桂系失去對廣東的控制后，為博取社會輿論的同情，宣布撤銷護(hù)法軍政府并廣東取消自主，又在11月4日由桂督譚浩明宣布廣西取消自主，從而在北洋系中引起了對“統(tǒng)一”的鼓噪。10月31日，北京政府大總統(tǒng)徐世昌發(fā)布“和平統(tǒng)一”令，稱“南北糾紛，累年未戢，民生久?,國計日殫，國人延頸跋踵，惟日盼統(tǒng)一之日”,令各軍民長官“務(wù)期導(dǎo)揚文治，康濟(jì)民生，以鞏固我中華民國維新之運”^[1]。國務(wù)總理靳云鵬致電孫中山，邀其北上討論“統(tǒng)一”問題。11月7日，徐世昌主持召開“統(tǒng)一善后事宜”籌備會議，決定在北京國務(wù)院設(shè)立籌辦“統(tǒng)一善后會議”事務(wù)處，14日由靳云鵬主持召開了“統(tǒng)一善后委員會”的首次正式會議。不過，北洋系的舉動在南方護(hù)法各省并未引起應(yīng)有的反響，顯得是自說自話。10月31日，孫中山、唐紹儀、伍廷芳、唐繼堯聯(lián)名發(fā)表通電稱：“最近粵軍回粵，岑、莫敗亡，乃相率逃竄之余，輒為取消自主之說，其情可憫，其事可笑。初不意北方竟引為口實，據(jù)聞有偽統(tǒng)一之宣布，似此舉動，過于滑稽兒戲，直無否認(rèn)之價值。惟深察北方之用意，實思以偽統(tǒng)一之名義，希圖借取外債，以延長其非法政府之命脈。文等用不憚煩，更為正式宣告，須知岑春煊早喪失地位、資格，而軍政府依然存在，初不因岑等個人反復(fù)致生問題。此次北方宣言，文等絕不承認(rèn)?！?sup>[2]在桂系從廣東敗退之后，孫中山考慮的中心問題就是如何因應(yīng)政治現(xiàn)實，延續(xù)護(hù)法“法統(tǒng)”,從而與北洋軍閥操控下的中央“法統(tǒng)”相抗衡。
為了在廣東恢復(fù)政權(quán)，孫中山需要得到西南地方實力派的支持，而在當(dāng)時南北對立的情況下，為了聯(lián)合對北，只要不實際干預(yù)地方內(nèi)部事務(wù)，西南各省對恢復(fù)廣東政權(quán)也樂觀其成，惟有廣東的實際當(dāng)家人陳炯明并不積極，因為廣東政權(quán)恢復(fù)后，具有“中央”的名分，而且又駐留廣州，陳炯明實在是不愿意有這個“中央”架在他頭上，對其發(fā)號施令，妨礙其獨斷專行，所以他遲遲沒有表態(tài)，反而電勸孫中山等可以就近在上海處理有關(guān)政務(wù)。不過，當(dāng)時國民黨內(nèi)外都有孫中山回粵開府的強(qiáng)烈呼聲，陳炯明剛剛回粵，立足未穩(wěn)，孫中山考慮到陳的情緒，又賦陳以廣東省長兼粵軍總司令“管理廣東軍務(wù)，全省所屬陸海各軍，均歸節(jié)制調(diào)遣”的重任^[3]。陳炯明不便即時發(fā)作，勉強(qiáng)同意了孫中山回粵開府的計劃。
11月25日，孫中山、唐紹儀、伍廷芳在許崇智到滬敦請后乘輪離滬，28日到達(dá)廣州，在當(dāng)晚廣東省署舉行的歡迎宴會上，孫中山發(fā)表演說稱：“吾國必須統(tǒng)一，惟以民治為統(tǒng)一方法，然后可期長久；武力不過輔助民治之不及，非不得已，不宜輕用”;“此次歸來，即本斯旨，于廣東實行建設(shè)，以樹全國之模范，而立和平統(tǒng)一之基礎(chǔ)”^[4]。
11月29日，孫中山在廣州重建軍政府，通告稱“在廣州重開政務(wù)會議，繼續(xù)執(zhí)行職務(wù)”^[5]。孫中山、唐紹儀、伍廷芳、唐繼堯聯(lián)名發(fā)表軍政府重建宣言，稱“當(dāng)以護(hù)法諸省為基礎(chǔ)，厲行地方自治，普及平民教育，利便交通，發(fā)展實業(yè)，統(tǒng)籌民食，刷新吏治，整理財政，廢督裁兵，進(jìn)國家于富強(qiáng)，謀社會之康樂”^[6]。12月7日，軍政府各部組成，孫中山兼內(nèi)務(wù)部長，唐紹儀兼財政部長，伍廷芳兼外交部長，唐繼堯兼交通部長(未到任前由王伯群署理),陳炯明兼陸軍部長，湯廷光為海軍部長，李烈鈞為參謀部長(暫由次長蔣尊簋代理),徐謙為司法部長，馬君武為秘書長。
