袁世凱暴死時，陸榮廷的部隊已深入湖南，占領(lǐng)長沙。北京政府?dāng)M任命陸為湖南督軍，但是陸垂涎“財富之區(qū)”的廣東，要在兩廣站穩(wěn)腳跟，因此積極向廣東擴張。這樣就逐漸造成了以陸榮廷為首的桂系軍閥控制兩廣的局面。
如前所述，袁世凱死后，在廣東爆發(fā)了李烈鈞滇軍和龍濟光濟軍的戰(zhàn)爭，龍濟光戰(zhàn)敗后退守廣州。由于龍在廣東極不得人心，7月6日，段祺瑞政府迫于形勢，宣布以陸榮廷為廣東督軍，朱慶瀾為廣東省長；調(diào)龍濟光為兩廣礦務(wù)督辦，駐海南島；將李烈鈞調(diào)到北京“另有任用”。但是，龍濟光賴在廣州不走。段政府在同一天又任命陸榮廷暫署湖南督軍，陸未到廣東之前，仍由龍濟光暫署廣東督軍。這個命令的實質(zhì)在于，調(diào)開李烈鈞，以拔除龍濟光的正面敵人；派陸榮廷署湖南督軍，以阻止他到廣東接任廣東督軍。這個命令理所當(dāng)然地遭到各方面的反對。段祺瑞又借口“粵事真相不明”,加派剛由湖南逃出來的湯薌銘為廣東查辦使，派海軍上將薩鎮(zhèn)冰為粵閩巡閱使，但是，湯薌銘沒有敢到廣東來“查辦”。
一心垂涎于“財富之區(qū)”的陸榮廷，堅辭湖南督軍，對北京政府的命令不予理睬，于7月10日由衡陽自動班師回廣西，接著由廣西帶兵東下，進駐肇慶，壓迫龍濟光。而李烈鈞也沒有去北京，等待“另有任用”。龍濟光在滇、桂軍的雙重壓力下，被迫提出卸職條件四條：一、濟軍二萬人以上(虛報),應(yīng)編為兩師；二、請撥付軍餉和移防費三百萬；三、督辦兩廣礦務(wù)，應(yīng)選擇兩廣扼要地方屯駐濟軍，在此區(qū)域以內(nèi)，其他各軍均須撤出；四、督辦兩廣礦務(wù)公署應(yīng)按照督軍公署的規(guī)模，直隸中央，本省長官無權(quán)調(diào)度。不過，他在還未能實現(xiàn)這些要求時，即向廣州索取開拔費五十萬元，匆匆退出廣州，進駐海南島。李烈鈞則于8月17日通電解除職務(wù)，將在粵滇軍交張開儒、方聲濤兩師長直接統(tǒng)轄，然后取道香港赴上海。10月2日，陸榮廷就在肇慶宣布就任廣東督軍，兩天以后率軍進駐廣州。自此，廣東軍政大權(quán)落入了桂系軍閥陸榮廷之手，廣東成為桂系的地盤和勢力范圍。以陸榮廷為首的桂系軍閥霸占兩廣的局面正式形成。
還在護國軍軍務(wù)院結(jié)束之時，原屬軍務(wù)院的李耀漢、林虎兩軍都表示愿歸陸榮廷統(tǒng)率指揮，于是桂系在廣東的兵力進一步增強。陸任廣東督軍后，將桂系軍閥的要員安插到廣東，控制要職：以譚浩明率軍駐廣東，以莫榮新兼任廣惠鎮(zhèn)守使，以林虎兼任高雷鎮(zhèn)守使，以沈鴻英兼任欽廉鎮(zhèn)守使，以李耀漢繼續(xù)任肇羅鎮(zhèn)守使；廣西方面，以陳炳焜為督軍兼省長，以韋榮昌繼莫榮新為潯梧鎮(zhèn)守使，以林俊廷繼陳炳焜為桂林鎮(zhèn)守使，以黃培桂繼譚浩明為龍州鎮(zhèn)守使。經(jīng)過如此部署，桂系便完全控制了兩廣的實權(quán)。所以有人說：“陸榮廷既據(jù)有廣東，乃令其爪牙陳炳焜繼承廣西地位。軀殼雖離，靈魂尚在，預(yù)為統(tǒng)一兩廣之野心，亦作為兩廣巡閱使之張本?！?sup>[1]
