原護法軍政府由桂系把持后，孫中山寓居上海著書立說，護法力量趨于渙散。1920年2、3月間，滇軍李烈鈞與政學系李根源爭奪對駐粵滇軍的領導權，激化滇系唐繼堯與桂系的矛盾；總裁伍廷芳因不滿桂系與岑春煊所為而離席，導致政務總裁不足法定人數(shù)；非常國會也受桂系的打擊而流離失所，無所寄寓。6月3日，孫中山、唐紹儀、伍廷芳、唐繼堯發(fā)表宣言，宣布廣州軍政府政務總裁不足法定人數(shù)，廣州已無政府；在粵參眾兩院同時他遷，廣州已無國會；軍政府決定移設他處，在移動未完成前，一切事宜由議和總代表唐紹儀接洽辦理。8月12日，駐閩粵軍在漳州誓師，回兵廣東，粵桂戰(zhàn)爭爆發(fā)?；涇姽?jié)節(jié)勝利，桂系在廣東的統(tǒng)治失敗。10月24日，岑春煊、陸榮廷等宣言取消軍政府，辭去總裁，統(tǒng)一于北京政府。10月底，北京政府宣告“和平統(tǒng)一”。
10月23日、31日，孫中山、唐紹儀、伍廷芳、唐繼堯四總裁發(fā)表宣言，反對岑春煊、陸榮廷等與北京言和統(tǒng)一：“須知岑春煊早喪失地位、資格，而軍政府依然存在，初不因岑等個人反復，致生問題。此次北方宣言，文等絕不承認，內而國民，外而友邦，勿為所欺。”①11月23日，孫中山對記者談話稱：“外間以我等之南下，當開南方分立之局，此乃誤之甚者。今后南方行將統(tǒng)一北方耳?！雹?5日孫中山偕同伍廷芳、唐紹儀、胡漢民、汪精衛(wèi)等南下廣東，29日重組軍政府，孫中山以軍政府政務總裁兼任內政部長，并任命財政部長唐紹儀、交通部長唐繼堯、陸軍部長陳炯明、外交部長伍廷芳，司法部長徐謙，參謀部長李烈鈞。軍政府提出實行“厲行自治”、“普及教育”、“發(fā)展商業(yè)”、“整理財政”、“廢督裁兵”等五項主張③。
基于軍政府的種種局限性，孫中山力圖通過法律途徑，建立正式政府。1921年1月1日，孫中山在軍政府發(fā)表元旦祝詞：“此次軍府回粵，其責任固在繼續(xù)護法，但余觀現(xiàn)在大勢，護法斷斷不能解決根本問題。吾人從今日起，不可不拿定方針，開一新紀元，鞏固中華民國基礎，削平變亂。方針維何？即建設正式政府是也?！睂O中山說，徐世昌既然下令以舊國會選舉法選舉新總統(tǒng)，無異宣布其總統(tǒng)地位為非法選出，“此正吾人掃除污穢不堪之北京政府，建設良好干凈之正式政府，鞏固中華民國基礎，削平變亂之時”。而護法政府，“不過矯正北京政府之非法行為”,“對內仍承認北京政府為中央政府，對外亦不發(fā)生國際上地位之效力”。他建議國會在廣東選舉建立正式政府，作為對內對外之總機關④。此后，孫中山還在多種場合宣傳建立正式政府的必要性，說軍政府被人視同“私娼”、“土匪”,必須建立正式政府。
對于組織正式政府及選舉正式總統(tǒng)，云集廣州的議員也意見紛紜。國會議員中的激進派，主張從速開非常會議，組織正式政府及選舉孫中山為正式總統(tǒng)；部分不贊成選舉的議員則聯(lián)合陳炯明所部各軍官，慫恿陳炯明出面反對。總的來說，議員中贊成選孫為總統(tǒng)者居多。軍政府中的穩(wěn)健派認為政務會議尚不足法定人數(shù)，應先鞏固內部，待各省實力派加入后選舉正式總統(tǒng)；粵軍將領多屬保守派，反對總統(tǒng)選舉，表面上附和第二種意見。
截至1921年1月12日，舊國會議員共到二百余名，來自20個省區(qū)。12日，回粵的國會召開聯(lián)席會議，討論修改政府組織大綱，改選總統(tǒng)。議定：(一)廢止舊軍政府之組織。(二)選舉總統(tǒng)之必要。(三)全權付托于總統(tǒng)。(四)新政府之組織，由總統(tǒng)定之。(五)總統(tǒng)由非常國會依出席議員過半數(shù)之投票選舉之⑤。