此次孫中山回粵重新開府，因為沒有了桂系的掣肘，頗思有所作為。他自兼軍政府內(nèi)務(wù)總長，以其先前提出的《地方自治實行法》為藍(lán)本，希望從地方自治入手，推行民主政治實驗。孫中山提出的《地方自治實行法》的主要內(nèi)容是：一、清戶口。以現(xiàn)居地為準(zhǔn)，一律造冊列入自治團(tuán)體，悉盡義務(wù)，同享權(quán)利；二、立機(jī)關(guān)。組織自治機(jī)關(guān)，使成年人都有選舉、創(chuàng)制、復(fù)決、罷免權(quán)；三、定地價。先定地價，后從事公共經(jīng)營，庶不平之土地壟斷、資本專制可以免卻，而社會革命、罷工風(fēng)潮，悉能消弭于無形；四、修道路。凡道路所經(jīng)之地，則人口為之繁盛，地價為之增加，產(chǎn)業(yè)為之振興，社會為之活動，道路一通，則全境必立改舊觀；五、墾荒地。凡山林、沼澤、水利、礦場，悉歸公有，由公家管理開發(fā)；六、設(shè)學(xué)校。凡在自治區(qū)域之少年男女，皆有受教育之權(quán)利。學(xué)費、書籍以及學(xué)童之衣食，當(dāng)由公家供給。如辦有成效，當(dāng)逐漸推廣，及于他事。此后之要事，為地方自治團(tuán)體所應(yīng)辦者，則農(nóng)業(yè)合作、工業(yè)合作、交易合作、銀行合作、保險合作等事。“如是，由一縣而推之各縣，以至一省一國，而民國之基于是乎立”。此次他在廣州重新開府，在內(nèi)政部設(shè)立了地方自治、社會事業(yè)、勞動、土地、教育、農(nóng)務(wù)、礦務(wù)、工業(yè)、漁業(yè)、商務(wù)、糧食、文官考試局和行政講習(xí)、積弊調(diào)查所，希望對內(nèi)政有所革新^[7]。但在當(dāng)時的大環(huán)境下，孫中山的舉措多半只能流于形式，而且在其施政過程中仍有各種各樣的障礙，其中令他頗為不滿的是列強(qiáng)對“關(guān)余”問題的處理。
所謂“關(guān)余”,是指海關(guān)收入在支付各項債務(wù)還款及必須開支之后的余額。本來，1919年北京公使團(tuán)已同意將關(guān)余總數(shù)的13.7%撥交廣州軍政府使用，但1920年4月因軍政府外交、財政總長伍廷芳出走，軍政府總裁岑春煊以伍“擅離職守”為由免其職，并請北京政府轉(zhuǎn)告公使團(tuán)，以后的關(guān)余交由岑主持的軍政府領(lǐng)取。此后，原本交付廣州軍政府的關(guān)余被凍結(jié)。孫中山回粵重建軍政府后，財政極為困難，伍廷芳向廣東領(lǐng)事團(tuán)和總稅務(wù)司多次交涉，要求撥付被凍結(jié)的二百余萬兩關(guān)余，但北京公使團(tuán)以軍政府權(quán)力僅及廣東、孫中山難以代表西南為借口，不同意撥付，使孫中山深受刺激。1921年1月21日，孫中山下令強(qiáng)行接收粵海關(guān)管理權(quán)，要求“凡在軍政府所屬各省之海關(guān)，須從二月一日起，服從軍政府之訓(xùn)令，聽其管轄”^[8]。但列強(qiáng)不僅不接受孫中山的通令，而且派出軍艦到白鵝潭示威，使孫中山極為憤慨，也使他覺得只有建立正式政府，才能名正言順地與列強(qiáng)打交道，蓋因“時北方徐世昌事事以總統(tǒng)名義行使職權(quán)及向外借款，益使南方有成立正式政府之必要”^[9]。
