漢語的“原子”是從日語漢字直接拿來，日語則來自英文atom。該詞源于古希臘。

古代的希臘人對他們周圍的世界十分感興趣，提出了許多有趣的學說解釋周圍的事物，但常常也有解釋錯的時候，如當時有兩位希臘思想家斷定，物質是不能無限分割的，他們認為最終只能獲得一種小到不能再分的粒子。古希臘人把它稱為atomas，意思就是“不可分”，地球上各種物質都是由它組成的。英語atom就是由此而來。

1803年，英國化學家道爾頓遵循古希臘人的理論，把每種元素列為特定類型，其中粒子以不同方式組合，構成各種物質，這些不可再分的粒子就是原子。這個組合方式當時得到了承認。

但是到了1896年，科學家發(fā)現原子并非不可再分，他們發(fā)現原子還會分裂，釋放出更小粒子，而且還掌握了使原子分裂的方法，終于在20世紀40年代造出了原子彈以及后來的氫彈。但“原子”這個詞卻還是保存下來了。