這個(gè)時(shí)期，反教會(huì)斗爭(zhēng)仍然此伏彼起，連綿不斷。由于帝國(guó)主義和清政府越來越緊密地勾結(jié)在一起共同鎮(zhèn)壓人民，所以反教會(huì)斗爭(zhēng)和反清起義常常交織在一起。許多地方從反教會(huì)斗爭(zhēng)開始，很快就發(fā)展到攻打州縣衙門，把斗爭(zhēng)的矛頭同時(shí)指向媚外的清朝官吏。
1906年2月，福建漳浦縣天主教堂借故拘留農(nóng)民，引起公憤。四鄉(xiāng)農(nóng)民聚眾拆毀教堂，知縣前往彈壓?！班l(xiāng)民乃遷怒縣令，挾之入城，并破縣獄，囚犯走散一空，城內(nèi)之耶穌教堂亦被攻毀”^[1],全城大亂。閩浙總督崇善急忙派兵前往鎮(zhèn)壓，捕殺鄉(xiāng)民十五人，賠教堂款三萬兩。同月，河南淮寧縣“仁義會(huì)”首領(lǐng)吳太山率領(lǐng)群眾反抗教會(huì)壓迫，捕殺仗勢(shì)欺人的教民多人?！叭柿x會(huì)”又稱“大刀會(huì)”,是淮寧、西平、遂平、泌陽(yáng)等地的民間秘密結(jié)社。參加的成員以農(nóng)民為主，另外還有貧苦知識(shí)分子和小商販等。據(jù)《西平縣志》記載，“仁義會(huì)”“以掃清滅洋為幟”。吳太山是山東人，曾參加義和團(tuán)運(yùn)動(dòng)，失敗后逃到河南，創(chuàng)立“仁義會(huì)”。當(dāng)河南巡撫派兵前往淮寧鎮(zhèn)壓“仁義會(huì)”時(shí)，吳太山等見寡不敵眾，乃避往西平縣，后又投奔遂平縣“仁義會(huì)”首領(lǐng)苗金聲。苗金聲是遂平八里鋪人，家有七八畝地，當(dāng)過兵，拉過戲班。他和吳太山?jīng)Q定于3月29日在西平縣金剛寺起義，部眾“千余人，馬七八十匹”。后來，轉(zhuǎn)移到遂平縣嵖岈山，憑據(jù)石寨，抗擊清軍，并推舉張廷得為“開國(guó)大元帥”,苗金聲為副元帥。不久，南陽(yáng)總兵率領(lǐng)清軍進(jìn)攻嵖岈山。義軍在苗金聲指揮下，奮勇迎戰(zhàn)。最后因寡不敵眾，不幸失敗。苗金聲逃至鹿邑，被清軍捕殺。與此同時(shí)，湖北羅田人張正金聚眾焚毀安徽霍山教堂。當(dāng)清軍前往鎮(zhèn)壓時(shí)，群眾高擎“官逼民變”、“輔清滅洋”旗幟，英勇抵抗，曾一度圍攻縣城。安徽巡撫咨調(diào)河南、湖北兩省軍隊(duì)“會(huì)剿”,才將群眾鎮(zhèn)壓下去。
這一年，在江西又發(fā)生了轟動(dòng)一時(shí)的“南昌教案”。南昌縣知縣江召棠因辦理荏港民教械斗一案赴教堂交涉，法籍傳教士王安之逼迫江在他事先擬好的條款上簽字，由于江嚴(yán)詞拒絕，被王刺傷，因流血過多致死。血案發(fā)生后，激起南昌各界人民的憤慨，前往痛哭吊祭者達(dá)數(shù)萬人。一幅哀挽寫道：“會(huì)垣重地而敢戕官，目中尚有人哉！吁！同僚之恥也，同宗之慼也，同鄉(xiāng)之疚也，同種之憂也?！?sup>[2]學(xué)界代表散發(fā)傳單，揭露慘案真相，號(hào)召各界人民于2月25日在百花洲沈公祠召開特別大會(huì)，討論對(duì)策。南昌革命團(tuán)體易知社人士積極宣傳鼓動(dòng)，投身斗爭(zhēng)。在愛國(guó)心的驅(qū)使下，各界群眾絡(luò)繹不絕，前往沈公祠。一時(shí)百花洲畔人山人海，所謂“下流社會(huì)”的勞動(dòng)群眾占了絕大多數(shù)。主持會(huì)議的紳士害怕引起暴亂，臨時(shí)宣布改期集會(huì)。江西巡撫胡廷幹又派兵監(jiān)視會(huì)場(chǎng)，不準(zhǔn)伸張正義，深恐得罪洋人。這樣，已經(jīng)到會(huì)的各界群眾便更加憤怒。于是，群眾一哄而起，搗毀了沈公祠。隨后，便舉火燒教堂，城內(nèi)外英法四所教堂一日之間盡成廢墟。殺人兇手王安之被擊斃。英法傳教士及其家屬八人亦被殺。
