根據(jù)“雅爾塔協(xié)定”的規(guī)定，中蘇條約談判中，中國確認了外蒙古獨立的現(xiàn)實。1945年8月24日，蔣介石在國防最高委員會和國民黨中常會臨時聯(lián)席會上特別解釋了外蒙獨立的問題。他說：“外蒙自北京政府時代民國十一年起，事實上已完成其獨立的體制，如今已屆二十五年。當(dāng)此世運一新之會，正重敦舊好之時，我們必須秉承國民革命的原則，和本黨一貫的方針，用斷然的決心，經(jīng)和平的程序，承認外蒙之獨立，建立友好的關(guān)系，使得這個問題能夠完滿的解決。否則將使中國與外蒙古之間，永無親善之可言，其對于國內(nèi)安定與世界和平，更將因此而發(fā)生重大的影響?！?sup>[1]中國隨后為履行條約義務(wù)，敦促外蒙古進行公民投票，外蒙古政府于9月21日決定在10月10日至20日間進行公民投票，并同意中國政府派代表參觀，“俾重向全世界表示蒙古人民獨立之意志與愿望”^[2]。10月18日，內(nèi)政部次長雷法章率領(lǐng)由蒙藏委員會、軍政部和內(nèi)政部官員組成的代表團，到達外蒙古首都庫倫(即烏蘭巴托),參觀定于20日進行的投票過程。據(jù)蒙古獨立中央委員會公布，1945年10月20日，外蒙古舉行決定是否獨立的公民投票。凡年滿十八歲的公民均有權(quán)參加，全境共設(shè)投票點4251個，投票采用公開記名簽字的方法，決定對獨立是“贊成”還是“反對”。據(jù)公布，在有資格參加投票的494,960人中，有487,409人參加投票，結(jié)果百分之百同意外蒙古獨立^[3]。其實誰都知道，公民投票不過是形式而已，外蒙古獨立是雅爾塔協(xié)定早已決定的現(xiàn)實。
11月15日，中國政府外交部部長王世杰收到蒙古人民共和國總理兼外交部長喬巴山的電文，內(nèi)稱：“謹將蒙古人民共和國代表會議主席團一九四五年十一月十二日之決議案，及蒙古人民共和國舉行關(guān)于國家獨立問題之公民投票之紀錄，送達閣下，即認為中國政府承認蒙古獨立之正式文件。”^[4]12月10日，國民黨第十六次中常會決定承認外蒙古獨立。1946年1月5日，國民政府發(fā)表公告：“茲照國防最高委員會之審議，決定承認外蒙古之獨立。除由行政院轉(zhuǎn)飭內(nèi)政部將此項決議正式通知外蒙古政府外，特此公告。”^[5]2月間，蒙古人民共和國政府副總理蘇倫札布率代表團訪問重慶，完成了中國承認外蒙獨立的最后手續(xù)。雙方并商定建立外交關(guān)系，互派公使。
對于外蒙古的獨立，國民黨內(nèi)外都曾有強烈的批評聲浪，尤其是在東北接收受挫之后，這種批評更為強烈。1947年3月21日，蔣介石不得不在國民黨六屆三中全會上對此作了專門解釋，以消除黨內(nèi)外的批評。他稱：“外蒙古的問題完全是我個人的主張，不能怪外交或軍事方面負責(zé)的人，這在歷史上我個人負責(zé)任，與外交當(dāng)局沒有關(guān)系。這個政策是我決定的，但是我相信外蒙雖然離開了我們中國，而是自由獨立，不是給予人家割據(jù)的，我相信我決定這個政策沒有錯誤，而是根據(jù)外蒙古當(dāng)時的情形，應(yīng)該給他們獨立。至于決定這個政策的目的，就是想以外蒙的獨立，使得我們東北完全收回，至少以外蒙掉換東北是事實的話。外蒙古雖然獨立，而東北沒有完全收回來，旅順大連也沒有完全收回來，這不是我們政策的錯誤，如果說是錯誤，就是我個人的錯誤，不過這個政策一定成功，東北一定可以完全收回，而外蒙古一定可以獨立?！?sup>[6]蔣的這個解釋應(yīng)該說是事實，當(dāng)時他確實是企圖以允許外蒙獨立作為蘇聯(lián)將東北交給國民黨的交換，并為此不顧黨內(nèi)的反對意見而作出了決斷，而且外蒙已經(jīng)長期脫離中國的實際管轄，其獨立又是蘇聯(lián)所堅持，在當(dāng)時的情況下，中國顯然無力與蘇聯(lián)抗衡，蔣因此而棄名求實，謀取實利。至于后來的情況，則非蔣當(dāng)初可料。
