中華民國(guó)成立后，南京臨時(shí)政府頒布的《清室優(yōu)待條例》內(nèi)有“尊號(hào)仍存不廢”,“暫居宮禁”,“日后移居頤和園”等內(nèi)容，對(duì)移居的時(shí)間、移居前的管理措施，均未作明確規(guī)定。這樣，清廢帝溥儀仍然居住在紫禁城中，在宮內(nèi)不但保持著“宣統(tǒng)”紀(jì)年稱號(hào)，而且不時(shí)與遺老遺少們書信往來(lái)，密謀復(fù)辟。
1924年10月，直系將領(lǐng)馮玉祥發(fā)動(dòng)北京政變，推翻了直系軍閥控制的北京中央政權(quán)，并決定把溥儀驅(qū)逐出宮。11月4日，攝政內(nèi)閣會(huì)議決議修正清室優(yōu)待條例五條，其中規(guī)定，清室即日遷出宮禁。11月5日，警備總司令鹿鐘麟等向清室宣布了這個(gè)條件，限令溥儀即日遷出宮禁。當(dāng)天下午，溥儀及其妻妾等離開紫禁城。同一天，“清室古物保管委員會(huì)”宣布成立，封閉檢查各個(gè)宮殿。11月20日，又正式成立“清室善后委員會(huì)”,聘請(qǐng)李煜瀛任委員長(zhǎng)，負(fù)責(zé)清理清室公產(chǎn)私產(chǎn)以及處理一切善后事宜，從12月23日開始點(diǎn)查宮內(nèi)物品。經(jīng)過(guò)近一年的艱苦努力與緊張工作，1925年10月10日，故宮博物院正式成立，同時(shí)展出故宮文物，對(duì)外開放。
故宮博物院成立后，由院董事會(huì)與理事會(huì)主持全院工作。之下設(shè)有古物館和圖書館，前者由易培基任館長(zhǎng)，張繼、馬衡副之，后者由陳垣任館長(zhǎng)，沈兼士、袁同禮副之。全院陳列工作即由這兩個(gè)館分別主持。另外屬于宮廷原狀陳列部分則由院秘書處來(lái)管理。
故宮博物院初創(chuàng)時(shí)期，內(nèi)缺經(jīng)費(fèi)，外遭各系軍閥與清室遺老的一再干擾、阻撓，得不到片刻安寧。1926年，北京發(fā)生“三·一八”慘案，段祺瑞政府借故通緝故宮博物院負(fù)責(zé)人李煜瀛、易培基，兩人不得不藏匿起來(lái)；同年下半年，院務(wù)主持人陳垣和莊蘊(yùn)寬先后遭逮。故宮博物院的生存岌岌可危，文物安全也受到極大的威脅。
1928年6月，南京國(guó)民政府北伐部隊(duì)占領(lǐng)北京后，故宮博物院由國(guó)民政府明令接收。國(guó)民政府派易培基為接收專員，任馬衡、俞同奎、肖瑜、吳瀛為接收委員。接著，國(guó)民政府頒布了《故宮博物院組織法》及《理事會(huì)條例》,規(guī)定故宮博物院直隸于國(guó)民政府。行政設(shè)理事會(huì)、院長(zhǎng)、副院長(zhǎng)和基金保管委員會(huì)。業(yè)務(wù)分秘書、總務(wù)兩個(gè)處，古物、圖書、文獻(xiàn)三館及各種專門委員會(huì)。次年2月，理事會(huì)選舉李煜瀛為新理事長(zhǎng)，易培基為院長(zhǎng)兼古物館館長(zhǎng)(馬衡副之),莊蘊(yùn)寬為圖書館館長(zhǎng)(袁同禮副之),張繼為文獻(xiàn)館館長(zhǎng)(沈兼士副之)。一時(shí)，著名學(xué)者云集該院，各項(xiàng)工作逐步展開。
