第一次反共軍事磨擦之后，蔣介石國民黨又把矛頭指向江南的新四軍。
1940年7月中旬，蔣介石指派何應(yīng)欽、白崇禧和周恩來、葉劍英談話，借口為避免國共兩軍沖突，需要商定八路軍和新四軍的作戰(zhàn)地域。7月16日，何、白向周、葉提出所謂“中央提示案”的書面文件，其中要求八路軍及新四軍于奉令一個月內(nèi)全部開到河北、察哈爾兩省及山東省黃河以北地區(qū)之內(nèi)。①很明顯，這個“中央提示案”的企圖是陰謀緊縮八路軍、新四軍的編制，并全部趕到黃河以北貧瘠而狹窄的冀察地區(qū)，然后圍而殲之。8月下旬，周恩來先后與蔣介石、白崇禧和何應(yīng)欽會談。9月間，又向國民黨提出關(guān)于調(diào)整作戰(zhàn)區(qū)域及游擊部隊的三項辦法：(一)擴大第二戰(zhàn)區(qū)至山東全省及綏遠一部；(二)按八路軍、新四軍及各游擊部隊全數(shù)發(fā)餉；(三)各游擊隊留在各戰(zhàn)區(qū)劃定作戰(zhàn)界線，分頭擊敵。②
10月19日，蔣介石以國民政府軍事委員會參謀總長何應(yīng)欽、副參謀總長白崇禧的名義，向八路軍總司令朱德、副總司令彭德懷、新四軍軍長葉挺發(fā)出“皓電”,誣陷八路軍、新四軍“不守戰(zhàn)區(qū)范圍自由行動”;“不遵編制數(shù)量自由擴充”;“不服從中央命令破壞行政系統(tǒng)”;“不打敵人專事并吞友軍”。斷然拒絕中共提出的三項辦法，并以最后決定的形式，命令八路軍、新四軍限于一個月內(nèi)，全部開到“中央提示案”所規(guī)定的地域內(nèi)。③
與此同時，蔣介石調(diào)整其軍事部署，將包圍陜甘寧邊區(qū)的軍隊驟增至40萬人；密令第三戰(zhàn)區(qū)顧祝同部隊從浙贛前線抽調(diào)兵力，部署圍殲皖南新四軍軍部及其所屬部隊；密令第三十一集團軍湯恩伯、第五戰(zhàn)區(qū)第二十一集團軍李品仙等部由豫西和鄂東東進，配合魯蘇戰(zhàn)區(qū)韓德勤部，準備向華中八路軍和新四軍大舉進攻。至此，反共烏云彌漫全國，內(nèi)戰(zhàn)危險空前嚴重。蔣介石的“皓電”,表示拒絕共產(chǎn)黨的建議，并以軍令的方式，強迫八路軍、新四軍就范，這標志著第二次反共高潮的開始。
國民黨第三戰(zhàn)區(qū)司令長官顧祝同在收到何、白“皓電”之后，立即召開會議，策劃“圍剿”新四軍的方案。他還特別指示其參謀處長：“需要增強皖南的兵力，作‘堵?lián)簟瘻蕚?，部隊還要選用好的才頂用”。參謀處長根據(jù)指示，布置了七個師以上的兵力準備圍殲新四軍皖南部隊。顧祝同還下令趕修重慶和上饒之間的長途載波電話線，以便蔣介石和顧祝同直接通話。
面對國內(nèi)抗戰(zhàn)局勢的嚴重危機，中共中央從顧全抗戰(zhàn)大局出發(fā)，以國家民族利益為重，及時提出挽救危局的方針和對策。10月25日，毛澤東在致周恩來等人的電報中指出：要穩(wěn)健地對付國民黨頑固派正在發(fā)動的反共高潮，軍事上要采取防衛(wèi)立場，政治上要強調(diào)團結(jié)抗日，并要準備對付最黑暗的局面。11月2日至6日，毛澤東、朱德、王稼祥又先后分別或聯(lián)名致電周恩來、劉少奇、彭德懷、葉挺、項英等，進一步分析形勢，并指示新四軍應(yīng)加緊進行對付反共軍事進攻的各項準備；皖南方面擬采取緩和態(tài)度，決定讓步，答應(yīng)北上，以期延緩反共戰(zhàn)爭爆發(fā)時間。
