在南京應天府(河南商丘),故名。原為宋初名儒戚同文舊居和講學之所。宋真宗大中祥符二年(1009年),應天府民曹誠于其址造學舍一百五十間，聚書一千五百卷，廣招生徒，講學甚盛，并以所造之學舍捐給政府，詔賜額為應天府書院，令戚同文之嫡孫舜賓為主教，曹誠為助教。為宋初四大書院之一。宋天圣四年(1026年)晏殊知應天府，聘范仲淹掌教，多有改革。宋仁宗景祐二年(1035年)改為府學。后明嘉靖、清乾隆年間曾兩次修葺。因院址所在地又稱睢陽，故又稱睢陽書院。