1918年5月廣州軍政府從大元帥制改為政務(wù)總裁制后，在七位政務(wù)總裁中，孫中山和唐紹儀居留上海，唐繼堯在昆明，留在廣州的四總裁，伍廷芳和林葆懌較少參與政務(wù)，所謂政務(wù)會(huì)議實(shí)際難以舉行，軍政府的日常事務(wù)由主席總裁岑春煊打理，桂系首領(lǐng)陸榮廷則處在幕后，成為軍政府實(shí)際的太上皇。參加軍政府的各派各有自己的利益和主張，只是因?yàn)槁?lián)合應(yīng)對(duì)北洋系的需要，才維持著形式的統(tǒng)一。
桂系以客卿身份得“護(hù)法”之便而在袁世凱敗亡后占據(jù)著廣東。廣西貧瘠，廣東富庶，桂系在廣東享受了種種好處，樂不思?xì)w，且態(tài)度居高臨下，不知持重，提出“以粵養(yǎng)桂”,以征服者自居，各級(jí)官僚多用桂人，為政苛刻，濫征稅收，重重盤剝，與民爭(zhēng)利，“雖前清豁免之糧，亦勒令繳納”;騷擾地方，軍紀(jì)廢弛，倡賭倡煙，流毒甚烈，“鴉片煙勒種遍地，鄉(xiāng)人求免，反遭其禍”^[1];從而激起廣東紳商和民眾的強(qiáng)烈不滿，桂系因而與廣東地方勢(shì)力積累下重重矛盾，也在廣東民間引發(fā)了“仇桂”心理。驅(qū)逐桂系、“粵人治粵”的呼聲漸起，給其時(shí)蟄居上海的孫中山創(chuàng)造了重返廣東另開新篇的可能。
孫中山既是革命理論家，更是革命踐行者，對(duì)于被迫離開廣東，而由桂系把持軍政府，他自然不甘聽任。在雙方表面維持、相安無事之余，孫中山實(shí)際正在考慮下一步的行動(dòng)方向，并決意與桂系決裂，再開新局。1919年8月7日，孫中山致電護(hù)法國(guó)會(huì)，認(rèn)為不法武人“借國(guó)會(huì)所授之權(quán)，以行國(guó)民所深惡之政治，移對(duì)付非法政府之力，以殘虐盡力救國(guó)護(hù)法之人，毒害地方，結(jié)連叛逆，欺騙國(guó)會(huì)，蔑視人權(quán)”;聲明“決不忍以之共飾護(hù)法之名，同尸誤國(guó)之罪。茲特辭去軍政府總裁一職，以后關(guān)于軍政府之行動(dòng)概不負(fù)責(zé)”。雖然軍政府政務(wù)會(huì)議立即致電挽留，但孫表示“文志已決，義不再留”。29日，孫中山又致函護(hù)法國(guó)會(huì)兩院議長(zhǎng)林森和吳景濂，表示“鑒于兩年來經(jīng)過之事實(shí)及南中不法武人最近陰謀之真相，覺護(hù)法之希望，根本已絕，萬無再與周旋之余地”,希望“先將軍政府取消，使不致為群盜所居奇”^[2]。留在廣州的護(hù)法國(guó)會(huì)議員多為國(guó)民黨出身，他們雖然派系林立，與孫中山的關(guān)系有親有疏，但在反對(duì)桂系控制軍政府、為國(guó)民黨謀取發(fā)展地盤方面則是基本一致的。在孫中山的號(hào)令下，國(guó)民黨議員在護(hù)法國(guó)會(huì)提出對(duì)岑春煊的不信任案，迫其于10月27日提出辭職。此舉最后雖未成事實(shí)，但國(guó)民黨議員主導(dǎo)的護(hù)法國(guó)會(huì)實(shí)際已與軍政府處在對(duì)立狀態(tài)，從而動(dòng)搖了軍政府繼續(xù)維持的基礎(chǔ)。