1917年3月，陸榮廷接黎元洪電邀去北京會晤。其時，黎元洪總統(tǒng)府和段祺瑞國務(wù)院之間的“府院之爭”已很尖銳，雙方都想拉攏、利用陸榮廷。段想拉攏陸榮廷作為其在西南各省中的得力爪牙，因陸是擁有實權(quán)的人物；黎則想利用陸榮廷在護國戰(zhàn)爭中獵取到的名譽，希望他成為副總統(tǒng)候選人，作為他與段爭奪的得力伙伴和心腹。陸于3月中旬從廣州出發(fā)，經(jīng)香港乘輪船直航上海改乘火車北上。沿途受到新當(dāng)選的副總統(tǒng)、江蘇督軍馮國璋、安徽督軍倪嗣沖、長江巡閱使張勛的歡迎。3月27日，陸抵達北京，下榻總統(tǒng)府懷仁堂。黎、段各設(shè)盛宴款待，禮遇甚崇。陸即利用這個機會，向黎、段雙方討價還價，以謀取得更多的權(quán)利。黎、段于4月10日升任陸為兩廣巡閱使，而且按照陸的意圖，任命陳炳焜為廣東督軍，譚浩明為廣西督軍。至此，陸榮廷完全操縱了兩廣的軍政大權(quán)，桂系勢力“極形膨脹，一時(軍隊)編至七軍”之多^[2],擴充到五萬人，成為西南各省中最大的一支舉足輕重的軍事力量。陸利用黎、段之爭，把兩廣統(tǒng)治權(quán)從名義到實際，牢牢地掌握在自己的手中，成為當(dāng)時全國頗有影響的人物和勢力。一個研究中國問題的日本人曾寫道：“西南實力派之巨擘，有廣西王之稱之陸榮廷……彼等在廣西人中為最大階級之物。不僅廣西人而已，即長江以南，能與彼等比肩者，亦無幾人?！?sup>[3]有人評論，陸榮廷與北方軍閥奉系頭子張作霖、直系頭子馮國璋已經(jīng)并駕齊驅(qū)了，因而有“南鹿北獐”(“南陸北張”)或“北馮南陸”之說。以陸榮廷為首的桂系軍閥的實力已超過了以唐繼堯為首的滇系軍閥的實力。桂系軍閥控制地區(qū)的條件較之滇系軍閥控制地區(qū)的條件更為優(yōu)越富庶，更靠近國內(nèi)的政治、經(jīng)濟中心，因而桂系軍閥對當(dāng)時全國政治生活的影響更為明顯。
張勛復(fù)辟失敗后，段祺瑞重任國務(wù)總理，對西南采取敵視政策，企圖玩弄“武力統(tǒng)一”的把戲，這就引起了西南實力派的反感。西南實力派為了自身的利益和發(fā)展，不得不反對段祺瑞的“武力統(tǒng)一”,因而和孫中山的護法反段找到了共同點。還在張勛復(fù)辟前夕，北京政局混亂之際，孫中山曾致電陸榮廷及西南各省督軍，指出“民國與叛逆不能兩存”,呼吁他們“克日誓師，救此危局”^[4]。6月14日，孫中山派胡漢民為代表前往廣州，與桂系廣東督軍陳炳焜商談護法討逆。6月17日，胡漢民又前往南寧會見陸榮廷，邀他去廣州共商護法大計。陸榮廷托辭足疾，不肯起程。6月18日，廣東各界在明經(jīng)堂舉行公民大會，要求省當(dāng)局即日出師北伐。同時，國民黨人和國會議員南下廣州的日益增多，駐粵滇軍亦躍躍欲試。桂系為了維持自己在兩廣的統(tǒng)治，不能不有所表示，于是在6月20日由廣東督軍陳炳焜、廣西督軍譚浩明出面發(fā)出通電，宣布兩廣暫行“自主”。所謂“自主”,在民國初年還是一個新名詞，與獨立有所區(qū)別。自主時期，兩廣不受北京內(nèi)閣的干涉，但遇有重大問題，仍可直接請命元首。這就是說，自主是一種半獨立狀態(tài)，是脫離內(nèi)閣而不脫離總統(tǒng)。這是袁世凱死去后第一個宣布自主的地區(qū)。張勛復(fù)辟時，曾多方拉攏陸榮廷，先后授以陸為“一等公”,“兩廣總督”,“參預(yù)議政大臣”等名義，但陸始終不參與張勛的活動。兩廣自主為孫中山來到廣州掀起護法運動提供了條件。