故宮博物院下設(shè)的古物、圖書、文獻(xiàn)三館，工作分門別類，各有所專。古物館的工作主要是整治瓷銅玉器、金石書畫、鑒別真?zhèn)巍⒀芯靠加?、編訂期刊或不定期刊物；圖書館的主要工作是提存集中編次目錄、鑒別善本、整治舊集；文獻(xiàn)館的主要工作是收集史料、考訂流傳。
1928年至1932年，故宮博物院對(duì)各處古代建筑進(jìn)行修整，并興建了延禧宮新庫(kù)，開辟了各種專題陳列室，展出書畫、陶瓷、青銅、玉器、織繡、琺瑯、古扇、古鏡、碑帖、刀劍、乾隆御賞品等，使得廣大觀眾得以首次親睹這些古代珍品。1930年還制定并報(bào)請(qǐng)國(guó)民政府批準(zhǔn)了“完整故宮保管計(jì)劃”,將中華門以北各宮殿以及太廟、景山、大高殿等，一并歸入故宮博物院。
正當(dāng)故宮博物院的事業(yè)穩(wěn)步發(fā)展之際，1931年，日軍在中國(guó)東北發(fā)動(dòng)了九一八事變，強(qiáng)占了當(dāng)時(shí)的東北三省。1933年初，又攻陷榆關(guān)，進(jìn)逼熱河，華北局勢(shì)益趨緊張。為確保歷代珍貴文物的安全，南京國(guó)民政府“乃以減少日軍目標(biāo)之理由，決定將北平故宮博物院珍品，遷移南下”①。據(jù)1933年故宮博物院秘書處的工作報(bào)告稱：“本年開歲伊始，榆關(guān)事變，驟然發(fā)生，平津密邇，時(shí)虞危險(xiǎn)。本院奉令將物品南移，以策安全，以免此史獻(xiàn)上、文化上具有重大價(jià)值之物品，罹于浩劫?！?月10日，行政院會(huì)議決定設(shè)立中央古物保管委員會(huì)，擔(dān)負(fù)故宮古物保管責(zé)任，聘任張繼、戴傳賢、蔡元培、吳敬恒、李煜瀛、張人杰、陳寅恪、翁文灝、李濟(jì)、袁同禮、馬衡等十一人為委員。關(guān)于古物南遷辦法，則責(zé)成內(nèi)政部、財(cái)政部、教育部、鐵道部、交通部五部組織委員會(huì)，共同辦理運(yùn)輸、保護(hù)、安置事宜。在準(zhǔn)備遷移期間，故宮博物院的陳列等工作基本上處于停頓狀態(tài)，有些正在陳列展出的藝術(shù)品也被撤下裝箱。
故宮古物南遷消息傳出后，在社會(huì)上引起很大震動(dòng)。“北方人士對(duì)故宮古物南遷事，頗致懷疑”。認(rèn)為：“古物雖可珍貴，未必更重于人民之生命；古物南遷以后，未必即保萬(wàn)全；且輾轉(zhuǎn)運(yùn)搬，反恐易致?lián)p壞或遭逢他種意外；至于故宮古物遷移一空之后，北平即幸而不遭兵燹，其都市狀況將因此更形衰落，已屬顯然?！币虼?，平津各民眾團(tuán)體紛紛致電國(guó)民政府，表示反對(duì)。1月23日，北平民眾在中南海成立保護(hù)古物協(xié)會(huì)，由周肇祥任主席，通電反對(duì)故宮古物南運(yùn)。同日及上日，北平工聯(lián)、北平各團(tuán)體救國(guó)會(huì)亦通電反對(duì)。但是，南京國(guó)民政府對(duì)南遷一事，“早已抱有決心”,不顧社會(huì)上的反對(duì)意見，積極籌備運(yùn)遷事宜。
