謝琰擊走孫恩義軍，坐鎮(zhèn)會(huì)稽(今浙江紹興),就仿佛大功告成，可以高枕無憂。這時(shí)孫恩還在附近的海島上日夜練兵，隨時(shí)準(zhǔn)備上岸繼續(xù)作戰(zhàn)，謝琰卻既不采取安撫政策，又無意進(jìn)軍圍剿，大約想等他自動(dòng)滅亡。將帥們都覺得主帥既然不愿意輕動(dòng)刀兵，那么向?qū)O恩宣傳寬大為懷、既往不咎的安撫政策，誘導(dǎo)他自首也不失為一個(gè)好的辦法。謝琰卻說，憑苻堅(jiān)百萬大軍，尚且被我們打得丟盔棄甲，孫恩區(qū)區(qū)小賊，又何足為慮！他現(xiàn)在竄居海島，不過是茍延殘喘，哪里還敢出來送死？如果他真敢卷土重來，那只能說明他確實(shí)活得不耐煩了。謝琰好像是太過自信了，不久以后，孫恩果然從浹口登陸，連破余姚、上虞、邢浦、上黨，進(jìn)逼會(huì)稽。眾將又勸謝琰趕快采取慎重戒備的措施，派水軍控制南湖，廣設(shè)伏兵，嚴(yán)陣以待。謝琰不聽。等到敵軍逼近，謝琰還未吃飯，當(dāng)即披掛上馬，決計(jì)要先消滅孫恩然后回頭進(jìn)餐。謝琰等人勇氣可嘉，且義軍被他們斬殺了一大片，可惜義軍已占據(jù)水上優(yōu)勢，當(dāng)謝琰大軍紛紛涌入湖邊狹窄的通道時(shí)，義軍就在戰(zhàn)船上向他們大射亂箭，官軍陣形被攔腰截?cái)啵瓣?duì)和后隊(duì)只能各自為戰(zhàn)。謝琰殺到千秋亭，即告大敗，他和他的兩個(gè)兒子以及前鋒廣武將軍桓寶都被他的帳下都督張猛殺害。(《晉書·謝琰傳》)