興中會在廣州起義失敗后的全部活動，仍然是為著準(zhǔn)備一次新的反清武裝起義。
孫中山同唐才常商議過聯(lián)合舉義，但他估計康有為性情固執(zhí)，必多掣肘，并未寄予過多希望，而把主要努力仍然放在廣東方面，依靠興中會及其所聯(lián)系的力量。
1900年1月，陳少白受孫中山之命在香港創(chuàng)辦《中國日報》,成為最早宣傳反清革命的報紙。陳少白任總編輯。同月，楊衢云自橫濱到香港參加起義籌備?？倷C(jī)關(guān)就設(shè)在報社三樓。其間，鄭士良已經(jīng)聯(lián)絡(luò)了惠州、潮州、嘉應(yīng)各屬會黨及綠林首領(lǐng)黃福，黃耀廷、江恭喜、梁慕光等，正在等待命令。4月，楊衢云返日，向?qū)O中山報告準(zhǔn)備情況，請示方略。隨后，鄭士良也接著趕來，擬和孫中山面商。
自從義和團(tuán)運(yùn)動興起之后，孫中山就一直密切注視著中國北方的局勢，待機(jī)發(fā)動。約在5月間，香港議政局議員何啟認(rèn)為中國局勢危急，應(yīng)使革命黨與兩廣總督李鴻章聯(lián)合，宣告兩廣自主，保存廣東。他征得英國香港總督卜力(N.A.Blake)同意后，向陳少白獻(xiàn)策，請港督出面勸李鴻章乘機(jī)宣告獨(dú)立。李的幕僚劉學(xué)詢也為此在孫、李之間拉關(guān)系。劉和孫中山同鄉(xiāng)，在給孫中山的信中，他聲稱：“李鴻章因北方拳亂，欲以粵省獨(dú)立，思得足下為助，請速來粵協(xié)同進(jìn)行?！?sup>[1]孫中山雖對李鴻章能否有此“魄力”持懷疑態(tài)度，但認(rèn)為不妨一試，同時，也不放松起義的準(zhǔn)備。在這期間，孫中山會見了法國駐日本公使哈蒙特(J.Harmond),向他說明了推翻滿清政府的計劃，要求法國能給予軍械和軍事顧問方面的援助。孫中山允諾，一旦革命成功，將容許法國在華設(shè)立租界和租借地。哈蒙特向?qū)O中山表示，法國政府深盼能擴(kuò)大在華南的利益，但是，清政府是得到法國政府承認(rèn)的合法政府，法國的基本政策是維持原有政府的地位和秩序。倘若孫的革命一旦成功，法國政府當(dāng)樂于承認(rèn)。他寫了一封信，介紹孫中山與法國駐安南總督韜美(P.Doumet)相見^[2]。6月11日，孫中山偕鄭士良、楊衢云、宮崎寅藏、清藤幸七郎、內(nèi)田良平等自橫濱啟程。舟中，宮崎自薦愿去新加坡說服康有為，使他“復(fù)建共和之旗幟，握手協(xié)力”,得到眾人贊同^[3]。17日，舟抵香港海面，李鴻章派兵艦來迎。因傳聞李的僚屬有借機(jī)逮捕孫中山、楊衢云的計劃，孫中山便派宮崎、清藤、內(nèi)田三人前去談判，自己乘船逕赴西貢。過港時，在一只小舟中和鄭士良、陳少白、謝纘泰、鄧蔭南、史堅如、李紀(jì)堂等舉行了軍事會議，確定起義的主要目標(biāo)仍在奪取廣州，但發(fā)動的地點(diǎn)改為廣州、惠州并舉，廣州為正軍，惠州為旁軍。議定由鄭士良率會黨領(lǐng)袖赴惠州準(zhǔn)備起義，史堅如、鄧蔭南等赴廣州組織機(jī)關(guān)，楊衢云、陳少白等留港接濟(jì)餉械，李紀(jì)堂擔(dān)任財務(wù)主任，總管經(jīng)費(fèi)。
宮崎等過船后，被接到廣州劉學(xué)詢私宅，當(dāng)夜就進(jìn)行了談判。劉學(xué)詢稱，在各國聯(lián)軍未攻陷北京之前，李鴻章不便有所表示，但同意借款六萬元，先付一半，希望孫中山早日前來，共策進(jìn)行。談判結(jié)束，宮崎等即轉(zhuǎn)往香港，接受了劉學(xué)詢之子交來的三萬元現(xiàn)金。隨后趕赴新加坡，準(zhǔn)備和康有為談判。不料康有為懷疑宮崎此行的目的是行刺，避不見面，并向殖民當(dāng)局控告。7月6日，宮崎和清藤被捕。