繼護(hù)法國(guó)會(huì)向軍政府發(fā)難，桂、滇兩系又因駐粵滇軍統(tǒng)率權(quán)問題而生齟齬。駐粵滇軍有二個(gè)師，其統(tǒng)領(lǐng)李根源因?yàn)榕c政學(xué)系的關(guān)系較為密切而親近軍政府(政學(xué)系是軍政府在政治上的支持者),豈料桂系仍不放心，還想進(jìn)一步掌控滇軍。1920年2月，廣東督軍莫榮新委任與唐繼堯無甚關(guān)系的楊晉出任滇軍師長(zhǎng)，使唐頗為惱怒。軍隊(duì)本是軍閥的命根子，桂系此舉觸動(dòng)唐繼堯的敏感神經(jīng)，使他對(duì)桂系生發(fā)惡感，立即改令與國(guó)民黨關(guān)系密切的李烈鈞統(tǒng)領(lǐng)駐粵滇軍，確保其控制權(quán)，并對(duì)軍政府采取不合作態(tài)度，使軍政府權(quán)威大受影響。國(guó)民黨方面隨之借機(jī)與唐繼堯商議將護(hù)法國(guó)會(huì)和軍政府從桂系控制的廣東遷至昆明另起爐灶的可能性，桂系此舉實(shí)在是表現(xiàn)輕率而得不償失。
1920年3月29日，軍政府政務(wù)總裁兼外交、財(cái)政總長(zhǎng)伍廷芳不辭而別，離穗去港轉(zhuǎn)滬，還隨身帶走了數(shù)額不菲的關(guān)余款項(xiàng)。伍廷芳此舉不僅影響到軍政府的聲望，更使軍政府因缺錢而難以運(yùn)轉(zhuǎn)。4月11日，軍政府政務(wù)總裁林葆懌辭職。4月25日，唐繼堯、唐紹儀、伍廷芳正式宣布脫離軍政府，軍政府總裁去其大半，已不足決策的法定人數(shù)。與此同時(shí)，國(guó)民黨組織護(hù)法國(guó)會(huì)議員離粵赴港轉(zhuǎn)滬，眾議院正、副議長(zhǎng)林森和褚輔成、參議院議長(zhǎng)吳景濂與三百多國(guó)會(huì)議員先后離去(他們之中的大半都到了上海，并在5月間決議護(hù)法國(guó)會(huì)遷往昆明),護(hù)法國(guó)會(huì)議員亦去其大半，“護(hù)法”的法理依據(jù)成了問題。伍廷芳、唐繼堯、林森、吳景濂相繼發(fā)表通電，以軍政府政務(wù)會(huì)議不足法定人數(shù)而否認(rèn)其法定效力，提出其“所有一切政治行動(dòng)，當(dāng)然無效”^[3]。為了應(yīng)付此等不利局勢(shì)，軍政府匆匆召集留粵議員集議，推舉孫光廷為參院主席，陳鴻鈞為眾院主席，補(bǔ)選熊克武、溫宗堯、劉顯世為軍政府政務(wù)總裁，以使軍政府的運(yùn)作在名義上具有法理有效性。但參加選舉的國(guó)會(huì)議員人數(shù)本就不足法定，而被推舉的熊克武、溫宗堯、劉顯世實(shí)際又未就職，廣州軍政府還是處在十分尷尬的地位。
