1905年6月11日，孫中山結(jié)束了歷時(shí)一年半的美歐之行，自法國馬賽登舟東返。他一路經(jīng)過新加坡、西貢、香港，略事停留，于7月19日抵橫濱。行前，孫中山將歸訊告訴了馮自由等。湖北、四川等省留歐學(xué)生也將此訊轉(zhuǎn)告留日的同鄉(xiāng)。孫中山即將前來的消息在留學(xué)生中不脛而走。他在橫濱上岸時(shí)，受到了程家檉等一百余名留學(xué)生代表以及興中會(huì)員、廣東同鄉(xiāng)的熱烈歡迎。
孫中山這次重回日本的目的是十分明確的，就是要組織一個(gè)新的聯(lián)合的革命團(tuán)體。他很快前往東京，緊張地和留學(xué)生中的革命分子進(jìn)行了廣泛而深入的接觸。
7月下旬經(jīng)宮崎寅藏介紹，孫中山、黃興兩位反清革命的著名領(lǐng)袖會(huì)面了。孫、黃的會(huì)晤是極富情趣的。宮崎寅藏回憶說：“我當(dāng)時(shí)住在新宿，孫來到我的住處說：‘近來增加這么多留學(xué)生，當(dāng)中有非同一般的留學(xué)生，有否我黨之士？’我說：‘有，我正要向你介紹一個(gè)叫黃興的湖南人。’他聽了名字便要馬上去找。我止住他說：‘連口茶都不喝就要去，真夠性急，而且你是他的前輩，還是我去將他帶來見你好了。你就在這里喝點(diǎn)茶等著吧?！辉试S這樣，說道：‘這樣的事沒有什么前后輩之分，是我打聽到他的消息，所以還是應(yīng)該我前去拜訪他?！?dāng)時(shí)黃興在神樂阪的邊上租房住著。我?guī)е鴮O到了那里，打開窗子往里一看，見地上有一大堆拖鞋，一大幫學(xué)生圍坐成一圈。我看到人太多了，便讓孫在外邊等著。我向里邊喊道：‘小黃，小黃?！S興急忙跑了出來。我手指著孫讓他看，他一看便認(rèn)出了是誰?！?sup>[1]黃興與張繼、宋教仁請(qǐng)孫中山在神樂阪鳳樂園飯館入宴，暢談革命的形勢(shì)和辦法。孫中山建議把革命小團(tuán)體聯(lián)合起來，共同致力革命，得到黃興的贊同。
隨后，程家檉又邀集黃興、陳天華、張繼、宋教仁、吳春陽、但燾等在北辰社自己的住所里與孫中山會(huì)商組織革命團(tuán)體問題。
在此前后，湖北留學(xué)生李書城、耿覲文、田桐、時(shí)功玖等，四川留學(xué)生鄧家彥、康寶忠、吳鼎昌等，廣東留學(xué)生何天炯、胡毅生、汪精衛(wèi)等，以及其他一些省的留學(xué)生，也先后拜會(huì)了孫中山。他們都擁護(hù)組織統(tǒng)一的革命團(tuán)體的主張。
孫中山所接觸到的革命分子，多數(shù)是沒有參加過革命小團(tuán)體的青年，但也有相當(dāng)一部分人是各個(gè)革命小團(tuán)體的成員。當(dāng)時(shí)，只有華興會(huì)在留學(xué)生中影響較大。因此，革命的力量能否順利聯(lián)合，華興會(huì)的態(tài)度具有舉足輕重的地位。雖然黃興同意聯(lián)合，但會(huì)內(nèi)意見并不完全一致。
7月28日，孫中山偕同宮崎親往二十世紀(jì)支那社，與陳天華、宋教仁晤談。孫中山在談話中指出了過去各省的反清起義“不相聯(lián)絡(luò)，各自號(hào)召”的缺點(diǎn)，強(qiáng)調(diào)說明：“現(xiàn)今之主義，總以互相聯(lián)絡(luò)為要?！?sup>[2]
次日，華興會(huì)成員在神樂阪黃興處集會(huì)，討論關(guān)于同孫中山聯(lián)合的問題。會(huì)上，陳天華主張以華興會(huì)與孫中山聯(lián)合，黃興主張形式上加入而精神上保持獨(dú)立，劉揆一則不主張加入。最后，作出了加入與否個(gè)人自由的結(jié)論。
