突出地顯現(xiàn)印章文化的印色，也有其特殊構(gòu)成的自然質(zhì)。從自然科學(xué)的視角看，色彩是自然界客觀存在的物質(zhì)——光的一種表現(xiàn)形式，是物質(zhì)一定波長(zhǎng)的光波運(yùn)動(dòng)作用于人的視覺(jué)的結(jié)果，因此，它應(yīng)看作是物質(zhì)運(yùn)動(dòng)派生出來(lái)的一種能力和特性，它屬于英國(guó)哲學(xué)家洛克所說(shuō)的“第二性質(zhì)”,即“可感的性質(zhì)”。
在中國(guó)，用以鈐蓋印章的印色，是經(jīng)過(guò)了歷史的選擇、淘汰的。沙孟海曾指出：“印色，主要是朱色。但最初用墨色，后來(lái)通行朱色，也偶然用赭色、青色?！碧拼儆∮蟹Q(chēng)“朱記”的，這已說(shuō)明印泥并非一色，所謂“朱記”,就區(qū)別于他色。戴啟偉曾說(shuō)：“印泥用朱，此大凡也。宋儒在制中有用墨者，元人則有用青者?！?《嘯月樓印賞》)證之以唐韓干《牧馬圖》所鈐南唐后主“集賢院御書(shū)印”,五代巨然《秋山問(wèn)道圖》所鈐宋“蔡京珍玩”,都是墨印?！恫芏鸨纺E卷后元“柯九思”等印，也是墨印。有人說(shuō)，墨印與鈐蓋者居喪有關(guān)，其實(shí)也不盡然。但是，從印章文化史的發(fā)展來(lái)看，印色用朱，無(wú)疑是大勢(shì)所趨，人心所向，它早就掩蓋了其他各色，這種價(jià)值取向及其所反映的文化心理，也是印章文化學(xué)需要探討的一個(gè)課題。
現(xiàn)代自然科學(xué)和色彩學(xué)認(rèn)為，不同波長(zhǎng)的光，具有不同的性質(zhì)，并能給人以不同的感覺(jué)。在各種色彩中，紅色穿透大氣的能力最強(qiáng)，它最富于亮度感、強(qiáng)度感、溫度感和膨脹感，是一種積極性的色彩?？刀ㄋ够驼J(rèn)為，紅色“在內(nèi)部包含著效力不小的強(qiáng)度”,“紅光只在自身中發(fā)射著，由于這一原因，紅色比黃色更能贏得人們的喜愛(ài)”,“它給人有力、熱情、果斷、凱旋的感覺(jué)”,而“朱紅是一種給人銳利感覺(jué)的紅色”(《論藝術(shù)中的精神》)。西方色彩研究的理論成果，無(wú)疑也適用于中國(guó)的印色。鈐印用朱紅印色，其視覺(jué)心理效果是：明亮、強(qiáng)烈、有力、果斷、鮮艷、閃耀，光彩奪目，能引起觀者的興奮和注意，給人以深刻的印象，這些正符合于印章的文化功能。
歌德還發(fā)現(xiàn)，“純粹的紅色能夠表現(xiàn)出某種崇高性、尊嚴(yán)性和嚴(yán)肅性”;康定斯基也認(rèn)為，“紅色這個(gè)因素總有足夠的力量，確保該色免于輕率之舉”。正因?yàn)槿绱耍诠儆∠到y(tǒng)，帝王將相的印用紅色鈐蓋，就能鈐出其“崇高性、尊嚴(yán)性”。就私印系統(tǒng)來(lái)說(shuō)，鈐印作為一種文化行為或文化模式，也必須具備嚴(yán)肅而不輕率的性質(zhì)，這才能取信于人。而法書(shū)名畫(huà)或珍善書(shū)籍上鈐以紅色的鑒賞印、收藏印，又更能顯示其高貴性質(zhì)；書(shū)法創(chuàng)作配以紅印，黑白紅相輝映，也是有意味的文化形式。
畫(huà)家德拉克洛瓦認(rèn)為，紅色能“給人以歡快和充裕的感覺(jué)”。紅色的這一表現(xiàn)性，也是中西相通的。在中國(guó)傳統(tǒng)文化環(huán)境里，紅色也被看作是歡樂(lè)、吉利、喜慶的色彩，而印章又與古代祥瑞文化、趨吉意識(shí)有關(guān)(詳論見(jiàn)后),吉語(yǔ)印、肖形印等就是其物化形態(tài)，它們用紅色鈐蓋，色彩和意愿就異常吻合，相得益彰。
對(duì)印泥的選料、研制，我國(guó)歷來(lái)也十分講究，并不斷注意改進(jìn)。在宋代，有以水調(diào)朱者，有以蜜調(diào)朱者，但日久易脫落，元代又發(fā)明油朱之制。乾隆時(shí)還有所謂八寶印泥，“其所鈐之寶，印文凸起，鮮紅欲滴”。姚晏《再續(xù)三十五舉》總結(jié)說(shuō)，精制油朱印泥應(yīng)“不使?jié)皇節(jié)B，使意與法皆可觀焉，非唯增印之華而已”。該書(shū)還列舉了“凈朱砂”、“飛銀朱”、“理艾”、“制油”、“配合”、“收護(hù)”等法。吳騫《論印絕句》也寫(xiě)道：“血染洋紅久不消，芒泥方法費(fèi)深調(diào)。君看太史丁香印，絕勝郎官麝酒澆。”這些不同的制泥技術(shù)方法的記載，雖均為一家之言，但涉及到對(duì)各種材料的自然質(zhì)的研究、選擇、配置、深調(diào)，它不但求其訴諸視覺(jué)，而且求其訴諸嗅覺(jué)，以冀色香俱佳，豐富美感，滿足文化心理的需要。
印章文化的自然質(zhì)，還表現(xiàn)在與印章有關(guān)的一系列器用上。朱象賢《印典》卷七就有專(zhuān)題列述，如印綬、璽室、寶盝、印衣、印囊、印套、印笥、印池等，它們均有其自然質(zhì)和價(jià)值觀，寓含著或多或少的傳統(tǒng)文化意義，但比起印材、印色(印泥)來(lái)，畢竟顯得次要一些，故而從略。