元代是由蒙古族創(chuàng)立的政權(quán)。其疆域東起海岸，西到新疆，南至海南，北領(lǐng)西伯利亞大部，東北起自鄂霍次克海，西南囊括云南、西藏。是我國(guó)歷史上版圖最大的王朝。為有效統(tǒng)治如此遼闊的領(lǐng)土，元朝統(tǒng)治者一方面依靠其軍事力量，另一方面就是極力扶持佛教。由于國(guó)家的支持，宋以來已經(jīng)衰落的佛教，元代顯示出高漲的趨勢(shì)。表現(xiàn)為佛教在社會(huì)上勢(shì)力大大擴(kuò)張，不但享有各種特權(quán)，甚至公然侵奪公田、民戶。寺院經(jīng)濟(jì)迅速膨脹，不但占有大量土地，往往兼營(yíng)商業(yè)、手工業(yè)、當(dāng)鋪、酒肆、碾硙，貨倉(cāng)、旅店、邸店等。據(jù)至元二十八年(1291)統(tǒng)計(jì)，全國(guó)有寺院二萬四千余所，僧尼二十一萬多人。學(xué)者估計(jì)，到元中葉，加上偽濫私度，全國(guó)僧尼總數(shù)約在百萬左右。
元帝室與藏傳佛教
蒙古統(tǒng)治者很早就把藏傳佛教作為擴(kuò)大勢(shì)力、鞏固統(tǒng)治的重要手段?！对贰?釋老傳》載：“元起朔方，固已崇尚釋教。及得西域，世祖以地廣而險(xiǎn)遠(yuǎn)，民獷而好斗，思有以因其俗而柔其人，乃郡縣土番之地，設(shè)官分職，而領(lǐng)之于帝師?！?《元史》卷二○二)故以藏傳佛教為國(guó)教，以藏傳佛教的領(lǐng)袖為帝師，中央設(shè)宣政院，由帝師主事，統(tǒng)領(lǐng)天下釋教并直接管理西藏地方事務(wù)。又在南宋舊都杭州設(shè)江南釋教總統(tǒng)所，任命藏傳佛教僧人統(tǒng)理，以管轄江南佛教。這一政策的實(shí)行，推動(dòng)了藏傳佛教在藏、蒙地區(qū)及北方部分漢民族中的傳播，空前密切了藏蒙、藏漢、蒙漢諸民族的思想文化交流，加強(qiáng)了西藏與中央政府的聯(lián)系。
由此，藏傳佛教在全國(guó)的各個(gè)佛教教派中處于領(lǐng)導(dǎo)地位。歷朝新帝即位，必先就帝師受戒。藏傳佛教僧人享有各種政治、經(jīng)濟(jì)特權(quán)。宣政院曾規(guī)定：“凡民毆西僧者，截其手。罵之者，斷其舌。”(同上)國(guó)家對(duì)喇嘛僧多方庇護(hù)，大量賞賜，使得他們集聚了大量的財(cái)富，成為社會(huì)上一個(gè)特殊的階層。當(dāng)然，對(duì)其中為非作歹過甚者，政府也予以懲罰。如帝師楊璉真伽，世祖時(shí)為江南釋教總統(tǒng)，他利用職權(quán)，劫掠財(cái)富，發(fā)掘墳?zāi)梗逇⑵矫?，無所不為。事發(fā)被查處。但蒙古統(tǒng)治者以喇嘛僧為江南佛教領(lǐng)袖有鉗制漢族佛教僧侶反元活動(dòng)的意圖，因此，對(duì)個(gè)別非法喇嘛僧的懲罰，并沒有改變其基本的政策。
元朝諸帝，大多是藏傳佛教的虔誠(chéng)信徒。每朝皇帝，都要大修寺院，大規(guī)模賜田賜鈔，甚至形成傳統(tǒng)。元朝末年，宗室為爭(zhēng)奪帝位而內(nèi)亂不絕。佛教在這一過程中也起到一定的作用。

元代歡喜金剛(敦煌第465窟)

