，明令宣示，以表示政府委曲求全，力顧大局之意?！?sup>[3]
在全國一片誅討聲中，曹、陸、章也是如坐針氈，自知不能戀棧下去了。6月4日，章宗祥向徐世昌提出辭職，自稱“一月以來，傷勢雖漸平愈，舊恙日形增劇。伏思駐日使職殷繁，斷非孱病之軀所能勝任，惟有懇乞鈞座俯念下情，準予免去駐日本全權(quán)公使本職，俾得侍奉老父，退居田間。”^[4]6月9日，陸宗輿也再次提出辭職。5月20日左右，曹汝霖曾再次辭職，北京政府仍表示“所請辭職之處，仍毋庸議”,同意給假二十日。6月9日，曹汝霖假期已滿，當日《公言報》披露一條消息：“交通總長曹汝霖氏給假二十日現(xiàn)將屆滿，聞已擬就辭呈，決意引退。政府方面亦有照準消息云?！?sup>[5]顯然，這是《公言報》有意放出風聲，為曹、陸、章下臺作輿論準備。
鑒于局勢日益嚴重，北京政府最終決定“舍車保帥”。6月10日，徐世昌發(fā)布如下數(shù)道命令：“交通總長曹汝霖呈請辭職，曹汝霖準免本職?！薄榜v日本國特命全權(quán)公使章宗祥，因病呈請辭職，章宗祥準免本職。”“幣制局總裁陸宗輿，因病一再呈請辭職，陸宗輿準免本職。”^[6]罷免曹、陸、章，是五四運動取得的頭一個直接的勝利。
徐世昌的三道免職令，均說曹、陸、章呈請辭職，但曹汝霖在其回憶中卻否認此事。他說；徐世昌“不等我們上呈辭職，竟下辭職照準之令矣”。他認為，徐上臺后，一直企圖“抑制合肥勢力”,上海的南北議和就是這個意圖。“適發(fā)生學潮，攻擊我們，即利用此機以剪除合肥羽翼……不先設(shè)法令我辭職，竟下辭職照準之令”^[7]。但是曹汝霖這段回憶不盡符合事實。如前所述，五四運動發(fā)生后，他們?nèi)讼群筇岢鲛o職，但政府均予挽留。情況大約是這樣的：在政府挽留他們之后，由于局勢激劇發(fā)展，十分緊迫，于是徐世昌不待曹汝霖再度辭職，即下令辭職照準。此外，陸宗輿于9日辭職時，已當即獲準。因此，三人下臺的情況并非完全相同。
曹、陸、章免職令下達后，段祺瑞即怒氣沖沖到團城對曹汝霖說：“沒有辭職，而捏造辭職照準之令，命令亦造謊言，天下尚有公論是非嗎！”段大罵徐世昌，說曹汝霖等“為他冒大不韙，借成日債，這種舉動，真所謂過河拆橋，以后還有何人肯跟他出力？他對我作難竟累及你們，良心何在，豈有此理！”^[8]說罷即悻悻而去。平日極少作詩的段祺瑞，后來曾寫下五言長詩一首贈曹汝霖，以掩飾自己，其中有句曰：“不佞持正義，十稔朝政里。立意張四維，一往直如矢?！?sup>[9]此外，他還為曹汝霖作了種種辯護。
曹汝霖從此退出政界，自號覺盦，據(jù)說是取古人年至五十而知四十九年之非的意思，不過從他年近九旬寫下的回憶錄來看，他仍然不知自己一生之非。