敦煌是絲綢之路的咽喉，華戎所交一都會(huì)，也是外來宗教傳入我國的最早地點(diǎn)，佛教、景教、摩尼教等，均由敦煌傳入內(nèi)地，因而敦煌遺書中有關(guān)宗教的卷子很多。
(1) “佛教遺書”
敦煌遺書中佛教經(jīng)卷占百分之九十以上，因而有的學(xué)者將敦煌遺書稱為“佛教遺書”。敦煌佛教的內(nèi)容龐雜，主要有以下幾類：①經(jīng)、律、論類。即佛教的“三藏”,敦煌遺書中佛教各宗派的卷子都有，如《大般若波羅密多經(jīng)》《金剛經(jīng)》《金光明最勝五經(jīng)》、《妙法蓮花經(jīng)》《維摩詰經(jīng)》等，尤為寶貴的是不少經(jīng)卷附有題記，如《凈名經(jīng)關(guān)于釋抄》的題記，將維摩詰經(jīng)的翻譯的情況交待得清楚明白，它對(duì)佛教翻譯史的研究有重要意義。這些都是研究當(dāng)時(shí)佛教現(xiàn)狀及佛典崇拜、功德思想的重要資料。②藏外佚經(jīng)，即《大藏經(jīng)》中未收的佛經(jīng)。唐末五代時(shí)，全國各地寺廟逐漸以《開元錄·入藏錄》所著錄的一千零七十六部五千零四十八卷佛典為大藏的標(biāo)準(zhǔn)數(shù)目，未著錄的佛典被排除在外。敦煌曾一度被吐蕃統(tǒng)治，當(dāng)時(shí)的高僧法成翻譯的佛典僅在敦煌流傳，未入《開元錄》,后又被封入藏經(jīng)洞(方廣锠《敦煌遺書中的佛教著作》)。這些藏外佛經(jīng)的發(fā)現(xiàn)，為佛教史的研究拓寬了途徑，提供了新的研究課題，為研究印度佛教及其對(duì)中國的影響、漢藏佛教的交流、印度佛學(xué)大師的生平著作等都提供了大量豐富的資料。③疑偽經(jīng)?！耙山?jīng)”是指真?zhèn)挝磾嗟慕?jīng)典，“偽經(jīng)”是指中國人假托佛說而撰述的經(jīng)典。這些經(jīng)典反映了中國的佛教特點(diǎn)，是研究中國佛教史的寶貴資料。但歷代王朝在組織編制《一切經(jīng)》或《大藏經(jīng)》時(shí)，一般不把這些所謂“疑偽經(jīng)”編入，甚至禁止在《大藏經(jīng)》內(nèi)附“疑偽經(jīng)”目錄。這類經(jīng)典不僅《大藏經(jīng)》未收，內(nèi)地也保存極少(周丕顯《敦煌佛經(jīng)略考》)。敦煌佛經(jīng)中保存的疑偽經(jīng)有七十多種。④各種目錄。敦煌遺書中的佛經(jīng)目錄有全國性目錄、品次錄、藏經(jīng)錄、點(diǎn)勘錄、流通錄、轉(zhuǎn)經(jīng)錄、乞經(jīng)狀配補(bǔ)錄、寫經(jīng)錄等，其中有許多珍貴資料的《人集錄都目》是現(xiàn)存關(guān)于三階教經(jīng)典的最完整目錄，《某寺歷年配補(bǔ)藏經(jīng)錄》為我們解開佛教帙號(hào)這一千古之謎提供了一把鑰匙(方廣锠《敦煌遺書中的佛教著作》),而《眾經(jīng)別錄》的發(fā)現(xiàn)為我們研究古典目錄學(xué)，特別是佛經(jīng)目錄提供了寶貴資料。
(2) 道教典籍