漢傳佛教諸宗
元朝雖然特別尊崇藏傳佛教，但對(duì)于其他宗教，如漢傳佛教、儒教、道教，乃至外來的伊斯蘭教、基督教均不排斥，采取寬容的態(tài)度。其中漢傳佛教與藏傳佛教本來都屬于佛教，所以也得到歷代皇帝的支持。
元代的漢傳佛教以禪宗為主流。北方有方松秀行、雪庭福裕一系的曹洞宗與海云印簡(jiǎn)一系的臨濟(jì)宗。萬松秀行由金入元，與江南天童如凈一起，被譽(yù)為曹洞宗的兩大宗匠。耶律楚材是他的俗家弟子，曾任元中書令。海云印簡(jiǎn)(1202—1257)曾為忽必烈說法傳戒，他的俗家弟子劉秉忠參與朝廷軍政大計(jì)，對(duì)元朝典章制度的建設(shè)頗有建樹，在元初有很高的政治地位。
南方所傳主要是臨濟(jì)宗楊歧派法系。著名僧人有云峰妙高(1219—1293),曾參加世祖時(shí)舉行的三教辯論并取得勝利； 雪巖祖欽(?—1287),主張儒佛一致； 高峰原妙(1238—1295),人稱“高峰古佛”,有語(yǔ)錄行世； 中峰明本(1263—1323),高峰的弟子，丞相脫歡等曾從之學(xué)禪，有語(yǔ)錄行世； 元叟行端(1255—1317),弘揚(yáng)大慧宗杲門風(fēng)，著名禪僧楚石梵琦便是他的弟子； 一山一寧(1247—1317),南海普陀山名僧，曾奉命出使日本，后封國(guó)師。
此外，天臺(tái)宗、華嚴(yán)宗、法相宗、律宗等派別仍有活動(dòng)。其中天臺(tái)宗主要在杭州、天臺(tái)山等傳統(tǒng)根據(jù)地傳播。天臺(tái)宗高僧湛堂曾于英宗至治二年(1321)應(yīng)邀到大都參與大藏經(jīng)的編輯。華嚴(yán)宗主要在五臺(tái)山傳播，有一定的影響。

元代佛像(山西五臺(tái)山)

除了傳統(tǒng)的佛教派別外，元代江南地區(qū)還流傳白蓮教、白云宗等兩個(gè)教派。
白蓮教是在結(jié)社念佛、凈土信仰風(fēng)氣廣泛發(fā)展的情況下，由南宋僧人茅子元?jiǎng)?chuàng)立的。該教認(rèn)為凈穢迷誤的關(guān)鍵在于人們自心的凈染，因此，它要求把修心與修凈土結(jié)合起來。該教允許僧人結(jié)婚生子。元代，白蓮教與民間信仰逐漸融合，群眾基礎(chǔ)日益廣泛，從而引起元朝政府的不安。武宗至大元年(1308)詔令“禁止白蓮社，毀其祠宇，以其人還隸名籍”(《元史》卷二二)。后因東林寺普度等白蓮教上層人士的努力，元政府取消禁令，允許該教繼續(xù)活動(dòng)。但該教的下層人士則轉(zhuǎn)向民間秘密發(fā)展，教義也有變化，鼓動(dòng)與組織農(nóng)民反抗元朝的壓迫，并終于領(lǐng)導(dǎo)了元末農(nóng)民起義。
白云宗原屬華嚴(yán)宗的一個(gè)分支，因提倡蔬食，故又稱白云菜或十地菜。由北宋末年僧人孔清覺創(chuàng)立。該教特別注重弘揚(yáng)《華嚴(yán)經(jīng)》教義，提倡儒釋道三教合一。不許嫁娶，但強(qiáng)調(diào)信徒要耕稼自立。元代該教以杭州南山普寧寺為中心，一度有較大發(fā)展。該寺并組織刊刻了佛教大藏經(jīng)——《普寧藏》。仁宗延祜七年(1320)遭到嚴(yán)禁。
元代大藏經(jīng)的刊刻相當(dāng)興盛，據(jù)明紫柏說，元代共刊刻十余部大藏，但我們現(xiàn)在可以看到的只有三、四種。