外蒙古獨立以后，在新疆北部的北塔山與中國發(fā)生武裝沖突，喧騰一時。北塔山海拔一千五百米左右，位于新疆東北阿勒泰地區(qū)，距奇臺縣城二百余公里。中蘇條約談判時，對于外蒙古疆界問題，雙方爭執(zhí)不下，最后同意以現(xiàn)有疆界為準，但現(xiàn)有疆界究為何指，雙方理解顯然不同。外蒙古獨立后，認為北塔山屬其管轄，1947年6月2日，蒙古邊防軍派代表至北塔山，要求駐守該地的中國軍隊于四十八小時內(nèi)撤離。駐軍連長馬希珍以守土有責(zé)予以拒絕，但答應(yīng)向上級請示。因為交通不便，層層轉(zhuǎn)遞，待新疆警備總司令部收到請示電報已是事發(fā)之后的事了^[7]。　
6月5日，外蒙古軍隊突然向北塔山中國駐軍發(fā)起攻擊，并有飛機、大炮助戰(zhàn)^[8],守軍予以還擊，雙方激戰(zhàn)竟日，互有死傷，但中國軍隊守住了陣地。北塔山?jīng)_突消息傳到迪化，新疆警備總司令宋希濂立即決定派一個團前往增援，另以一個團準備支援奇臺。6日到8日，外蒙軍隊續(xù)向北塔山進攻，均為守軍擊退。雙方共計死傷百余人。
北塔山武裝沖突的消息傳出，除了中國外交部在6月11日向外蒙提出強烈抗議外，國民黨中央社大肆渲染所謂外蒙軍隊深入國境幾百里及蘇聯(lián)支持蒙古進攻事，借此進行反蘇宣傳，意圖以此向蘇聯(lián)施加壓力，在對蘇外交上爭取主動。外交部情報司司長張沅長在記者招待會上聲稱：此事并非尋常邊疆沖突事件，我政府極為重視，當(dāng)?shù)剀娛庐?dāng)局，已奉命堅守疆土，慎重處理，我政府并擬派大員赴新疆，指示地方當(dāng)局^[9]。外交部長王世杰電令駐蘇大使傅秉常向蘇聯(lián)政府、并經(jīng)外蒙駐蘇使節(jié)向外蒙政府提出嚴重抗議，要求嚴懲有關(guān)負責(zé)人員，保證今后不再發(fā)生類似事件。但蘇聯(lián)堅決否認其與沖突有關(guān)，聲稱中國的抗議“不符事實，并系挑撥性之虛構(gòu)”^[10]。身處新疆第一線的張治中致電蔣介石和王世杰，認為中央社電訊夸大事實，北塔山不過是局部一時沖突，以目前情形論，不宜擴大事態(tài)，主張只向外蒙提抗議即可。陷于內(nèi)戰(zhàn)漩渦中的國民黨，政治經(jīng)濟正處危機之中，不可能在如此遙遠之地再受牽制，且對蘇關(guān)系一向敏感，國民黨中央政治委員會聯(lián)席會議研究后認為：“最近外蒙軍侵入新疆之事件，性質(zhì)頗為復(fù)雜，事態(tài)亦相當(dāng)嚴重，迥非偶然發(fā)生之邊疆糾紛可比，亦非外蒙之獨自行為，顯有其背景。當(dāng)此內(nèi)亂外患交相剪逼之際，政府應(yīng)付之策，自宜審慎考慮，輕率固屬不可，畏葸亦為非計?！碧岢觯?.不使事態(tài)擴大；2.盡力保守陣地；3.恢復(fù)原有態(tài)勢^[11]。蔣介石亦無意擴大事態(tài)。他指示新疆當(dāng)局：一面極力避免足以擴大事態(tài)之行為，一面固守防地，不許輕易退讓，并將當(dāng)?shù)厍樾?，逐日分電外交部，以便隨時研議對策^[12]。國民黨中央宣傳部針對傳媒對北塔山事件的過火宣傳，在對各宣傳機構(gòu)的指示中，要求對蒙蘇此項舉動作適當(dāng)之批評，但措辭應(yīng)采取就事論事態(tài)度，不宜激烈，尤不可予人以開始反蘇運動之印象，對所傳蘇聯(lián)在東北協(xié)助中共軍隊之行動暫不涉及^[13]。中蒙雙方在經(jīng)過若干次互提外交抗議后，此事不了了之。北塔山續(xù)有一些沖突，但不至影響到中蘇關(guān)系的大局。
因為北塔山?jīng)_突的發(fā)生，中國駐聯(lián)合國代表遵照外交部命令，在聯(lián)合國大會反對外蒙古加入聯(lián)合國，理由為北塔山“在民四所定蒙新疆界西，有檔案地圖可證，且歷在新疆省治之下，又有中國軍警駐扎”,而外蒙以正規(guī)軍攻擊北塔山，“非普通邊界糾紛可比，縱有問題，不用和平方法解決，實不愛好和平，不應(yīng)入會”?！霸谠搰写_已改變其政策及確系愛好和平之證明前，我國仍將繼續(xù)反對其加入聯(lián)合國”。駐美大使顧維鈞還要求美國“考慮這種新的情況，不要在安理會支持接納外蒙古的想法，而要繼續(xù)保持其反對的立場”^[14]。在中國和其他一些國家的反對下，外蒙加入聯(lián)合國一事被擱置。從此，中蒙間正常的外交關(guān)系未及建立即趨于冷淡。