隨著形勢(shì)的發(fā)展對(duì)桂系漸趨不利，居留上海的孫中山頻頻動(dòng)作，一方面在政治上否認(rèn)廣東軍政府的合法性；另一方面布置軍事討桂行動(dòng)，企望由政治和軍事兩方面打擊桂系，為回粵再度開府創(chuàng)造條件。6月2日，孫中山、唐紹儀、伍廷芳及唐繼堯的代表李烈鈞在滬會(huì)議。次日發(fā)表宣言，責(zé)廣州“政務(wù)會(huì)議成立以來，徒因一二人所把持，論戰(zhàn)則惟知擁兵通敵，論和則惟知攘利分肥。以秘密濟(jì)其私，以專擅逞其欲，遂有所謂五條辦法者。護(hù)法宗旨，久已為所犧牲，猶且假護(hù)法之名，行害民之實(shí)”;宣示“自當(dāng)同心戮力，掃除危難，貫徹主張”;聲明軍政府移昆明辦公，廣州方面的“一切命令行動(dòng)，及與北方私行接洽之事，并抵押借款，概屬無效。所有西南鹽余及關(guān)余各款，均應(yīng)交于本軍政府。在軍政府移設(shè)未完備以前，一切事宜，委托議和總代表分別接洽辦理”^[4]。7月24日，孫、唐、伍、李在上海再次會(huì)議，并在28日發(fā)表宣言，表示“倘有違背護(hù)法救國(guó)主張，復(fù)假借名義，以謀個(gè)人權(quán)利者，不問南北，不問派別，當(dāng)與國(guó)民共討之”^[5]。隨后，部分到昆明的護(hù)法國(guó)會(huì)議員在8月7日集會(huì)，罷免了岑春煊的職務(wù)。護(hù)法陣營(yíng)內(nèi)部已然決裂，但昆明的對(duì)外交通不便，唐繼堯?qū)嶋H上也不愿軍政府和國(guó)會(huì)遷到昆明，在自己的地盤上養(yǎng)著太上皇，致其統(tǒng)治礙手礙腳^[6],孫中山繼續(xù)革命的立足點(diǎn)仍然只能放在廣東，而要重回廣東，就要解決桂系的問題，為此，孫中山著手發(fā)動(dòng)武力討桂的行動(dòng)。
孫中山作為“討桂”主力運(yùn)用的軍事力量，是其時(shí)駐扎在閩南漳州、龍巖一帶的粵軍陳炯明部。陳部原為廣東省長(zhǎng)朱慶瀾的警衛(wèi)軍，約有二萬余人，1918年春以援閩粵軍的名義進(jìn)駐閩南，其后陳駐節(jié)漳州，經(jīng)過兩年多的整訓(xùn)發(fā)展，具備了一定實(shí)力，也是當(dāng)時(shí)孫中山和國(guó)民黨可以依靠的惟一嫡系武裝力量。為此，孫中山將鄧鏗、許崇智等派到這支部隊(duì)任職，并多方為其籌餉籌械，力圖直接掌握這支部隊(duì)并寄予厚望。但因陳炯明為駐閩粵軍的直接領(lǐng)導(dǎo)人，部隊(duì)各級(jí)軍官多為其指派，故陳炯明對(duì)部隊(duì)的影響力超過孫中山，部隊(duì)實(shí)權(quán)基本控制在陳炯明手中，因此，與其說駐閩粵軍是國(guó)民黨的部隊(duì)，不如說是陳炯明的部隊(duì)。對(duì)于這支部隊(duì)的使用，陳炯明和孫中山的想法實(shí)際是不同的，孫中山希望陳回師廣東，驅(qū)逐桂系，重新建立國(guó)民黨的根據(jù)地，但陳炯明卻不愿在沒有把握的情況下貿(mào)然行動(dòng)，以免有損自己的實(shí)力，妨礙自身今后的地位和發(fā)展。所以在直皖戰(zhàn)前，當(dāng)孫中山認(rèn)為“討桂”時(shí)機(jī)已經(jīng)成熟，數(shù)次動(dòng)員陳炯明率部回粵“討桂”時(shí)，陳炯明的態(tài)度并不十分明朗，一再推脫，遲遲其行。
