從國內(nèi)政派分野來看，支持黎元洪的力量是國民黨人和南方的地方勢力；支持段祺瑞的基本力量則是研究系(進(jìn)步黨)和親段的北洋督軍。因此，研究系與國民黨之間的矛盾，在府院之爭中占有重要地位。研究系的前身是進(jìn)步黨。在護(hù)國戰(zhàn)爭期間，為了反對袁世凱，進(jìn)步黨人與國民黨人曾在西南地區(qū)有所合作，但護(hù)國戰(zhàn)爭一結(jié)束，這種合作即馬上破裂并開始了新的斗爭。他們的斗爭主要表現(xiàn)在國會制憲問題上。
1916年7月，軍務(wù)院撤銷。國民黨和進(jìn)步黨雙方便積極組織力量，力圖由自己控制即將恢復(fù)的國會。當(dāng)時，梁啟超布置各地進(jìn)步黨人組織起來。18日，他在致貴陽進(jìn)步黨人的一封信中說：“吾黨今雖取冷靜態(tài)度，亦不能長此終古”,明確指出要組織“無形政黨”,并令貴陽同黨請求蔡鍔、劉顯世提供組黨經(jīng)費^[1]。所謂“無形政黨”,就是不以政黨之名而行政黨之實。因為民國初期的政黨熱潮沒有什么好結(jié)果，袁世凱死后，各政黨復(fù)活時便紛紛以“不黨主義”相標(biāo)榜。8月22日，湯化龍、劉崇佑召集在京進(jìn)步黨人于安慶會館討論組黨，決定成立“憲法案研究會”^[2]。與此同時，另一部分進(jìn)步黨人結(jié)成“憲法研究同志會”,以王家襄、陳國祥為頭目^[3]。31日，“憲法案研究會”召開正式成立會，通過了《宣言》和《簡約》?！缎浴反笳勔煌ā熬珜徚紤棥钡淖谥?sup>[4]。兩天以后，“憲法研究同志會”也召開正式成立會，通過了《公啟》和《簡章》,其內(nèi)容與“憲法案研究會”如出一轍，也大談“拋開黨見”,精研憲法，等等^[5]。從這些公開宣言的字里行間，雖然也可以看出進(jìn)步黨攻擊國民黨“偏于黨見”、“理想過高”的用意，但其組黨的實質(zhì)畢竟是被表面文章所掩蓋。梁啟超在私下對組黨目的就講得清楚多了：“今決組強固無形之黨，左提北洋系，右挈某黨一部穩(wěn)健分子，摧滅流氓草寇兩派?，F(xiàn)國會即開始討伐?！?sup>[6]
南北“統(tǒng)一”后，國民黨人也公開聲稱“移武力革命精神，趨入政治軌道”^[7]。開始，張繼在北京寓所召集國民黨人聚會，有所策劃，但尚無組織名義。8月底至9月初，國民黨議員也相繼組織起三個政團(tuán)：一、中華革命黨議員為骨干的丙辰俱樂部，馬君武、居正、田桐為主要人物；二、國民黨穩(wěn)健派為主體的客廬系，包括谷鐘秀、王正廷、吳景濂為首的三個小派別；三、韜園系，以原進(jìn)步黨分化出來的孫洪伊、丁世嶧、溫世霖等為首領(lǐng)。9月9日，在孫洪伊倡議下，丙辰俱樂部、客廬系和韜園系三派議員三百八十余人在北海公園集會，組成“憲法商榷會”。“商榷會”集合了參眾兩院的國民黨人，是國會的第一大黨。但其內(nèi)部丙辰俱樂部和韜園系與客廬系的谷鐘秀派存在很大的矛盾。11月，谷鐘秀、張耀曾等因選舉副總統(tǒng)問題與吳景濂等發(fā)生嚴(yán)重爭執(zhí)，脫離客廬系另組“政學(xué)會”。吳景濂等亦改客廬系為“益友社”^[8]。自此，“商榷會”由三系變?yōu)樗南?，但在政治上仍為三派，丙辰俱樂部與韜園系由于政治主張接近，不久合組為“民友社”^[9]。
進(jìn)步黨人看到國民黨各派合組“商榷會”,遂于9月12日宣布“憲法研究同志會”與“憲法案研究會”無條件合并為“憲法研究會”^[10]?！皯椃ㄑ芯繒痹趨⒈妰稍汗矒碛凶h員一百六十余人，是僅次于“商榷會”的第二大黨。
研究系與商榷系在國會的斗爭，開始集中于制憲問題。9月22日，憲法審議會開始審議憲法草案(即1913年制訂的《天壇憲法草案》,這個草案因袁世凱解散議會而被擱置)。會議延續(xù)至1917年5月。在審議過程中，兩派爭議最大、沖突最激烈的是省制加入憲法問題。在國會體制等問題上，兩派也存在著嚴(yán)重分歧。
