元明清三代雖然朝代嬗變，但大部分時間國家一統(tǒng)，社會相對穩(wěn)定，佛教也隨社會的發(fā)展而發(fā)展，沒有遇到大的挫折。元代尊奉藏傳佛教，其他教派也予以相當?shù)匚弧?jù)宣政院至元二十八年(1291)統(tǒng)計，全國佛寺二千三百一十八所。除朝廷賞賜、信眾捐贈外，寺院經(jīng)濟也介入了許多新的因素，如田園產(chǎn)業(yè)跨地區(qū)經(jīng)營、工商業(yè)出現(xiàn)等?！对贰?成宗紀》載，有權豪僧道擅據(jù)礦炭山，因此下令禁止。至元十三年(1293),令寺院經(jīng)營的邸店、商賈舍止的貨物須照章納稅。又據(jù)《元史· 刑法志》,河西諸路僧人有妻子者，當差發(fā)稅糧、鋪馬、次舍，與庶民相同。明代，太祖朱元璋出身僧侶，在佛寺里生活過很長時間，目睹元代統(tǒng)治者崇奉藏傳佛教的流弊，一方面提高漢地佛教的地位，另一方面對全國寺院僧紀進行整飭。洪武元年(1368)在南京天界寺設立“善世院”,掌管全國名山大寺住持的任免事務。然后規(guī)定寺院分為三類：禪、講、教，各寺按其類別行事。洪武二十四年(1391),發(fā)布了整頓佛教的重要文件《申明佛教榜冊》,“清理天下僧寺”。以后又規(guī)定“凡僧之處于寺者，務要三十人以上聚成一寺”。太祖以后諸帝大多崇奉佛教，尤其京城地區(qū)寺廟林立，相望不絕，約有千余所。大興隆寺，英宗賜號“天下第一叢林”。修大隆福寺，耗費數(shù)十萬。寺院田產(chǎn)方面如“南京三大寺”報恩寺、靈谷寺、天界寺，都有巨額產(chǎn)業(yè)。至于明代的著名禪剎，京城以外的有金山、云居、徑山、天寧、靈隱、天童、顯慶以及福建鼓山、成都天成等。清代的佛教按明代的軌跡發(fā)展。清代后期國勢衰落，佛教也不振。清初對全國的佛寺有過精確的統(tǒng)計，分為官建和私建：官建大寺六千零七十三，小寺六千四百零九；私建大寺計八千四百五十八，小寺五萬八千六百八十二；共計七萬九千六百二十二所。
近代以來，中國漢地佛教仍然以禪宗為主流。和唐代相比較，實際上這種主流是佛教諸宗的匯合體，以禪宗為主。著名的叢林有“天下四大叢林”:天臺國清寺、南京棲霞寺、山東靈巖寺、湖北玉泉寺。有“江南四大叢林”:常州天寧寺、鎮(zhèn)江金山寺、揚州高旻寺、寧波天童寺。還有“長江流域四大叢林”:金山寺、寶光寺、文殊院、高旻寺?！皷|北四大叢林”:般若寺、慈恩寺、楞嚴寺、極樂寺等等。下邊擇幾寺略作介紹。
鎮(zhèn)江金山寺，與焦山寺、隆昌寺并稱“鎮(zhèn)江佛教三大名寺”。金山寺原來位于江心，叫“澤心寺”、“江心寺”,后江水北移，始與陸地相連，成為“忽見鳥飛平地起，始驚身在半空中”的山寺。建于東晉，南朝梁武帝請寶志禪師于寺內設水陸道場，唐代開山得金，改為“金山寺”,北宋賜名“龍游寺”——因真宗曾夢游此寺。清康熙南巡，又改為“江天禪寺”。該寺依山傍水，風景絕佳。“文化大革命”中損毀嚴重。1985年始重建大雄寶殿及藏經(jīng)樓等。

江蘇鎮(zhèn)江金山寺

江蘇常州天寧禪寺山門

常州天寧寺，號稱“東南第一叢林”,位于常州市中心。始建于唐天復年間(901—904),稱“廣福寺”,以后也興廢交疊。清乾隆南巡，賜紫衣、聯(lián)額等?，F(xiàn)經(jīng)過全面修復，殿堂齊全，新塑佛像六百七十余尊，已基本恢復舊貌。共有八殿、二十五堂、二十四樓，寺院面積130多畝。其中大雄寶殿重檐九脊頂，高26.7米，八根鐵力木大柱高達18.35米，直徑80余公分，異常罕見。
成都寶光寺，位于新都縣城北，隋代名“大石寺”。唐廣明元年(881)黃巢攻破長安，僖宗倉惶幸蜀曾駐蹕于此。后大興土木，賜名“寶光寺”。宋代改名為“大覺寺”。明末毀于戰(zhàn)亂，清初重建?，F(xiàn)全寺占地120畝，由一塔、五殿、十六院組成，共有石柱四百余根。寺內珍貴文物數(shù)量之多為國內少有，計有器物、字畫、碑石、貝葉經(jīng)等共達一千三百余件。其中南朝梁武帝大同六年(540)的“千佛碑”、清末從斯里蘭卡請回的佛舍利及“石雕舍利塔”、清塑“五百羅漢堂”、巨幅水墨畫“捧沙獻佛圖”、張大千“水月觀音圖”、巨幅九分書《華嚴經(jīng)序》等彌足珍貴。

四川成都寶光寺壁畫

極樂寺，位于黑龍江哈爾濱市，1921年始建，現(xiàn)保存完好。據(jù)說修建這座寺廟緣由起自東北的中東鐵路修成后，哈爾濱成為華洋雜處的大商埠，有好幾座洋教堂，唯獨沒有佛寺。有感于此，佛教信徒派員赴京晉見北洋政府要員，請求與洋教一視同仁并由鐵路局撥款資助，獲得批準。于是，成立了以中東鐵路護路軍總司令兼哈爾濱地方行政長官朱子橋為主任委員的“極樂寺籌建委員會”。委員會得到了哈爾濱各界的贊助支持。1921年動工，1924年建成。全寺按傳統(tǒng)布局，沿中軸線五進，面積共57500平方米。