直皖戰(zhàn)爭(zhēng)的爆發(fā)為陳炯明部回粵“討桂”創(chuàng)造了時(shí)機(jī)。直皖戰(zhàn)前，北方的直系和南方的桂系雖分處“正統(tǒng)”和“護(hù)法”的不同陣營(yíng)，但出于自身利益的考量，直桂雙方實(shí)際達(dá)成了默契，彼此暗中互相支持。桂系知其在粵不得人心，為維持其在粵統(tǒng)治，有意尋求與直系合作，共同對(duì)付國(guó)民黨。桂系首領(lǐng)陸榮廷認(rèn)為：“直系如得勝利，時(shí)局庶有轉(zhuǎn)機(jī)，我輩夙主聯(lián)直，尤應(yīng)乘時(shí)利用，援應(yīng)直系，自屬應(yīng)有之義?！?sup>[7]北方的直皖戰(zhàn)爭(zhēng)打響后，桂系大將、粵督莫榮新隨即部署在廣東的桂軍移師潮汕，出兵閩南，名為“討伐”屬于皖系的閩督李厚基，實(shí)則意在消滅對(duì)桂系控制廣東構(gòu)成威脅的陳炯明部。1920年8月，在桂系的督促下，岑春煊代表軍政府下令分路攻閩，以桂軍沈鴻英為總司令，靖國(guó)軍方聲濤為左路司令，桂軍劉志陸為中路司令，浙軍呂公望為右路司令，林葆懌率海軍配合作戰(zhàn)，力圖一舉蕩平閩南。與此同時(shí)，在上海的孫中山認(rèn)為機(jī)不可失，遂派朱執(zhí)信、廖仲愷等到漳州，向陳炯明反復(fù)說明形勢(shì)，陳明利害，并聯(lián)合閩督李厚基(孫此時(shí)已有建立粵皖奉反直同盟的考慮),由其向陳部撥發(fā)相當(dāng)數(shù)量的軍費(fèi)和軍械，促其回師廣東。而陳炯明此時(shí)亦感覺其部長(zhǎng)期駐在閩南，四面被圍，發(fā)展空間有限，不易得到外援，既為李厚基所疑，亦為桂系所忌，不如回到廣東，另謀發(fā)展，故同意孫中山的回師計(jì)劃。他派葉舉、鄧鏗、許崇智分任中、左、右路總指揮，自閩南發(fā)兵回師廣東。8月12日，陳炯明發(fā)出粵軍誓師回粵通電稱：“全軍同仁，忍無可忍，乃不得已全體宣誓，冒死殺敵，救我粵人，粉身碎骨，實(shí)有榮光?！?sup>[8]
因?yàn)楣鹣翟趶V東數(shù)年的統(tǒng)治不得人心，陳炯明部回粵得到廣東各地民軍的呼應(yīng)和支持，且陳炯明以“粵人治粵”收攬人心，進(jìn)展比較順利。8月中旬粵軍回師，18日占潮安，20日占汕頭，粵軍在潮汕地區(qū)立下了穩(wěn)定的根基。9月初，唐繼堯和譚延闿分別派出滇軍和湘軍自西、北方向增援粵軍，與東面的粵軍共同構(gòu)成了對(duì)廣州的三面包圍態(tài)勢(shì)。唐繼堯且致電陸榮廷，態(tài)度強(qiáng)硬地令其速撤駐粵桂軍，“還政粵人”。
9月上旬，粵桂兩軍先是在河源激戰(zhàn)，隨后在惠州形成膠著。此時(shí)各路民軍紛起，形勢(shì)對(duì)桂系不利。9月16日，虎門要塞司令丘渭南在朱執(zhí)信的策動(dòng)下宣布獨(dú)立^[9]。18日，陳炯明對(duì)莫榮新發(fā)出最后通牒，令桂軍在兩個(gè)月內(nèi)退出粵境，桂系軍政官員一律免職，并限岑春煊在雙十節(jié)前離開廣州^[10]。民軍首領(lǐng)李福林與廣東地方實(shí)力派首領(lǐng)、廣東警察廳長(zhǎng)兼江防司令魏邦平合作，在廣州河南宣布獨(dú)立，廣州桂軍已處在四面楚歌之境。