2月6日晚9時(shí)半，第一批故宮古物共有2 118箱開始由北平南運(yùn)。主要珍物為《四庫(kù)全書》、銅器、玉器、字畫以及各類檔案。啟運(yùn)時(shí)，軍警將天安門至西車站一帶戒嚴(yán)，并將北平民眾保存古物協(xié)會(huì)主席周肇祥逮捕。首批古物由平漢路到鄭州，轉(zhuǎn)隴海線到徐州，再由津浦線到浦口。古物運(yùn)到時(shí)已是2月9日。但是此時(shí)國(guó)民政府關(guān)于古物存放地點(diǎn)問(wèn)題，實(shí)際上還未最后確定。而在此先一天，國(guó)民黨召開中央政治會(huì)議，通過(guò)了張繼的提案，決定將故宮古物分置于開封、洛陽(yáng)等地，并由行政院會(huì)議討論制定詳細(xì)辦法。于是，到達(dá)浦口的古物只好暫留車中。不久，蔣介石從南昌致電國(guó)民黨中央，以鄭州、洛陽(yáng)等處未有相當(dāng)布置和設(shè)備為由，主張將古物存放南京，以便保管。這樣，在浦口遷延20余日的古物，最后由行政院決定存放南京、上海一帶。3月3日，1054箱圖書、古物由浦口改裝招商局江靖輪，并于兩日后到達(dá)上海。其余檔案1064箱則運(yùn)至南京，暫存行政院大禮堂，等第二批古物南運(yùn)后，再運(yùn)上海。
3月15日，第二批珍物共計(jì)1490箱(其中有內(nèi)政部北平古物館的200箱)起運(yùn)，主要有圖書、玉器、字畫、檔案等。3月18日到達(dá)浦口，改裝招商局快利輪船，連同第一批存南京行政院檔案1064箱共計(jì)2 554箱，一同于3月21日運(yùn)到上海。
3月27日，第三批珍物共計(jì)3 922箱又62包(其中有內(nèi)政部北平古物館814箱、北平市政府頤和園古物74箱)從北平起運(yùn)，主要有圖書、銅器、瓷器和檔案。4月1日到達(dá)浦口，改裝招商局江天輪，于4月5日到達(dá)上海。
4月18日，第四批珍物共計(jì)6267箱(其中有內(nèi)政部北平古物館的1400箱和北平市政府頤和園古物228箱)從北平起運(yùn)，主要珍物有圖書、銅器、瓷器和檔案。4月23日抵達(dá)浦口，改裝招商局建國(guó)輪，于27日到達(dá)上海。
5月16日，第五批珍物共計(jì)5 851箱(其中有內(nèi)政部北平古物館的3 000箱和北平市政府頤和園古物351箱，以及堂廟管理處的樂(lè)器88箱)開始起運(yùn)，主要珍物有圖書、銅器、玉器及檔案等。5月19日到達(dá)浦口，改裝招商局廣利輪，并于5月23日到達(dá)上海。而堂廟管理處的樂(lè)器88箱，則移南京中山陵園存放。
故宮珍物南遷，前后共有五批，除第一批全部是故宮物件外，其余各批均附有內(nèi)政部北平古物館等處帶運(yùn)物件?！拔迮倲?shù)到滬者，共計(jì)19 506箱，又62包，其中屬于故宮博物院者計(jì)13 493箱，又62包”②(一說(shuō)故宮博物院南遷珍物為13 427箱又64包)。這樣，北平故宮博物院的絕大部分珍貴物件都運(yùn)到了上海，存放在前仁濟(jì)醫(yī)院舊址的中央銀行堆棧大樓，留在北平的已寥寥無(wú)幾。
故宮珍物運(yùn)抵上海后，上海各界紛紛要求對(duì)這些珍物公開展覽，以飽眼福?！凹垂盼飪?chǔ)存所方面，亦曾主張將抵滬古物，即在儲(chǔ)存所內(nèi)，辟室分批展覽”③。但終因古物陸續(xù)運(yùn)到，堆積如山，展覽實(shí)有不便，不得不放棄。
