三論宗的祖庭是草堂寺，位于今陜西戶縣境內(nèi)的圭峰山下。寺內(nèi)有翻譯三“論”即《中論》、《百論》、《十二門論》的西域高僧鳩摩羅什的舍利塔(該寺的情況詳見第四節(jié)“東西兩晉尚浮圖”)。在三論宗的歷史上鳩摩羅什一系的學說流行于北方，被稱為“舊三論”或“關河舊說”;以后流傳到南方，在南京攝山發(fā)揚光大。吉藏法師是攝山“新三論”的代表，杖跡朝野，廣闡玄化，成為三論一宗的實際創(chuàng)宗者。吉藏師從法朗，法朗師從僧佺，僧佺師從僧朗。僧朗在攝山傳法，深得梁武帝器重，從而創(chuàng)立了攝山三論的基業(yè)。攝山又稱棲霞山，山有棲霞寺，即攝山學派主要活動場所。僧佺、法朗、吉藏都曾在這里執(zhí)經(jīng)問道，發(fā)揚宗風，堪稱三論宗的祖寺了。相傳棲霞寺建于南齊建元年間(479 —482),是一位名叫明征君的居士舍宅為法度法師所造。唐高祖李淵改寺名為“功德寺”,增建殿宇樓閣四十余所，高宗制“明征君碑”,又改寺名為“隱君棲霞寺”。以后寺院香火不斷，聞名遐邇，被譽為“四大叢林”之一。清咸豐五年(1855)寺院毀于火焚。光緒三十四年(1908)寺僧募資重建，略復舊觀。今存山門、天王殿、毗盧殿、藏經(jīng)樓和攝翠樓等，大部分為光緒年舊作。寺內(nèi)寺外還保存有許多文物古跡。有始建于隋重修于南唐的石舍利塔，八面五層，高約15米，雕刻非常精巧。還有“無量殿”、“千佛巖”等。唐高宗所制的“明征君碑”也基本完好。
吉藏之所以使三論揚名天下，與他在京城長安的活動經(jīng)歷分不開。隋末動亂，吉藏移住會稽(今紹興)嘉祥寺，江南平定后以盛名入晉王楊廣在揚州的慧日道場。開皇十九年(599)隨楊廣入京，住在青龍坊楊廣所建的日嚴寺。入唐，吉藏被選為“十大德”之一，協(xié)助朝廷管理佛教事務，先后住在長安實際寺、定水寺、延興寺。去世后葬在長安以南終南山至相寺的北巖。