“五四”學(xué)生愛國運動，一下子使中國人民與帝國主義和軍閥政府的斗爭空前尖銳化、表面化，使蔡元培及其所領(lǐng)導(dǎo)的北京大學(xué)和封建勢力的斗爭重新激化起來。正如魯迅所說：“‘五四’事件一起，這運動的大營的北京大學(xué)負了盛名，但同時也遭了艱險”。由于北京大學(xué)是新文化運動的中心，早為封建頑固勢力所嫉恨，前已有改組北大的議論，五四愛國斗爭，北大學(xué)生又是首倡者，站在運動的前列，而蔡元培又對學(xué)生的愛國運動采取同情和支持的態(tài)度，并為營救被捕學(xué)生而日夜奔走，不遺余力。因此，封建軍閥把這次風(fēng)潮看成是北京大學(xué)提倡新思潮的結(jié)果，尤集矢于蔡元培，認為他是“罪魁禍首”。正如1919年5月11日《每周評論》說：“他們恨蔡元培，是把所有學(xué)界的舉動，都歸到北京大學(xué)，把大學(xué)學(xué)生的所有的舉動，歸到蔡校長一人身上?！卑哺Ｏ迪虮本┱岢鎏幚硎伦兊霓k法，首先就是查封北京大學(xué)，撤免蔡元培的校長職務(wù)。
5月4日夜，北京軍閥政府國務(wù)總理錢能訓(xùn)在自己家里召開了內(nèi)閣緊急會議，一直開到第二天。京師警察總監(jiān)吳炳湘，警備司令段芝貴、步兵統(tǒng)領(lǐng)李長泰均到會，籌商對付學(xué)生運動辦法。會上，解散北京大學(xué)，撤免蔡元培校長，幾成為一致主張。傅增湘為蔡元培解釋，并說解散大學(xué)，古今中外都沒見過這種辦法。段芝貴卻甚至說：“寧可十年不要學(xué)校，不可一日容此學(xué)風(fēng)?！?br>其后幾天，曹汝霖、章宗祥要進行報復(fù)以及軍閥勢力要對北京大學(xué)進行武力鎮(zhèn)壓之說風(fēng)起。有的說，曹、章以三百萬金收買人刺殺蔡元培，焚燒北大校舍，殺北大學(xué)生；有的說，徐樹錚在景山頂架炮，轟擊北大，并揚言要以往年對待陸建章之手段以待蔡。前此敵視新文化運動并遭到抨擊而懷恨在心的林紓，這時也想趁機而入，動搖北大現(xiàn)狀。蔡元培鑒于他自己和他所領(lǐng)導(dǎo)的北京大學(xué)，已處在一切封建頑固勢力的詛咒、威脅的嚴重迫害之中，自知已不可再留，但為了營救學(xué)生，保護學(xué)校，他態(tài)度鎮(zhèn)靜而強硬，聲稱學(xué)生不安寧無事，北大校事決不放手。
5月7日，被捕學(xué)生安全釋放后，學(xué)校雖已恢復(fù)上課，但斗爭并未結(jié)束，學(xué)生們都抱著再接再厲的決心，政府也是不做不休的態(tài)度。蔡元培這時處境十分困難，內(nèi)心也很是矛盾。帶領(lǐng)學(xué)生同軍閥政府對抗，他所處的地位和立場有所不能。屈從政府的旨意，對學(xué)生進行約束和壓制，作違反愛國初衷的事，于良心有愧，他更不能干。5月8日，北京政府已決定撤免蔡元培的校長職務(wù)，并內(nèi)定馬其昶為北大校長，并發(fā)布了三道命令：一是查辦北京大學(xué)校長，二是將已經(jīng)釋放的學(xué)生送交法庭，由法庭依法辦理，三是整飭學(xué)風(fēng)。查辦令因傅增湘不肯副署，未能發(fā)表。后兩令已為各報刊出。
在這種情況下，蔡元培除了出走以外，沒有別的道路可以選擇。在他看來，既然軍閥政府將他看成是學(xué)生愛國運動的支持、保護者和后臺，把仇恨集中于一己之身，以去他為首要目標；而且政府再次下令要懲戒學(xué)生，也是對他施加壓力，他不離開、學(xué)生將遭嚴辦，他一走，反而于保護學(xué)生、保全學(xué)校有利。因此，他于5月8日下午6時向北大學(xué)生發(fā)表慰勉的講話之后，即于9日清晨憤然離開北京。他就這樣被封建軍閥勢力逼出了北京。學(xué)生運動一時失去了方向和支持，產(chǎn)生了一些動搖。更為遺憾的是他不知道，中國人民的反帝反封建的愛國運動并不會因他的退讓出走而停止，因此，他的以出走保護學(xué)生、保護學(xué)校的愿望并未現(xiàn)實，而學(xué)生與軍閥政府的斗爭變得更加尖銳激烈了。