關(guān)于戰(zhàn)后對日本的處理，蔣介石采取了寬容態(tài)度。8月15日，蔣介石在為日本投降發(fā)表的廣播演講中提出：“我中國同胞們須知‘不念舊惡’及‘與人為善’為我民族傳統(tǒng)至高至貴的德性。我們一貫聲言，只認(rèn)日本黷武的軍閥為敵，不以日本的人民為敵，今天敵軍被我們盟邦共同打倒了，我們當(dāng)然要嚴(yán)密責(zé)成他忠實執(zhí)行所有的投降條款，但是我們并不要企圖報復(fù)，更不可對敵國無辜人民加以侮辱，我們只有對他們?yōu)樗募{粹軍閥所愚弄所驅(qū)迫而表示憐憫，使他們能自拔于錯誤與罪惡。要知道如果以暴行答復(fù)敵人從前的暴行，以奴辱來答復(fù)他們從前錯誤的優(yōu)越感，則冤冤相報，永無終止，決不是我們?nèi)柿x之師的目的。這是我們每一個軍民同胞今天所應(yīng)該特別注意的?！?sup>[1]這就是被稱之為“以德報怨”的戰(zhàn)后中國對日政策，在戰(zhàn)后對日處理問題上，國民政府基本實行了這個政策。應(yīng)該說，與日本侵略者在中國燒殺搶掠的殘暴政策相比，作為一個戰(zhàn)勝國的中國戰(zhàn)后對日政策，確實相當(dāng)寬容與寬厚。蔣介石之所以這樣作，表面上的理由雖然冠冕堂皇，顯示勝利者的“與人為善”和“仁義之師”,實際的目的一則是企圖盡可能平穩(wěn)地處理日本投降問題，以免干擾他對戰(zhàn)后中國其他更緊迫問題尤其是國共關(guān)系問題的處理；二則是希望在接收問題上得到日本的合作，成為減少接收阻力的策略和手段，不使其因別種原因而投向中共方面；三則蔣已體會到美國對日態(tài)度因國際局勢的變化而與對德態(tài)度不同，因而在此問題上與他最希望得到支持的美國保持一致。
為了體現(xiàn)“以德報怨”政策，當(dāng)時對于在華已經(jīng)放下武器的日本軍隊，不稱戰(zhàn)俘而稱徒手官兵，并保持了原有的部隊指揮體系，集中于各地設(shè)立的集中營內(nèi)，由各戰(zhàn)區(qū)設(shè)立的戰(zhàn)俘管理處集中監(jiān)視、教育、管理，等待遣返。原日本中國派遣軍總司令部改稱中國戰(zhàn)區(qū)日本官兵善后總聯(lián)絡(luò)部，秉中國陸軍總司令部的命令，“辦理日軍投降后之一切善后事宜”^[2]。各戰(zhàn)區(qū)的日軍司令部相應(yīng)改稱該戰(zhàn)區(qū)日本官兵善后聯(lián)絡(luò)部，使日軍得以基本以原編制生活在集中營內(nèi)。在這些集中營里，除了少數(shù)執(zhí)勤人員外，不得攜帶任何武器，非經(jīng)允許不得外出，如有逃亡者應(yīng)予追捕法辦；接受中方的教育，清算軍國主義毒害，灌輸民主和平意識，并從事一定的體力勞動，主要是修復(fù)交通通訊設(shè)施和戰(zhàn)時被毀工程^[3]。對于中國境內(nèi)的日本僑民，陸軍總司令部先后發(fā)布了《中國境內(nèi)日僑集中管理辦法》、《日本在中國私人產(chǎn)業(yè)暫行處理辦法》、《中國境內(nèi)日籍員工暫行征用通則》,規(guī)定：“凡散處于中國境內(nèi)(東三省在外)之各地日僑，應(yīng)均由各該地區(qū)中國陸軍受降主官指定區(qū)域集中，交由當(dāng)?shù)厥∈姓芾怼?日僑產(chǎn)業(yè)以公司會社形式經(jīng)營者、戰(zhàn)爭中以強力占有者、中國法律所禁止者應(yīng)由政府接收；個人小本產(chǎn)業(yè)登記封存；個人財產(chǎn)，除生活必需品外，每人準(zhǔn)帶法幣5000元，其余款項存入中國政府銀行作為將來賠款之一部；對于各事業(yè)部門中事業(yè)不能中斷技能無人接替者、技術(shù)為我國缺乏者、需征用為業(yè)務(wù)上之清理者，可以征用日籍員工，發(fā)給生活費^[4]。