廣州非常國會還審查議員資格，驅除附逆議員。12日午后158名議員開會，議決審查議員資格條件，凡有以下所列之一者，取消議員資格：“(一)曾通電反對憲法會議者。(二)通電攻擊伍總裁攜帶關稅剩余金而赴上海者。(三)伍總裁離粵后尚供職軍政府或為代表者。(四)伍總裁離粵后，尚為參眾兩院秘書廳職員者。(五)曩受領赴云南之旅費而竊歸廣東者?！雹薹浅鴷h員童杭時等，已集合議員八十余人，將選舉總統(tǒng)案提交參議院，列名者有二十省之多。秘書廳已決定列入18日議事日程，可望多數(shù)通過。
唐紹儀、陳炯明反對速選總統(tǒng)。1月15日，陳炯明招待兩院議長，強硬反對總統(tǒng)速選。他向議員表達其反對的理由，稱護法區(qū)域內，決不可有非法之舉動。近來軍警及省民均因速選總統(tǒng)頗懷危懼，若不幸發(fā)生意外，則予不負責任。若依總統(tǒng)選舉法而選舉，則予當盡力，為代籌經費。此時應由兩院議長設法將滬議員全體邀來廣州，以期完妥而免枝節(jié)。17日，陳致函孫中山，稱：“軍府重立，根基未固。必翻改舊制，恐已護法各省將各樹其自治之旗，而脫離西南政府。為叢毆雀，利未見而害先來。公其熟思之?！睂O接此函頗為動容，已囑咐鄒魯轉達各議員再計議⑦。
為推動改組軍政府，1月18日，孫中山下令召集各總裁各軍司令開聯(lián)席大會。伍廷芳宣布軍政府改組理由，及將來實行統(tǒng)一之辦法。繼由國會議員代表凌越發(fā)表西南非速舉正式大總統(tǒng)不能與北方對抗的談話。最后表決議案三項：(一)軍政府改組正式政府。事前由國會名義通告全國及各友邦。(二)由各總裁名義聯(lián)絡滇黔川湘各護法省份。(三)與北議和⑧。
原定國會舉行選舉日期2月1日，惟陳炯明極力反對。陳孫雙方旦夕將發(fā)生沖突的消息不時見諸報端。有關報紙報道了支持孫中山的許崇智與陳炯明的沖突及孫、陳之間的相互妥協(xié)：“孫派之許崇智因急選總統(tǒng)問題，與陳炯明竟致破裂。許陳沖突之結果，許方面有軍需長一名被殺，且勒令許氏軍隊解除武裝?！薄白罱惥济飨Ｍ麑O文于援桂成功后選舉總統(tǒng)，或于舊歷年關后開非常會議以行選舉，而孫文尚未首肯?，F(xiàn)因胡漢民等極力從事調停，其舊歷年關后開非常會議以行總統(tǒng)選舉之議，兩者意見有業(yè)已一致之說?！雹?br>唐繼堯則婉言反對選舉總統(tǒng)。稱目前南方基礎未固，吾人惟一急務，須求內部之團結，然后再言改造。關于軍府制度問題，應請出以審慎等語⑩。留滇議員汪彭年等亦紛紛來電，請勿操切從事。
1月26日軍政府召開非常會議，討論非常政府之組織法、軍政府改組手續(xù)，及聯(lián)絡湘滇共同提倡等。同時復電唐繼堯表示從緩選舉總統(tǒng)?。
孫中山面臨各方壓力，仍不屈不撓地推動總統(tǒng)選舉。2月13日，軍政府開政務會議，孫中山與陳炯明之間辯駁數(shù)次。25日，孫中山在廣州海陸軍警同袍社春宴會上演說，對反對建立正式政府的軍人，憤激之至，以致聲色俱厲：“反對最力者，不料竟屬爾輩。歡迎予回粵者，爾們；而反對予之政見者，亦屬爾們，究竟是何心理？……現(xiàn)在革命事業(yè)既不敢行，正式政府又不成立，簡直一不痛不癢之現(xiàn)象。”(12)他批評軍人怕打仗的心理，說打仗之事并不因畏懼可免，要求軍方為革命盡力。
蔣介石也于3月5日致函孫反對其就任總統(tǒng)：“目前為中正之所切憂，有一不忍言而又不能不言者，厥為選舉總統(tǒng)問題是也。上次因此意見紛歧，致滋誤會，嗣經商榷一再，始行解決。惟現(xiàn)在為期伊邇，根基尚虛，桂逆既未鏟除，西南難望統(tǒng)一，議員又未足數(shù)，國會尚非正式，則選舉總統(tǒng)一節(jié)，鄙見以俯順各方輿論，從緩進行為是?！笔Y介石認為，“先生之主張早選者，其目的在乎注重外交與對抗北京政府為最大關鍵。但由中正觀察或未有盡然也。回憶吾黨失敗之歷史，無一次不失敗于注重外交者?！笔Y歷數(shù)孫中山依靠日本、英美而屢遭失敗的例子，認為外交不足恃，必須鞏固內部，充實實力，“若選舉總統(tǒng)之后，黨見隨以歧異，內部因之不一，西南局勢亦頓形渙散，仍蹈民國七年之覆轍?！?13)
