1925年3月12日，孫中山先生在北京病逝，遺囑：保存遺體，葬于南京紫金山①。
為了永久保存遺體，孫科立即與北京協(xié)和醫(yī)院商妥，由協(xié)和醫(yī)院進行防腐處理，當(dāng)日孫中山遺體被送入?yún)f(xié)和醫(yī)院。經(jīng)過準備，3月15日施行防腐手術(shù)，取出內(nèi)臟火化(一說置于藥水瓶內(nèi)),腹腔洗滌干凈，排除空氣，縫合；遺體注入防腐藥物。防腐手術(shù)后，舉行小殮，依照中華民國禮制，孫中山身著大禮服，戴禮帽，足穿皮鞋。由衛(wèi)士馬超俊等人將遺體抬入楠木棺內(nèi)。棺內(nèi)壁為鉛質(zhì)，以玻璃為蓋，玻璃上再加棺蓋，揭去館蓋即可看見遺體。
3月16日，汪精衛(wèi)等人在北京李石曾宅召開了國民黨中央委員政治會議，決定3月19日將靈柩移至中央公園社稷壇大殿，舉行國民公祭，然后奉移北京西山碧云寺，在南京中山陵修竣之前，暫厝于此。
3月19日上午10時，孫中山靈柩由協(xié)和醫(yī)院移送中央公園。在十幾萬人的送殯隊伍護送下，12時抵中央公園。20日起安靈三天，布置一切。24日、25日、26日三天正式受吊，接待來賓及吊唁團。3月27日到4月1日，公園開放任由民眾致祭。
3月30日，蘇聯(lián)政府特派員將贈送孫中山先生的鋼棺送抵北京。蘇聯(lián)所送者為玻璃蓋鋼棺(俗稱水晶棺),因棺略小而未能起用。此棺現(xiàn)存于北京西山碧云寺中山紀念堂內(nèi)。
國民公祭后，4月2日，孫中山靈柩由中央公園起送西山碧云寺。碧云寺坐落于北京西山東麓，始建何時已無記載，大抵是契丹以前的古剎，清乾隆年間曾事修葺。寺頂是綠色琉璃瓦，寺外墻由琉璃磚砌成，依山而建，雄偉壯觀。1912年孫中山曾到此游覽。3月16日，汪精衛(wèi)、李石曾經(jīng)過實地探察，認為寺后寶塔的石室適于存置靈柩，故確定下來。4月2日上午11時，孫中山靈柩由中央公園起靈，經(jīng)由西長安街、西四牌樓、出西南門，赴西山本道。下午4時25分靈柩移至碧云寺。存柩處為寺內(nèi)最高峰的金剛寶座塔，塔高34.7米，用漢白玉砌成，塔分上下兩層，循石級可至塔頂。塔的中間為空室，有一個石龕。因塔過高，治喪處特意制作了一架仰角30度的木橋，由吳稚暉、喻毓西、李仙根、馬超俊等人，將靈柩抬入狀似木箱配有鐵輪的車內(nèi)，用繩子把車經(jīng)木橋引至塔頂，孫科、戴恩賽(孫中山的女婿)把靈柩置于石龕之內(nèi)，并以鐵欄桿護圍②。
從此，孫中山靈柩暫厝于西山碧云寺。
4月6日，葬事籌備委員會決定馬湘、黃雅覺率衛(wèi)士李榮等7人常駐碧云寺守護。碧云寺的一切事宜由李石曾與中法學(xué)校各校董及教職員負責(zé)。
南京紫金山是孫中山早已看中的墓地。1912年4月1日，即孫中山總統(tǒng)卸職后的當(dāng)天，孫中山與胡漢民、郭漢章等人去紫金山打獵。當(dāng)時一行人由明孝陵至半山寺，孫中山提議休息片刻，自己向山上走去，至小茅山頂(現(xiàn)在的中山陵墓室處)停下來眺望四方，顯得極有興致。過了一會，孫中山對跟隨在后的胡漢民、郭漢章說：你們看，這里有山有水，氣象萬千，較之明孝陵有過之而無不及，當(dāng)年洪武皇帝為什么不葬在這里呢？胡漢民說：是呀，此處前有照后有靠，風(fēng)水特好，稱的上是一方大好墓地。孫中山點頭笑著說：我將來死后能葬在這里也就心滿意足了③。
為了妥善地安葬孫中山先生，治喪結(jié)束后，在北京的國民黨中央委員1925年4月4日推張靜江、林森、于右任、戴季陶、邵力子、孔祥熙、葉楚傖、林業(yè)明、陳去病、楊庶堪等12人為葬事籌備委員。4月18日，在上海正式成立葬事籌備委員會，推楊銓為籌備處主任干事，孫科為家屬代表。
