1927年10月開(kāi)始籌備。1928年6月9日正式成立，蔡元培為首任院長(zhǎng)。據(jù)南京國(guó)民黨政府《國(guó)立中央研究院組織法》規(guī)定，該院系全國(guó)最高學(xué)術(shù)研究機(jī)關(guān)。院長(zhǎng)之下，設(shè)行政、研究、評(píng)議三大部門(mén)，而以研究為中堅(jiān)。行政部門(mén)，以總辦事處主持工作，設(shè)總干事一人，在院長(zhǎng)領(lǐng)導(dǎo)下執(zhí)行全院行政事宜；楊杏佛、丁文江、朱家驊、任鴻雋等先后任總干事。研究系統(tǒng)，陸續(xù)設(shè)立物理、化學(xué)、工程、地質(zhì)、天文、氣象、歷史、語(yǔ)言、心理、社會(huì)科學(xué)、動(dòng)植物等研究所。評(píng)議方面，設(shè)評(píng)議會(huì)，除院長(zhǎng)及各研究所長(zhǎng)為當(dāng)然評(píng)議員外，另選學(xué)術(shù)界中堅(jiān)人物三十人為聘任評(píng)議員；決定研究學(xué)術(shù)之方針，促進(jìn)國(guó)內(nèi)外學(xué)術(shù)研究之合作互助，并推舉院長(zhǎng)候選人?？谷諔?zhàn)爭(zhēng)爆發(fā)后，院機(jī)關(guān)和部分研究所遷往西南后方，研究所曾有所調(diào)整。1940年3月蔡元培逝世，9月朱家驊接任院長(zhǎng)?？箲?zhàn)勝利后遷回南京。1947年10月決定設(shè)立院士制度，次年3月選舉院士八十人。南京解放后，院機(jī)關(guān)在1949年6月由人民政府接管。