西南聯(lián)合會(huì)議剛收?qǐng)?，改組軍政府之議又起。在岑春煊的策劃下，政學(xué)會(huì)國(guó)會(huì)議員楊永泰、郭椿森、湯漪等采取威脅利誘手段，聯(lián)合吳景濂、褚輔成等倡議改組軍政府。程璧光不明真相，表示贊同，并以調(diào)人身份，在孫中山與陸榮廷之間極力疏通。
2月2日，程璧光、唐紹儀、伍廷芳、莫榮新等，邀請(qǐng)孫中山在海珠開會(huì)，討論改組軍政府問題。會(huì)上決定將軍政府的領(lǐng)導(dǎo)體制進(jìn)行改組。會(huì)后，擬定了《中華民國(guó)軍政府組織大綱修正案》七條，“其中用意約有兩端：甲、將軍政府原來之單獨(dú)制，改為合議制，改大元帥一職為政務(wù)總裁若干人組織政務(wù)會(huì)議，地位平等，責(zé)任同負(fù)。乙、護(hù)法各省各軍仍舊派出代表，組織聯(lián)合會(huì)，統(tǒng)籌軍備，計(jì)劃作戰(zhàn)，其議決事件由政務(wù)會(huì)議施行”^[1]。這樣一來，軍政府的護(hù)法性質(zhì)就改變了。孫中山表示堅(jiān)決反對(duì)，許多革命黨人也不贊成。21日，章太炎從重慶發(fā)來通電，指斥岑春煊的議和主張“于義師初起之宣言，一概拋棄”,“莠言亂政，乃至于此”,并揭露其“熱中利祿，諂媚僭盜，欲使南方護(hù)法靖國(guó)之師，皆為一己利用”。他提出：“除電請(qǐng)?zhí)茙浄裾J(rèn)外，應(yīng)請(qǐng)宣布岑春煊罪狀，以告天下，毋使老奸再行煽惑?！?sup>[2]22日，當(dāng)軍政府岌岌可危的時(shí)候，孫中山通電全國(guó)，呼吁尊重國(guó)會(huì)，擁護(hù)約法，指出：“此次西南興師，目的止于擁護(hù)約法，根本主張，惟在恢復(fù)約法之效力，與求國(guó)會(huì)永久之保障耳?！瓐?zhí)權(quán)者若能共喻斯旨，棄其非法亂命，息戰(zhàn)罷兵，一切解決，悉聽國(guó)會(huì)，則國(guó)是既一，大亂立定。若徒恃個(gè)人之智與力，以圖保持權(quán)位，不特戰(zhàn)禍延長(zhǎng)，殃及國(guó)脈，即于各執(zhí)權(quán)者自身，亦為速亡之道?！?sup>[3]同日，他通電西南護(hù)法各省，說明對(duì)時(shí)局主張，指出經(jīng)國(guó)會(huì)非常會(huì)議選出之元帥及各部總長(zhǎng)，多未就職，“舉國(guó)國(guó)民，見北京政府既為非法僭竊之機(jī)關(guān)，而西南護(hù)法諸君，又未能毅然贊助國(guó)會(huì)所組織之軍政府，乃彷徨歧路，無所適從。世界各友邦見我主張擁護(hù)國(guó)會(huì)者尚不能服從國(guó)會(huì)，更疑我護(hù)法之戰(zhàn)爭(zhēng)為割據(jù)爭(zhēng)雄之舉動(dòng)。內(nèi)不能示國(guó)民以趨向，外不能得世界之同情，是非不明，國(guó)是不定，國(guó)家危險(xiǎn)莫大乎此”。孫中山吁請(qǐng)各將帥貢獻(xiàn)救濟(jì)良策，倘能恢復(fù)約法效力，愿即引退^[4]。隨后，他向唐繼堯提出改組軍政府，必須有切實(shí)可行辦法，并鄭重聲明：“護(hù)法之惟一主張，在恢復(fù)舊國(guó)會(huì)，并使之完全行使職權(quán)，無論改組內(nèi)容如何，此主張絕對(duì)不能有所犧牲，必須一致堅(jiān)約，始可共議改組?！?sup>[5]但唐繼堯始終不置可否。4月10日，國(guó)會(huì)非常會(huì)議開會(huì)，出席者六十余人，由羅家衡等提出改組軍政府組織案，因桂系及政學(xué)會(huì)議員運(yùn)動(dòng)的結(jié)果，贊成者竟達(dá)四十余人。居正、鄒魯、馬君武等反對(duì)改組，屢欲起立發(fā)言，均遭無理禁止。最后由議長(zhǎng)指定二十人審查提案。同日，田桐在滬上書孫中山，報(bào)告在滬議員反對(duì)改組軍政府，“聯(lián)名致電非常[國(guó)]會(huì)，提出二辦法：一、挽留大元帥；二、改組施行延期”。