敦煌遺書中也有數(shù)量眾多的道家典籍，《道德經(jīng)》是遺書中的主要道教典籍。今本《道德經(jīng)》二卷是唐以前的定本，但在唐以前也有以《道經(jīng)》為下卷，《德經(jīng)》為上卷的，敦煌遺書中有明確反映，皆題《道經(jīng)下》,或《老子道經(jīng)下》、《老子德經(jīng)上》,這與1972年山東銀雀山發(fā)現(xiàn)的《德經(jīng)》上、《道經(jīng)》下相吻合。由此可知，以“德”、“道”為上下是戰(zhàn)國以來就存在的，唐寫本還保存了舊本(姜亮夫《敦煌經(jīng)卷在中國文化學(xué)術(shù)上的價(jià)值》)。
自佛教傳入中國后，與儒、道發(fā)生關(guān)系，并相互批評(píng)攻擊，道家反對(duì)佛教的典籍。最重要的就是《老子化胡經(jīng)》,敦煌遺書中還保存了這一重要典籍《老子化胡經(jīng)》的四個(gè)卷子。另外還有一些道教佚經(jīng)即《道藏》未收的經(jīng)典，如《太上洞玄靈寶妙經(jīng)》《老子說罪福大報(bào)應(yīng)經(jīng)卷七》《洞真三天正德經(jīng)》《諸經(jīng)要略抄義》等十多卷。
(3) 景教文獻(xiàn)
景教是基督教最早傳入中國的一個(gè)支派，即“聶斯脫利派”?！洞笄鼐敖塘餍兄袊肥翘频伦诮ㄖ卸?1781年)建立的，它是景教傳入中國的有力物證。從這塊碑我們知道聶斯脫利派傳教士在唐太宗貞觀九年(635)來到中國。但由于景教文獻(xiàn)很少，無法對(duì)它在中國的流傳情況進(jìn)行全面的、系統(tǒng)的研究。敦煌藏經(jīng)洞中發(fā)現(xiàn)有七種關(guān)于唐朝景教的文獻(xiàn)，即《大秦景教三威蒙度贊》?！叭敝甘ジ浮⑹プ?、圣靈“三位一體”的威嚴(yán)，“蒙度”就是蒙救贖的意思，從內(nèi)容可知這份文獻(xiàn)寫成于公元8世紀(jì)。敦煌本《大秦景教三威蒙度贊》是僅次于《大秦景教流行中國碑》的重要文獻(xiàn)。另外有《尊經(jīng)》《老玄安樂經(jīng)》《序聽迷詩所經(jīng)》《一神論》《大秦景教宣元本經(jīng)》《大秦景教大圣通真歸法贊》等。
(4) 摩尼教經(jīng)典
摩尼教是公元3世紀(jì)中葉波斯人摩尼所創(chuàng)立的一個(gè)宗教，由于摩尼教屢遭迫害，無經(jīng)典和資料遺留，因而對(duì)摩尼教的研究存在很大的局限性。敦煌發(fā)現(xiàn)的摩尼教重要文獻(xiàn)主要是三種漢文摩尼教殘卷(林悟殊《摩尼教及其東漸》),即《摩尼教殘經(jīng)一》《摩尼光佛教法儀略》《下部贊》。這三部殘卷均為研究摩尼教的重要文獻(xiàn)。敦煌本《摩尼光佛教法儀略》由兩截殘卷組成，共約一千五百四十余字，分六章，每章各有題目，是了解摩尼教概況的重要著作?！赌δ峤虤埥?jīng)一》是1923年陳垣先生在《摩尼教入中國考》中提到的經(jīng)卷，并疑為波斯摩尼僧獻(xiàn)給武則天的《二宗經(jīng)》,而林悟殊先生以為《殘經(jīng)一》非《二宗經(jīng)》,而是本自摩尼本人的著作，并得出結(jié)論：“《殘經(jīng)一》的原名很可能就是《儀略》所提及的摩尼第五部經(jīng)典《缽迦摩帝夜》即《證明過去教經(jīng)》?！?林悟殊《摩尼教及其東漸》)而《下部贊》并非中國摩尼教徒自己撰寫的經(jīng)典，而是唐代后期的一篇譯作，是中國摩尼教徒舉行宗教儀式時(shí)用的贊美詩，它是研究摩尼教義、宗教儀式及其在中國的衍化的重要資料。