1842年《南京條約》簽定后，西方傳教士首先進(jìn)入作為五個通商口岸的福州、廈門兩地，在建立教堂從事布道的同時，即著手設(shè)立學(xué)校。教會辦學(xué)首先是以學(xué)校集合異教男女幼童，教以基督教義，冀其將來成為信徒或布道徒；其次是借教會學(xué)校傳授西方文化與科學(xué)知識，提供物質(zhì)方面與社會方面的貢獻(xiàn)，培養(yǎng)西方國家在中國的代理人。
教會初期在福建開設(shè)的學(xué)校類似學(xué)塾，屬于小學(xué)程度。如美歸正會1845年在廈門寮仔后辦義塾；1853年盧公明在福州創(chuàng)辦一所男子寄宿學(xué)校，即后來的格致書院。教會早期辦學(xué)十分艱難，入學(xué)者寥寥無幾。如毓英女學(xué)校剛收住校生的時候，“有七個學(xué)生來校，隔了二、三天，逃了卻只剩下一個了”(《東方雜志》第31卷第7號《女子先聲》第23～24頁)。
隨著時間的推移，教會辦學(xué)渡過了最初的艱難階段，教會學(xué)校普遍增多。在19世紀(jì)70至90年代，從小學(xué)漸向中學(xué)、書院(大學(xué)預(yù)科一、二年級)以至大學(xué)發(fā)展，所辦地區(qū)從廈門、福州擴(kuò)展到莆田、漳泉、閩東等地區(qū)。而且教會辦學(xué)漸趨制度化。學(xué)制一般初小三年，高小三年，中間加預(yù)科一年。初中有三年、四年兩種，高中三年。書院八年，其中六年為中學(xué)，第七、八年為大學(xué)一、二年級，畢業(yè)生可直接升入英美大學(xué)的三年級。比較著名的教會中小學(xué)有福州格致中學(xué)、福州鶴齡英華中學(xué)、福州文山女中、廈門鼓浪嶼英華中學(xué)、泉州培元中學(xué)、福州陶淑女子小學(xué)、廈門維正小學(xué)、廈門毓德女子小學(xué)、福安私立崇一小學(xué)等。教會還辦了華南女子學(xué)院(這是長江以南第一所女子大學(xué))和福建協(xié)和大學(xué)。
西方傳教士深知向幼小的心靈灌輸宗教信仰，對其傳教事業(yè)的發(fā)展具有重要的意義。他們在許多地方開設(shè)幼稚園，如著名的廈門鼓浪嶼懷德幼稚園，福州格致中學(xué)附設(shè)的幼稚園等。近代教會還在福建舉辦慈幼事業(yè)，包括育嬰堂、孤兒院、盲童學(xué)校、聾啞學(xué)校等，如福州保生堂、馬尾孤兒院、古田新義山育嬰堂、建甌瞽朦院。這些慈幼機(jī)構(gòu)由于容量有限，設(shè)備和保育措施差，收容的棄嬰、殘廢兒童沒有得到足夠的照料，甚至遭到虐待，因此死亡率較高，而教會又往往掩蓋真相，以致激起人民的疑竇和憤慨，成為19世紀(jì)后期發(fā)生大量教案的重要導(dǎo)火線之一。
教會除辦普通教育外，還開辦多種中等職業(yè)學(xué)校。如農(nóng)業(yè)、商業(yè)、師范等，其中最為重視舉辦助產(chǎn)護(hù)士職業(yè)學(xué)校。他們把醫(yī)療事業(yè)作為福音的婢女，在教會所辦醫(yī)院中附設(shè)護(hù)士學(xué)校、護(hù)士班等。據(jù)1922年出版的《中華歸主》統(tǒng)計，福建各地基督教辦的醫(yī)院四十一所，護(hù)士學(xué)校十三所。
開辦女子教育是教會辦學(xué)的重要特色之一。他們認(rèn)為要使基督教進(jìn)入中國家庭，必須引導(dǎo)婦女皈依上帝，所以致力于開展女子教育。據(jù)粗略估計，全省教會所辦中小學(xué)中，女校約占三分之一。這對當(dāng)時中國傳統(tǒng)的封建禮教習(xí)俗是一巨大沖擊，如福州毓英女子學(xué)校從1859年創(chuàng)辦至1894年的三十五年間，學(xué)生中童養(yǎng)媳就占總數(shù)的三分之一。學(xué)校還規(guī)定不收纏足女生，促使要求讀書的女孩子反對纏足。就這一意義而言，教會女校在客觀上起到了促進(jìn)婦女解放和移風(fēng)易俗的作用。
教會辦學(xué)之初，課程極其簡單。后隨各校學(xué)生人數(shù)的增加，課程也逐漸增多，并趨于正規(guī)化、系統(tǒng)化。從《華南女子大學(xué)必修科與選修科課程表》《鶴齡英華中學(xué)課程匯表》中可以看出，其課程與現(xiàn)代相差無幾，有英文、國文、歷史、地理、數(shù)學(xué)、物理、化學(xué)、生物、衛(wèi)生、體操、音樂等。