1934年，英國(guó)政府因準(zhǔn)備舉行英皇喬治五世即位35周年慶?；顒?dòng)，向國(guó)民政府駐英國(guó)公使郭泰祺接洽，希望將故宮博物院存滬古物運(yùn)英國(guó)，在倫敦舉行“中國(guó)藝術(shù)國(guó)際展覽會(huì)”,國(guó)民政府即予以同意，由行政院指定教育部會(huì)同內(nèi)政部、外交部核議，并于1934年10月24日成立“倫敦中國(guó)藝術(shù)國(guó)際展覽會(huì)籌備委員會(huì)”。倫敦方面由前國(guó)聯(lián)調(diào)查團(tuán)團(tuán)長(zhǎng)李頓為展覽會(huì)主任，中國(guó)公使郭泰祺與英國(guó)皇家美術(shù)院院長(zhǎng)李惠林為副主任，并推英皇和國(guó)民政府主席任名譽(yù)會(huì)長(zhǎng)。對(duì)此事，1935年1月北平學(xué)界發(fā)表宣言，表示反對(duì)，“各方亦有和之者”④?；I委會(huì)則就古物選擇及保險(xiǎn)等事項(xiàng)加以解釋。1935年2月11日起，開始對(duì)展覽古物進(jìn)行預(yù)選。3月2日起，在上海先開預(yù)備展覽會(huì)，英方于3月初派五人來(lái)華選定物品，共計(jì)1022件，分裝87箱。另加乾隆御用家具4箱，目錄案卷及照片等2箱。6月6日，全部古物裝入英艦，并于翌日起程赴英。同年11月28日，在倫敦公開展覽。展覽品類別為銅器、玉器、瓷器、書畫、景泰藍(lán)、織繡、折扇、古畫等，“于中國(guó)藝術(shù)之發(fā)展，自上古迄近世均有代表作品”。作品出品機(jī)關(guān)有故宮博物院以及北平古物陳列所、中央研究院、北平圖書館、河南博物館、安徽省立圖書館等，但“以選自故宮博物院、古物陳列所者為最多”⑤。展覽會(huì)至1936年2月29日閉幕，參觀者達(dá)40萬(wàn)人，絡(luò)繹不絕。這次展覽，是故宮博物院的文物第一次出國(guó)展覽，“不僅在文化交流上予外人以深刻認(rèn)識(shí)，影響所及，并使中國(guó)圖案色調(diào)之服飾，風(fēng)行國(guó)際。對(duì)于我國(guó)文化之悠久，成就之宏偉，無(wú)不贊嘆至再”⑥。展覽取得了良好的效果，展出是相當(dāng)成功的。4月中旬，展覽物品完整無(wú)損地由船運(yùn)回，于5月17日到達(dá)上海。
故宮博物院的大部分珍物雖南運(yùn)到了上海，但是隨著日軍侵略步伐的不斷加快，中日關(guān)系的緊張，大規(guī)模戰(zhàn)爭(zhēng)實(shí)難避免。這樣，一個(gè)顯而易見的事實(shí)是，大量珍物存放上海并不安全可靠。于是，國(guó)民政府乃決定在南京朝天宮舊址修建保存庫(kù)，以存放故宮珍物。該保存庫(kù)于1936年落成，“其構(gòu)筑設(shè)備，防空工程，悉取科學(xué)方法，異常完美”⑦。12月8日至21日，所有存放在上海的故宮博物院珍物分五批移往南京新庫(kù)，并成立故宮博物院南京分院。
珍物遷至南京僅半年，盧溝橋事變發(fā)生，8月13日，日軍又對(duì)上海發(fā)動(dòng)大規(guī)模軍事進(jìn)攻，氣焰十分囂張，南京危在旦夕。這樣，故宮博物院將南遷珍物再次面臨毀滅的危險(xiǎn)。為保全珍物，國(guó)民政府行政院下令故宮博物院將珍物，連同內(nèi)政部保管之古物，由中英文教基金董事會(huì)輔助運(yùn)費(fèi)，從1937年8月開始，分三路西移：