1921年元旦，廣州軍政府舉行“南京臨時政府成立九周年紀(jì)念會”,孫中山發(fā)表演說：“此次軍府回粵，其責(zé)任固在繼續(xù)護(hù)法，但余觀察現(xiàn)在大勢，護(hù)法斷斷不能解決根本問題。吾人從今日起，不可不拿定方針，開一新紀(jì)元，鞏固中華民國基礎(chǔ)，削平變亂。方針維何？即建設(shè)正式政府是也。蓋護(hù)法不過矯正北政府之非法行為，即達(dá)目的，于中華民國亦無若何裨益。況護(hù)法乃國內(nèi)一部分問題，對內(nèi)仍承認(rèn)北京政府為中央政府，對外亦不發(fā)生國際上地位之效力。……但建議設(shè)立正式政府之權(quán)，全在國會。國會在北京不能行使職權(quán)，而在廣州能自由行使，是望國會諸君建議，仿南京政府辦法在廣東設(shè)立一正式政府，以為對內(nèi)對外之總機(jī)關(guān)，中華民國前途其庶幾乎！余認(rèn)廣東此時實有建立正式政府之必要?！?sup>[10]
對于孫中山的提議，云集廣州的各方政治勢力有不同的考量。國會議員中有主張選孫中山為總統(tǒng)、組織正式政府者；有主張以委員制建立西南聯(lián)省政府者，不過主張選孫中山為總統(tǒng)的意見占了上風(fēng)，其理由仍在于總統(tǒng)代表全國，可獲得國際地位與承認(rèn)，也符合國民心理，否則聽由徐世昌“竊據(jù)”總統(tǒng)之位，將混淆國內(nèi)外視聽。不過，國會議員的意見對政治運作并不具有根本影響，而實力派的意見則更為孫中山所看重。
在軍政府所轄范圍內(nèi)，失掉了廣東的桂系仍然控制著廣西，四川內(nèi)部紛爭不已，湖南主張“聯(lián)省自治”,云、貴地處偏僻且對聽命于廣東不以為然。因此，孫中山成立正式政府的立足點仍在廣東，而掌握著廣東實權(quán)的陳炯明對此不僅不熱心而且反對甚力。陳炯明在兩院議員招待會上公開聲言反對選舉總統(tǒng)，理由是在粵議員距開常會法定人數(shù)相距甚遠(yuǎn)，更不足選舉總統(tǒng)的法定人數(shù)，即令選出總統(tǒng)，仍不得謂之合法政府。如不首先鞏固廣東自治，再圖團(tuán)結(jié)西南，恐難共同對抗直系的武力統(tǒng)一。故當(dāng)今急務(wù)，在保境安民，與鄰省聯(lián)防互保，以免兵禍，不至進(jìn)退失據(jù)^[11]。其實，對陳炯明而言，“法定”與否并不重要，重要的是不能在自己頭上再架上位管著自己的“總統(tǒng)”。陳炯明還利用自己掌握的軍事實力，嗾使手下軍官對選舉總統(tǒng)表示異議，提出一旦因選舉總統(tǒng)而使廣東成為北方的進(jìn)攻目標(biāo)，則軍事方面能否支持戰(zhàn)爭實為疑問，以此要挾孫中山讓步。孫中山受制于陳，但因陳握有兵權(quán)，對他亦無可奈何。據(jù)孫中山言：“陳炯明回粵后，對國事則有餒氣，對粵事則懷私心。其所主張，以為今之所務(wù)，惟在保境息民，并窺測四鄰軍閥意旨，聯(lián)防互保，以免受兵，如此退可據(jù)粵，進(jìn)可合諸利害相同之軍閥，把持國事，可不煩用兵而國內(nèi)自定。文再三切戒，譬之人身，未有心腹?jié)€而四肢能得完好者，國既不保，吾粵一隅何能獨保？……凡此所言，陳炯明雖無以難，而終未肯信?！?sup>[12]實際上，陳炯明之所以不愿孫中山出任正式總統(tǒng)，是擔(dān)心妨礙他在廣東的統(tǒng)治，因“陳握廣東最高政權(quán)，可進(jìn)可退，于愿已足，匪特不須乎非?？偨y(tǒng)，即恢復(fù)軍府，亦屬多事，因軍府之設(shè)，直接則損害其政權(quán)，間接則阻礙其南北之地步”^[13]。因為陳炯明掌握著廣東的實權(quán)，孫中山如果在廣東建立正式政府，得到陳的支持至少是默認(rèn)是必不可少的，因此，對于陳炯明的反對，孫中山不斷向其說服與疏通，并得到了粵軍中以許崇智為代表的部分將領(lǐng)的支持。由于陳炯明此時還需要利用孫中山的支持?jǐn)U張自己的勢力和影響，因此最終同意了孫建立正式政府的主張^[14]。
