薩迦縣境內(nèi)，有薩迦北寺和薩迦南寺，分別位于仲曲河北岸的奔波山南坡和仲曲河南岸平原地帶，創(chuàng)建人為薩迦教派創(chuàng)始人昆·貢覺杰布。
十一世紀(jì)中葉，西藏第一代有名的佛學(xué)家魯益旺波的第七代子孫昆·貢覺杰布為傳授他所信奉的新密，在沖堆的仲曲之南查吳龍建一寺廟，名白欽宮。一天，他走出廟門，抬頭遠(yuǎn)望，覺得仲曲北面，峰巒起伏，就像一頭臥在草地上的巨象，巨象腹部是一片灰白土山，前面仲曲河奔騰流過。他感到這是塊福地，若在巨象腹上建寺，定會佛光普照。于是他找到山地的領(lǐng)主向雄果，要求撥地建寺。向雄果慷慨地把從象頭到象尾的一片地給他建寺。貢覺杰布便于四十歲那年(1073)在仲曲河北岸灰白土山旁建起寺廟，人們用藏語“灰白土”——“薩迦”給寺命名，此為薩迦北寺。到了貢覺杰布之子昆·貢嘎寧布時，薩迦寺的新密乘大力傳播，自成新體系，為薩迦派。
十三世紀(jì)初，蒙古各部落在成吉思汗的統(tǒng)治下，在北方興起。1206年，蒙古軍隊從北面進入西藏，部分地方首領(lǐng)及官吏決定向蒙古臣服。成吉思汗的孫子闊端了解到宗教勢力在西藏政治經(jīng)濟生活中的重要地位，認(rèn)識到要統(tǒng)一西藏，必須借助當(dāng)?shù)刈诮虅萘?，便邀請教派中影響最大的薩迦寺寺主貢嘎堅贊(薩迦班智達(dá)，意為大學(xué)者，著有《薩迦格言》等名著，一說他還創(chuàng)造了蒙文四十多個字母。)前往涼州(今甘肅武威)會面。貢嘎堅贊攜其侄八思巴(意為圣者，精通佛典)和恰納于1246年到?jīng)鲋?。會晤中，貢嘎堅贊代表西藏地方勢力與蒙古王室達(dá)成協(xié)議，議定西藏歸順蒙古。貢嘎堅贊死后，八思巴繼任寺主，曾幾度赴內(nèi)地朝見蒙古忽必烈。1260年，忽必烈稱帝。1264年，遷都北京，在北京建立中央政權(quán)，授予在他身邊多年的八思巴為首任“灌頂國師”,領(lǐng)轄全國佛教事務(wù)及西藏地區(qū)行政事務(wù)。八思巴還奉忽必烈之命制訂了“蒙古新字”,俗稱“八思巴字”,1269年作為國字正式頒行。1270年八思巴升號“帝師”、“大寶法王”。
1265年，八思巴受命返藏，回到薩迦，建立政教合一的薩迦地方政權(quán)，西藏正式歸元朝中央政府統(tǒng)轄，薩迦寺又成為行政機關(guān)所在地。1268年，八思巴授意“本欽”(意為大官)貢嘎桑布興建薩迦南寺。貢嘎桑布征集全藏十三萬戶的人力物力，并請內(nèi)地漢族、蒙古族匠師指導(dǎo)，建成南寺。南寺的主體建筑是“拉康欽莫”大殿，殿內(nèi)有大柱四十根，中間四根尤為粗壯。其中有根三人才能合抱的大柱子，人稱之“加那色欽嘎娃”,意為“內(nèi)地元朝送的柱子”。傳說，當(dāng)年八思巴在元朝廷任職時，想回薩迦建造寺廟，元帝知道后，便選了根直徑四尺的大柱子賜給他。但柱子太大，無法運回西藏，八思巴深感惋惜，只得棄之。誰知當(dāng)他回到薩迦時，那根大柱子已漂浮在仲曲河上。
寺內(nèi)藏有一萬多部經(jīng)典，多為八思巴時集中全藏繕寫家抄的，包括用金粉、朱砂等抄錄的佛經(jīng)以及有關(guān)天文、地理、歷算、醫(yī)藥、文學(xué)、歷史等方面的藏文典籍，有“第二敦煌”的美譽。還有宋元古瓷、玉鐘、玉板，元朝皇帝送的服飾，元明織錦等。其中四十幾幅“唐嘎”(軸畫卷),以連環(huán)畫形式表現(xiàn)了“薩迦五祖”(對薩迦教派最有貢獻(xiàn)的五個人：貢嘎寧布、昆·索朗則姆、扎巴降贊、貢嘎堅贊、八思巴)的傳說。其中一幅的內(nèi)容為：貢嘎堅贊精通佛學(xué)，名揚藏區(qū)。印度佛學(xué)高僧卓旦嘎娃不服氣，認(rèn)為雪域偏僻地方，哪有能人，便上門辯論。兩人直辯了十三天，卓旦嘎娃失敗認(rèn)輸，只好拜貢嘎堅贊為師。從此，貢嘎堅贊被稱為“薩迦班智達(dá)”(大學(xué)者)。
薩迦寺還是元朝流放朝廷重犯之地。很多史料記載，南宋末代皇帝趙?就是被發(fā)遣到這里，在晨鐘暮鼓中度過余生的。