孫中山通電全國主張擇地另開國會，重新組織臨時政府。國會議員響應(yīng)孫中山的號召，紛紛先后至滬，住在法租界愷自爾路惟善里國會議員通訊處。孫中山抵粵后，致電國會議員來粵開會。廣東各界也通電表示歡迎。至8月中旬，南下抵達廣州的議員已達一百五十余人，但仍不足法定人數(shù)。18日，孫中山在黃埔公園宴請國會議員，商討召開國會事宜。與會者認為，北京政府既已毀廢約法，向護法各省用兵，中華民國名存實亡；為了對內(nèi)團結(jié)護法各省，對外實行獨立自立的外交政策，必須在南方另行組織政府，議員人數(shù)雖不足法定，可采取法國的先例，召開非常會議。19日，南下國會議員一百余人在廣州回龍社前煙酒公賣局原址第一招待所舉行談話會，討論召開國會及組織政府問題。決議采用“國會非常會議”名稱，定于8月25日在廣州召開非常會議，并推舉呂志伊、王有蘭等七人為軍政府組織大綱起草員。隨后南下議員通電西南各省，指出：“同人等昔受國民之托，職務(wù)未終。今被國賊之驅(qū)，責任難棄。用依《約法》,自集于粵。人數(shù)未滿法定，本難遽行開會。惟念時局之危，間不容發(fā)，西南散處，意志輒殊。對外則馮、段宣戰(zhàn)，我將何以處德、奧？對內(nèi)則黃陂孤陷，我將何以設(shè)政府？凡荷重要，亟待討論，爰繹主權(quán)在民之用，師法人國變之例，特決定本月二十五日于廣州開非常會議，以謀統(tǒng)一，以圖應(yīng)變。”^[1]
8月25日，國會非常會議在廣州正式開幕，國會議員一百五十余人出席。會議由原任眾議院議長吳景濂主持。孫中山及廣東省長朱慶瀾等到會祝賀?；浂疥惐j僅派代表列席。29日，國會非常會議第二次會議通過《國會非常會議組織大綱》二十一條，規(guī)定國會非常會議以現(xiàn)任國會議員組織之；國會非常會議至內(nèi)亂戡定、《臨時約法》之效力完全恢復時為止；軍政府組織大綱由國會非常會議制定并宣布之。31日，國會非常會議第三次會議通過《中華民國軍政府組織大綱》,共十三條，其主要內(nèi)容如下：中華民國為戡定叛亂，恢復《臨時約法》,特組織中華民國軍政府；軍政府設(shè)大元帥一人，元帥三人，由國會非常會議分次選舉之；《臨時約法》之效力未完全恢復之前，中華民國之行政權(quán)由大元帥行之；大元帥代表中華民國；軍政府設(shè)立外交、內(nèi)政、財政、陸軍、海軍、交通六部；軍政府設(shè)都督若干員，以各省督軍贊助者任之。
顯然，這個《中華民國軍政府組織大綱》是為了適應(yīng)戡定叛亂的戰(zhàn)時需要而產(chǎn)生的。它是作為《臨時約法》的補充而存在的。其特點是把恢復《臨時約法》作為主要奮斗目標；在《臨時約法》未恢復以前，大元帥對外代表中華民國，對內(nèi)行使中華民國行政權(quán)力；對總統(tǒng)則虛位以待。
