對孫中山而言，在廣大而長遠的目標之外，短期與具體的選擇更為迫切，他首先需要為自己的力量尋求落腳點與出發(fā)點，以便重組隊伍，東山再起，他的眼光仍在廣東，而選擇的突破口則是福建。
福建原為皖系地盤，督軍李厚基自1913年率軍入閩，統(tǒng)治福建有年。他“內(nèi)則恣意揮霍，力事逢迎，外則張皇補苴，盡情搜括。稅收不足，繼之以募債，募債不足，繼之以外資。其間不惜高利或巨額仲金，為吸引之具。以公家為孤注，博其一己短暫時間之榮寵”^[1]。李厚基的貪婪引起閩人的強烈不滿。直皖戰(zhàn)后，李厚基因失去皖系依托而漸靠近直系，為吳佩孚所拉攏，以牽制在閩南的廣東孫中山和在閩北的浙江盧永祥的力量。第一次直奉戰(zhàn)后，李厚基見直系勢力更盛，更親近直系，并削去其手下臧致平的兵權(quán)^[2],又圖謀削去王永泉的兵權(quán)^[3],以穩(wěn)固統(tǒng)治。李厚基的作為使部下與其離心，埋下了倒戈的隱患，加以李厚基在福建當政多年，形象不佳，統(tǒng)治基礎(chǔ)薄弱，閩人斥之為“禍閩”,在“聯(lián)省自治”的浪潮中提出了“閩人治閩”主張，發(fā)起驅(qū)李運動。福建有較強的民軍力量，由于李厚基排擠臧致平、王永泉，兩部怨憤，暗中與民軍聯(lián)合，集款購械，日趨活躍，不利于李厚基統(tǒng)治的穩(wěn)固。此時正值陳炯明在廣東發(fā)動政變，孫中山的北伐軍因措手不及而回師失利，而許崇智領(lǐng)導(dǎo)的粵軍早與王永泉建立聯(lián)系，許崇智本人又曾駐軍福建，了解福建情況，并與福建軍政界人士常有往還，粵軍遂向福建退卻，準備與王永泉聯(lián)手合作驅(qū)李，然后以福建為根據(jù)地，整軍經(jīng)武，回粵驅(qū)陳。
8月中旬，許崇智率北伐粵軍進入贛閩邊境的會昌，全軍人數(shù)尚不及萬，而且缺械少餉，亟待有穩(wěn)固的基地休整補充。為了減輕王永泉對客軍入閩的疑慮，許電告王：“我軍此次主張，純?yōu)殚_創(chuàng)東南新局面，實行孫(中山)段(祺瑞)攜手，閩浙聯(lián)防。因李(厚基)作梗，故不能不去李。去李以后，閩局自應(yīng)請伯川(王永泉)主持?！痹S的設(shè)想得到了孫中山的首肯和王永泉的贊同，孫中山的代表胡漢民專程前往延平(今南平),與王永泉商討聯(lián)合行動。9月初，北伐粵軍自瑞金啟程，“入寧化，經(jīng)建寧、泰寧、建陽以入建甌”^[4]。在粵、皖、奉“三角同盟”聯(lián)合反直的背景下，粵軍在福建的行動也得到皖系的支持，段祺瑞的心腹徐樹錚帶人在9月下旬從浙南潛入延平，協(xié)助王永泉策劃驅(qū)李事。9月27日，王永泉在延平宣布獨立，要求李厚基下臺離閩。10月1日，王永泉就任閩軍總司令。
10月2日，許崇智與王永泉部聯(lián)合向省城福州發(fā)起進攻。李厚基對于王永泉的動向已有所準備，先已派人向曹、吳求援，得吳佩孚下令從江西派兵及海軍赴援(只是因為形勢的迅速變化，援軍未到，李厚基已下臺)。但是，李厚基的兵力有限(守福州的只有一個旅不到萬人),素質(zhì)低劣，作戰(zhàn)意愿不高?；涇姾屯踯娮园l(fā)起攻擊后進展順利，不過十天時間，10月12日晨攻占延平到福州的咽喉要點水口，逼近福州，各地民軍亦紛紛出擊，牽制李厚基無法從外地調(diào)兵增援福州。12日當天，粵軍向福州發(fā)動攻勢，李厚基見大勢已去，倉促避入日本駐福州領(lǐng)事館，隨后轉(zhuǎn)往閩南廈門、泉州，圖謀再起?；涇娺M入福州后，與李部殘余交戰(zhàn)兩日，至14日完全控制福州。
