公元七世紀(jì)上半葉，創(chuàng)立于西亞的伊斯蘭教開(kāi)始向東方傳播。到七世紀(jì)下半葉，伊朗、阿富汗一帶先后建立了幾個(gè)伊斯蘭教國(guó)家，印度也面臨著來(lái)自穆斯林勢(shì)力的威脅。
最早侵入印度的穆斯林來(lái)自阿拉伯地區(qū)。712年，穆斯林以“圣戰(zhàn)”的名義武力占領(lǐng)了印度河下游的信德地區(qū)。此后，阿富汗的伽色尼王朝在986年遠(yuǎn)征印度，首先占領(lǐng)白沙瓦。997年，馬默德親王率領(lǐng)穆斯林軍隊(duì)十七次遠(yuǎn)征印度，占領(lǐng)了西北印度的全部地區(qū)。馬默德給印度的選擇是非此即彼的：要么死，要么改信伊斯蘭教。對(duì)被征服地區(qū)所有的佛教、印度教寺院和圣地進(jìn)行毀滅性的破壞，焚燒經(jīng)典，殺戮僧尼，掠奪財(cái)寶。馬默德死后，伽色尼王朝被新興的廓爾王朝所滅。廓爾王朝也是穆斯林國(guó)家，繼續(xù)對(duì)印度進(jìn)行武力征服。1175至1191年間，穆斯林軍隊(duì)幾次出征旁遮普、古吉拉塔因特等地，并占領(lǐng)了上述地區(qū)。之后，穆斯林勢(shì)力進(jìn)一步擴(kuò)張到孟加拉灣。征服過(guò)程中，毀滅佛教的方式與以前相比是有過(guò)之而無(wú)不及。據(jù)說(shuō)，穆斯林占領(lǐng)佛教名寺飛行寺后，在寺中發(fā)現(xiàn)了大批藏書(shū)。他們想找人講解書(shū)中的內(nèi)容，附近竟找不到一個(gè)存活的印度人。可以想見(jiàn)，這樣的浩劫是多么巨大。
佛教一直宣揚(yáng)忍辱、戒殺與慈悲，因而在伊斯蘭教的刀光劍影面前，這些教頭及信奉者顯得軟弱無(wú)力，只有背井離鄉(xiāng)，遠(yuǎn)走他方了事。根據(jù)西藏多羅那陀的記述，當(dāng)時(shí)佛教徒大多逃亡到西藏、南印度和東南亞等地。少數(shù)比丘短期內(nèi)仍留守寺院，在寺院附近過(guò)“游擊”式的避難生活。1235年，西藏有位名叫達(dá)磨斯瓦命的僧人游巡那爛陀寺，看到寺里還住著一位年老比丘，名叫羅睺羅室利跋陀羅，他還在寺院的廢墟上為七十名學(xué)生講授梵文文法。
1203年，佛教最大的寺院超戒寺被毀，從此，佛教在印度本土基本消亡。