華興會(huì)的合作態(tài)度保證了統(tǒng)一的革命團(tuán)體得以迅速建成，并且提供了一批經(jīng)過鍛煉的骨干。
7月30日下午，各省革命志士聚集到東京赤坂區(qū)檜町三番黑龍會(huì)會(huì)所，共同討論發(fā)起新的革命團(tuán)體問題。與會(huì)者有孫中山、黃興、陳天華、張繼、程家檉、馮自由、胡毅生、吳春陽、宋教仁、田桐、黎勇錫、朱少穆、馬君武、鄧家彥、但燾、時(shí)功玖、何天炯、康寶忠、劉道一、蔣尊簋、朱執(zhí)信、古應(yīng)芬、李仲揆(四光)等七十余人，除孫中山、黃興等已經(jīng)成了職業(yè)革命者，大部分都還是在校的留學(xué)生，他們分別來自國內(nèi)的十個(gè)省。其中，曾經(jīng)參加過小團(tuán)體者：興中會(huì)二人，軍國民教育會(huì)八人，青山軍事學(xué)校三人，華興會(huì)九人，科學(xué)補(bǔ)習(xí)所四人，軍國民教育會(huì)暗殺團(tuán)二人，光復(fù)會(huì)一人。此外，日本人宮崎寅藏、末永節(jié)也參加了會(huì)議。
孫中山首先向大家作了長篇講話，演說革命形勢(shì)和實(shí)行方法。他提議將分散的革命力量組織成一個(gè)大團(tuán)體，協(xié)力從事反清革命。這個(gè)建議獲得一致贊成。孫中山被推為會(huì)議主席，主持討論新團(tuán)體的名稱和宗旨。有人提議將新成立的組織定名為“對(duì)滿同志會(huì)”。孫中山指出，革命的目標(biāo)不專在排滿，還要反對(duì)君主專制，創(chuàng)建共和，因此以叫做“中國革命同盟會(huì)”為好。人們認(rèn)為，使用“革命”字樣，對(duì)未來這個(gè)秘密組織的活動(dòng)不利，最后定名為“中國同盟會(huì)”。大家還接受了孫中山的建議，決定以“驅(qū)除韃虜，恢復(fù)中華，創(chuàng)立民國，平均地權(quán)”作為同盟會(huì)的宗旨。于是，黃興提議“請(qǐng)贊成者立誓約”,孫中山起草了盟書，內(nèi)容如下：
聯(lián)盟人　××省××府××縣×××　當(dāng)天
發(fā)誓：　驅(qū)除韃虜，恢復(fù)中華，建立民國，平均地權(quán)；矢信矢忠，有始有卒，如或逾此，任眾處罰。
天運(yùn)　年　月　日

中國同盟會(huì)會(huì)員　×××
主盟人　×××
介紹人　×××

與會(huì)者紛紛繕寫簽署盟書，再進(jìn)入另一小房間內(nèi)，由孫中山領(lǐng)導(dǎo)各人同舉右手向天宣誓，然后教以各種暗號(hào)和秘密口號(hào)。宣誓畢，孫中山向會(huì)員們祝賀道：“為君等慶賀，自今日起，君等已非清朝人矣！”大家又推黃興、陳天華、馬君武、程家檉、汪兆銘、蔣尊簋等起草會(huì)章，待成立會(huì)時(shí)提出討論。人們正要離開會(huì)場時(shí)，室內(nèi)后部的木板忽然坍倒，聲如裂帛。孫中山詼諧地說：“此乃顛覆滿清之預(yù)兆！”大家興奮地鼓掌歡呼。
從這一天起，中國的資產(chǎn)階級(jí)革命黨——中國同盟會(huì)就出現(xiàn)了。
孫中山到東京后，廣大留學(xué)生都想一瞻這位革命偉人的豐采。在黃興的推動(dòng)下，留學(xué)生決定召開大會(huì)歡迎孫中山。8月11日，清國留學(xué)生會(huì)館門前貼出開會(huì)告示，學(xué)生們爭相傳告，相約與會(huì)。此前，橫濱?；庶h聽說孫中山在東京順利組黨的消息，派了徐勤到東京，發(fā)起組織“青年同學(xué)會(huì)”,企圖以此抵制孫中山和革命派的影響。但是，經(jīng)過幾個(gè)黨徒千方百計(jì)的活動(dòng)，一無成就。這時(shí)，徐見到學(xué)生們的情緒已無法挽回，只好在8月12日下午悄悄地跑回橫濱。