孫中山于6月21日抵達(dá)西貢。但是，韜美并沒有和他會面，只讓隨從人員表示：法國殖民當(dāng)局樂于見到中國內(nèi)政有所改善，但以不引起革命和騷亂為原則^[4]。孫中山在西貢停留期間，得到宮崎被捕的消息。7月9日，趕赴新加坡營救。12日，宮崎等出獄。英國殖民當(dāng)局規(guī)定，孫中山、宮崎等五年之內(nèi)均不準(zhǔn)入境，孫中山等重返西貢。16日，孫中山等一行自西貢抵達(dá)香港，對登輪來訪的香港官員說：“我們同黨現(xiàn)正努力以顛覆北京政府，我們將在中國南部建立一新政府。”并稱：“我已放棄與康有為協(xié)力商討當(dāng)前局勢的想法?！?sup>[5]宮崎入獄事件使孫中山與康有為合作的希望又一次破滅。
在孫中山一行抵港之前，香港總督卜力曾將孫中山、李鴻章的合作打算報告英國首相，要求允許孫中山在香港登陸。但英國首相堅持香港政府以前對孫中山宣布的驅(qū)逐令仍應(yīng)有效。這樣，孫中山只能在船上布置軍事。他將惠州起義的指揮權(quán)交給鄭士良，命畢永年掌握哥老會^[6]。派日本人遠(yuǎn)藤隆夫為參謀，平山、福本襄理民政，自己則準(zhǔn)備去臺灣籌備餉械，待適當(dāng)時機(jī)潛入內(nèi)地指揮。
當(dāng)孫中山等滯留香港舟中的時候，李鴻章也正在香港停留。7月8日，清政府調(diào)李鴻章為直隸總督兼北洋大臣。17日，李鴻章抵港，拜會卜力。卜力重申前議，要李鴻章留下來實(shí)行所謂“兩廣獨(dú)立”計劃，并擬安排孫、李見面。李鴻章堅決不允，只表示“視時局趨勢徐徐解決”^[7],次日離港北上。
兩廣獨(dú)立計劃是義和團(tuán)運(yùn)動興起后半殖民地中國的獨(dú)特產(chǎn)物。幾種不同的政治力量都企圖利用當(dāng)時的復(fù)雜局面來達(dá)到自己的目的，但是，他們之間既存在著矛盾，局勢又仍在急遽發(fā)展，老奸巨猾的李鴻章是不會輕易地把這個計劃付諸實(shí)施的。
7月20日，孫中山偕宮崎返日。次日，何啟通知謝纘泰等人說：卜力支持在中國南部成立一個共和國^[8]。這以后，曾由孫中山領(lǐng)銜，楊衢云、鄭士良等署名，致書卜力，要求英國政府“助力”,“改造中國”,內(nèi)附《平治章程》六則，提出了具體的政治設(shè)想。其內(nèi)容有遷都于適中之地，于都內(nèi)設(shè)中央政府，各省設(shè)自治政府，立議會，公權(quán)利于天下，增添文武官俸，平其政刑，變科舉為專門之學(xué)等^[9]。8月14日，八國聯(lián)軍攻入北京，西太后挾光緒出亡。同月25日，孫中山偕平山周、內(nèi)田良平登輪離日，潛赴上海。他企圖利用這一特定時機(jī)，以容閎為首領(lǐng)，聯(lián)絡(luò)李鴻章、劉坤一、張之洞以及康有為等，以江蘇及兩廣等省為根據(jù)，宣布獨(dú)立，建立共和政體，漸次向中國北方發(fā)展，推倒清朝統(tǒng)治^[10]。28日，孫中山抵上海，和劉學(xué)詢在船上舉行了會談，沒有結(jié)果。當(dāng)時，正值唐才常等被捕之后，張之洞、劉坤一等命令各地嚴(yán)緝新黨，孫中山無法在上?；顒?，于9月1日與容閎同輪離滬。