李厚基下臺后，福建的局勢一時出現(xiàn)了頗為復(fù)雜的狀況。10月13日，黎元洪任命前海軍總長薩鎮(zhèn)冰為福建軍務(wù)會辦，15日又任其為福建省長。薩鎮(zhèn)冰為福建人氏，符合“閩人治閩”的要求，能為福建各界所接受；他一直任職于海軍，政治態(tài)度中立，與南北均有良好關(guān)系，故南北各方均未對其上任表示反對。對于孫中山而言，受陳炯明政變之累，需要有一地盤，作為再起出發(fā)的根據(jù)地，粵軍在福建的進展，使孫認為“能即進而滅廣州之賊固善；如其不能，則保守福州而堅持，亦為一進步也。蓋有一日福州，則我有一日之憑借，外交內(nèi)應(yīng)，則以此為背景。倘并此而無之，則我不過為一租界亡命客耳，奚足輕重？”^[5] 而皖系對福建地盤也有自己的想法，因為直皖戰(zhàn)后皖系所控制的地盤只余浙江一省，而福建是皖系以前控制的地盤，王永泉的第二十四混成旅原為徐樹錚統(tǒng)領(lǐng)的參戰(zhàn)軍一部，故皖系企圖利用此次機會，再次控制福建，壯大實力。10月2日，野心勃勃的徐樹錚在延平成立“建國軍政制置府”,宣稱將“克日移駐福州，處理一切軍民諸務(wù)，依建國詮真，臚列諸端，切實辦理，盡德信威力范圍所及，自行其是”。表示“不至通國合一，復(fù)設(shè)正統(tǒng)政府之日，無論何人命令，樹錚概所勿受。惟以至誠至敬，尊奉合肥段上將軍祺瑞、中山孫先生文，為領(lǐng)導(dǎo)國家根本人物，服從其謀義，在今之日，我中華民國非此純潔之二老出任艱巨，國基萬難告安”^[6]。
10月17日，許崇智、徐樹錚、王永泉等到福州。18日，徐樹錚根據(jù)其《建國詮真官制》所倡之“中樞總管綱要”,“省權(quán)上合下分”的原則，以“建國軍政制置府”名義，任命王永泉為福建“總撫”,總攬全省軍政。但是，王永泉并不樂意徐樹錚凌駕于其上指揮一切，他和許崇智也沒有否定薩鎮(zhèn)冰的省長地位。福建輿論對皖系在福建的統(tǒng)治本無好感，不愿趕跑了李厚基，又來了徐樹錚，“在省紳商耆宿，頗有致疑于新制者”。國民黨領(lǐng)袖孫中山乃至皖系人物盧永祥等，對徐樹錚如此特立獨行的舉動也不以為然。在各方反對下，徐樹錚不得不在10月30日宣布廢除“總撫”職，改任王永泉為總司令，并解釋設(shè)置制置府的目的是：“建國軍政府之設(shè)，因國無政府，故立此為發(fā)號施令之樞紐，職權(quán)略似國務(wù)院，負全國建設(shè)之責，非為福建而設(shè)。福建軍民政綱，一經(jīng)制定，自當移駐他地，別有經(jīng)營，無常駐福州之必要，且一切經(jīng)費決不取資于福建。”^[7]為了避免激化矛盾，影響反直“三角同盟”的內(nèi)部關(guān)系，段祺瑞派原安福國會議員王郅隆到福州，勸徐樹錚顧全大局，從速離閩。雖然徐樹錚并不情愿就此離去，但王永泉已經(jīng)穩(wěn)住陣腳，控制了局面，徐樹錚見事無可為，只能在各方壓力之下，于11月2日被迫離開福州前往上海，“建國軍政制置府”由此結(jié)束。