北路文物以火車兼汽車運(yùn)輸，沿津浦線、隴海線，經(jīng)陜西寶雞和漢中、四川成都，最后落腳于峨眉山；
南路文物共計(jì)83箱，主要是書畫，其中包括1935年在英國(guó)倫敦參加中國(guó)藝術(shù)國(guó)際展覽會(huì)的全部展品及其他展品。這一部分古物主要水運(yùn)，兼采陸程。經(jīng)湖北漢口、湖南長(zhǎng)沙、貴州貴陽(yáng)，最后于1939年1月落腳在安順縣城南五里之華巖洞；
中路文物是三路中數(shù)量最大的一批。該路于11月22日開始陸續(xù)由江安號(hào)輪、黃埔號(hào)輪運(yùn)往漢口，最后一批文物于12月3日離開南京。13日， 日軍即攻入南京。接著，漢口被炸，文物在漢口還未卸船，又繼續(xù)西遷。12月至翌年1月，兩船文物運(yùn)到宜昌，再換成進(jìn)峽的小船，分19批運(yùn)往重慶。當(dāng)最后一批運(yùn)抵重慶時(shí)，已是1938年5月22日，費(fèi)時(shí)五個(gè)多月。此路所運(yùn)的珍物，有文物、圖書、檔案等。屬于故宮博物院的即有2 327箱，還有內(nèi)政部北平古物館和北平市政府頤和園的古物，共計(jì)9 338箱。運(yùn)到重慶的文物，分三處保藏。第一處是川康銀行二樓倉(cāng)庫(kù)，存放3 830箱；第二處是南岸獅子山安達(dá)生洋行倉(cāng)庫(kù)，存放3 694箱；第三處是南岸王家沱吉時(shí)洋行倉(cāng)庫(kù)，存放1 814箱。1938年10月下旬，武漢失陷，日機(jī)開始轟炸重慶。為避免珍物被毀，1939年4月，存渝文物開始用船運(yùn)往宜賓，再換船運(yùn)往樂(lè)山。至9月中旬全部運(yùn)完。
1943年12月25日，經(jīng)國(guó)民政府教育部批準(zhǔn)，南路存貴州安順的文物運(yùn)抵重慶。利用霧季敵機(jī)一般不來(lái)轟炸的機(jī)會(huì)，舉辦了“國(guó)立北平故宮博物院書畫展覽會(huì)”。展品有晉王羲之的《平安三帖》,唐孫過(guò)庭的《書譜序》,宋蘇軾、黃庭堅(jiān)、米芾、蔡襄的墨跡，歐陽(yáng)修手札，南宋高宗趙構(gòu)的《賜岳飛手敕》,五代徐熙的《雪竹圖》,董源的《龍宿郊民圖》,宋徽宗的《溪山深秀圖》,明沈周的《廬山高圖》,唐伯虎的《關(guān)山行旅圖》以及文徵明、清初“四王”的作品等，都是中國(guó)古代書畫中的珍品，一時(shí)觀眾如堵。國(guó)民政府高級(jí)官員、各界名流、中小學(xué)生，市民百姓爭(zhēng)往參觀。住在江北盤溪石家祠的徐悲鴻也帶領(lǐng)弟子前往欣賞、臨摹?；厝ズ?，徐悲鴻還專門寫了一篇《故宮書畫展巡禮》的文章，刊登在1944年1月8日重慶版的《新民報(bào)·晚刊》上。他興奮地寫道：“此番吾人之眼睛夠飽了?！泵绹?guó)總統(tǒng)特使馬歇爾對(duì)中國(guó)古代藝術(shù)品頗感興趣，也專程去參觀，故宮博物院院長(zhǎng)馬衡親自講解。整個(gè)展覽到1944年1月上旬結(jié)束。隨后，展品又全部返回安順華巖洞。在回安順前，經(jīng)貴陽(yáng)時(shí)，順路在貴陽(yáng)“貴州藝術(shù)館”展出了一次。
