明天啟年間，宦官魏忠賢開始擅權時，因為孫承宗是元老重臣，功高望重，很想收賣他。于是派爪牙劉應坤等人向孫承宗透露了這一意圖，孫承宗堅決拒絕，連話都不與劉應坤講，魏忠賢由是而恨他。一次孫承宗奉旨外出巡視薊州(故治即今天津薊縣縣城)、昌平(故治在今北京昌平東南)水災。魏忠賢乘此機會免去楊漣、趙南星、高攀龍等人的職務。孫承宗得知這一消息后，認為上疏，皇帝未必能看得到，根據(jù)以往經驗，在給皇帝講課時上奏，效果最好。于是上書朝廷，請求回京給皇帝賀壽，待見到皇帝時，再申述楊漣等人無罪。魏忠賢的爪牙魏廣微聽說孫承宗要回京，即飛報魏忠賢說：“孫承宗將率兵數(shù)萬入京清君側，兵部侍員李邦華為內應，公將被碾成齏粉！”魏忠賢聽到這個消息后，驚恐萬分，于是繞皇帝的床哭個不停。熹宗被他哭動了心，令內閣擬旨，閹黨、次輔顧秉謙擬旨：“無旨離泛地，非祖宗法，違者不宥?！边B夜開皇宮禁門召兵部尚書入宮，命他派三道飛騎傳旨阻止孫承宗入京。孫承宗抵達通州(故治在今北京通縣境內)時，接到不準他人京的詔書，只得返回薊州。魏忠賢又指使閹黨李蕃、崔呈秀、徐大化乘機連連上疏詆毀孫承宗，把他比做東晉的王敦、唐代的李懷光，說孫承宗擁兵自重、圖謀不軌。孫承宗被逼得閉門不出，上疏要求辭官為民。