元朝的殘余勢(shì)力是在元朝滅亡后被消滅的。元朝滅亡后，擴(kuò)廓帖木兒擁兵數(shù)十萬(wàn)屯駐山西，李思齊、張思道等盤(pán)踞陜西，納哈出占據(jù)遼陽(yáng)有兵10萬(wàn)，梁王把匝剌瓦爾守云南。明朝視擴(kuò)廓帖木兒為頭號(hào)勁敵，陜西李思齊、張思道已有貳志，故克大都后，明軍即分兵兩路進(jìn)攻山西。1368年9月，徐達(dá)、常遇春進(jìn)兵山西。12月，擴(kuò)廓帖木兒乘大都空虛，偷襲大都，徐達(dá)直取太原，回頭襲擊擴(kuò)廓帖木兒的兵營(yíng)，擴(kuò)廓帖木兒大敗，僅以18騎逃遁。1369年4月，常遇春進(jìn)入陜西，李思齊投降。常遇春等直搗上都，元順帝只好又北逃。1370年4月，元順帝死在應(yīng)昌(今內(nèi)蒙達(dá)里諾爾西南)。而元朝勢(shì)力的真正消滅則以1387年占據(jù)遼東的納哈出歸降明朝，才完成了全國(guó)的統(tǒng)一。元順帝死后，皇太子愛(ài)猷識(shí)里達(dá)臘即位，明軍乘勝追擊，攻下應(yīng)昌，皇太子逃到和林。擴(kuò)廓帖木兒也在蘭州附近的沈兒峪兵敗，退到和林。愛(ài)猷識(shí)里達(dá)臘仍稱(chēng)大元皇帝，這個(gè)稱(chēng)號(hào)一直引用了6代，所以歷史上稱(chēng)這一階段的蒙古政權(quán)為“北元”。