眾多曲譜集和古琴理論專著的出現(xiàn)，也標示了明清文人音樂的繁榮。這些譜集主要涉及古琴、琵琶、器樂合奏等方面，其中以古琴最多。從明嘉靖末年開始，平均每三、四年就有一部新的古琴譜集問世。明清留傳下來的琴譜集有朱權(quán)的《神奇秘譜》,謝琳的《太古遺音》,朱厚爝的《風宣玄品》,汪芝的《西麓堂琴統(tǒng)》,蕭鸞的《太音補遺》,楊表正的《重修真?zhèn)髑僮V》,嚴澂的《松弦館琴譜》,莊臻鳳的《琴學心聲》,徐上瀛的《太還閣琴譜》,徐常遇的《澄鑒堂琴譜》,徐琪的《五知齋琴譜》,曹尚炯、蘇璟、戴源的《春草堂琴譜》,吳灴的《自遠堂琴譜》,秦維瀚的《蕉庵琴譜》,蔣文勛的《二香琴譜》等。大量琴譜的刊行，為我們保留了歷代琴曲一千余首，一些稀世珍品也得以重見天日。眾多琴譜中，朱權(quán)的《神奇秘譜》最具史料價值。
《神奇秘譜》,明朱權(quán)所編。成書于洪熙元年(1425),為我國現(xiàn)存最早的琴曲譜集。朱權(quán)出身皇室，是明太祖第十七子，封寧王。他喜愛詩文、音樂，并在戲曲方面有很高的造詣，曾創(chuàng)作雜劇十二種。《神奇秘譜》是朱權(quán)歷時十二載才輯成的琴譜集。全書共三卷；上卷《太古神品》,收錄了《廣陵散》、《高山》、《流水》、《陽春》、《酒狂》、《小胡笳》等古曲十六首；中、下卷《霞外神品》則記錄了琴曲三十四首，有《梅花三弄》、《長清》、《短清》、《白雪》、《雉朝飛》、《烏夜啼》、《昭君怨》、《大胡笳》、《離騷》等古曲，對南宋浙派名曲《瀟湘水云》、《樵歌》等也加以收錄。該譜對研究古琴藝術(shù)在隋、唐、宋、元的發(fā)展狀況及流變有著重要的文獻價值。
《風宣玄品》,明人朱厚爝輯，成書于嘉靖十八年(1539)。全書共十卷，收有琴曲一百零一首，有《廣陵散》、《酒狂》、《蔡氏五弄》等。書中附有手勢圖一百五十四幅，對古琴的指法、調(diào)式都有所記載。
《西麓堂琴統(tǒng)》,明人汪芝編，成書于嘉靖二十八年(1549),是作者花了三十年的功夫，博采諸家而成。全書共二十五卷，收錄琴曲一百七十首，多為罕見的珍品，有《廣陵散》兩種傳本、《神人暢》、《間弦明君》、《風云游》、《宋玉悲秋》等。前五卷分論了聲律、琴制、字譜及雜說等，主要取自南宋徐理的《琴統(tǒng)》等書。此書為明代收錄琴曲最多的一部譜集，而且大多琴曲為其它譜集所未收，因此很有價值。
琵琶，是我國重要的傳統(tǒng)樂器，歷朝歷代均有一些著名的演奏家及作品，但由于未得到文人的重視，很少有所記載。明清時文人的目光注意到了琵琶藝術(shù)的發(fā)展，在明李開先《詞謔》、何良俊《四友齋叢說》、沈榜《宛署雜記》、清錢泳《履園叢話》等書中都對著名琵琶藝人(如張雄、李近樓、鐘秀之、李東垣、江對峰、湯應(yīng)曾、楊廷果等)及其高超的演奏技藝有所記載。一些文人開始參與收集整理琵琶曲譜，其主要成果是清代華秋蘋《琵琶譜》和李芳園《南北派十三套大曲琵琶新譜》的問世。
《琵琶譜》,為華秋蘋所編?？谇寮螒c二十三年(1818),是我國最早正式刊行的琵琶曲譜。華秋蘋，又名文彬，江蘇無錫人，善彈琴、唱昆曲，尤精琵琶。并工詩詞、書法、篆刻，曾著有《秋蘋印稿》、《詩詞草》等。所編《琵琶譜》共三卷，收琵琶大曲七套，琵琶小曲六十二首，其中有《十面埋伏》、《將軍令》、《霸王卸甲》、《海青拿鶴》、《月兒高》等作品。華秋蘋在此譜中集南北派琵琶曲之傳譜，并參照古琴減字譜，制訂了規(guī)范的琵琶指法符號系統(tǒng)，為后人對琵琶曲譜的整理、傳播創(chuàng)造了條件。

琵琶譜(清華秋蘋《琵琶譜》)

《南北派十三套大曲琵琶新譜》,李芳園編。是繼華秋蘋之后在清末出現(xiàn)的又一部重要的琵琶譜集。李芳園，又名祖棻，浙江平湖人，出身于琵琶世家。所編琵琶譜集刊印于清光緒二十一年(1895),共收錄了《陽春古曲》、《滿將軍令》(即《將軍令》)、《郁輪袍》(即《霸王卸甲》)、《淮陰平楚》(即《十面埋伏》)、《海青拿鶴》、《漢將軍令》、《平沙落雁》、《潯陽夜月》、《月兒高》、《陳隋古音》、《普庵咒》、《塞上曲》、《青蓮樂府》等十三套琵琶大曲。其中《陽春古曲》、《塞上曲》等七套為華氏《琵琶譜》所未有。
