“神仙”之說，道家、道教學者喜言之，理學受道家思想影響很深，但對神仙之說，卻能批判地對待。總的說來，理學家不相信有拔宅飛升、點石成金、隨意變化的神仙，但卻相信有保形煉氣、延年益壽之理。程、朱等理學家還相信視聽超常、感應前知甚至靈魂出殼的事情。下面分別予以論述。
理學家張載將道家的神仙之說斥為“謬妄”,未曾肯定什么，他說：“圣不可知謂神，莊生謬妄，又謂有神人焉?！?《正蒙·神化篇》)
二程否定道家的羽化成仙、白日飛升之說，卻肯定了其保形煉氣、延年益壽之說。“問：‘神仙之說有諸？’曰：‘不知如何。若說白日飛升之類則無，若言居山林間，保形煉氣以延年益壽，則有之?！?《遺書》卷一八)從現(xiàn)代科學角度看，居山林間，空氣新鮮，負氧離子多，可以增強人體細胞活力。且遠離世俗，無憂煩之事，加之形體、呼吸的鍛煉以及保持人與自然的原平衡狀態(tài)等等，凡此種種，皆合乎衛(wèi)生之道，利于人的壽命的延長。
程頤還認為，靜心煉氣，功夫深后便能前知?！皢枺骸酵庵坑腥藖砜此?，能先知者，有諸？’曰：‘有之。向見嵩山董五經(jīng)能如此?！瘑枺骸我阅軤?？’曰：‘只是心靜，靜而后能照?！?《遺書》卷一八)
程子所謂煉氣，即今之所謂氣功，而在古代稱導引，它實際上是一種配合含有形體動作的腹式呼吸法，此法具有古老的傳統(tǒng)。《莊子·刻意篇》說：“吹呴呼吸，吐故納新，熊經(jīng)鳥伸，為壽而已，此導引之士，養(yǎng)形之人，彭祖壽考者之所好也?！薄侗阕印るs應篇》亦曾言及“龍導虎引，熊經(jīng)龜咽，燕飛蛇屈鳥伸”等導引動作，大概古代人們歆羨動物的矯健、敏捷、冬眠、長壽等特性，經(jīng)過長期觀察其生活心性，而編制出各種仿生動作，通過對內(nèi)氣的修煉與控制，以達到養(yǎng)生的目的。理學家對道家習靜煉氣的功夫都有相當?shù)牧私?。朱熹還曾為道教內(nèi)丹經(jīng)典《周易參同契》作過注釋。
道教有關(guān)內(nèi)丹(氣功)的理論書籍可以說是汗牛充棟。但對功法指訣卻視為千載不傳之秘，練功家有所謂“真?zhèn)靼霃埣?，假傳五車書”之語。其實氣功功法的要領(lǐng)就在于神與氣合，《老子》中的“載營魄抱一，能無離乎”一句足以概括，所謂營即是魂、神，魄即氣，抱一即是合一。練功時意念(神)注想于丹田之氣的運轉(zhuǎn)，即達到“煉氣”的目的。因而朱熹指出：
“養(yǎng)生家說盡千言萬語，說龍說虎，說鉛說汞，說坎說離，其術(shù)止是如此而已。古云： ‘載魄抱魂，能勿離乎？ 摶氣致柔，能如嬰兒乎？’今之道家，只是馳騖于外，安識所謂‘載魄抱一，能勿離乎’!”(《朱子語類》卷八七)
由此可見，朱熹對道家內(nèi)丹指訣已有深入的了解。
朱熹從氣化論、氣靈論出發(fā)，認為養(yǎng)生家煉得氣盛強，因而肉身雖死，而氣未遽散，神游天地之間，時而現(xiàn)形，此即所謂神仙，然則天長日久，其氣亦散。朱熹說：
“氣久必散，人說神仙，一代說一項，漢世說甚安期生，至唐以來則不見說了。又說鐘離漢、呂洞賓，而今又不見說了。看得來，他也只是養(yǎng)得分外壽考，然終久亦散了?！?《朱子語類》卷三)
許多道教文獻都講到一種靈魂出竅現(xiàn)象，道家稱之為出陽神(元神),陽神本質(zhì)上是一種氣，即陽氣、真氣、元氣。道教認為，氣功修煉到高級階段，元氣便結(jié)胎如嬰兒，瑩潔可愛，自天門(頭頂百會穴)而出，其始以意念控制，旋出旋收，宜暫不宜久，宜近不宜遠，漸漸可以收縱自如，遺形遠蹈，神游各處，逍遙自樂。朱熹對道教出陽神的說法也信有其事，他說：“浦城山中有一道人，常在山中燒丹。后因一日出神，乃祝其人云： ‘七日不返時，可燒我?！礉M七日，其人焚之。后其道人歸，叫罵取身，亦能于壁間寫字，但是墨較淡，不久又無?！?同上)理學家中，朱熹受道家影響最深，此在其鬼神觀中表現(xiàn)得最為明顯。因而清初潘平格說“朱子道，陸子禪”,是不無根據(jù)的。
王陽明少曾習仙家之術(shù)，對仙家之說，并不陌生。但他認為不可輕易討論。有人曾向他詢問神仙之事，書三至而不答。后其人又遣弟來問，陽明作答書，承認自幼曾修習仙術(shù)，但并無實效。他認為古人如廣成子活了一千五百歲是可能的，但不完全是由于修煉功夫，也有先天稟氣的因素，非人力可以強求。他又指出，仙家所謂拔宅飛升、點化投奪之類，不過是戲法幻術(shù)，是騙人的，不可相信：“若后世拔宅飛升、點化投奪之類，譎怪奇駭，是乃秘術(shù)曲技，尹文子所謂幻，釋氏謂之外道者也。若是而謂曰有，亦疑于欺子矣?！?同上)
陽明還指出，神仙之術(shù)未易言，真要求其術(shù)，要自己去體驗，“退處山林三十年，全耳目，一心志，胸中灑灑，不掛一塵，而后可以言此”(同上)。在陽明看來，所謂神仙首先還不僅是長生不死的問題，而是一個風骨境界的問題。成仙也好，成佛也好，也需一種獻身精神，拋棄俗累塵念，一心向道，數(shù)十年如一日，到那時才可以言神仙之有無。這樣看來，人生似乎是一個大“賭注”,人拿著只有一次的生命去“賭”做不知有、無的神仙，是不是真值得？ 這又是一個需要先行解決的重要的價值觀問題。
儒家的一貫觀點是，神仙有無不可知，也無須知。但人要真正懂得人生之道，懂得了人生之道，就不必去做神仙。因而孔子“未知事人，焉知事鬼”,“未知生，焉知死”的話有著永恒的魅力，雋永深長，耐人尋味。