8月13日下午二時(shí)，中國留日學(xué)生在東京麴町區(qū)富士見樓開會(huì)歡迎孫中山。當(dāng)時(shí)，正值暑假期間，許多留學(xué)生他游或回國，可是到會(huì)的竟達(dá)一千八百余人。會(huì)場擠滿了人，后到者進(jìn)不去，卻不忍離開，佇立街邊仰望樓上者，有六七百人之多。孫中山身穿潔白的西裝，從容步入會(huì)場，滿場立即鼓掌歡迎。站在后面的人，被前面的人遮住視線，跂足以望，擠得更加厲害，但整個(gè)會(huì)場仍肅靜異常。自東京留學(xué)生有集會(huì)以來，從沒有這樣的盛況。
宋教仁致歡迎詞后，孫中山登臺(tái)作了近兩小時(shí)的演說。孫中山以飽滿的熱情和雄偉的氣魄向?qū)W生們展示了中國的光明前途。他號(hào)召用革命的方法，建立共和國，改變積弱的國勢(shì)，躍居世界先進(jìn)國家之林。他說：“現(xiàn)在中國要由我們四萬萬國民興起，今天我們是最先興起一日，從今后要用盡我們的力量，提起這件改革的事情來，我們放下精神說要中國興，中國斷斷乎沒有不興的道理。”他呼吁人們?cè)诟脑熘袊鴷r(shí)取法乎上，拋棄不合于中國的君主立憲，而“擇地球上最文明的政治法律來救我們中國”,把中國建成一個(gè)二十世紀(jì)頭等的共和國^[3]。孫中山的演說并不十分激烈，娓娓說來，打動(dòng)了所有企圖挽救祖國危亡的青年的心弦，博得一陣陣經(jīng)久不息的掌聲。陳天華歡呼孫中山“是吾四萬萬人之代表也，是中國英雄中之英雄也”^[4]!之后，程家檉、蒯壽樞、張繼、宮崎寅藏、末永節(jié)也發(fā)表了演說。富士見樓歡迎會(huì)實(shí)際上是建立中國同盟會(huì)的動(dòng)員大會(huì)，是資產(chǎn)階級(jí)革命民主派的示威大會(huì)，它的盛況標(biāo)志著反清革命運(yùn)動(dòng)新高潮的臨近。這次大會(huì)獲得了良好的效果。清朝駐日公使館非常注意孫中山的動(dòng)向，派人混入會(huì)場探聽情況，揚(yáng)言要取消演說者和與會(huì)者的官費(fèi)。但是大家卻說“要取消就讓他取消好了”。有的人還說：“我無論如何要革命，要參加孫黃一派的革命黨。大不了把官費(fèi)退還回去?！?sup>[5]同盟會(huì)在群眾革命情緒高漲中得到迅速的發(fā)展。
8月20日，同盟會(huì)的會(huì)員已發(fā)展到一百余人，包括了十四個(gè)省籍的人士。這天，在東京赤阪區(qū)霞關(guān)阪木金彌子爵的宅邸召開了成立會(huì)。會(huì)上通過了黃興等起草的會(huì)章。會(huì)章共三十余條，以后(1906年5月6日)經(jīng)過修改，成為二十四條，這就是今天所能見到的《中國同盟會(huì)總章》?？傉聦?duì)會(huì)名、會(huì)址、宗旨、會(huì)員、本部機(jī)構(gòu)和職員、分支機(jī)構(gòu)、會(huì)費(fèi)、會(huì)章的修改等問題，都作了具體的規(guī)定。同盟會(huì)的政治綱領(lǐng)、組織原則等重大問題都在總章中得到了反映。當(dāng)天，還選舉了總部的主要干部。孫中山被一致推選為同盟會(huì)總理。黃興被推為負(fù)責(zé)執(zhí)行部的庶務(wù)。
同盟會(huì)的本部設(shè)在日本東京。本部的組織系統(tǒng)如下：