1944年春，侵華日軍為打通大陸交通線，發(fā)動(dòng)了豫湘桂之戰(zhàn)，很快占領(lǐng)了平漢線和湘桂線，并于11月中旬占領(lǐng)廣西柳州后，北上進(jìn)入貴州省，攻陷獨(dú)山，重慶國(guó)民政府大為震動(dòng)。因貴陽(yáng)是安順到重慶的必經(jīng)之路，于是，國(guó)民政府派出士兵和15輛軍用卡車到安順接運(yùn)文物。12月5日即獨(dú)山陷落的當(dāng)天，車隊(duì)裝著83箱文物向重慶進(jìn)發(fā)。18日，將文物轉(zhuǎn)移至離重慶40公里外的巴縣石油溝，并設(shè)立故宮博物院巴縣辦事處，原安順辦事處撤消。這樣，南路藏安順的文物也就遷到了重慶。
抗戰(zhàn)勝利后，隨著國(guó)民政府還都南京，南遷的故宮珍物也即將返回北平。當(dāng)時(shí)決定第一步工作是把巴縣、峨眉、樂(lè)山三處文物都集中到重慶，然后再運(yùn)抵南京，再?gòu)哪暇┭b火車返北平。1946年1月下旬，存放在巴縣石油溝的83箱文物運(yùn)到重慶南岸海棠溪向家坡原國(guó)民政府經(jīng)濟(jì)部貿(mào)易委員會(huì)駐地存放。5月15日，藏于峨眉的北路文物七千多箱也開始向重慶集中，到9月12日全部運(yùn)抵向家坡，共動(dòng)用卡車256輛。而藏于樂(lè)山的九千多箱中路文物則于9月15日開運(yùn)，到1947年3月才運(yùn)完，共動(dòng)用卡車301輛，文物也存放在向家坡。
從1947年5月底開始，運(yùn)抵重慶的三路文物向南京起運(yùn)。首先要解決的是十個(gè)龐然大物——寶中之寶的秦國(guó)“石鼓”,這是秦始皇統(tǒng)一天下前的春秋戰(zhàn)國(guó)之際的文物，唐時(shí)在寶雞發(fā)現(xiàn)。每個(gè)石鼓重一千多公斤，因過(guò)重?zé)o法用輪船裝運(yùn)，遂決定陸運(yùn)。5月31日裝車完畢，車隊(duì)從向家坡出發(fā)，經(jīng)過(guò)長(zhǎng)途運(yùn)輸，終于到達(dá)南京，將石鼓存入朝天宮。石鼓離開重慶后十幾天，存在向家坡的全部文物開始水運(yùn)。第一批文物于6月19日起錨，隨后一批又一批文物離開重慶，到11月26日全部東下。全部文物重返南京后不久，國(guó)內(nèi)局勢(shì)即發(fā)生重大變化，國(guó)民黨政權(quán)搖搖欲墜。1948年年底南京解放前夕，國(guó)民政府在存南京的清宮文物中挑選精品2 972箱，總計(jì)23萬(wàn)多件運(yùn)往臺(tái)灣。留在南京的1萬(wàn)多箱文物解放后大部分運(yùn)回北京故宮博物院，少部分則留南京博物院。
需要特別指出的是，在八年抗戰(zhàn)期間，北平淪陷，故宮博物院由于大量文物珍品外遷，加上日偽的干擾破壞，僅能勉強(qiáng)維持，分路開放。1938年、1939年，日偽憲警先后劫走太廟分院圖書雜志3 649冊(cè)，撕毀4 157冊(cè)，焚毀3 441冊(cè)。1944年、1945年，日寇又先后掠去銅缸54件、銅炮4尊、銅燈亭91件。八年淪陷期間，在日寇鐵蹄下，盡管受到很大損失，但故宮博物院職工克盡職守，保住了庫(kù)藏文物和紫禁城宮殿建筑，免遭破壞，這在當(dāng)時(shí)情況下是難能可貴的。