1921年4月7日，在廣州的護(hù)法國會參眾兩院召開聯(lián)席會議，因出席人數(shù)不足法定人數(shù)，遂改開非常會議。會議通過《中華民國政府組織大綱》:一、大總統(tǒng)依本大綱之規(guī)定行使其職權(quán)；二、大總統(tǒng)由國會非常會議選舉之，以得票過投票總數(shù)之半者為當(dāng)選；三、大總統(tǒng)總攬政務(wù)，公布命令，統(tǒng)率陸海軍；四、大總統(tǒng)對外代表中華民國；五、政府設(shè)置各部，掌理部務(wù)，部長由大總統(tǒng)任免之；六、本大綱自宣布之日實行；七、本大綱自施行之日，軍政府組織大綱即廢止^[15]。當(dāng)日，非常國會以218票(出席議員二百二十余人)選舉孫中山為大總統(tǒng)(因其為非常國會所選出，故一般稱其為“非常大總統(tǒng)”)。
對于孫中山當(dāng)選為大總統(tǒng)，北京政府及北洋系自然表示反對。4月27日，曹錕、吳佩孚、張作霖等發(fā)表通電，稱孫中山“是少數(shù)私黨私認(rèn)之總統(tǒng)，非全數(shù)公民公認(rèn)之總統(tǒng)”;“彼既自絕于國人，當(dāng)與國人共棄之”^[16]。在南方陣營內(nèi)部，陳炯明提出孫中山可暫不就職，或就職后先赴歐美考察，以避免南北矛盾的激化。湘軍總司令趙恒惕在4月9日致電廣州非常國會，聲明不承認(rèn)“非法選出”之總統(tǒng)，并在10日致電孫中山，“勸其嚴(yán)詞拒絕，勿允輕就”。甚而在表面上對孫中山當(dāng)選表示支持的唐紹儀和唐繼堯，也在私下里對選舉持反對態(tài)度^[17]。
因為需要疏通己方陣營內(nèi)部的反對意見，孫中山當(dāng)選后并未立即就職，直到當(dāng)選后近一個月，孫中山才于5月5日在廣州舉行中華民國大總統(tǒng)就職典禮(孫中山、唐紹儀、伍廷芳、唐繼堯、劉顯世于4日發(fā)表通電，取消軍政府，“所有軍政府政務(wù)總裁職務(wù)，即應(yīng)解除”)。他在就職宣言中闡述其“撥亂返治”的主張，號召“各盡所能，協(xié)力合作，共謀國家文化之進(jìn)步”;主張“各省人民完成自治，自定省憲法，自選省長。中央分權(quán)于各省，各省分權(quán)于各縣，庶幾既分離之民國，復(fù)以自治主義相結(jié)合，以歸于統(tǒng)一，不必窮兵黷武，徒苦人民”。至其內(nèi)外政策方針為，“重要經(jīng)濟(jì)事業(yè)，則由中央積極擔(dān)任。發(fā)展實業(yè)，保護(hù)平民”;對外“講信修睦，維持國際平等地位，保障遠(yuǎn)東永久和平”^[18]。7日，孫中山任命伍廷芳為外交總長，陳炯明為內(nèi)務(wù)總長兼陸軍總長，唐紹儀為財政總長，湯廷光為海軍總長，李烈鈞為參謀總長，馬君武為總統(tǒng)府秘書長，徐紹楨為參軍長，徐謙為大理院院長，政府構(gòu)架的搭建宣告完成。
出任非常大總統(tǒng)之后，孫中山力圖在各方面有所作為，諸如刷新政治、發(fā)揚民主、厲行節(jié)約、致力建設(shè)、倡廉反腐、保護(hù)華僑等等，希望以此體現(xiàn)新政權(quán)的新氣象。不過，雖然孫中山有了大總統(tǒng)和正式政府之名，但其政治地位實際上并沒有根本的變化，政府的政令仍只能通行于廣東，并由于陳炯明的牽制而難能實行。與那些顯得瑣碎而不易為、短時間又難收明顯成效的舉措相比，孫中山上任后的施政方針著重于對外，即通過征討桂系，平定廣西，向外擴(kuò)張，既可擴(kuò)大廣州政府的基礎(chǔ)與影響，打開局面，凝聚人心，團(tuán)結(jié)各方，為實行北伐、統(tǒng)一全國的宏大目標(biāo)奠定基礎(chǔ)，創(chuàng)造條件，又可緩解廣東內(nèi)部的矛盾，并以此培養(yǎng)自己信任的軍事力量和將領(lǐng)。在這樣的思路下，解決退出廣東后繼續(xù)盤踞廣西，但卻實力下降、內(nèi)部不穩(wěn)的桂系軍閥，就成了孫中山下一步行動的最佳目標(biāo)，而桂系在退回廣西后，仍然威脅著廣東的安全與穩(wěn)定，并有與北洋軍閥聯(lián)手對抗西南陣營之勢，征討桂系較易凝聚己方陣營內(nèi)部的共識，得到實力派的支持，因此孫中山將討桂作為其上任后的首要目標(biāo)并非偶然。