1945年10月25日至27日，中美雙方在上海舉行第一次遣返日俘日僑會議，制定了《中國戰(zhàn)區(qū)日本官兵與日僑遣送歸國計劃》,決定中國戰(zhàn)區(qū)(包括越南北部)日俘日僑的遣返由中國政府負(fù)責(zé)，日俘日僑的運輸自內(nèi)地至集中地由中方承擔(dān)，自集中地至日本由美國第七艦隊和日本航運管理處提供運輸船只，運輸規(guī)模為每月15萬人^[5]。1946年1月5日，中美在上海召開了第二次遣返會議。2月6日，在東京召開了中國戰(zhàn)區(qū)遣送會議，確認(rèn)了中美雙方先前的安排。軍調(diào)部成立后，在遣返華北日俘日僑方面被賦予了特別的使命，它們可以根據(jù)情況，安排運輸及登船次序，保證被遣返者沿途的物品供應(yīng)^[6]。
日本軍隊和僑民遣返回國的工作自1945年11月起運，至1946年4月20日，在華日本官兵共124萬人，已遣返78萬人；僑民78萬人，已遣返66萬人。官兵和僑民還余58萬人等待遣返^[7]。據(jù)中國戰(zhàn)區(qū)美軍總部的統(tǒng)計，越南北部的遣返于4月21日完成，臺灣于4月23日完成，華南于4月25日完成，華中于7月11日完成，華北于8月11日完成。東北的遣返由于蘇聯(lián)因素，在由誰負(fù)責(zé)問題上經(jīng)過一段不明確時期后，直到4月下旬才明確，除旅大地區(qū)外，仍由中國政府負(fù)責(zé)遣返，此后開始由美國負(fù)責(zé)自葫蘆島起運。到1946年底大規(guī)模遣返完成時，自中國遣返的日俘日僑總數(shù)達(dá)到近300萬人，具體統(tǒng)計如下^[8]:

地　　區(qū)	軍　　人	平　　民	總　　計
華北華中華南	1,036,922	462,475	1,499,397
臺　灣	154,634	318,682	473,316
東　北	41,688	969,149	1,010,837
總　計	1,233,244	1,750,306	2,983,550

　　對于日本在中國犯下戰(zhàn)爭罪行的罪犯，1945年11月6日，由軍政部、軍令部、外交部、司法行政部等機關(guān)合組戰(zhàn)爭罪犯處理委員會，負(fù)責(zé)日本戰(zhàn)犯處理工作，職權(quán)為決定審判戰(zhàn)犯政策，調(diào)查、逮捕及引渡戰(zhàn)犯，監(jiān)督軍事法庭的審判。后由國防部主持，部長兼主任委員(1947年1月，改由次長秦德純?nèi)沃魅挝瘑T)。次年2月，軍事委員會審議通過了《戰(zhàn)爭罪犯審判辦法》及其實施細(xì)則和《戰(zhàn)爭罪犯處理辦法》,對日本戰(zhàn)犯的檢舉、逮捕、審判、行刑作了詳細(xì)的規(guī)定。由于同盟國在東京組織了對日本犯有重大戰(zhàn)爭罪行的甲級戰(zhàn)犯的審判，中國對日本戰(zhàn)犯的審判只限于在中國戰(zhàn)場犯下罪行的乙、丙級戰(zhàn)犯，而且由于大量日本戰(zhàn)俘遣返工作需要進行，對日本戰(zhàn)犯的審判遲至遣返基本完成后，1946年10月才開始進行(此前各地已有部分審判在進行，但級別較低)。
因為蔣介石已有對日“以德報怨”政策，因此中國對日本戰(zhàn)犯的處理亦較為寬大。1946年10月25日，戰(zhàn)犯處理委員會舉行對日戰(zhàn)犯處理政策會議，決定“對日應(yīng)高瞻遠(yuǎn)矚，處理戰(zhàn)犯宜從大處著眼，不必計較小節(jié)，并迅速結(jié)束戰(zhàn)犯處理業(yè)務(wù)”。在此原則下，會議決定：1.對日本普通戰(zhàn)犯之處理，應(yīng)以寬大迅速為主眼。已拘戰(zhàn)犯，限于本年底審理，若無重大罪證者，予以不起訴處分，釋放遣送返日；業(yè)經(jīng)判刑之戰(zhàn)犯，移交日本內(nèi)地執(zhí)行(后因盟軍總部持異議，改在上海戰(zhàn)犯監(jiān)獄服刑);其余戰(zhàn)犯案件審查應(yīng)于1947年6月底結(jié)束；2.