粵軍將領中，除許崇智、鄧鏗支持孫中山外，多數(shù)對建立正式政府表示反對。粵軍內部紛紛傳孫中山迫陳辭去省長，以許崇智代之。陳炯明之部下數(shù)次開會集議，提議陳炯明離粵，對孫中山宣布獨立，并向軍政府追索由閩回粵之軍餉。報道稱“孫陳不免以兵戎相見”。研究系的《晨報》還把孫中山描寫為想過“總統(tǒng)癮”的“總統(tǒng)迷”。
4月2日，廣州國會非常會議召開會議，居正等聯(lián)名提出改總裁制為總統(tǒng)制的提案，國會非常會議通過此案。4日，軍政府召開政務會議，討論總統(tǒng)選舉問題，決定一任國會之自由。廣州國會議員還致電旅滬眾議院議長吳景濂，請其南下協(xié)商選舉事宜。7日，國會非常會議通過政府組織大綱七條，規(guī)定大總統(tǒng)總攬政務，公布法令，統(tǒng)率海陸軍，任免政府各部部長，對外代表中華民國。同時，國會進行了總統(tǒng)選舉。出席議員220名，孫中山以218票當選為大總統(tǒng)。國會非常會議發(fā)表宣言：“爰自民國十年四月七日，依中華民國政府組織大綱之規(guī)定，票選前大總統(tǒng)孫公文為中華民國大總統(tǒng)，敦請克日就職，成立中華民國政府，從此正名定分?！?部分反對選舉總統(tǒng)的議員離開廣州。4月8日，粵軍將領召開秘密會議，準備通電反對總統(tǒng)選舉，被陳炯明所止。
在湖南，趙恒惕也反對總統(tǒng)選舉，孫中山先后派人赴湘疏通未果。9日，趙恒惕致電廣州參眾議院反對“以不法之手續(xù)而變更”總統(tǒng)。湖南省商會、農會、教育會、省議會等，均通電反對廣州的總統(tǒng)選舉，并提出三條理由：總統(tǒng)為一國元首，選舉程序斷不可簡便；合議制并無妨礙；政務總裁系集合各方面之勢力，以總統(tǒng)名義代之，不免引起糾紛。10日，湘軍旅長以上軍官聯(lián)名致電孫中山：“我公盡瘁民國，功高望重，將來合法政府成立，元首一席，定為輿論推崇。此項違法選舉，萬肯嚴詞拒絕，勿允輕就，以維法紀而定人心?！?趙恒惕還致電唐紹儀、伍廷芳、唐繼堯、陳炯明“望速商軍政各界省議會一致否認”?。
唐繼堯被逐出云南后，轉而同意選舉總統(tǒng)。以為雖時期尚早，但孫既然態(tài)度堅決，事屬國會權限，既然國會已經決定，“似已無容置喙之余地”。陸榮廷致電北京表示要秣馬厲兵，伺機行動，請北京政府迅籌接濟餉械。陸還打算截斷廣西對廣東的糧食供應。
4月22日，北京公使團致電廣州領事，認為廣東國會總統(tǒng)選舉延長“亂事”,影響外國商務，聲明不承認。27日，曹錕、張作霖、王占元及各省督軍，聯(lián)名通電，稱“孫文野心思逞”,“名則公選公推，實則自封自拜。如是謂之總統(tǒng)，是少數(shù)私黨私認之總統(tǒng)。非全數(shù)公民公認之總統(tǒng)也”,痛斥孫中山構成“內亂之罪”,“上干天和，下違民意。外不顧鄰邦訕笑，內不恤國人譏彈。疾莫大于喪心，罪莫大于叛國”,宣布“與國人共棄之”(17)。有人甚至主張“宣布孫文罪狀，以便通緝逮捕”(18)。報載擬以張勛為討粵總司令，從江西進兵，以陸榮廷為副總司令，從廣西進兵討伐，也有主張任其自生自滅者。
孫中山仍頂住各方壓力，籌備就任及組建政府事宜。他號召全部舊國會議員赴粵，改編民軍為國軍十師，發(fā)行三期公債一千萬元、軍用票五百萬元作為軍政開支。還設立典禮司準備就任典禮，草定總統(tǒng)府官制，由粵北民軍中選壯丁五營編為總統(tǒng)府憲兵，籌辦閱兵典禮及對內外之宣言等。伍廷芳出面在外交界活動，并擬派戴恩賽赴美國，汪精衛(wèi)赴法國，張繼赴日本，何永貞赴英國，運動各國承認廣州政府。