11月9日，中國共產(chǎn)黨以八路軍總司令朱德、副總司令彭德懷、新四軍軍長葉挺、副軍長項英的名義發(fā)出“佳電”,答復(fù)何、白“皓電”。電文歷陳八路軍、新四軍四年多來堅持團結(jié)抗戰(zhàn)，抵抗強大日軍，收復(fù)大片國土的事實，駁斥“皓電”中種種誣蔑不實之詞；婉言拒絕其強令華中新四軍、八路軍全部集中黃河以北的無理要求。同時申明，為顧全大局，相忍為國，挽救危亡，決定新四軍皖南部隊“遵令北移”,但須寬限時日。
“佳電”發(fā)出后，中共中央一方面通電新四軍領(lǐng)導(dǎo)人葉挺、項英，強調(diào)形勢的嚴重性，明確指出國民黨頑固派決心剿滅新四軍，要求皖南部隊務(wù)必于12月底以前全部北移，并提高警惕，做好充分的自衛(wèi)準備；另一方面指示在重慶的周恩來、葉劍英向蔣介石交涉新四軍皖南部隊的北移問題，要求延緩開動時間，解決給養(yǎng)和彈藥，保證途中安全；同時，還指示新四軍駐蘇南和江北部隊積極做好接應(yīng)皖南部隊的準備工作。
新四軍皖南部隊遵照中共中央關(guān)于北移的指示，進行了必要的準備?！凹央姟卑l(fā)出的第二天，葉挺就前往上饒會見顧祝同，交涉北移路線、軍需補給和保證北移安全問題；新四軍軍部又多次召開干部會議，傳達中共中央指示精神，分析國內(nèi)形勢，印發(fā)《進軍敵后宣傳鼓動大綱》,向干部、戰(zhàn)士進行教育解釋，統(tǒng)一思想認識；同時，還多次派小部隊到長江銅鼓至繁昌地段沿岸了解情況，籌集船只，為渡江北移作準備。在江北的新四軍參謀長兼江北指揮部指揮張云逸也派部隊到無為一帶沿江地區(qū)偵察，布置接應(yīng)皖南部隊北移的準備工作。
12月8日，蔣介石又以何、白名義發(fā)出“齊電”,聲稱“軍令法紀之尊嚴，必須堅決維護”,要求黃河以南的八路軍、新四軍“迅即遵令”,“悉數(shù)調(diào)赴河北”。④9日，蔣介石發(fā)出“手令”,令“長江以南之新四軍，全部限于本年12月31日開到長江以北地區(qū)，明年1月30日以前開到黃河以北地區(qū)作戰(zhàn)?，F(xiàn)在黃河以南之第十八集團軍所有部隊，限本年12月31日止開到黃河以北地區(qū)”⑤。10日，蔣介石又密令顧祝同“按照前定計劃，妥為部署并準備”,如至12月31日新四軍“仍不遵命北渡，應(yīng)立即將其解決，勿再寬容?！雹夼c此同時，蔣介石還令皖中李品仙部于江北無為地區(qū)加強布防，企圖堵?lián)粜滤能娡钅喜筷牰山币啤?2月下旬，顧祝同根據(jù)蔣介石的命令，調(diào)集七個師八萬余人的兵力，任命第三十二集團軍總司令上官云相為“前敵總指揮”,準備圍殲新四軍皖南部隊。
12月25日，蔣介石在重慶約見周恩來。蔣介石聲稱“只要你們說出一條北上的路，我可擔(dān)保絕對不會妨礙你們通過。只要你們肯開過江北，我擔(dān)保至一月底，絕不進兵?！敝芏鱽碓诘诙煜蛑泄仓醒雸蟾鏁r，對蔣介石談話中的許多承諾，一針見血地指出是“靠不住”的，因為“其局部的 ‘剿共’仍在加緊布置中”⑦。