上海之行雖然無成，孫中山仍不愿失去時機(jī)。9月25日，偕內(nèi)田良平、山田良政等趕赴臺灣。抵臺后，托平山周帶交劉學(xué)詢一函，要他籌款百萬，資助起義。函中寫道：“今日事機(jī)已發(fā)，禍福之間不容發(fā)，萬無可猶豫，且清廷和戰(zhàn)之術(shù)俱窮，四百州之地，四百兆之人，有坐待瓜分之勢。是可忍，孰不可忍？是以毅然命眾發(fā)之?！?sup>[11]表現(xiàn)了滿腔的憂時愛國之情。當(dāng)時，臺灣總督兒玉源太郎根據(jù)日本政府指示，企圖乘列強(qiáng)瓜分中國之機(jī)，霸占福建和中國東南沿海一帶。因此他表示“贊成”中國革命，命民政長官與孫中山接洽，許以起義后設(shè)法相助，企圖借中國革命者達(dá)到自己的目的。孫中山不了解兒玉的陰謀，他將購得的軍械儲存在臺灣，準(zhǔn)備內(nèi)運(yùn)；答應(yīng)前往助戰(zhàn)的日本退役軍人，也集中于此。
10月6日，惠州起義爆發(fā)。
鄭士良入惠州后，就選擇了歸善縣屬的三洲田作為根據(jù)地。三洲田是會黨嘯聚之區(qū)，三合會深入于周圍農(nóng)村之中。他集中了六百名精壯，但武器彈藥不足，軍糧又日漸匱缺，只好將所部分散，僅留八十人守大寨?？墒瞧鹆x風(fēng)聲已漸傳出，粵督德壽命廣東水師提督何長清部進(jìn)駐深圳，陸路提督鄧萬林部駐淡水、鎮(zhèn)隆，對三洲田取包圍態(tài)勢。鄭士良急電孫中山請速接濟(jì)。孫中山復(fù)電稱，籌備未竣，暫時解散。起義將領(lǐng)認(rèn)為敵軍不足懼，續(xù)電孫中山表示，將沿海岸東上，仍請設(shè)法迅速接濟(jì)彈藥。孫中山再次復(fù)電稱：“若能突出，可直越廈門，至此即有接濟(jì)。”^[12]
在孫中山的復(fù)電還未到達(dá)三洲田軍中的時候，清軍何長清部二百人已經(jīng)進(jìn)駐新安縣沙灣，哨騎達(dá)黃岡，逼近三洲田。起義軍迫于形勢，只能發(fā)動攻擊。6日晚^[13],黃福率八十人夜襲清軍，陣斬四十人，生擒三十余，初戰(zhàn)告捷。黃福并擬于天明時乘勝追擊，與虎門、新安一帶的江恭喜部數(shù)千人會攻新安。正在這個時候，鄭士良自香港攜孫中山第二次復(fù)電至，于是全軍改道，往廈門方向前進(jìn)。江恭喜部不及集合，迅速渙散。
其后，鄭士良接替黃福的指揮職務(wù)，率六百義軍避開何部主力向鎮(zhèn)隆前進(jìn)，清軍鄧萬林部千余人扼險而守。起義軍在平山、龍岡間召得千余群眾，于10月15日奮勇攻山，誅守備嚴(yán)某，擒歸善縣丞兼管帶杜某，奪得大批槍支彈藥，革命軍再次告捷。同時，梁慕光等也在博羅集中起義軍響應(yīng)，千余人直撲博羅城，另以小部攻惠州府城。因惠州堅守，援?dāng)逞讣?，起義軍寡不敵眾，被迫散入鄉(xiāng)間。
至此，江恭喜部未能發(fā)動，梁慕光部又沒有取勝，鄭士良部已經(jīng)成了孤軍。清軍集眾萬余，全力進(jìn)攻。但鄭軍一路秋毫無犯，受到鄉(xiāng)民歡迎，投軍者數(shù)千人。10月17日，在永湖與清軍五六千人遭遇。義軍僅洋槍千余，以少勝多，提督鄧萬林中槍墮馬，狼狽逃命，革命軍第三次告捷。10月20日，又在崩岡墟第四次告捷。次日，軍次三多祝，投軍者益眾，兵員達(dá)二萬余，宿營白沙。這時，義軍槍支彈藥已近竭絕。
孫中山于接得起義軍將沿海岸東上的電報后，即急速籌集武器彈藥。他一面致電宮崎，令將原先向菲律賓獨(dú)立軍借定的槍枝，速送惠州；一面向兒玉接洽，請其協(xié)助武器彈藥。但是，由于日本政客的貪污混騙，菲律賓獨(dú)立軍在日本所存的軍械全是廢品，無法使用。日本政府這時已發(fā)生了更迭，新任首相伊藤博文奉行保全清政府以作其代理人的政策，禁止臺督幫助革命黨人，并禁止武器出口。這樣，孫中山接濟(jì)武器和潛入內(nèi)地的希望完全沒有了。