1916年10至12月，憲法審議會討論地方制度問題。研究系和商榷系各持己見，爭論不休。10月中旬，在商榷系議員的強烈要求下，焦易堂、呂復(fù)等提出省制訂入憲法的提案被列入審議會議程。20日，審議會開會，焦、呂等首先發(fā)言，指出歐美等共和制國家的憲法都有關(guān)于地方制度的條文，中國既行共和制，也應(yīng)學(xué)習(xí)歐美共和國家，將地方制度列入憲法，實行省長民選，并給予地方以一定的自治地位^[11]。陳善、湯化龍相繼發(fā)言反對。陳、湯發(fā)言的要點是：一、憲法應(yīng)有固定性，地方制度目前尚不能確定，不能以憲法進(jìn)行“試驗”。二、雖各省議會多贊成省制入憲，但各省督軍、省長多持反對態(tài)度，“倘憲法上規(guī)定稍存不慎，則惹起政潮，影響所及，貽害匪淺”^[12]。雙方爭執(zhí)激烈，會議無結(jié)果而散。23日、25日，11月7日，審議會又進(jìn)行三次辯論，均無結(jié)果。29日，進(jìn)行投票表決，也因研究系反對，贊成票不足三分之二，未能通過。12月4日、5日，憲法審議會又連續(xù)兩次投票表決，結(jié)果與11月29日投票一樣，仍未獲通過。8日，投票表決“省長由大總統(tǒng)自由任命，地方制度加入憲法”,斗爭更加激烈，以致引起武斗。是日，出席審議會議員六百三十九人，四百二十二人投贊成票，二百一十四人投反對票，贊成票差四票不足三分之二，提案未獲通過。商榷系感到非常懊喪。這時有人檢舉個別研究系議員持有兩張選票，使商榷系議員更加憤怒。張我華、劉成禺等大罵副議長陳國祥發(fā)選票時徇私舞弊，而研究系議員則矢口否認(rèn)，劉崇佑、籍忠寅反指摘商榷系方面無事生非。雙方爭奪講臺，扭作一團(tuán)，并以墨盒、椅子為武器亂砸對方，整個議場陷入混亂^[13]。事后，研究系公開通電各省督軍，攻擊商榷系。商榷系也在報刊上揭露研究系選舉時舞弊，回?fù)粞芯肯?sup>[14]。
研究系如此激烈地反對省制入憲的原因，從北洋督軍對此問題的態(tài)度可以看出端倪。自商榷系提出省制入憲的提案后，北洋督軍紛紛表示反對。國會辯論省制問題前夕，十六個省的北洋督軍聯(lián)名通電威脅國會不得“以不適國情之條文草率加入，致釀異變”^[15]。在研究系表態(tài)反對省制加入憲法之后，王占元又致電國會，要國會“博采群議，不必遽行加入”^[16]。而商榷系主張省制入憲、省長民選的實質(zhì)，就是反對北洋軍閥集權(quán)，維持南方實力派的半獨立地位，以使國民黨得到生存和發(fā)展。7月17日，孫中山在歡送旅滬兩院議員北上的茶會上，曾明確指出實行“地方自治”的重要性，督促國會開會后予以實現(xiàn)^[17]。10月下旬至11月上旬，四川、廣東、廣西、云南、浙江、山西、吉林、甘肅、山東、江西等十六個省議會都通電支持省制訂入憲法，其中南方數(shù)省并要求省長實行民選^[18]。所以商榷系提出“地方自治”的要求，不僅一般地反映了資產(chǎn)階級的利益，而在當(dāng)時更具體地反映了南方各省實力派和地方人士的利益。
國會關(guān)于國會體制等問題的辯論，也和地方制度的討論相仿。國民黨人主張擴(kuò)大國會權(quán)限，以抵制段祺瑞的專斷獨裁；研究系則主張縮小國會權(quán)力，改兩院為一院，以迎合皖系軍閥專制的需要。但由于國民黨在國會中居多數(shù)，研究系的主張不能如愿以償。因此，段祺瑞、徐樹錚等皖系首領(lǐng)對國會甚為不滿，他們不斷挑動北洋各省督軍出面干涉國會和打擊國民黨人。