9月初成立的廣州護法軍政府，以孫中山為大元帥，陸榮廷、唐繼堯為元帥。然而，宣布兩廣自主的桂系首領(lǐng)陸榮廷，不僅拒絕就任元帥職，而且反對另組政府，主張“總統(tǒng)復(fù)職”,甚至通電全國聲明，“以后廣東無論發(fā)生何種問題，概不負責(zé)”。這等于否認廣州護法軍政府。其實，陸榮廷等人讓孫中山來到廣州，不過想拉大旗作虎皮，借孫中山護法的旗幟，來對抗段祺瑞的“武力統(tǒng)一”,并非真擁護共和。正如孫中山后來所說，陸榮廷“只欲分中央專制全國之權(quán)，俾彼得專制于二三行省”而已^[5]。北方密探也說，陸榮廷“只求目前得一湘粵桂巡閱使，將來并兼領(lǐng)副總統(tǒng)，于愿即足。其他西南問題、國會問題，若皆不足措意”^[6]。陸榮廷只是不要使自己的地盤“統(tǒng)一”到段祺瑞手里，也不能容忍孫中山以大元帥身份凌駕于他的頭上，在兩廣出現(xiàn)一個“太上政府”。
陸榮廷等人不僅不就元帥職，還多方面干擾和破壞廣州護法軍政府。以孫中山為首的護法軍政府實際上沒有掌握任何軍隊，是一個“有同寄寓”^[7]似的“影子政府”。這時在廣東的軍隊，除了屬于桂系軍閥的隊伍外，還有駐粵滇軍和警衛(wèi)軍兩種軍事力量，而龍濟光的濟軍則已進駐海南島。駐粵滇軍是護國戰(zhàn)爭時由李烈鈞率領(lǐng)到廣東來的。最初桂軍與駐粵滇軍尚能和平相處，但是后來由于駐粵滇軍將領(lǐng)李烈鈞、張開儒、方聲濤等人反對陸榮廷、唐繼堯的擴張政策，因而發(fā)生了許多矛盾。
警衛(wèi)軍則是由朱慶瀾建立起來的。朱慶瀾在辛亥革命時曾任四川副都督，后任黑龍江巡按使、護軍使，一度擁戴袁世凱稱帝，護國戰(zhàn)爭時被逐出黑龍江。護國戰(zhàn)爭后，段祺瑞政府任命朱慶瀾為廣東省長，是想利用他作為進攻西南的內(nèi)線。但是，朱到廣東后，態(tài)度發(fā)生了變化，明顯地傾向于聯(lián)合孫中山，這就引起了段祺瑞的不滿和陸榮廷的嫉妒。朱慶瀾吸收了一些民軍和龍濟光系統(tǒng)的雜牌軍，組成了警衛(wèi)軍二十營，由省長親自統(tǒng)率，這就形成了這個省在督軍之外還有一個“督軍”的局面，更加引起了桂系的仇視。桂系軍閥要求滇軍回滇，警衛(wèi)軍的統(tǒng)率權(quán)應(yīng)劃歸督軍。但是，滇軍既不想輕易離去，朱慶瀾也不想交出兵權(quán)。這樣，朱自然更傾向于聯(lián)合駐粵滇軍與孫中山進行合作，以對抗桂系軍閥的壓力。為此，朱慶瀾聘請了前廣東都督、著名國民黨人陳炯明、胡漢民為省長公署高等顧問，并經(jīng)常邀請國民黨人到廣州會談。
1917年6月24日，廣東督軍陳炳焜借口自主時期軍事指揮權(quán)應(yīng)當(dāng)統(tǒng)一于督軍，令高雷鎮(zhèn)守使林虎為接收警衛(wèi)軍的專員。朱慶瀾得到滇軍和國民黨人的支持，拒絕交出警衛(wèi)軍。朱并與由上?；氐綇V州的李烈鈞商議，將警衛(wèi)軍與駐粵滇軍改組為中華民國護國軍第一、第二兩軍，準(zhǔn)備北伐。李烈鈞首先通電就任第二軍總司令職務(wù)，駐粵滇軍師長張開儒、方聲濤也發(fā)出“枕戈待命”的電報。但是，桂系軍閥卻拒絕提供北伐所需餉械。朱慶瀾乃將警衛(wèi)軍二十營改稱省長親軍，交陳炯明統(tǒng)率，由孫中山任命陳炯明為親軍司令。桂系軍閥于是集中攻擊朱慶瀾，“借口北方官僚不宜在護法旗幟下任省長為名，鼓動一些省議員倡議省長民選”^[8]。