關(guān)于墓地選擇，經(jīng)孫夫人宋慶齡、孫科及葬事籌備委員會委員的實地勘察，于1925年4月23日議決以紫金山的中茅山南坡為建墓地點。當(dāng)即派員測量，然后與南京當(dāng)局交涉圈撥墓地事宜。當(dāng)時，北京段琪瑞臨時執(zhí)政府已經(jīng)決定對孫中山先生給以國葬，4月4日訓(xùn)令江蘇督辦盧永祥、省長韓國鈞對建墓事宜妥為照料。然而葬事籌備委員會原定的6 000畝的陵園計劃仍未能實現(xiàn)。7月12日確定墓地范圍以墓地、墓道以及紀念建筑應(yīng)用之地2 000畝為限。
墓地選定后，1925年5月，登報向海內(nèi)外懸獎?wù)骷昴乖O(shè)計圖案。截至1925年9月15日，共收到中外建筑師40余人的應(yīng)征圖案30余幅。當(dāng)即由宋慶齡、孫科、葬事籌備委員組成評選委員會，并聘請中國著名畫家王一亭、南洋大學(xué)校長凌鴻勛、雕刻家李金發(fā)、德國著名建筑師樸士為特別顧問，進行評選。在9月20日舉行的家屬和籌備委員會聯(lián)席會議上決定采用首獎呂彥直設(shè)計的圖案。呂彥直祖籍山東，美國康耐爾大學(xué)建筑系畢業(yè)，1921年回國后，與人合作設(shè)立了彥記建筑事務(wù)所。在潛心研究中國皇陵和古羅馬帝王陵寢的基礎(chǔ)上，呂彥直設(shè)計了銅鐘形陵墓圖案，墓地全局似一警鐘，陵墓建在鐘的頂端鈴鐸處，寓意孫中山致力國民革命，喚醒國人。
圖案選好后，即聘呂彥直為建筑師，主持建筑詳細圖案及監(jiān)工事務(wù)。陵墓第一期工程，經(jīng)過招標，決定由姚新記營造廠承包，簽訂合同后，1926年1月開工，3月12日孫中山先生逝世一周年紀念日，在鄧澤如的主持下舉行了陵墓奠基典禮。第一期工程原計劃一年完成，因局勢動蕩，拖了九個月到1927年9月始告完成。1926年10月，第二期工程包括陵墓大門、碑亭、衛(wèi)士室、圍墻以及自中山門直達陵墓的陵園大道與陵墓前的墓道，分別由上海新金記、徐成記營造廠承包。與此同時，陵園內(nèi)的各項建設(shè)也加緊進行。到1929年春，各項建設(shè)大體竣工。
陵墓建筑費用原定為30萬元，后不斷追加，到1931年實際建筑費用達到240萬元，加上陵園建筑共費479萬元。建筑費用主要來源于民眾捐款，僅海外華僑捐款即達460萬兩白銀。
隨著陵墓即將竣工，國民黨開始籌備奉安事宜。1928年8月國民黨二屆五中全會上決定：1929年1月1日為孫中山先生的遺體安葬日。1928年9月27日，國民黨第170次中常會，將奉安日期改為1929年3月12日。葬事籌備委員會呈請國民政府成立奉安委員會。1月14日奉安委員會成立，蔣介石任主席，孔祥熙為辦公處總干事，下設(shè)九個組，各組及負責(zé)人為：一、總務(wù)組，叁軍長何成浚任主任；二、文書組，文官長古應(yīng)芬任主任；三、財務(wù)組，財政部長宋子文任主任；四、布置組，南京市長劉紀文任主任；五、警衛(wèi)組，軍政部長馮玉祥任主任；六、典禮組，內(nèi)政部長趙戴文任主任；七、招待組，外交部長王正廷任主任；八、交通組，鐵道部長孫科任主任；九、衛(wèi)生組，衛(wèi)生部長薛篤弼任主任。出版《奉安?？?張西曼任主任。同時令平漢路局趕造靈車；委托上海海豐公司向美國訂購奉移汽車；向北平招集杠夫到南京訓(xùn)練。1928年12月20日，向北平派出迎柩專員林森、吳鐵城、鄭洪年，在北平成立迎柩辦事處。嗣因南京迎柩大道沒有如期完成，1929年2月，國民黨中央第196次中常會又決定改期在6月1日舉行奉安大典。
