兩漢古今經(jīng)學之爭，首先由劉歆引起。他在《移讓太常博士書》里講：“往者綴學之士不思廢絕之闕，茍因陋就寡，分文析字，煩言碎辭，學者罷老且不能究其一藝。信口說而背傳記，是末師而非往今古，至于國家將有大事，若立辟雍封禪巡狩之儀，則幽冥而莫知其原。猶欲保殘守缺，挾恐見破之私意，而無從善服義之公心，或懷妬嫉，不考情實，雷同相從，隨聲是非，抑此三學(《逸禮》、《左詩》《春秋》、《古文尚書》),以《尚書》為備，謂左氏為不傳春秋，豈不悲哀哉？”(嚴可均校輯《全上古三代秦漢三國六朝文》)劉歆極力維護古文經(jīng)學的價值，痛斥今文經(jīng)學家“保殘守缺，挾恐見破之私意，而無從善服義之公心”,抑壓古文。劉歆的思想遭到今文經(jīng)學家的反對，大司空儒者師丹，見劉歆書后大為震怒，上書彈劾劉歆淆亂舊章，菲薄先帝，將其排斥出朝廷。今文經(jīng)學取得了第一次勝利。劉氏衰落，王莽掌權(quán)，劉歆上書，從古文經(jīng)學理論中為王莽改制活動提供理論依據(jù)，因而受到王莽的扶植。劉歆被任為國師，又增了《周官》、《春秋左氏傳》、《毛詩》、《逸禮》、《古文尚書》五家古文博士。在王莽扶持古文經(jīng)學、劉歆得勢的情況下，今文經(jīng)學發(fā)生了分化，一部分搞訓詁的今文經(jīng)學者以劉歆為榜樣，轉(zhuǎn)到古文經(jīng)學上來，古文經(jīng)學力量大增。
東漢建立后，今文經(jīng)學為恢復原有的勢力，極力排擠古文經(jīng)學，但古文經(jīng)學已和西漢時不同，加上劉秀也有意扶持古文經(jīng)學，《后漢書·儒林傳》中說：“……及光武中興，愛好經(jīng)術(shù)，未及下車，而先訪儒雅，探求闕文，補綴漏逸。先是四方學士多懷協(xié)圖書，遁逃林藪。自是莫不抱負墳策，云會京師，范升、陳元、鄭興、杜林、衛(wèi)宏、劉昆、桓榮之徒，繼踵而集。于是立五經(jīng)博士，各以家法教授，《易》施、孟、梁丘、京氏，《尚書》歐陽、大小夏侯，《詩》齊、魯、韓，《禮》大小戴，《春秋》嚴、顏，凡十四博士，太常差次總領(lǐng)焉?！睆纳厦孢@段文字中可以看出，召集到京師的七位著名學者中，今文學者有三人(范升、劉昆、桓榮),而古文學者有四人(陳元、衛(wèi)宏、杜林、鄭興),說明光武帝對古文經(jīng)學十分重視。在所立的十四個博士中卻沒有古文經(jīng)學。過了不久，光武帝決定增立《左傳》博士，又在今文經(jīng)學家的反對下放棄。雖然如此，朝廷對古文經(jīng)學還是非常重視，漢章帝還特地下詔：“其令儒生遠高才生，受學《左氏》、《古文尚書》、《穀梁春秋》、《毛詩》,以扶微學，廣異義焉?！?《后漢書·章帝紀》)可見古文經(jīng)學雖未立于官學，它的地位和影響在當時是相當大的。
兩漢期間，古今經(jīng)學的爭論，除了劉歆與今文經(jīng)學家爭立官學外，還有三次具體的爭執(zhí)：一次是韓歆、陳元(古文學者)與范升(今文學者)爭立費氏易與左氏學；另一次是賈逵(古文學者)與李育(今文學者)爭《左氏春秋》與《公羊春秋》之優(yōu)劣；第三次是鄭玄(古文學者)與何休、羊弼(今文學者)爭《左氏春秋》與《公羊春秋》之長短。
古今經(jīng)學經(jīng)過長時期的爭論，逐漸由分歧走向融合，在鄭玄那里古文與今文的界限已經(jīng)徹底消失了。