同時，陳炳焜派兵包圍陳炯明司令部，收繳其關(guān)防，迫使陳炯明逃往香港。朱慶瀾也被迫于8月26日向省議會提出辭職。省議會乃選舉胡漢民為省長。桂系要求選出李耀漢，未被接受，陳炳焜便派兵一營移駐省議會，進行恫嚇，奪去了省長印信，還以督軍名義接管了省長親軍。在這種情況下，胡漢民只得辭去省長職，省議會被迫另選李耀漢為省長^[9]。這件事引起軒然大波，廣東各界群起反對。孫中山氣憤之余，在11月15日命令海軍炮擊觀音山的廣東督軍署，以驅(qū)逐陳炳焜。但程璧光拒絕執(zhí)行命令，且將各艦調(diào)往黃埔，宣布戒嚴(yán)。炮擊督署計劃雖未執(zhí)行，但是孫中山與桂系的矛盾表面化了。加上北軍南下，湘桂邊境戰(zhàn)云密布，陸榮廷為了緩和與孫中山的矛盾，決定調(diào)陳炳焜回廣西，以莫榮新代理廣東督軍。孫中山、胡漢民提出以陳炯明復(fù)任親軍司令，作為莫榮新督粵的交換條件。莫榮新被迫同意后，于11月22日就任代理廣東督軍職。
親軍二十營交還軍政府以后，孫中山擬將這支軍隊改編為護法武裝，一方面為了實行北伐，另一方面也是為了暫時躲避桂系的壓力，保留這支直屬軍政府的陸軍武裝。為此，孫中山把親軍改組為援閩粵軍，以陳炯明為總司令，開赴福建?？墒枪鹣弟婇y仍企圖從各方面扼殺這支武裝，從經(jīng)濟上卡這支武裝的脖子。廖仲愷遵照孫中山的指示，多方籌款接濟這支武裝。何香凝曾回憶當(dāng)時的情況說，孫中山“在上海的房子因此由仲愷經(jīng)手抵押過兩次，一次得款二萬元，一次得款二萬五千元，都由仲愷親自帶到漳州交給這批駐閩粵軍了。孫先生滿希望這批軍隊將來可以成為比較進步的革命武裝力量”^[10]。
莫榮新獨攬廣州大權(quán)以后，繼續(xù)刁難和破壞護法軍政府，竟然說：“孫某之政府，空頭之政府也。彼無兵無餉，吾輩但取不理之態(tài)度，彼至不能支持時，自然解散而去?！?sup>[11]莫榮新等還有計劃地謀害支持孫中山的干部和身邊衛(wèi)士。金國治是孫中山任命的潮梅前敵司令，莫榮新把他綁架殺死。1918年1月2日，莫榮新又誣指大元帥府衛(wèi)隊(屬粵系地方派軍人李福林所部)的連、排長多人為“匪”,擅行逮捕槍殺，以恫嚇孫中山。孫中山十分氣憤，為懲罰莫榮新的跋扈行為，于第二天(1月3日)命豫章、同安兩艦炮擊觀音山的廣東督軍署，并且表示：“吾為民除害，今即以身殉，份也。”^[12]孫中山嚴(yán)正指出，當(dāng)陳炳焜督粵時，“謂聽軍政府自生自滅”,“今則愈逼愈緊，只許自滅，不許自生”;炮擊莫榮新督署，“實所以表公道，伸不平，而使軍政府自辟其生路者也”^[13]。炮擊督署是孫中山對桂系軍閥反動氣焰的一次回擊。莫榮新莫可奈何，一時不敢還擊。這以后，援閩粵軍才得以在1月12日于廣州東郊誓師出發(fā)。
然而，桂系軍閥的倒行逆施只是略加收斂，隨著時間的推移又囂張了起來。是年5月4日，莫榮新竟然假唐繼堯之命，強行剝奪了支持孫中山的護法軍政府陸軍總長、滇軍軍長張開儒的兵權(quán)。5月12日，莫榮新又派兵拘禁了張開儒，槍殺了張的秘書長崔文藻。接著，在桂系的操縱下，又于5月20日改組了廣州護法軍政府，變大元帥制為多頭的總裁制，使孫中山處于完全無權(quán)的地位而被迫辭職。孫中山于5月21日離開廣州，前往上海，表示與桂系斷絕關(guān)系。桂系軍閥之上的“太上政府”事實上沒有了，他們可以更加為所欲為了。