12月29日，上官云相在安徽寧國召開作戰(zhàn)會議，確定進攻部署：以其第五十二、第一○八師為右翼軍，展開于南陵、涇縣、永濟橋、丁家渡之線；以其第四十、第一四四師，新編第七師為左翼軍，展開于茂林、包村、錢家橋之線，構(gòu)成東南西三面包圍，而后向北推進，將新四軍皖南部隊壓縮至長江邊相機殲滅。同時，以第七十九師于太平、石埭之間，以第六十二師于榔橋、三溪鎮(zhèn)之間，占領(lǐng)陣地，阻止皖南部隊南進；以第八十八軍、忠義救國軍和第二游擊區(qū)部隊于蘇皖邊郎溪地區(qū)，阻止皖南部隊東進。并限定以上各部必須于12月31日前秘密完成作戰(zhàn)準備。
1941年1月4日晚，新四軍皖南部隊(軍部、一個教導(dǎo)團、一個特務(wù)團、第一、二、三縱隊各兩個團)共九千余人編成三個縱隊按照擬定的路線，由云嶺駐地先向東南行進，繞道茂林，準備經(jīng)三溪、旌德、寧國、郎溪，沿天目山麓進至溧陽蘇南根據(jù)地，而后待機北渡長江，向江北轉(zhuǎn)移。
由于連日大雨，皖南部隊行動受阻，至5日15時才到達茂林地區(qū)。7日，在星潭附近即遭國民黨頑軍第四十師攔擊。8日，被迫改向西南廉嶺、高嶺方向行動，又遭頑軍第七十九師阻擊，不能前進。遂又改向西北茂林方向突圍。此時，頑軍新編第七師、第一四四師已占領(lǐng)云嶺、茂林等地，第四十師和第一四四師加緊從東、西兩個方向?qū)ν钅喜筷牥l(fā)動進攻。葉挺指揮部隊頑強抵抗，激戰(zhàn)一日，終將頑軍擊退，皖南部隊轉(zhuǎn)移至茂林以東5公里處的石井坑，準備整頓隊伍，繼續(xù)突圍時，又遭頑軍第四十、第五十二、第一○八、第一四四師等部的圍攻。皖南部隊寧死不屈，浴血苦戰(zhàn)。10日，葉挺在高灘陣地上召集教導(dǎo)團全體同志作了悲憤激昂的講話：“我想不到蔣介石的卑鄙無恥，竟會到這步田地，與中華民族的罪人秦檜相比，真是有過之而無不及。但是為了民族存亡，團結(jié)抗戰(zhàn)，我一定要盡力挽回當前這一國家民族危機，赴湯蹈火，在所不辭”。
12日，中共中央電告周恩來：“新四軍全軍東進，行至太平、涇縣間之茂林，被國民黨軍隊重重包圍已六天，突不出去，”“望向國民黨提出嚴重交涉，即日撤圍，放我東進北上，并向各方面呼吁，證明國民黨有意破裂。”⑧周恩來立即向蔣介石、何應(yīng)欽、白崇禧、顧祝同等分別提出嚴重抗議。在給蔣介石的信中，周恩來要蔣立即下令國民黨部隊撤圍，給北上的新四軍讓路。蔣介石表面上雖答應(yīng)下令查處，但背地里卻督令顧祝同加緊圍攻，務(wù)期“一網(wǎng)打盡，生擒葉項”。
14日，新四軍經(jīng)過八晝夜的浴血奮戰(zhàn)，終于彈盡糧絕，陣地完全被頑軍占領(lǐng)，除傅秋濤、黃火星等兩千余人分別突圍外，其余七千人，一部被俘，大部壯烈犧牲。軍長葉挺在同頑軍作最后談判時被無理扣押。政治部主任袁國平，在突圍中戰(zhàn)死，副軍長項英和參謀長周子昆則轉(zhuǎn)移隱蔽后被叛徒殺害。被俘的指戰(zhàn)員被押送到上饒集中營，遭到慘無人道的迫害。這就是蔣介石蓄意制造的親痛仇快、震驚中外的皖南事變。
1月17日，蔣介石以國民政府軍事委員會名義發(fā)布命令，宣布新四軍“叛變”,已將其“全部解散”,決定“撤銷”新四軍番號，將葉挺交“軍事法庭審判”,依法懲治。而對“剿共”有功的上官云相和第二十五軍則各獎賞法幣5萬元。同時，命令湯恩伯、李品仙等二十余萬軍隊大舉進攻江北的新四軍。至此，國民黨發(fā)動的第二次反共高潮達到了頂點。