5月5日這天，總統(tǒng)府頭門，搭蓋一巨大彩樓，規(guī)模宏偉。省長署外，高張國旗、軍旗，懸中飾以鮮花砌成的“慶?！倍郑畽C關或飾以“三民主義”、“五權憲法”的鮮花對聯(lián)，或立有彩燈牌坊，“點綴得一座五羊城，繽紛燦爛，五光十色，令人目不暇給?！?19)總統(tǒng)就職典禮在省議會會場舉行。上午8時，參議院議長林森赴總統(tǒng)府授大總統(tǒng)證書。9時前，議員身著禮服齊集會場，入禮場就席。孫中山身著大禮服，威儀萬千，在軍警護衛(wèi)下乘車赴省議會。9時30分，舉行授印典禮。孫中山發(fā)表就職宣言：“文誓竭志盡誠以救民國，破除障礙，促成統(tǒng)一，鞏固共和基礎?！毙木吐毢?，孫中山去北校場檢閱軍隊。
同日孫中山發(fā)表對內對外宣言。在對內宣言中，為取得主張聯(lián)省自治的南方數(shù)省的支持，不得不表示：“今后解決中央與地方永久之糾紛，惟有使各省人民完成自治，自定省憲法，自選省長。中央分權與各省，各省分權與各縣，庶幾既分離之民國，復以自治主義相結合，以歸于統(tǒng)一，不必窮兵黷武，徒苦人民?！痹趯ν庑灾校瑢O中山表示，“文之第一職務，在統(tǒng)一民國各省各區(qū)，置諸進步的修明的政府管理之下，列強及其人民依條約契約及成例，正當取得之合法權利，當尊重之?！T所措施，抱門戶開放主義，歡迎外國之資本及技術?！蓖瑫r，孫中山呼吁各國承認新政府：“北京政府已不為國人所公認，彼之幸存，不過據(jù)有歷古建立之國都，因而得外國之承認。一千九百一十三年，國會組織之民國政府，曾經友邦之承認。本政府亦為此國會組織者。應請各友邦政府援此先例，承認為中華民國惟一之政府?！?
雖然大雨如注，廣州市內舉行了盛大的慶?；顒樱s十萬名各界群眾參加了游行。“軍隊，馬隊，軍樂隊，學生隊，商隊，工隊，各界步行隊，八音，彩亭，腳踏車隊，馬車隊，一隊一隊地魚貫而行?！?21)各縣工人多自動前往廣州參加。香港僑胞本擬在港舉行慶?；顒樱幢桓塾⒄鷾?。于是，香港中華海員工業(yè)聯(lián)合會邀同其他工團，舉代表赴廣州參加游行。孫中山夫婦在永漢路財政廳的前樓上，檢閱游行隊伍。有記者對廣州的慶?；顒幼魅缦略u論：“須知是日之游行，實代表一新中國，而孫中山則為此新中國人中所推舉。是日財政廳中充滿回國學生，及各學校領袖，彼等之熱心，實大有可觀。彼等勸告凡信仰憲政之人加以贊助，吾以為即使彼等失敗，而目前彼等所試驗之事，亦大有價值也。況彼等之領袖縱有不能盡如人意之處，而以較諸北京之握權者，則優(yōu)劣迥殊矣！”(22)
新政府成立之際，也有人對政府將來的方針提出“內鋤奸邪，外聯(lián)與邦”的建議：對西南要“出師討賊”、“團結各省”,對外要“收取關余”、“建立威信”、“鞏固民國”、“發(fā)揚民治”(23)。
此后，孫中山還公開發(fā)表《勸徐世昌退位書》,要徐即日引退，以謝國人，不要以國家之生命，易一己之虛榮。
總統(tǒng)府設觀音山。5月7日，孫中山公布政府名單：外交總長伍廷芳、次長伍朝樞；內政總長陳炯明，次長呂志伊；陸軍總長陳炯明，次長程潛；財政總長唐紹儀，次長廖仲愷；海軍總長湯廷光，次長林永謨；參謀總長李烈鈞，次長蔣尊簋；總統(tǒng)府參軍長徐紹楨，秘書長馬君武；大理院院長徐謙。孫中山還任命陳炯明為省長兼任粵軍總司令，顧品珍為滇軍總司令，盧燾為黔軍總司令，趙恒惕為湘軍總司令，林永謨兼署海軍總司令。
正在廣東講學的杜威，返回北方后發(fā)表了《廣東印象記》,澄清北方輿論對廣東的誤解，稱贊廣東“是中國惟一的政治，真為人民的福利，不為官吏的權力和私囊，而且受治于大多數(shù)人，不但只有一點好意，而且也有關于政治的近世眼光和知識上的訓練的。”(24)
孫中山改任總統(tǒng)后，出師廣西，統(tǒng)一兩廣，積極推進北伐。但陳炯明與孫中山的矛盾日趨表面化了。