1929年5月12日，孫科夫婦攜子女和戴恩賽夫婦自南京北上迎柩。5月14日到北平，與先期到達的吳鐵城、鄭洪年前往西山碧云寺謁靈。5月19日，孫夫人宋慶齡從蘇聯(lián)專程回國到達北平。
5月22日，重殮孫中山先生遺體。晨7時，馬湘率衛(wèi)士將孫中山靈柩移至靈堂，9時半，孫科、林森、吳鐵城等人趕到。由協(xié)和醫(yī)院醫(yī)生史蒂芬率助手及護士，將遺體做進一步的防腐處理，然后孫科、林森、鄭洪年、馬湘為遺體更換柩衣，外穿藍緞袍，黑馬褂，絲襪，云頭朝白鞋，戴白手套，冠大禮帽。更衣完畢，扶入由美國進口的紫銅棺(另有德國進口，英國進口兩種說法),孫夫人宋慶齡率同家屬親視恭殮。殮畢，由孫科等人率同衛(wèi)士封棺，奉至祭堂。原楠木棺連同重殮時退下的柩衣，封存于厝靈的石塔內(nèi)，名孫中山先生衣冠冢，以為紀念。
5月23日起，在北平舉行三天公祭。5月26日，孫中山先生靈柩奉移南下。北平市內(nèi)奉移路線為：碧云寺——玉泉山——青龍橋——萬壽山——海淀街進西南門——新街口——西四牌樓——西長安街——西三座門——西長安門——天安門——中華門，出正陽門至東車站。
5月26日晨1時，先由孫夫人率領(lǐng)親屬舉行奠祭禮，然后，迎柩專員林森、鄭洪年等人舉行祭告及奉移禮，并鳴禮炮101響，禮畢，由杠夫24人起靈。移靈隊伍的次序為：最前行為騎兵帶隊官，乘黑馬，執(zhí)開道旗；后為騎兵兩名乘黑馬，執(zhí)黨旗、國旗，旗梢綴以黑紗；后為前導(dǎo)騎兵一隊，乘黑馬，執(zhí)長矛；隨后為軍樂隊，奏哀樂；香山慈幼院男女學(xué)生600人，臂纏黑紗，手持素紗燈隨后排列進行；次為遺像亭，亭用藍白綢結(jié)彩，遺像高3尺，像前置孫夫人花圈，由杠夫20人肩行；次為提爐20對；次為護靈步兵兩個連，荷槍拱衛(wèi)，中為靈柩，后為護靈步兵兩個連；再次為家屬及送殯者；最后為騎兵隊④。整個送殯隊伍長達三華里，沿途每50步兩名士兵站崗，道路兩旁肅立的送靈群眾多至30萬人。
下午3時1刻，靈柩抵東車站，奉移入靈車。靈車為藍色，綴以國旗，并掛列車15輛。孫夫人在靈柩前一節(jié)車廂，孫科夫婦在后一節(jié)廂。4時半，鐵甲壓道車出發(fā)。5時正，靈車列車徐徐開動，奏哀樂，鳴禮炮，送殯隊伍行禮而退。
靈車沿途經(jīng)天津、滄州、濟南、泰安、兗州、臨城、徐州、固鎮(zhèn)等站。各地均設(shè)祭致奠。5月28日凌晨4時，靈車抵蚌埠車站，停50分鐘，蔣介石攜宋美齡迎候，安徽省主席方振武率黨政軍人員恭祭。5時左右由蔣介石的專車先導(dǎo)，靈車繼續(xù)開行。上午11時，抵浦口車站，國民黨中央執(zhí)監(jiān)委員、國民政府委員、特任以上官吏，在車站迎候，奏哀樂，鳴禮炮，行默哀禮后，奉移靈柩至威勝軍艦渡江。12時，軍艦抵中山碼頭，奉安委員會總干事孔祥熙率32名杠夫登艦，將靈柩奉移至岸上的“奉移汽車”內(nèi)。蔣介石執(zhí)紼，下午3時1刻，汽車到達丁家橋國民黨中央黨部，由32名杠夫奉移靈柩至黨部禮堂。蔣介石主持舉行停靈禮。從5月29日至31日，公祭三天。公祭期間，由蔣介石等中央委員以及各特任官66人三人一班，每班四小時，日夜輪流守靈。同時規(guī)定自28日起，全國各地一律下半旗七天，七日內(nèi)全國人民臂纏黑紗，并停止一切娛樂及喜慶典禮。
孫中山遺體經(jīng)過防腐處理，原想長期保存，供人民瞻仰，后因局部變質(zhì)，治喪委員會決定改用土葬。1929年6月1日是孫中山先生靈柩奉安大典日期。