同一天，周恩來打電話給何應(yīng)欽，義憤填膺地痛斥說：“你們的行為，使親者痛仇者快，你們做了日寇想做而做不到的事，你何應(yīng)欽是中華民族的千古罪人！”隨后，又乘車到國民黨談判代表張沖處，當面提出質(zhì)問和抗議。當晚深夜，周恩來親筆題詞：“為江南死國難者致哀！”“千古奇冤，江南一葉；同室操戈，相煎何急？!”刊登在次日出版的《新華日報》上，在重慶廣為散發(fā)，轟動了整個山城和國民黨統(tǒng)治區(qū)。
18日，中共中央發(fā)言人發(fā)表談話，全面揭露蔣介石制造皖南事變、摧殘抗日力量的罪行和1月17日命令的反動實質(zhì)，強烈要求：嚴懲陰謀消滅新四軍皖南部隊之罪魁禍首；釋放所有被俘之新四軍將士，保障葉軍長等軍政干部之生命安全；撫恤新四軍皖南部隊死傷將士及其家屬；停止華中數(shù)十萬大軍之剿共戰(zhàn)爭；平毀西北之反共封鎖線；停止全國各地殘殺逮捕共產(chǎn)黨員及愛國人士的犯罪舉動，釋放一切愛國的政治犯；肅清何應(yīng)欽等一切親日分子；反對一切破壞抗戰(zhàn)、破壞團結(jié)之陰謀計劃；嚴整抗日陣容，堅決抗日到底。
18日下午，在重慶的葉劍英主持起草了《新四軍皖南部隊慘被圍殲真象》的文章，經(jīng)周恩來審閱后，印成傳單散發(fā)。同日，董必武還與黃炎培、沈鈞儒、鄒韜奮等交談，介紹皖南事變真相，商討對策。
與此同時，廖承志在香港公布皖南事變的真相，向國際社會表明：皖南事變后，中共堅持抗戰(zhàn)、團結(jié)的方針絕不改變，但對反共軍事進攻不能不有所戒備，中共不愿由此發(fā)生大規(guī)模內(nèi)戰(zhàn)，如果內(nèi)戰(zhàn)挑釁者做出更大陰謀，使日本坐收漁利，則中國抗戰(zhàn)前途岌岌可危，望國際人士共挽危局。
20日，中共中央軍事委員會發(fā)布重建新四軍的命令，任命陳毅為代理軍長，劉少奇為政治委員，張云逸為副軍長，賴傳珠為參謀長，鄧子恢為政治部主任，并號召新四軍全體指戰(zhàn)員繼續(xù)高舉團結(jié)抗戰(zhàn)的旗幟，堅持大江南北的抗日陣地，堅持抗戰(zhàn)。同日，毛澤東以中共中央軍委發(fā)言人的名義對新華社記者發(fā)表談話，強烈要求國民黨當局處理好皖南事變，做到下列幾件事(通稱“善后辦法十二條”):懸崖勒馬、停止挑釁；取消1月17日的反動命令，并宣布自己是完全錯了；懲辦皖南事變的禍首何應(yīng)欽、顧祝同、上官云相三人；恢復(fù)葉挺自由，繼續(xù)充當新四軍軍長；交還皖南新四軍全部人槍；撫恤皖南新四軍全部傷亡將士；撤退華中的“剿共”軍；平毀西北的封鎖線；釋放全國一切被捕的愛國政治犯；廢止一黨專政，實行民主政治；實行三民主義，服從“總理遺囑”;逮捕各親日派首領(lǐng)，交付國法審判。談話還鄭重指出：“我們的讓步是有限度的，我們讓步的階段已經(jīng)完結(jié)了。他們已經(jīng)殺了第一刀，這個傷痕是很深重的。他們?nèi)绻€為前途著想，他們就應(yīng)該自己出來醫(yī)治這個傷痕……如若他們怙惡不悛，繼續(xù)胡鬧，那時，全國人民忍無可忍，把他們拋到茅廁里去，那就悔之無及了?！雹?br>皖南事變的真相揭露后，不但廣大人民反對國民黨的倒行逆施，大多數(shù)進步人士、中間派和海外華僑也都站在同情共產(chǎn)黨，反對頑固派一邊，而且國民黨內(nèi)部也不一致，一部分人士也不贊成蔣介石的投降分裂活動。在國際上，蘇、英、美也反對中國發(fā)生內(nèi)戰(zhàn)； 日本與國民黨頑固派的矛盾也遠未解決。