總理是同盟會(huì)的最高領(lǐng)導(dǎo)人。依照會(huì)章規(guī)定：“總理對(duì)于會(huì)外，有代表本會(huì)之權(quán)，對(duì)于會(huì)內(nèi)，有執(zhí)行事務(wù)之權(quán)，節(jié)制執(zhí)行部名員，得提議于議會(huì)，并批駁議案?！笨偫碛杀静克诘氐臅?huì)員選舉產(chǎn)生。同盟會(huì)的總理一職始終由孫中山擔(dān)任。
執(zhí)行部是本部權(quán)力最重的機(jī)關(guān)，負(fù)責(zé)組織革命的實(shí)際活動(dòng)。它的職員由總理指定，調(diào)查科職員則由總理及該科科長指定。執(zhí)行部庶務(wù)實(shí)際是該部負(fù)責(zé)人，相當(dāng)于協(xié)理?？偫硭m時(shí)，可代行總理職權(quán)。先后擔(dān)任庶務(wù)一職的有：黃興、朱炳麟、張繼、孫毓筠、劉揆一。
執(zhí)行部所屬的機(jī)構(gòu)有過多次變動(dòng)，其名稱也說法不同。先曾設(shè)過輸送部、教育(編纂)部、經(jīng)理部、參謀部，后來又增設(shè)聯(lián)合部、諜報(bào)部、暗殺部。暗殺部實(shí)際上在同盟會(huì)成立之后就建立了，由黃興親自負(fù)責(zé)。著名的女會(huì)員方君瑛曾擔(dān)任過暗殺部長。
評(píng)議部又稱議事部，其議員也由本部所在地會(huì)員選舉，議員“以三十人為限，每年公舉一次”。評(píng)議會(huì)的議長是汪精衛(wèi)。曾經(jīng)擔(dān)任過評(píng)議員的有田桐、曹亞伯、梁慕光、張樹柟、熊克武、周來蘇、但懋辛、朱執(zhí)信、胡瑛、吳永珊(玉章)、康寶忠、吳鼎昌等。
司法部的職員亦由選舉產(chǎn)生。該部判事長為鄧家彥，檢事長為宋教仁。
同盟會(huì)的本部是按資產(chǎn)階級(jí)的民主制度建立起來的，它采取了立法、司法、行政三權(quán)分立的原則設(shè)立機(jī)構(gòu)，并使用選舉的辦法推定自己的最高領(lǐng)導(dǎo)和評(píng)議員、司法部職員。
在1905年至1906年間，東京同盟會(huì)本部的機(jī)構(gòu)逐漸健全起來。當(dāng)時(shí)，為便利起見，三部聯(lián)合開會(huì)多，分別開會(huì)少。三部的機(jī)構(gòu)也時(shí)有興革。1906年修改的同盟會(huì)總章沒有設(shè)立司法部的條文，顯然這個(gè)部被取消了。
同盟會(huì)正式成立的第二天，二十世紀(jì)支那社移交與同盟會(huì)總部。不久，改組為民報(bào)社，出版《民報(bào)》,作為同盟會(huì)的機(jī)關(guān)刊物。民報(bào)社是同盟會(huì)的唯一公開機(jī)關(guān)，它不僅擔(dān)負(fù)著宣傳革命宗旨的任務(wù)，在孫中山、黃興離日以后，留在東京的同盟會(huì)干部經(jīng)常把它當(dāng)作集會(huì)議事的地點(diǎn)?！　?br>同盟會(huì)總部建立以后，便積極地活動(dòng)起來。從此，中國的反清革命運(yùn)動(dòng)有了統(tǒng)一的指導(dǎo)中心。這使孫中山感到無比的高興。他說：“自革命同盟會(huì)成立之后，予之希望則為之開一新紀(jì)元”,“吾始信革命大業(yè)可及身而成矣！”^[6]他興奮地向在南洋的同志報(bào)告說：“近日吾黨在學(xué)界中，已聯(lián)絡(luò)成一極有精彩之團(tuán)體，以實(shí)力行革命之事?，F(xiàn)舍身任事者已有三四百人矣，皆學(xué)問充實(shí)，志氣堅(jiān)銳，魄力雄厚之輩，文武才技俱有之?！瓕砜偪纱龑W(xué)界之大半。有此等飽學(xué)人才，中國前途誠為有望矣。”^[7]