明初由于國子監(jiān)、府、州、縣、衛(wèi)、社學(xué)等官學(xué)的發(fā)達，對書院采取的是既不加以禁止，也不提倡的態(tài)度，書院沉寂了百余年之久。成化、弘治年間書院逐步興復(fù)，嘉靖年間逐漸興盛。在洪武年間，全國書院僅7所，到嘉慶年間，全國書院達98所之多，安徽一省建立的書院可考的有39所，江蘇一省有19所，江西、廣東、浙江的書院也居前列。明代書院以湛若水、王陽明所設(shè)建的書院影響最大，他們二人都提倡私人講學(xué)，史稱他們所到之處必建書院。王陽明將書院內(nèi)部的學(xué)術(shù)爭論，發(fā)展到書院外的講會活動，逐漸形成王陽明學(xué)派。在科舉盛行的年代，書院講學(xué)與科舉不是絕無關(guān)系，一般書院實際上是科舉的附庸。但由于在府、州、縣學(xué)等官學(xué)的學(xué)生，可以應(yīng)舉升貢而入仕途，而書院卻沒有這個條件。所以書院的學(xué)生常以清談高論為能，靜坐為功，互相推重乃至標榜而不受約束。后來顧憲成和允成興建書院于無錫，名為東林書院，他們崇拜孔子，說書誦詩，由會談而漸次議論朝政，成為政治清議的中心，為朝廷所忌，視為不利于封建統(tǒng)治的鞏固，被誣斥之為東林黨而受迫害。魏忠賢以朋黨之名，假傳圣旨，網(wǎng)羅捕殺知識分子數(shù)千名，并盡毀天下書院。