凌晨2時，奉安總指揮朱培德、總干事孔祥熙及各組主任到靈堂籌備。4時，孫中山先生家屬、國民黨中央委員、國民政府委員、孫中山親故、葬事籌備委員會委員、迎柩專員以及各國專使齊集設(shè)在中央黨部的中山先生靈堂，舉行奉安典禮。胡漢民主祭，先奏哀樂，繼行三鞠躬禮，默哀三分鐘，胡漢民讀誄文，讀畢再奏哀樂，行三鞠躬禮，移靈典禮結(jié)束?？紫槲踔笓]杠夫?qū)㈧`柩奉移至特備的靈車(汽車)上，鳴禮炮101響，靈車啟動。孫科及家屬、蔣介石、各國專使、國民黨中央委員、國民政府委員、各特任官依次在靈車右側(cè)執(zhí)紼，戴恩賽、宋子文、專使及外賓、迎柩專員、葬事籌備委員會委員、孫中山先生的中日故舊依次在靈車的左側(cè)執(zhí)紼。孫夫人宋慶齡以及宋美齡、陳淑英(孫科妻)、孫琬(中山先生之女)等女眷分乘十輛馬車隨靈車后護送。
整個送行隊伍依次分作十列，第一列由執(zhí)開道旗、黨旗、國旗的三名騎兵以及軍樂隊、騎兵連組成；第二列由總指揮朱培德、軍樂隊、淞滬警備司令部、一步兵團、教導(dǎo)團、中央黨校全體、農(nóng)民代表、工人代表組成；第三列由海軍軍樂隊、救護隊、陸戰(zhàn)隊、海軍官長士兵、花圈隊組成；第四列由警察樂隊、警察官長士兵、婦女團體代表、全國鐵路協(xié)會代表、商民代表、回教代表、學(xué)生團體代表組成；第五列由軍樂隊、海外華僑代表、蒙藏代表、各省市政府黨部代表、京內(nèi)各機關(guān)職員組成；第六列由軍樂隊、步兵一連、遺像亭組成；第七列由各國專使、軍樂隊、手槍隊、國民黨中央執(zhí)監(jiān)委員、國民政府委員、各特任官、中山先生家屬親故、靈車、家屬馬車組成；第八列由機關(guān)槍隊組成；第九列是步兵一連，第十列騎兵一隊執(zhí)長矛殿后。
9時20分，靈車開到陵墓前，孔祥熙、吳鐵城、鄭洪年率領(lǐng)十名杠夫?qū)㈧`柩恭移上杠，9時45分起靈沿石階而上，孫科、戴恩賽為前導(dǎo)，蔣介石、孔祥熙緊隨其后，10時8分靈柩至祭堂前平臺稍停，換用小杠，移入祭堂中央，執(zhí)紼人員、家屬、故舊等均入祭堂肅立。10時15分，舉行奉安大典。由蔣介石主祭，獻花圈，讀誄文，文曰：“本黨總理孫先生，于中華民國十四年三月十二日，在北平殂落，殯于西山碧云寺。吾黨恪遵遺命，營葬南京紫金山之陽。迨至中華民國十八年，寰宇底定，車書式同，而陵墓工程，亦已告竣，五月二十六日，迎櫬南來。二十八日抵南京，在中央黨部公祭三日。六月一日，敬謹舉行奉安典禮。國民政府主席蔣中正、行政院院長譚延闿、立法院院長胡漢民、司法院院長王寵惠、考試院院長戴傳賢、監(jiān)察院院長蔡元培及各委員率同文官處參軍處全體職員，敦援古者壘述功德之義，以志哀仰。謹作誄曰。天生總理，輔相裁成。范圍百世，覆育群生。誨人諄諄，知難行易。此理既明，俎功不洎，人倫道德，陵夷至今。發(fā)揮光大，拔人于禽。異學(xué)爭鳴，誕敷文教。國之華兮，賴夫振導(dǎo)。國民革命，扶危定傾。后無來者，前無古人。建設(shè)國家，三民主義，獨先創(chuàng)行。聰明睿知，豈第君子，博愛和平，神武不殺，此其至仁。睥睨群雄，鋤除非種，夷險芟荒，是為大勇。嗚呼總理，乃圣乃神，巍巍蕩蕩，民莫能名，吾黨慎旃，齊心繼述。舊德前功，庶幾無失。石城虎踞，鐘阜龍蟠。山陵習(xí)吉，窀穸斯安。惟此間宮，千秋萬歲。國以永寧，生民樂利?！雹?br>中午12時整，中山先生靈柩奉移入墓穴，鳴炮101響，全國民眾停止工作，默哀三分鐘，最后由孫夫人宋慶齡率領(lǐng)孫科夫婦、戴恩賽夫婦等人將墓門封閉，奉安大典告成。