《弦索備考》,是清代蒙古族文人榮齋所編的一部器樂合奏曲譜集。成書于嘉慶十九年(公元1814年),當時沒有刊印，以抄本傳世。全書共六卷，收有以弦樂器為主的十三套合奏曲，即《合歡令》、《將軍令》、《十六板》、《琴音板》、《清音串》、《平韻串》、《月兒高》、《琴音月兒高》、《普庵咒》、《海青》、《陽關(guān)三疊》、《松青夜游》、《舞名馬》,大都是古代的流行作品，所用樂器為琵琶、三弦、箏、胡琴。各曲所用樂器均有分譜?！妒濉芬磺顬榫幷咧匾?，認為它在十三套中最難，“皆因字音交錯強讓之妙”。曲譜包括六個聲部，以主旋律與琵琶、三弦等樂器分譜、八板譜并列在一起演奏，形成了對位的形式，有獨特的風格?！断宜鱾淇肌窞槲覈壳八姷氖撞科鳂泛献嘧V，此譜中運用的新手法及形式，標志著清代民間器樂合奏形式的新發(fā)展。
福建南音，又稱南曲、南管、弦管，是我國一個非常古老的樂種。主要流傳于閩南晉江、龍溪等地以及臺灣、東南亞華僑集居地。在清代，南音得到了較大的發(fā)展，福建各地出現(xiàn)了許多專業(yè)、業(yè)余南曲社團，它以其宜唱宜彈、古色古香、典雅柔婉、優(yōu)美細膩等特點博得了清代文人的喜愛，受到他們的重視與提倡。清康熙五十二年，“大學士安溪李文貞公以南樂沉靜幽雅，馳書征求故里南音妙手吳志等五人晉奏御苑”,并因“管弦條鬯，聲調(diào)諧和”而得到皇帝的贊賞。從此南音更在文人中流行一時，有關(guān)南音的譜集也開始出現(xiàn)。南音譜集主要有刊印于清咸豐七年(1857)的《文煥堂初刻指譜》和始編于清末的《泉南指譜重編》。后者在選曲、分類、訂譜、注音及附說等方面均甚詳備，為習南音者所珍視。
除以上眾多器樂譜集的刊行外，大量古琴理論專著的出現(xiàn)，也是明清文人音樂的特色之一。流派林立、琴譜紛出，大量琴家開始著書立說，闡釋琴義，對古琴的理論進行研究。當時的琴論專著主要有冷謙的《琴聲十六法》、徐上瀛的《溪山琴況》、莊臻鳳的《凡例》、戴源的《鼓琴八則》、王坦的《琴旨》、曹庭棟的《琴學內(nèi)外篇》、蔣文勛的《琴學粹言》等。這些著作涉及面很廣，接觸到了古琴的演奏特點、演奏方法、琴樂美學、琴派、琴曲的構(gòu)成、風格及琴詩、琴歌、指法諸方面。眾多著作中，以徐上瀛的《溪山琴況》的成就最為突出。
徐上瀛，名谼，字青山，號石泛山人。江蘇太倉人。明末虞山派著名琴家。幼年習琴的徐上瀛成就非凡，與嚴澂同為虞山琴派的集大成者?！断角贈r》是他的代表性專著。原文作于1641年前，刊于《太還閣琴譜》。在此書中，徐上瀛在總結(jié)前人琴論研究的基礎(chǔ)上，結(jié)合其演奏實踐，提出了二十四個琴樂審美范疇，即“和”、“靜”、“清”、“遠”、“古”、“?！薄ⅰ疤瘛?、“逸”、“雅”、“麗”、“亮”、“采”、“潔”、“潤”、“圓”、“堅”、“宏”、“細”、“溜”、“健”、“輕”、“重”、“遲”、“速”這“二十四況”,并逐條詳解。他抓住古琴演奏中的四個關(guān)鍵環(huán)節(jié)，論述了弦、指、音、意四者的關(guān)系，提出了“弦與指合、指與音合、音與意合，而和至矣”的古琴演奏美學思想。
列為二十四況之首位的“和”,最為徐上瀛所重視。他稱“稽古至圣心通造化，德協(xié)神人，理一身之性情，以理天下人之性情，于是制之為琴。其所重者，和也”。書中也始終貫穿著傳統(tǒng)的“淡和”思想。蔡仲德認為，這種“淡和”,就是《溪山琴況》為古琴藝術(shù)提出的審美準則，也是此書論旨之所在。(蔡仲德《溪山琴況試探》)可見徐上瀛的審美觀吸收了儒、道兩家的音樂美學思想，這也和嚴澂所提倡的“清微淡遠”的主張一脈相承。
徐上瀛《溪山琴況》不但總結(jié)了前人的琴論成果，更在實踐基礎(chǔ)上，獨辟蹊徑，提出了系統(tǒng)的音樂審美準則，其成就令后人贊嘆不已?！断角贈r》不僅集古琴音樂美學之大成，即使在中國古代音樂美學史上也有著重要的地位，和《樂記》、《聲無哀樂論》并為三部重要的音樂美學專著。