山田良政奉孫中山之命，由香港潛往白沙大營，告以“政情忽變，外援難期，即至廈門，亦無所得”^[14],要鄭士良自行決定進(jìn)退。起義軍得到消息后全軍激昂，鄭士良當(dāng)即召集軍事會議，決定沿海岸退出，渡海返三洲田，設(shè)法從香港購取彈藥，然后會合新安、虎門義軍，以攻廣州。于是，起義軍解散，僅留洋槍手千余人，分水陸兩路回到三洲田。他們想襲擊深圳、橫岡的清軍，但是餉彈殆盡，只好在11月7日解散。山田良政在歸途中遇害。鄭士良等逃至香港。大批起義將士流亡海外。
惠州方面既失敗，廣州方面的起義計劃也隨之流產(chǎn)。
廣州方面的發(fā)動人是史堅如(1881—1900),他原是官僚家庭子弟，因憤于清廷喪權(quán)辱國，拒絕改革而投身革命。為了籌集起義經(jīng)費(fèi)，他和哥哥史古愚賣去了各自的一份家產(chǎn)。原訂夏歷七月某日起事，因軍械未至改期。這時三洲田已先期發(fā)動。為了解除三洲田起義軍受清軍夾擊的困境，史堅如決定鋌而走險。他在督署近旁租定一所房子，由鄧蔭南運(yùn)來炸藥，想炸斃德壽。10月27日，他連夜挖地，安置好炸藥引爆設(shè)施，燃香施放，但是藥線沒有點(diǎn)著。28日晨，他再次燃香，外出觀察。果然一聲轟響，震坍督署后圍墻十余丈，德壽自床上拋出墮地。史堅如于次日前往碼頭時被捕，11月9日被害。
惠州起義爆發(fā)在義和團(tuán)運(yùn)動遭到帝國主義者和封建統(tǒng)治者聯(lián)合鎮(zhèn)壓的時候，國內(nèi)外各種政治勢力的緊張活動，為這次起義添加了豐富的色彩。興中會勇敢的武裝起義表明，在挽救當(dāng)時祖國危亡的斗爭中，資產(chǎn)階級革命者是一支堅定的力量，但是這支力量在政治上還很幼稚，還不善于應(yīng)付各種復(fù)雜的局面。
在孫中山親自布置的反清武裝起義中，惠州起義歷時最長。興中會利用三合會的力量組織起義，使起義獲得良好的群眾基礎(chǔ)。起義的指揮者鄭士良既是革命黨人，又是會黨領(lǐng)袖，還是一個很好的軍事指揮員。他以這種身份領(lǐng)導(dǎo)起義，保證了起義軍指揮的統(tǒng)一。這次起義原定的正軍在廣州，惠州只是旁軍，但是正軍像1895年一樣沒有結(jié)果，旁軍卻很快有所發(fā)展。此后，直到1910年春節(jié)的廣州起義前，孫中山?jīng)]有再布置奪取廣州這樣的大城市，不能說與惠州起義的經(jīng)驗沒有關(guān)系。
導(dǎo)致這次起義失敗的直接原因是軍械問題，而這次的軍械問題卻是由政治原因造成的。興中會的領(lǐng)導(dǎo)人沒有認(rèn)識到帝國主義的本質(zhì)，輕意地把奪取勝利的重要準(zhǔn)備即軍械的供給，寄托在日本官方的支持上，因而打亂了起義的計劃。對帝國主義者的幻想，還同樣反映在爭取法國援助和廣東獨(dú)立問題上。興中會領(lǐng)導(dǎo)人的這種幻想，是中國資產(chǎn)階級與生俱來的軟弱性的表現(xiàn)。以后，他們在對待諸如此類的具體問題時，手段雖已老練得多，但這一根本弱點(diǎn)仍然危害著他們的事業(yè)。
惠州起義后，1901年1月，楊衢云被廣東當(dāng)局雇人刺死于香港。楊衢云對興中會的事業(yè)有重大貢獻(xiàn)，他堅決反對在革命成功后保留帝國，首先提出要在中國建立民主共和制的國家，并為此而奮斗至死。對于他的功績，孫中山始終感念不已。8月，鄭士良又在港暴卒。1902年1月，畢永年逝世于惠州羅浮山寺。已經(jīng)受到嚴(yán)重摧殘的興中會又喪失了幾位重要的活動家，只好暫時偃旗息鼓了。但是，澳洲華僑謝纘泰卻仍在努力，試圖組織一次新的進(jìn)攻。