在粵軍的軍事壓力下，陸榮廷先還企圖“棄惠州各縣，麇集省城，稍養(yǎng)銳氣，分守兵工廠，俟我桂軍到齊肇慶，以全力分路進(jìn)攻”^[11]。但形勢(shì)的發(fā)展已不容陸榮廷的拖延之策，9月28日，陸榮廷被迫致電廣東方面，表示“為保全地方計(jì)，即請(qǐng)粵省諸公公同籌議，妥速選舉賢能，繼任督軍，以維治安，而息紛擾。除陳炯明倡亂逞私，不能交付，此外無論何人出擔(dān)粵事，桂軍在粵一日，無不盡力維持?！毁够浘值锥ǎ疖娂串?dāng)全數(shù)調(diào)回，以符不爭(zhēng)利權(quán)之初心，而顧全唇齒之本旨”^[12]。
為了避免粵、桂兩軍交戰(zhàn)殃及廣州市面安定，廣東地方士紳出面調(diào)停。9月29日，廣東省議會(huì)議長(zhǎng)林正煊面見莫榮新，討論善后辦法。莫雖然知曉桂系已難在廣州立足，但仍反對(duì)陳炯明接任粵督。林正煊遂與李福林、魏邦平等推舉海軍次長(zhǎng)、廣東人湯廷光接任粵督。但莫榮新又節(jié)外生枝，索要200萬元的巨額開拔費(fèi)，表示非如此桂軍不能撤離。10月初，廣東各界維持和平會(huì)決定籌款50萬元付與桂軍，俾其早日撤離。此時(shí)粵桂兩軍在東江前線對(duì)峙，莫榮新認(rèn)為戰(zhàn)局有望維持，故又出爾反爾，不愿交權(quán)，聲明“凡駐粵各軍安頓結(jié)束事宜，一日未能妥洽，本督軍照常維持，斷不敢稍棄權(quán)責(zé)”^[13]。又提出以沈鴻英督粵，桂軍留兩師長(zhǎng)期駐粵，陳炯明部退回閩南，廣東承認(rèn)陸榮廷為兩廣巡閱使的方案。桂系此舉無異于繼續(xù)維持其對(duì)廣東的控制，引來粵軍上下的一致反對(duì)及同仇敵愾，雙方戰(zhàn)火重開，21日粵軍攻占惠州，兵臨廣州城下，桂系方覺大勢(shì)已去，不能不準(zhǔn)備退出。24日，陸榮廷、岑春煊、林葆懌、溫宗堯等以護(hù)法軍政府總裁名義聯(lián)名發(fā)表通電稱：“即日自決辭去總裁，解除軍府職務(wù)，以期回復(fù)國(guó)家原狀，而減愆由于萬一。自今以后，當(dāng)局應(yīng)從全國(guó)軍民愿望，依法召集國(guó)會(huì)，遵循法軌，與民更始。西南諸省亦應(yīng)顧念全局，迅速促成統(tǒng)一，妥籌善后，蘇息民生。”^[14]莫榮新則于26日“率同將士宣布取消自主，粵事應(yīng)聽中央政府主持?！幻媾沙龃砬袑?shí)磋商，一面迭電前方各軍相機(jī)撤回，趕辦收束。茲為保全粵民，減免戰(zhàn)禍起見，于中央政府未任專員以前，先率將士讓出廣州市區(qū)，所有維持地方治安事宜，應(yīng)由粵民所舉之新督軍負(fù)此責(zé)任”^[15]。隨后，莫榮新入廣州沙面英國(guó)領(lǐng)事館暫避，馬濟(jì)、林虎收容桂軍殘部撤離廣東。
10月28日，粵軍進(jìn)駐廣州，結(jié)束了桂系對(duì)廣東四年多的統(tǒng)治，但陳炯明并不承認(rèn)先前廣東各界推出的湯廷光為督軍，孫中山為得到陳炯明對(duì)其回粵開府的支持，于11月1日通過廣州軍政府駐滬辦事處任命陳炯明為廣東省長(zhǎng)兼粵軍總司令，主持廣東軍政事務(wù)，陳炯明從此成為廣東的實(shí)際統(tǒng)治者。