日本戰(zhàn)犯案件，送經(jīng)聯(lián)合國戰(zhàn)罪審查委員會遠(yuǎn)東及太平洋分會審查通過者，應(yīng)即行逮捕，其已回日本者，應(yīng)與盟軍總部接洽引渡之；3.與南京及其他各地之大屠殺案有關(guān)之重要戰(zhàn)犯應(yīng)從嚴(yán)處理；4.在遠(yuǎn)東國際軍事法庭審判中之戰(zhàn)犯，其與我國有關(guān)者暫不要求引渡；5.對于此次受降，日軍負(fù)責(zé)執(zhí)行命令之盡職人員而有戰(zhàn)罪者之處理，俟東京戰(zhàn)犯審判告一段落后再行決定；6.戰(zhàn)爭嫌疑犯中無罪證者，應(yīng)盡速遣送回國^[9]。根據(jù)這個政策，對日本戰(zhàn)犯的檢舉于1947年10月15日停止，當(dāng)年底審判基本結(jié)束，各地軍事法庭撤銷，1948年7月，戰(zhàn)爭罪犯處理委員會解散，1949年4月，國防部軍事法庭結(jié)束。
日本戰(zhàn)犯的拘押和審理，由國防部(國防部成立前，為陸軍總部)在全國成立十處戰(zhàn)犯拘留所及軍事法庭進行，其中最重要者是設(shè)于南京的國防部審判戰(zhàn)犯軍事法庭(1946年2月15日成立),庭長石美瑜(兼上海審判戰(zhàn)犯軍事法庭庭長)。這些軍事法庭審判日本戰(zhàn)犯的基本情況如下表：

各軍事法庭日本戰(zhàn)犯審理情況表(1947年12月25日)^[10]

在日本戰(zhàn)犯審判中，最引起國人關(guān)注的，是與南京大屠殺有關(guān)的日本戰(zhàn)犯的審判。南京大屠殺的直接責(zé)任者、日軍第六師團師團長谷壽夫，于1946年2月2日在東京被捕，同年8月被引渡回中國，在南京國防部軍事法庭接受審判。在檢察官的訊問中，谷壽夫矢口否認(rèn)日軍在南京大屠殺的事實，甚至說他根本未聽說有屠殺的事發(fā)生，直到戰(zhàn)爭結(jié)束后，才在報紙上得知此事。然而谷壽夫的抵賴掩蓋不了血的事實，在大量有力的人證物證面前，谷壽夫不得不承認(rèn)南京大屠殺的存在，但是他又將責(zé)任推到其他部隊身上，辯稱“我?guī)焾F于入城后未幾，即行調(diào)轉(zhuǎn)，故無任何關(guān)系”,并一再上書陳誠、白崇禧等人，要求“寬延公審”^[11]。然而歷史不容抹殺，身歷親睹南京大屠殺慘禍而得以幸存的中外人士數(shù)百人為審判提供了證詞。1947年2月6日到8日，國防部軍事法庭在南京勵志社對谷壽夫進行公開審判，中外人士八十余人出庭作證，庭審長桌上放有剛剛掘出的被害人頭顱，無聲地控訴著當(dāng)年日軍的暴行。3月10日，軍事法庭在判決書中指稱谷壽夫以“殘酷行為，加諸徒手民眾與夫無辜婦孺，窮兇極惡，無與倫比，不僅為人類文明之重大污點，即揆其心術(shù)之險惡，手段之毒辣，貽害之慘烈，亦屬無可矜全，應(yīng)予科處極刑，以昭炯戒”;判決“谷壽夫在作戰(zhàn)期間，共同縱兵屠殺俘虜及非戰(zhàn)斗人員，并強奸、搶劫、破壞財產(chǎn)，處死刑”^[12]。谷壽夫申請復(fù)審被駁回。4月26日上午，谷壽夫在南京被綁赴雨花臺刑場，就在他當(dāng)年指揮部下屠殺之地，被執(zhí)行死刑。是日，南京市民萬人空巷，爭睹谷壽夫的最終下場。南京大屠殺期間，一次屠殺我同胞數(shù)百人的第六師團中隊長田中軍吉、以殺人比賽聞名的第十六師團小隊長向井敏明、副官野田毅，亦于1947年11月自日本被引渡回中國受審。1948年1月28日，田中軍吉、向井敏明、野田毅三人因“共同連續(xù)屠殺俘虜及非戰(zhàn)斗人員”在南京雨花臺被執(zhí)行死刑。南京大屠殺期間的南京日軍最高指揮官、華中派遣軍司令松井石根，經(jīng)東京同盟國軍事法庭審判，認(rèn)定他“既有義務(wù)也有權(quán)力統(tǒng)制他自己的軍隊，和保護南京的不幸市民。