1月27日，蔣介石在重慶中央紀念周發(fā)表演說，在這個演說里，他力圖縮小事件的范圍，故意把皖南事變說成是軍令軍紀問題，不牽涉黨派與政治問題，企圖以此推卸其責(zé)任。
2月，第二屆國民參政會召開日期臨近，蔣介石為了擺脫政治上孤立的困境，千方百計要求中共參政員出席會議。14日，根據(jù)周恩來的建議，中共中央決定以共產(chǎn)黨參政員毛澤東、陳紹禹、秦邦憲、林祖涵、吳玉章、董必武、鄧穎超七人的名義致函國民參政會，將中共中央軍委發(fā)言人1月20日談話中提出的“善后辦法十二條”作為“恢復(fù)國共團結(jié)，重整抗日陣容，堅持對敵抗戰(zhàn)”的前提，否則，中共參政員將不出席參政會。
2月25日，國民黨代表張沖提出具體解決的意見：(一) 十八集團軍以正規(guī)軍開到黃河以北，其他游擊隊全部留華中，配合國軍作戰(zhàn)。增加一個軍，補新四軍缺，歸還葉挺及其他干部；(二) 參政會改請董必武、鄧穎超出席；(三) 目前軍事進攻已停止，政治壓迫總要解決，需請蔣介石負責(zé)糾正，再不許發(fā)生新事件。⑩
2月26日，中共中央指示周恩來三點對策：(一) 非十二條圓滿解決并辦理完畢，確有保證之后，決定不出席參政會。(二) 張沖所提條件不能接受，七參政員公函不能撤回。(三) 如彼方有誠意解決問題，則應(yīng)： (甲) 參政會延期兩個月開會；(乙) 在兩個月內(nèi)解決十二條及一切懸案；(丙) 派機送周恩來回延開會，以便討論彼方意見。
2月28日，中共中央指示周恩來，決定向張沖口頭提出臨時解決辦法12條，作為出席參政會的條件：(1)立即停止全國向我軍事進攻；(2)立即停止全國的政治壓迫，承認中共及各黨派之合法地位，釋放西安、重慶、貴陽及各地之被捕人員；(3)啟封各地被封書店，解除扣寄各地抗戰(zhàn)書報之禁令；(4)立即停止對《新華日報》之一切壓迫；(5)承認陜甘寧邊區(qū)之合法地位；(6)承認敵后之抗日民主政權(quán)；(7)華北、華中及西北防地，均維持現(xiàn)狀；(8)于十八集團軍之外，再成立一個集團軍，共應(yīng)轄有六個軍；(9)釋放所有皖南被捕干部，撥款撫恤死難家屬；(10)發(fā)還皖南所有被捕人槍；(11)成立各黨派聯(lián)合委員會，每黨派出席一人，國民黨代表為主席，中共代表副之；(12)中共代表加入國民參政會主席團。(11)
3月2日，董必武、鄧穎超致函參政會秘書處，正式提出臨時解決辦法十二條，指出“茲為顧全團結(jié)，加強抗戰(zhàn)起見，必武、穎超特將在渝所見各方奔走之結(jié)果，提出臨時辦法十二條，附列于后。如此十二條能蒙政府采納，并得有明令保證，必武、穎超屆時必可報到出席”。同一天，周、董、鄧致各黨派領(lǐng)導(dǎo)人士書，再次闡明自己主張，“凡有可以謀團結(jié)之道者，同人等無不惟力是赴，今茲所提，已力求容忍，倘能得有結(jié)果，并獲有明確保證，必武、穎超必親往參政會報到”(12)。
中共這種堅持原則、光明磊落的堅定立場，得到了國內(nèi)外廣大進步勢力的同情和支持，使蔣介石在政治上又一次遭到嚴重打擊。
3月8日，蔣介石在參政會上發(fā)表演說，表示“決不忍再見所謂‘剿共’的軍事，更不忍以后再聞有此種‘剿共’之不祥名詞留于中國歷史之中”,保證“以后亦決無‘剿共’的軍事，這是本人可負責(zé)聲明而向貴會保證的”(13)。至此，國民黨頑固派發(fā)動的第二次反共高潮被粉碎了。