已經(jīng)被趕下臺的李厚基也不甘寂寞，他以閩南泉州為中心，召集舊部謀劃在福建復(fù)職。此時，被李撤職的臧致平從上?；亻}，與王永泉、許崇智等就劃分地盤及協(xié)助粵軍回粵等問題有所謀劃。隨后臧致平在廈門被舊部推為閩軍總司令，李厚基還想借助臧部力量打回福州，不料臧卻縱兵向李索餉并圍攻，逼迫李厚基先是在11月7日逃到鼓浪嶼日租界躲避，后又去廣東汕頭，向陳炯明求援，陳炯明遂派出鐘景棠師入閩援李。臧致平在李厚基和陳炯明的壓力下，與許崇智的討賊軍聯(lián)合，擊敗鐘景棠部。其后，許崇智、王永泉、臧致平及民軍張貞部聯(lián)合進攻閩南，12月18日攻入泉州，李厚基的力量基本被消滅。直系派出的福建鎮(zhèn)撫使劉冠雄致電北京政府，認為“李厚基在閩，人心全失，效力已無，萬無振刷希望，用之徒滋糾紛。且建國軍早經(jīng)滅絕，情勢已遷，請明令取消討逆名義，并免李之職，請調(diào)京位置，并將閩督一缺裁撤，此后閩省善后，即由冠雄會同薩省長，協(xié)同各方繼續(xù)辦理，以一事權(quán)”^[8]。1923年1月，李厚基從閩南到汕頭轉(zhuǎn)赴南昌，后到天津定居。
1922年11月7日，由孫中山任命的福建省長林森宣告就職，他和北京政府任命的福建省長薩鎮(zhèn)冰各不相屬而又相安無事。林森在福建施政，以“自治”為本，而孫中山則希望他多多籌款，以備討賊軍打回廣東。孫中山致函林森說：“目前萬事，自以籌款為最要，望兄放膽做去，勿庸瞻顧。無財政則軍隊嗷嗷，無以自守”;“近日西江軍事緊急，香港機關(guān)乃不名一錢?！追嚼耍焓刮鹘伴}中軍事，俱未能發(fā)展，殊可憂耳?！?sup>[9] 不過，林森在福建缺乏實力支撐，政令難以推行，籌款更是困難。許崇智得不到林森的錢財支持，與其關(guān)系漸遠，王永泉一直謀劃由其主政福建，更不會誠意支持林森，處在各種矛盾夾縫中的林森，地位并不穩(wěn)固。
直系也不能忘情福建，他們通過北京政府派前海軍總長劉冠雄為福建鎮(zhèn)撫使，同時組織“援閩軍”,企圖將福建納入直系的勢力范圍?！霸}軍”從河南、湖北、江西抽調(diào)二個師三個混成旅組成，由河南暫編第一師師長常德盛統(tǒng)領(lǐng)。11月中旬，援閩軍自贛入閩，隨后被王永泉部擊退。吳佩孚認為，“閩雖一隅，關(guān)系東南大局，設(shè)再遷延不決，則亂事蔓延，將無底止”;決定調(diào)派駐守湖北宜昌準備“援川”的孫傳芳部改而“援閩”^[10]。12月，孫傳芳率第二師從鄂西宜昌進駐江西。1923年1月21日，北京內(nèi)閣總理張紹曾為標榜“和平統(tǒng)一”訴求，宣布取消“福建討逆軍”名義，“援閩軍”停止前進，所有福建境內(nèi)主客各軍善后事宜，責成薩鎮(zhèn)冰、劉冠雄、孫傳芳協(xié)商辦理，但這個命令得不到直系的支持，無法付諸實施。
1923年2月，許崇智率東路討賊軍回師廣東，林森失去武力依靠。3月，吳佩孚主持在洛陽舉行軍事會議，“討論川粵閩贛問題及促進南北統(tǒng)一辦法，其主張與政府之計劃，完全不同，其主旨：一、鞏固長江防務(wù)。二、窺取閩粵地盤。前者收拾川局入手，再圖滇黔。后者孫傳芳督閩，沈鴻英督粵。指揮孫、沈，使閩浙粵桂不能聯(lián)成一氣，然后再及西北問題”^[11]。直系派出的“援閩軍”再度由贛入閩，王永泉、臧致平等在武力壓迫下倒向直系，林森實無法再執(zhí)行其省長職權(quán)，3月初被迫辭職，結(jié)束了在福建二位省長并存的局面，薩鎮(zhèn)冰繼續(xù)任福建省長。3月20日，北京政府在直系壓迫下發(fā)布孫傳芳督閩、沈鴻英督粵令。4月17日，孫傳芳就任閩督。福建的南北之爭暫告段落，福建成為直系的地盤。