由于他怠忽這些義務(wù)的履行，不能不認(rèn)為他負(fù)有犯罪責(zé)任”。1948年11月12日，松井石根被判處絞刑。據(jù)中國參加?xùn)|京審判的梅汝璈法官回憶，“松井石根在兩年多的受審過程中一直裝出一副懊喪、懺悔的可憐相。在最后一庭，宣布對他判處絞死刑時，他嚇得面無人色，魂不附體，兩足癱軟，不能自支，后由兩名壯健憲兵用力挾持，始得迤步走出法庭”。其當(dāng)年的不可一世蕩然無存。12月22日，松井石根在東京被執(zhí)行死刑^[13]。殺人者終必覆滅，松井石根、谷壽夫等人的下場，體現(xiàn)了人類正義道德的勝利，終使我南京被害數(shù)十萬同胞地下冤魂得以稍慰于萬一。正如梅汝璈法官所言：“我不是復(fù)仇主義者。我無意于把日本帝國主義者欠下我們的血債寫在日本人民的賬上。但是，我相信，忘記過去的苦難可能招致未來的災(zāi)禍?！?sup>[14]

據(jù)不完全統(tǒng)計，被判死刑的日本戰(zhàn)犯還有：前日本天津駐屯軍參謀長、前任第二十三軍司令官、攻占香港縱兵屠殺的指揮者酒井隆(1946年9月13日執(zhí)行),后任第二十三軍司令官、廣東多次大屠殺的責(zé)任者田中久一(1947年3月27日執(zhí)行),第一三○師團師團長、廣東多次大屠殺的責(zé)任者近藤新八(1947年11月21日執(zhí)行);被判無期徒刑的有，前日本駐華武官高橋坦、前日本駐香港總督磯谷廉介以及若干名日軍師團長。此外，前日本駐臺灣總督安藤利吉于1946年4月19日在上海提籃橋監(jiān)獄自殺身亡，第六方面軍司令岡部直三郎于11月28日死于戰(zhàn)犯醫(yī)院。如果與其在中國犯下的戰(zhàn)爭罪行相比較，日本戰(zhàn)犯判死刑者并不多，而且高層級者偏少，量刑也偏輕，軍及軍以上方面大員多未追究或判刑較輕，這與當(dāng)時的整個國內(nèi)外形勢是分不開的^[15]。
在多數(shù)日本戰(zhàn)犯處理告一段落后，還剩下日本中國派遣軍總司令岡村寧次的命運引人關(guān)注。岡村被認(rèn)為是“中國戰(zhàn)區(qū)天字第一號戰(zhàn)犯，就是不要審問，也可以判處極刑”,“對中國，對中國人民，碎骨粉身不足以償其罪”^[16]。但由于他在接收中的合作態(tài)度，國民黨自始就有對其網(wǎng)開一面的考慮。據(jù)岡村自記，何應(yīng)欽、陳誠、湯恩伯等均向蔣介石建議，因為其“在戰(zhàn)爭結(jié)束后功績顯著，應(yīng)予寬大處理，如此對將來中日關(guān)系亦屬有利”。但蔣“要考慮政治方面的策略”,對他們的建議“默不作聲”。由于既擔(dān)心釋放岡村帶來的政治麻煩，又擔(dān)心交付審判而無法從寬處理，因此國民黨對他既不監(jiān)禁亦不釋放，而是令他住在南京，養(yǎng)尊處優(yōu)，對外則稱尚需其協(xié)助處理遣返未了事宜。國防部長白崇禧托人轉(zhuǎn)告岡村，“根據(jù)國際情況，以暫不歸國為安全。為了敷衍輿論，也可能移交軍事法庭審理，但審判只是走走形式而已”^[17]。迫于輿論的壓力，1948年8月23日，國防部軍事法庭在上海開庭，對岡村寧次進行“走走形式”的審判。審判只進行了一次即以岡村患病為由休庭。1949年1月26日，法庭重新開庭，認(rèn)定岡村寧次于1944年11月26日出任日本中國派遣軍總司令，因此日軍在中國的歷次大屠殺“均系發(fā)生于被告任期之前，原與被告無涉”;“迨日本政府正式宣告投降，該被告乃息戈就范，率百萬大軍，聽命納降。跡其所為，既無上述之屠殺強奸搶劫，或計劃陰謀發(fā)動，或支持侵略戰(zhàn)爭等罪行，自不能僅因其身份系敵軍總司令官，遽以戰(zhàn)罪相繩”。因此，法庭判岡村“既無觸犯戰(zhàn)規(guī)，或其他違反國際公法之行為，依法應(yīng)予諭知無罪，以期平允”^[18]。1月30日，岡村和上海戰(zhàn)犯監(jiān)獄全部在押戰(zhàn)犯被送往日本^[19]。