儒佛道三教既然在實際上都有存在的合理性，也就有人提出三教歸一的問題。這個人叫林兆恩，福建人，活動于明朝中葉。他創(chuàng)立了三一教。三一教曾一度非常興盛，現(xiàn)在仍然存在于東南亞諸國及其他地方。
林兆恩提出的口號是：“三教歸儒，儒歸孔子?！绷终锥髡f，孔子、老子、釋迦之前，天地間只有一個教，只有一個道，分歧是后來造成的。比如儒道二家，本是一回事。從盤古開天，伏羲造易，傳到神農(nóng)、黃帝、堯、舜都是一個道，一個教。后人把黃帝當(dāng)作道教的始祖，堯、舜作儒家的始祖，是不對的。后世的道士們，出家入山，去追求什么清凈，這是違背黃帝、老子教導(dǎo)的。林兆恩說，歷代帝王之中，黃帝的創(chuàng)造最多。天文、音律、蠶桑、宮室、醫(yī)學(xué)、井田等等，都是黃帝的創(chuàng)造，后世卻說什么黃老之道無所作為，這是正確的嗎？ 黃帝為天子，老子作柱下史，都沒有人山修道，都娶妻生子，黃帝有子二十五人，老子的后代也見于歷史記載，后世道士斷棄人倫，也是違背黃老的。至于佛教，他們追求寂滅，和儒道二教的宗旨完全一致。所謂滅，就是這顆心不住于聲色臭味。既然不住，也就是儒家的“無思無為寂然而誠”。老子講虛無，也是無此聲色臭味，心自然就會虛曠。因此，儒佛道三教，宗旨完全一致。而且，佛也不斷棄人倫。佛陀生子羅睺羅，也是歷史事實。佛教也不反對吃肉。不讓吃肉，是梁武帝實行的規(guī)矩。這樣一來，連祭祀祖先也不能再用豬羊，而用面食，致使祖宗的魂靈不得血食，引起臣子們許多議論。梁武帝的作法，違背圣人之教。到了唐朝，慧能就吃肉。假如和尚娶妻，也并不違背教義。至于孝悌忠信，更是天倫，人人都得遵守。唐太宗命令和尚道士一律敬拜父母，是非常對的。林兆恩說，假若果有地獄，應(yīng)首先收治不孝之人。
因此說來，三教本來是一，后世才強(qiáng)生分別，現(xiàn)在仍然歸一才對。歸一，歸到什么地方呢？ 就是歸儒。為什么要歸儒呢？ 因為儒學(xué)可尊崇的，有心身性命之學(xué)，有三綱五常之德，有士農(nóng)工商之業(yè)。林兆恩認(rèn)為，新的宗教，必須建立在這三條原則的基礎(chǔ)之上。
人不能脫離士農(nóng)工商之業(yè)。假若修道必須入山，必須拋棄士農(nóng)工商之業(yè)，一人如此，人人如此，誰還來從事生產(chǎn)？ 不生產(chǎn)，修道的人將如何生活？ 如果脫離士農(nóng)工商之業(yè)，這樣的教就傳不遠(yuǎn)，不能普及。
信教者也不能脫離三綱五常。沒有君臣上下等級尊卑秩序，天下就會大亂，還如何修道？ 沒有夫婦、父子的天倫，人就要絕種，以后還有誰來修道？
信教者既從事著士農(nóng)工商之業(yè)，又有君臣之分，夫婦、父子之愛，于是開始修道。所謂道，就是心身性命之學(xué)。這學(xué)問，林兆恩歸結(jié)為孔門心法?？组T心法的要點，是“心要在腔子里”。
“心要在腔子里”,是程頤的話，林兆恩拿來作為他心身性命之學(xué)的要點。這在腔子里的一顆心，就是人的真性，就是天理。而天理，不過是當(dāng)時社會秩序的理論表現(xiàn)。這就是說，林兆恩的三一教，就是要人們在世俗生活中，把遵守當(dāng)時的秩序，服從當(dāng)時的倫理當(dāng)作自己的天然本性，自覺自愿。林兆恩認(rèn)為，做到這一點，就是圣人。而這是人人都可以做到的，因此人人都可以做圣人。林兆恩不同意他的弟子放棄科舉考試或放棄經(jīng)商去專門修道，因為放棄職業(yè)本身就是與道相違背的。林兆恩甚至不同意和尚、道士放棄自己的教來投奔自己。他認(rèn)為，只要按孔門心法修行，就是剃了頭做和尚，也是自己的弟子。反之，即使投奔自己，而不修孔門心法，也算不得自己的弟子。歸結(jié)到底，一切都決定于人的心。
林兆恩說，道家的金丹、神仙、蓬萊仙境，都是說的人心修養(yǎng)。修孔門心法就是金丹、就成神仙，就到洞天福地、蓬萊三山。佛教的天堂、地獄、六道輪回等等，也是心。做好事心里坦然就是天堂，做壞事心里受責(zé)就是地獄。好壞的標(biāo)準(zhǔn)，也是儒家的倫理綱常。

佛像(廣西桂林伏波山還珠洞斷崖)

林兆恩說的儒，也不是當(dāng)時的儒，而是孔子的儒。在林兆恩看來，孟子以后的儒者，違背了孔子的教導(dǎo)。比如格物，宋儒說君子恥一物之不知，所以今天格一件、明日格一件。林兆恩說，這是要干什么呢？ 物那么多，怎能格得完，又怎能以一物不知為恥。這樣做，能夠成為圣人嗎？
林兆恩認(rèn)為，格物的物，不是事物之物，而是心里的物。格心里的物，就是去掉那些不符合綱常的想法，林兆恩稱之為“格去非心之物”,即心里頭本來沒有的東西。心里頭本來沒有的東西，就是違背綱常的東西。
當(dāng)時的許多儒者，也像僧人道士一樣，終日枯坐。白天不看窗外，晚上不就寢席，以為這樣可以得道。林兆恩說，這是不懂孔門心法。
林兆恩三一教，把孔子作為教主，把天作為最高神靈。凡來修道的，都必須對天立誓。林兆恩自己，每天都要向天上奏章，匯報自己的作為。晚年，他不得已收了一點學(xué)費，學(xué)費的開支情況，他也一一向天匯報。他向天表明自己的心跡，也盼望天能幫助他推廣三一教，以建立一個秩序井然的社會。他自認(rèn)為是天的使者。晚年，他也做了教主。
三一教的宗旨，是在世俗生活中使人人向善的宗教，也是自認(rèn)為徹底而準(zhǔn)確地貫徹孔子學(xué)說的宗教。但是，封建國家宗奉的就是天，就是孔子及其儒學(xué)。在國家組織系統(tǒng)之外，另搞一套，將置皇帝與百官于何地！三一教之不能發(fā)展，是命中注定的事。所以它只能在封建的政治統(tǒng)治之下，替這個統(tǒng)治秩序做一點牧師的工作。
然而三一教的出現(xiàn)，乃是三教在斗爭、融合，融合、斗爭中的產(chǎn)物。只是它的表現(xiàn)特別典型罷了。三一教之外三教合一的呼聲由來已久，也源遠(yuǎn)流長。