此案發(fā)生后，法國(guó)公使大肆咆哮，說中國(guó)人排外。英、法軍艦駛?cè)脎蛾?yáng)湖示威。清政府急忙宣布將胡廷幹撤職，派津海關(guān)道梁敦彥偕同法國(guó)使館人員往江西查辦。經(jīng)過近三個(gè)月的磋商，簽訂了《南昌教案合同》,清政府被迫把江召棠的被害說是“情急自刎”,竟殺害六名中國(guó)人抵命，將地方官吏多人撤職，賠償教堂銀二十五萬兩。這個(gè)消息傳到日本后，中國(guó)留日學(xué)生非常憤慨。同盟會(huì)員宋教仁從日本報(bào)紙上翻譯了《痛詆法人之無道》的論文一篇，名《南昌事件概論》,寄回國(guó)內(nèi)“報(bào)館登之，以壯國(guó)人之氣”^[3]。
1906年以后的三四年間，“焚教堂，戕教士”的案件仍然時(shí)有發(fā)生。1907年5月，浙江象山縣鄉(xiāng)民搗毀教堂，掀起反教會(huì)壓迫斗爭(zhēng)。6月，四川開縣譚汝霖率眾“打教堂”,將城內(nèi)教堂、學(xué)堂及教民房屋拆毀。知縣率兵鎮(zhèn)壓，被群眾擊退。群眾很快轉(zhuǎn)向抗捐斗爭(zhēng)，將酒捐肉厘各局一概搗毀。9月，江西南康天主教民因勒買攘搶耕牛起釁。農(nóng)民黃太盛等為了報(bào)仇，設(shè)壇學(xué)習(xí)神拳，并將教堂付之一炬，殺死法籍傳教士一人，教民數(shù)十人。反教會(huì)斗爭(zhēng)很快波及贛州、崇義等地。清軍前往鎮(zhèn)壓，群眾被捕殺十余人。于是，各鄉(xiāng)習(xí)神拳群眾迅速結(jié)成隊(duì)伍，“黃衣執(zhí)禎”,圍攻贛州城。不久，被清軍殘酷鎮(zhèn)壓下去。1908年，安徽英山縣鄉(xiāng)民燒毀教堂。此外，先后發(fā)生反教會(huì)壓迫斗爭(zhēng)的地方還有：湖北隨州、蘄春，山西左云等州縣。
綜上所述，1906年以后，全國(guó)反教會(huì)斗爭(zhēng)的次數(shù)有逐漸減少的趨勢(shì)，社會(huì)影響也不如以前顯著。這一方面是由于南昌教案發(fā)生后，清政府頒發(fā)上諭，再次嚴(yán)命各省文武官吏，切實(shí)保護(hù)外國(guó)人財(cái)產(chǎn)及教堂，又命張之洞會(huì)同外務(wù)部“妥籌民教相安之法”,千方百計(jì)地壓制人民的反教會(huì)斗爭(zhēng)。另一方面，同一時(shí)期內(nèi)各省收回利權(quán)運(yùn)動(dòng)蓬勃發(fā)展起來，廣大勞動(dòng)人民紛紛卷入了新的斗爭(zhēng)，并在斗爭(zhēng)中起了很大的促進(jìn)作用。這表明，隨著國(guó)內(nèi)資產(chǎn)階級(jí)民主革命形勢(shì)的進(jìn)一步發(fā)展，農(nóng)民自發(fā)的反教會(huì)斗爭(zhēng)，已開始讓位于資產(chǎn)階級(jí)領(lǐng)導(dǎo)的反帝愛國(guó)運(yùn)動(dòng)。