^[6]11日，孫中山邀全體國(guó)會(huì)議員至軍政府，發(fā)表義正詞嚴(yán)的談話。他說：“軍政府視國(guó)會(huì)如君父，國(guó)會(huì)之決議，軍政府無不服從。顧如昨日所提議之改組軍政府，為軍政府本身之存亡問題，而國(guó)會(huì)事先絕未征求軍政府意見，徑行提議而付審查，揆之事理，寧得為平？且以法律而論，約法規(guī)定為元首制，夫今欲行多頭制。又軍政府組織大綱明明規(guī)定本大綱于約法效力完全恢復(fù)，國(guó)會(huì)完全行使職權(quán)時(shí)廢止，無修改之明文，今日何以自解？軍政府近于外交方面正在進(jìn)行接洽之中，今蒙此影響，軍府基礎(chǔ)已搖，日后必?zé)o進(jìn)步可言?！式袢沼鄠€(gè)人對(duì)于改組一事，根本反對(duì)，即于改組后有欲以余為總裁者，亦決不就之，惟有潔身引退也?！?sup>[7]13日，國(guó)會(huì)非常會(huì)議審查會(huì)推代表褚輔成、王湘、吳宗慈、盧仲琳、王葆真五人會(huì)見孫中山，征詢對(duì)于改組軍政府之意見，孫中山再次表示：“改組事，余始終反對(duì)，以法律上萬難通融也。茍不論法律而論事實(shí)，則余無不可委曲求全者。若國(guó)會(huì)必以聯(lián)陸為有利者，則余雖親至南寧、梧州晤之，或以大元帥讓之，皆無不可，是可見余非爭(zhēng)一己地位者矣?！?sup>[8]在這期間，傳來唐繼堯密電西南各省的下列主張：“護(hù)法各省亟應(yīng)組織統(tǒng)一機(jī)關(guān)，現(xiàn)在辦法宜遙戴黎、馮為大副總統(tǒng)，或認(rèn)馮為代理大總統(tǒng)；在南方組織軍務(wù)院或國(guó)務(wù)院，以行使職權(quán)。推岑春煊為國(guó)務(wù)總理，置六部，伍廷芳長(zhǎng)外交，孫洪伊長(zhǎng)內(nèi)政，陸榮廷長(zhǎng)陸軍，林葆懌長(zhǎng)海軍，唐紹儀長(zhǎng)財(cái)政，張繼或王寵惠長(zhǎng)司法。政府地點(diǎn)宜暫在廣州，俟局勢(shì)稍形發(fā)展，則遷往南京或武漢?？偫?孫中山)則宜游歷各國(guó)，辦理外交?！?sup>[9]至此，孫中山終于看到了唐繼堯勾結(jié)政學(xué)會(huì)分子與桂系軍閥陰謀推翻軍政府，踢開大元帥的真面目，于是決心辭職離粵。5月4日，國(guó)會(huì)非常會(huì)議開會(huì)，出席議員八十余人，首先由湯漪提出《修正軍政府組織法案》,贊成改組軍政府者四十余人，超過四票通過。孫中山當(dāng)時(shí)命居正將大元帥辭職咨文送交國(guó)會(huì)，并通電辭職。通電向國(guó)民痛切地指出：“顧吾國(guó)之大患，莫大于武人之爭(zhēng)雄，南與北如一丘之貉。雖號(hào)稱護(hù)法之省，亦莫肯俯首于法律及民意之下。故軍政府雖成立，而被舉之人多不就職，即對(duì)于非常會(huì)議猶莫肯明示其尊重之意。內(nèi)既不能謀各省之統(tǒng)一，外何以得友邦之承認(rèn)。文于斯時(shí)瘏口嘵音，以蘄各省之覺悟，蓋已力竭聲嘶，而莫由取信?！谋酒シ?，無拳無勇，所以用其全力以擁護(hù)非常會(huì)議者，其效果亦既如是，庶乎可告無罪于國(guó)人。茲仍愿以匹夫有責(zé)之身，立于個(gè)人地位，以盡其扶助民國(guó)之天職?！?sup>[10]7日，留滬國(guó)會(huì)議員林森、田桐等二十七人，通電要求挽留大元帥孫中山，“不許其辭職”,并要求延期改組軍政府^[11]。但留粵國(guó)會(huì)非常會(huì)議竟于同月18日三讀通過軍政府組織法十二條，其名稱仍用軍政府，變大元帥制為政務(wù)總裁制，而主席總裁則由政務(wù)會(huì)議選出。20日下午，國(guó)會(huì)非常會(huì)議舉行總裁選舉會(huì)，出席議員一百二十余人，選舉結(jié)果，孫中山及唐紹儀、伍廷芳、唐繼堯、林葆懌、陸榮廷、岑春煊七人當(dāng)選。隨后，陸、唐又推岑春煊為主席總裁。孫中山眼見軍政府實(shí)際權(quán)力已被西南軍閥所篡奪，遂于21日離廣州赴上海。第一次護(hù)法運(yùn)動(dòng)失敗了。