桂王政權是南明最后建立且歷時最久的小朝廷。清軍占領江南和東南沿海廣大地區(qū)后，1646年9月，又以優(yōu)勢兵力向廣東及西南腹地發(fā)動進攻，企圖一舉消滅西南的抗清武裝。11月，明廣西巡撫瞿式耜、兩廣總督丁魁楚、湖廣總督何騰蛟等擁立桂王朱由榔在廣東肇慶即皇帝位，改元永歷，準備繼續(xù)抗清。桂王政府雖然內(nèi)部矛盾重重，腐敗不堪。永歷政權的主要地盤在廣西，由于先后得到大順軍和大西軍的支持，堅持時間最長，抗清的力量也最強。1647年正月，清降將李成棟率軍由福建進入廣東，攻下廣州，繼陷肇慶，進犯廣西。擁立桂王的兩廣總督丁魁楚降清，桂王政府內(nèi)部一片混亂。桂王先后逃到梧州、桂林、全州、武岡等地，席不暇暖。由于瞿式耜在桂林堅守和抗清義軍在敵后牽制，最后才算保住了廣西的一角。1648年，是抗清斗爭形勢重大轉(zhuǎn)變的一年。原來占據(jù)江西的清降將金聲桓和占據(jù)廣東的降將李成棟，由于沒有達到個人目的，對清廷不滿，在人民堅持抗清斗爭的影響下，他們先后反正。大順軍與明軍乘機反攻，幾乎收復了湖廣地區(qū)的全部失地，局勢為之一變。永歷政權是明朝官府和明末農(nóng)民起義軍聯(lián)合抗清的組合，但矛盾重重，大大削弱了抗清的力量。1649年春，清軍攻破南昌，金聲桓敗死。李成棟由廣東馳援渡水時溺死。何騰蛟在湘潭被俘，不屈犧牲。不久，清軍攻入桂林，瞿式耜被俘不屈而死。1651年桂林失陷，永歷政權在廣西無立足之地。朱由榔依附大西軍孫可望、李定國，輾轉(zhuǎn)于貴州、云南。孫、李兩人爭奪權位。1655年，李定國奉朱由榔至昆明，孫可望嫉妒李定國的功績，由貴州進攻云南，被李定國打敗，孫可望向清軍投降。1657年，永歷政權由昆明退到保山，又退到騰沖。1659年，朱由榔又逃到緬甸。1662年春，緬甸當局把朱由榔交給清軍，吳三桂在昆明將朱由榔用弓弦絞死，李定國得到這個消息悲憤而死，堅持了十幾年的永歷政權滅亡。