外國教會在華興學(xué)的主要目的，是想把中國年輕一代培養(yǎng)成為他們效勞的馴服“羔羊”?？墒?，結(jié)果往往與他們預(yù)想的相反，教會學(xué)校中一些具有民族自尊心和愛國思想的師生，不甘屈侮，奮起抗?fàn)?，勇敢地投入反對帝國主義侵略的斗爭。如1925年福建教會學(xué)校中的進(jìn)步人士，積極響應(yīng)京滬各地反對帝國主義侵略收回教育權(quán)運(yùn)動的號召，組織了“教會學(xué)校立案委員會”,同教會學(xué)校商討向中國政府立案事宜。1927年3月24日，新成立的“反對帝國主義文化侵略收回教育權(quán)籌備會”,在福州倉前山麥園頂召開了教會學(xué)校學(xué)生及各界群眾參加的反對帝國主義文化侵略收回教育權(quán)群眾大會，會后舉行了示威游行。4月1日，正式成立了“福州各界反對帝國主義文化侵略收回教育權(quán)大同盟”。經(jīng)過斗爭，自1927年以來的幾年中，大多數(shù)教會學(xué)校遵照中國政府的規(guī)定辦理了立案手續(xù)。
福建教會辦學(xué)有以下幾個特點：
①教會在福建所辦學(xué)校以及師生數(shù)量之多在全國相當(dāng)突出。福建是近代教會在全國最早辦學(xué)的地區(qū)之一，辦學(xué)初期雖很艱難，但規(guī)模和數(shù)量仍居前列。“1866年耶穌教義學(xué)及學(xué)堂表”統(tǒng)計表明，福州創(chuàng)辦義學(xué)四所，與香港并列全國第一名；廈門創(chuàng)辦學(xué)堂七所，與寧波并列全國第二名。(《教會新報》1868年第1期)后來，由于教會學(xué)校教育質(zhì)量高、待遇好，畢業(yè)后容易找到好工作，還可留洋鍍金，人們才逐漸改變了敵視、恐懼的態(tài)度，紛紛送子女報考。這是福建教會學(xué)校生源多，辦學(xué)規(guī)模不斷擴(kuò)大的一個重要原因。據(jù)廖世承所著《中學(xué)教育》中的表四統(tǒng)計分析，福建教會所辦中學(xué)的學(xué)生數(shù)在1920～1923年間達(dá)1510人，占全省中學(xué)生總數(shù)5283人的約百分之三十，居全國首位。(參見朱有??、高時良主編《中國近代學(xué)制史料》第4輯第184頁)“各省基督教中學(xué)校及學(xué)生數(shù)統(tǒng)計表”表明，民國廿一年(1932)和民國廿二年(1933)福建教會辦校五十二所，居全國首位；學(xué)生3978人，次于江蘇、河北，居全國第三位。(參見李楚材編著：《帝國主義侵華教育史資料——教會教育》第16頁)可見，教會教育在福建廣泛普及，其影響之大，基礎(chǔ)之牢固，在全國相當(dāng)突出。
②近代教會在福建辦學(xué)不僅時間早，規(guī)模大，數(shù)量多，而且逐漸趨于系統(tǒng)和全面。從幼稚園、小學(xué)、中學(xué)、大學(xué)，到中等?？坡殬I(yè)學(xué)校、女子學(xué)校、殘疾人學(xué)校、孤兒院等，幾乎覆蓋了近代福建所有類型的學(xué)校。
③重視英文課，注意傳授西方科學(xué)知識。西方殖民者需要大批熟悉西方習(xí)慣、懂得外語和一些近代科學(xué)技術(shù)和工商業(yè)基本知識的人才為其侵略服務(wù)，因此教會學(xué)校英文課時較其他中學(xué)多，在大學(xué)中，英文的學(xué)分又遠(yuǎn)遠(yuǎn)高出國文的學(xué)分；而且，英文課多聘外國人教，許多課程也用英語講授。故而教會學(xué)校學(xué)生的英語水平較高。學(xué)校開設(shè)數(shù)理化和工業(yè)方面的課程，用近代西方教育體制實施管理，客觀上促進(jìn)了福建教育近代化的過程。
④宗教氣氛相當(dāng)濃厚。如英華書院設(shè)有基督青年會。在青年會領(lǐng)導(dǎo)下，學(xué)生要參加種種宗教活動，如早禱會、晚禱會、星期天做禮拜等，不參加者扣品行分?jǐn)?shù)?！妒ソ?jīng)》是必修課，《圣經(jīng)》考試不及格者，不能畢業(yè)。在大學(xué)中，宗教課程的學(xué)分是最高者之一，宗教課還有很細(xì)的分科，如華南女大的宗教教育分為圣經(jīng)淵源、舊約歷史及宗教、新約歷史及宗教、教會歷史、宗教歷史、圣經(jīng)地理、耶穌人生觀、宣道法、文學(xué)美術(shù)中之圣經(jīng)研究等各門課程。(朱有??、高時良主編《中國近代學(xué)制史料》第4輯第608—609頁)曾任福州英華中學(xué)和協(xié)和大學(xué)校長的高智會督曾毫不隱瞞地說：“教會學(xué)校與一般學(xué)校不同，它是宗教和教育的結(jié)合體，是為宗教而教育，沒有宗教就沒有教育，也就沒有學(xué)?！?《福建省教育史志資料集》第8輯第137頁)。