9月1日，國會非常會議舉行大元帥選舉會，出席議員九十一人，孫中山以八十四票當選為大元帥。翌日選舉元帥，唐繼堯得八十三票，陸榮廷得七十六票，均當選。余一名元帥原預(yù)定為程璧光，但程派代表表示不愿居此名義，會議乃從緩議。同日下午，眾議院議長吳景濂、參議院副議長王正廷及國會議員數(shù)十人，乘舞鳳艦至黃埔，舉行大元帥授印儀式。吳景濂致大元帥頌詞道：“民國不造，倪、張倡逆。國會解散，大法掃地，以啟清廷復辟之變。段祺瑞與張勛，同惡相傾，迭為起滅。孱清斯覆，而大總統(tǒng)亦被廢斥。國法圮絕，民無所依。景濂等以為救拯焚溺，不可格以恒軌。用是依準法國前例，開非常會議于廣州。僉謂大盜移國，非武力不能镕治，西南各省與海軍第一艦隊，兵力雄厚，士心效順。而部曲散漫，未有統(tǒng)帥，殊不足以取齊一之效。即于六年八月三十日議決軍政府組織大綱，置海陸軍大元帥一人。九月一日，投票選舉。前臨時大總統(tǒng)孫先生文，手創(chuàng)民國，內(nèi)外瞻仰，允當斯任，即日赍致證書，登壇授受。悃忱未盡，復申是言。所愿我大元帥總輯師干，殲滅群丑，使民國危而復安，約法廢而復續(xù)，不勝鄭重期望之至?！?sup>[2]旋由王正廷代表授印。孫中山致答詞說：“文以不德，忝為共和先導。民國成立，六年于茲，而梟雄畔換，頻煩不已，文不能救，自念無以對我邦人兄弟。今者叛督倡亂，權(quán)奸竊柄，國會解散，元首遷廢。此誠勇夫志士發(fā)憤倡義之時也。而遷延數(shù)月，大兵未舉，政府未立，內(nèi)無以攘寇亂，外不足以示友邦。文以國會諸君不釋之故，不得不統(tǒng)攝軍政。任職以后，唯當竭股肱之力，攘除奸兇，恢復《約法》,以竟元年未盡之責，雪數(shù)歲無功之恥。責任在躬，不敢有貳，諸所舉措，亦唯國會諸君實匡逮之?！?sup>[3]
9月10日，孫中山在廣州就任海陸軍大元帥，發(fā)表就職宣言，痛斥北京政府“權(quán)奸當?shù)馈?禍亂中華，“侵約法宣戰(zhàn)媾和之權(quán)，辱國會神圣立法之地”;“嗾賊興戎，以肇解散國會之禍”,張勛應(yīng)機復辟，“民國根本，掃地無余”。宣言指出：“猶幸共和大義，浹于人心，舉國同聲，誓殲元惡”。“所賴海軍守正，南紀扶義，知民權(quán)之不可泯沒，元首之不可棄遺，奸回篡竊之不可無對抗，國際交涉之不可無代表也?！庇谑钦匍_國會，“以文為海陸軍大元帥，責以戡定內(nèi)亂，恢復約法，奉迎元首之事”。孫中山最后表示：因為身與共和死生相系，“艱難之際，不敢以謙讓自潔，即于六年九月十日就職。冀二三君子同德協(xié)力，共赴大義。文雖駑鈍，猶當荷戈援桴，為士卒先，與天下共擊破壞共和者！”^[4]
經(jīng)孫中山提議、國會非常會議通過，任命軍政府各部總長名單如下：
　　外交總長　伍廷芳　　次長　王正廷
　　財政總長　唐紹儀
　　陸軍總長　張開儒
　　海軍總長　程璧光
　　內(nèi)政總長　孫洪伊　　次長　居正
　　交通總長　胡漢民
除各部總長外，軍政府還任命若干軍政長官：
　　軍政府秘書長章太炎
　　軍政府總參謀長李烈鈞
　　軍政府海軍總司令林葆懌
　　大元帥府親軍總司令李福林
　　大元帥府參軍長許崇智
　　軍政府第一軍總司令陳炯明
　　大元帥高等顧問吳景濂
　　川滇勞軍使　王　湘
　　湖南勞軍使　林祖涵
從上述各部及各部門任命的人員看來，軍政府是由國民黨、海軍及駐粵滇軍組成的聯(lián)合政府。由于兩廣巡閱使陸榮廷一開始就采取“虛與委蛇”的消極態(tài)度，桂系沒有參加政府工作，這就決定了軍政府將是個短命的政府。